NOE data, contact information, and

NOE data, contact information, and predicted local secondary
structure information of each residue. The local energy minima
are explored with a variant of simulated annealing method. The restraints
from easy-NOE data are referred to as NOE-restraints hereafter.
Flat-bottom restraining functions [18] with soft-square walls
are used as implemented in the CHARMM program [19] (Figure 1a).
The potential wall is a combined function consisting of a quadratic
function and a rational function; left- or right-half of a quadratic
function runs for 3.0 Å, and then it is changed to a rational function.
The second-order derivative for the quadratic part is set to
be 0.5 kcal/mol Å2
. The rest of parameters are used as recommended
in CHARMM manual.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ข้อมูลโนส์ ติดต่อ และรองคาดการณ์เฉพาะข้อมูลโครงสร้างของแต่ละสารตกค้าง กมินิมาพลังงานท้องถิ่นจะอุดม ด้วยตัวแปรวิธีหลอมจำลอง การ restraintsจากโนส์ง่าย ข้อมูลอย่างเป็นโนส์ restraints โดยด้านล่างแบนและยับยั้งหน้าที่ [18] กับผนังนุ่มสแควร์จะใช้เป็นดำเนินการในโปรแกรม CHARMM [19] (รูปที่ 1a)ผนังอาจจะประกอบด้วยกำลังสองฟังก์ชันรวมฟังก์ชันและฟังก์ชันตรรกยะ ซ้าย หรือขวาครึ่งกำลังสองฟังก์ชันการทำงานสำหรับ 3.0 Å และจากนั้น จะเปลี่ยนเป็นฟังก์ชันตรรกยะตั้งค่าอนุพันธ์ลำดับที่สองสำหรับส่วนกำลังสองเป็นมี 0.5 กิโลแคลอรี/โมล Å2. ใช้ส่วนเหลือของพารามิเตอร์แนะนำใน CHARMM ด้วยตนเอง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ข้อมูล NOE ข้อมูลการติดต่อและการคาดการณ์ในท้องถิ่นรอง
ข้อมูลโครงสร้างของแต่ละสารตกค้าง น้อยพลังงานในท้องถิ่น
มีการสำรวจที่มีความแตกต่างจากวิธีการอบจำลอง พันธนาการ
จากข้อมูลที่ง่ายต่อ NOE จะเรียกว่า NOE-พันธนาการต่อจากนี้.
ฟังก์ชั่นการควบคุมแบนด้านล่าง [18] กับผนังนุ่มตาราง
จะถูกใช้เป็นนำมาใช้ในโปรแกรม CHARMM [19] (รูปที่ 1a).
ผนังที่มีศักยภาพ ฟังก์ชั่นรวมที่ประกอบด้วยสมการกำลังสอง
ฟังก์ชั่นและฟังก์ชั่นที่มีเหตุผล; ซ้ายหรือขวาครึ่งหนึ่งของกำลังสอง
ฟังก์ชั่นวิ่ง 3.0 และจากนั้นมันจะถูกเปลี่ยนเป็นฟังก์ชั่นที่มีเหตุผล.
อนุพันธ์ที่สองเพื่อให้เป็นส่วนหนึ่งของสมการกำลังสองถูกตั้งไว้ที่
0.5 kcal / mol
A2 ส่วนที่เหลือของพารามิเตอร์ที่ถูกนำมาใช้ตามคำแนะนำ
ในคู่มือการ CHARMM

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โน ข้อมูล ข้อมูลติดต่อ และทำนายข้อมูลโครงสร้างทุติยภูมิ
ท้องถิ่นของแต่ละ column
ไม่นี่ ม๊าพลังงานท้องถิ่นสำรวจกับตัวแปรของการดำรงอยู่โดยวิธี พันธนาการ
จากข้อมูลโนง่ายจะเรียกว่าโนทุกข์ใจภายหลัง .
ด้านล่างแบนยับยั้งการทำงาน [ 18 ] กับผนัง
ตารางอ่อนใช้เป็นใช้ในโปรแกรม charmm [ 19 ] ( รูปที่ 1A ) .
ผนังที่มีศักยภาพเป็นรวมฟังก์ชันที่ประกอบด้วยฟังก์ชันกำลังสอง
และฟังก์ชันเศษส่วน ซ้าย - ขวา หรือครึ่งหนึ่งของฟังก์ชันสม
วิ่ง 3.0 กริพเพน จากนั้นก็เปลี่ยนเป็นฟังก์ชันเศษส่วน อนุพันธ์อันดับที่สอง ส่วน

จาตั้ง 0.5 kcal / mol • 2

ส่วนที่เหลือของพารามิเตอร์ที่ใช้เป็นคู่มือแนะนำ
charmm .