Genetic Data Analysis RAPD markers

Genetic Data Analysis RAPD markers were named using the primer identification code plus the band molecular weight. The molecular sizes in bp were estimated using Gqmol software (http://www.ufv.br/dbg/gqmol/ gqmol. htm). Bands for each selected primer were scored as present (1) or absent (0) for each individual resulting in a binary data matrix to estimate allelic frequencies, polymorphic loci (%P), number of private bands (PB), and expected heterozygosity. In order to describe the genetic diversity distribution, Shannon’s Information Index (I) (Shannon, 1948), and Nei's genetic distance (Nei, 1972; 1978) were calculated and a Principal Coordinates Analysis (PCoA) was conducted to identify existence of clusters within and between populations. A genetic distance matrix was obtained to test for genetic structure (differentiation) via Analysis of Molecular Variance (AMOVA) computing Phi-statistics (ϕST) based on 9999 permutations.


A geographic distance matrix was obtained and compared with the genetic distance matrix through a Mantel test to assess for correlation, comparing the observed Rxy versus random Rxy obtained from 9999 permutations. Finally, a multilocus spatial autocorrelation analysis was performed for each population, with class size of 10 m, 9999 permutations, and 10 000 bootstraps. All parameters and spatial genetic analysis mentioned above were done using GeneAlEx versión 6.5 (Peakall and Smouse, 2006; 2012).


Results All samples (N= 60) were successfully amplified, allowing us to obtain reproducible profiles in all samples derived from SI (N=30) and RO (N=30) populations. Only three of the primers tested (A03, B06, and B10) were selected for the genetic analysis. These primers generated distinct band patterns from which it was possible to identify 56 bands that ranged in size from 198 to 1780 bp (Table 2). Of the 56 loci analyzed, 82.14% were polymorphic (Table 2), with a total He = 0.273 and a mean Shannon’s Index of 0.406. In addition, the San Ignacio population exhibited 9 private bands (17.64%), whereas Rincón Ombú shown only 5 among all loci analyzed (10.63%) (Table 3). Mean parameter values obtained for each population are detailed in Table 3. Finally, the Nei's genetic distance estimated between populations was 0.185.


