Genomic DNA was digested using two

Genomic DNA was digested using two restriction enzymes, Bgl II
and Eco RI. The digested DNA fragments and two adapters (Bgl II adapter
and Eco RI adapter) were ligated. The digestion and ligation were simultaneously performed at 37 °C for 16 h. The reaction mixture consisted of
20 ng of genomic DNA, 5 units of Bgl II (NEB), 10 units of Eco RI-HF
(NEB), 1× NEB buffer2 (NEB), 1× BSA (NEB), 0.2 μM Bgl II adapter,
0.2 μM Eco RI adapter, 1 mM ATP (Takara), 300 units of T4 DNA ligase
(Enzymatics). The ligation product was purified by the AMpureXP
(Beckman coulter) according to manufacturer's instructions. One
tenth of the purified DNA was used in the PCR enrichment with the
KAPA HiFi HS ReadyMix (KAPA biosystems). Sequences of adaptors
and primers used in this study are shown in Table S4. Approximately 350 bp fragments of the PCR product was selected by the E-Gel
size select 2% (Life technologies). Single end 50 bp and index sequence
of the library was sequenced by the HiSeq2500 (Illumina) with the
TruSeq v3 chemistry. Preprocessing of the sequence data was performed by the trimmomatic-0.32 with the following parameters:
ILLUMINACLIP TruSeq3-SE.fa:2:30:10 LEADING:19 TRAILING:19
SLIDINGWINDOW:30:20 AVGQUAL:20 MINLEN:51 (Bolger et al.,
2014). The preprocessed sequences were analyzed by the Stacks program with default parameters (Catchen et al., 2013). We selected 288 positions of a nucleotide sequence with less than 3 missing data per site
among 30 lines.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ดีเอ็นเอการถูกย่อยสลายโดยใช้เอนไซม์สองจำกัด Bgl IIและ Eco RI แยกส่วนย่อยของดีเอ็นเอและอะแดปเตอร์สอง (อะแดปเตอร์ Bgl IIและอะแดปเตอร์ Eco RI) ได้ควบ ย่อยและ ligation ได้ดำเนินการพร้อมกันที่ 37 ° C เป็นเวลา 16 ชม ประกอบด้วยส่วนผสมของปฏิกิริยา20 ฉบับของดีเอ็นเอการ 5 หน่วยของ Bgl II (NEB), 10 หน่วยของ Eco RI-HF(NEB), 1 × NEB buffer2 (NEB), 1 ×บีเอสเอ (NEB), 0.2 μ m Bgl II การ์ด0.2 ไมครอน Eco RI อะแดปเตอร์ ATP 1 มม. (Takara), T4 DNA ligase 300 หน่วย(Enzymatics) ผลิตภัณฑ์ ligation บริสุทธิ์ โดยการ AMpureXP(Beckman coulter) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต อย่างใดอย่างหนึ่งสิบของที่บริสุทธิ์ดีเอ็นเอมาใช้ในการตกแต่ง PCR กับการKAPA HiFi HS ReadyMix (KAPA ศาสตร์เชิงชีวภาพ) ลำดับของอะแดปเตอร์และไพรเมอร์ที่ใช้ในการศึกษานี้แสดงอยู่ในตาราง S4 เลือกประมาณ 350 ชิ้นส่วน bp ของผลิตภัณฑ์ PCR โดย E-เจลขนาดเลือก 2% (ชีวิตเทคโนโลยี) ปลายเดี่ยว 50 ลำดับ bp และดัชนีไลบรารีถูกเรียงลำดับตาม HiSeq2500 (Illumina) ด้วยการTruSeq v3 เคมี ของข้อมูลลำดับการประมวลผลเบื้องต้นทำ โดย 0.32 trimmomatic กับพารามิเตอร์ต่อไปนี้:ต่อท้าย ILLUMINACLIP TruSeq3 SE.fa:2:30:10 ชั้นนำ: 19:19SLIDINGWINDOW:30:20 AVGQUAL:20 MINLEN:51 (Bolger et al.,2014) ลำดับการประมวลผลล่วงหน้าถูกวิเคราะห์ โดยโปรแกรมกองกับพารามิเตอร์เริ่มต้น (Catchen et al. 2013) เราเลือกตำแหน่ง 288 ของลำดับนิวคลีโอไทด์ที่มีข้อมูลไม่น้อยกว่า 3 ต่อไซต์ระหว่าง 30 บรรทัด

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Genomic DNA ถูกย่อยสลายโดยใช้สองเอนไซม์ข้อ จำกัด BGL II
และ Eco RI ย่อยดีเอ็นเอและสองอะแดปเตอร์ (BGL II อะแดปเตอร์
และอะแดปเตอร์ Eco RI) เป็น ligated การย่อยและการ ligation ได้ดำเนินการไปพร้อม ๆ กันที่ 37 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 16 ชั่วโมง ผสมปฏิกิริยาประกอบด้วย
20 NG ของดีเอ็นเอ 5 หน่วย BGL ii (NEB) 10 หน่วย Eco RI-HF
(NEB) 1 × NEB buffer2 (NEB) 1 ×บีเอสเอ (NEB) 0.2 ไมครอน BGL ครั้งที่สอง อะแดปเตอร์
0.2 ไมครอน Eco RI อะแดปเตอร์ 1 มิเอทีพี (Takara) 300 หน่วยของ T4 ดีเอ็นเอลิกาเซ
(Enzymatics) ผลิตภัณฑ์ ligation บริสุทธิ์โดย AMpureXP
(Beckman Coulter) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต หนึ่ง
ในสิบของดีเอ็นเอบริสุทธิ์ถูกใช้ในการเพิ่มปริมาณ PCR กับ
KAPA ไฮไฟ HS Readymix (Biosystems KAPA) ลำดับของอะแดปเตอร์
และไพรเมอร์ที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้แสดงในตารางที่ S4 ประมาณ 350 คนเศษ BP ของผลิตภัณฑ์ PCR ได้รับเลือกจาก E-Gel
ขนาดให้เลือก 2% (เทคโนโลยีชีวิต) โสดปลาย 50 bp และดัชนีลำดับ
ของห้องสมุดได้รับการจัดลำดับโดย HiSeq2500 (Illumina) กับ
เคมี TruSeq V3 กระบวนการเตรียมการผลิตของข้อมูลลำดับที่ถูกดำเนินการโดย trimmomatic-0.32 มีพารามิเตอร์ต่อไปนี้:
ILLUMINACLIP TruSeq3-SE.fa: 2: 30: 10 ชั้นนำ: 19 TRAILING: 19
SLIDINGWINDOW: 30: 20 AVGQUAL: 20 MINLEN: 51 (โบลเกอร์, et al .,
2014) ลำดับการประมวลผลล่วงหน้าถูกนำมาวิเคราะห์โดยโปรแกรมกองกับค่าเริ่มต้น (Catchen et al., 2013) เราเลือก 288 ตำแหน่งของลำดับเบสที่มีน้อยกว่า 3 ข้อมูลที่ขาดหายต่อเว็บไซต์
ในหมู่ 30 คู่สาย