Table 2. Summary of the data obtained from primer band patterns selected. TNB: Total Number of Bands, NPB: Number of Polymorphic Bands. %P: Percentage of Polymorphic Loci.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เครื่องหมายอาร์เอพีดีวิเคราะห์ข้อมูลทางพันธุกรรมถูกตั้งชื่อโดยใช้รหัสของสีรองพื้นบวกน้ำหนักโมเลกุลวง ขนาดโมเลกุลใน bp ได้ประเมินโดยใช้ซอฟต์แวร์ Gqmol (http://www.ufv.br/dbg/gqmol/ gqmol. htm) วงสำหรับแต่ละพื้นที่เลือกได้คะแนน เป็นปัจจุบัน (1) หรือ ขาด (0) สำหรับแต่ละแต่ละตัวในเมทริกซ์ฐานข้อมูลประเมินความถี่ allelic, polymorphic loci (%P) จำนวนของวงส่วนตัว (PB), และคาดว่า heterozygosity การอธิบายการกระจายความหลากหลายทางพันธุกรรม ดัชนีข้อมูลของแชนนอน (I) (แชนนอน 1948), และระยะห่างทางพันธุกรรมของ Nei (Nei, 1972; 1978 แชมป์ร่วม) มีคำนวณ และการวิเคราะห์พิกัดหลัก (PCoA) ได้ดำเนินการในการระบุความมีอยู่ของคลัสเตอร์ภายใน และ ระหว่างประชากร เมทริกซ์ระยะห่างทางพันธุกรรมได้รับการทดสอบโครงสร้างทางพันธุกรรม (สร้างความแตกต่าง) ผ่านการวิเคราะห์ของโมเลกุลต่าง (AMOVA) คอมพิวเตอร์พีพีสถิติ (ϕST) สับ 9999เมทริกซ์ระยะทางทางภูมิศาสตร์ได้ และเปรียบเทียบกับเมทริกซ์ระยะห่างทางพันธุกรรมผ่านหิ้งการทดสอบหาความสัมพันธ์ การเปรียบเทียบ Rxy สังเกตเทียบกับ Rxy ที่สุ่มได้จากสับ 9999 ในที่สุด การวิเคราะห์ปริภูมิ autocorrelation multilocus ที่ดำเนินการในแต่ละประชากร ขนาดระดับ 10 เมตร สับ 9999 และ 10 000 bootstraps พารามิเตอร์และปริภูมิวิเคราะห์ทางพันธุกรรมดังกล่าวข้างต้นทั้งหมดทำโดยใช้ GeneAlEx versión 6.5 (Peakall และ Smouse, 2006; 2012)Results All samples (N= 60) were successfully amplified, allowing us to obtain reproducible profiles in all samples derived from SI (N=30) and RO (N=30) populations. Only three of the primers tested (A03, B06, and B10) were selected for the genetic analysis. These primers generated distinct band patterns from which it was possible to identify 56 bands that ranged in size from 198 to 1780 bp (Table 2). Of the 56 loci analyzed, 82.14% were polymorphic (Table 2), with a total He = 0.273 and a mean Shannon’s Index of 0.406. In addition, the San Ignacio population exhibited 9 private bands (17.64%), whereas Rincón Ombú shown only 5 among all loci analyzed (10.63%) (Table 3). Mean parameter values obtained for each population are detailed in Table 3. Finally, the Nei's genetic distance estimated between populations was 0.185. Table 2. Summary of the data obtained from primer band patterns selected. TNB: Total Number of Bands, NPB: Number of Polymorphic Bands. %P: Percentage of Polymorphic Loci.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เครื่องหมายการวิเคราะห์ข้อมูลทางพันธุกรรมดีเอ็นเอถูกตั้งชื่อโดยใช้รหัสประจำตัวไพรเมอร์รวมทั้งวงน้ำหนักโมเลกุลที่ ขนาดโมเลกุลใน bp ประมาณโดยใช้ซอฟต์แวร์ Gqmol (http://www.ufv.br/dbg/gqmol/ gqmol. HTM) สำหรับวงดนตรีที่ไพรเมอร์ที่เลือกแต่ละคะแนนเป็นปัจจุบัน (1) หรือขาด (0) สำหรับแต่ละบุคคลที่เกิดในเมทริกซ์ข้อมูลไบนารีที่จะประเมินความถี่ allelic, ตำแหน่ง polymorphic (% P) จำนวนวงดนตรีเอกชน (PB) และคาดว่า heterozygosity เพื่อที่จะอธิบายการกระจายความหลากหลายทางพันธุกรรมของข้อมูลนอนส์ดัชนี (I) (แชนนอน, 1948) และระยะทางพันธุกรรม Nei ของ (Nei 1972; 1978) จะถูกคำนวณและพิกัดหลักวิเคราะห์ (PCoA) ได้ดำเนินการในการระบุการดำรงอยู่ของกลุ่มภายใน และระหว่างประชากร เมทริกซ์ระยะทางพันธุกรรมที่ได้รับการทดสอบสำหรับโครงสร้างทางพันธุกรรม (แตกต่าง) ผ่านการวิเคราะห์โมเลกุลแปรปรวน (AMOVA) คอมพิวเตอร์พีสถิติ (φST) ตาม 9999 พีชคณิต. เมทริกซ์ระยะทางภูมิศาสตร์ที่ได้รับและเมื่อเทียบกับเมทริกซ์ระยะทางพันธุกรรมผ่านหิ้ง การทดสอบเพื่อประเมินความสัมพันธ์เปรียบเทียบสังเกต rxy เมื่อเทียบกับ rxy สุ่มได้รับจากการเพิ่มเงิน 9999 ในที่สุดการวิเคราะห์เชิงพื้นที่อัต Multilocus ได้ดำเนินการสำหรับประชากรในแต่ละระดับที่มีขนาด 10 เมตรพีชคณิต 9999 และ 10 000 วัฏจักร พารามิเตอร์ทั้งหมดและการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมเชิงพื้นที่ดังกล่าวข้างต้นได้รับการดำเนินการโดยใช้ GeneAlEx เวอร์ชั่น 6.5 (Peakall และ Smouse 2006; 2012). ผลกลุ่มตัวอย่างทั้งหมด (ยังไม่มี = 60) ได้รับการขยายประสบความสำเร็จช่วยให้เราที่จะได้รับรูปแบบการทำซ้ำในทุกตัวอย่างที่ได้มาจาก SI (ยังไม่มี = 30) และ RO (ยังไม่มี = 30) ประชากร เพียงสามของไพรเมอร์ที่ผ่านการทดสอบ (A03, B06 และ B10) ได้รับเลือกสำหรับการวิเคราะห์ทางพันธุกรรม ไพรเมอร์เหล่านี้สร้างรูปแบบวงดนตรีที่แตกต่างจากการที่มันเป็นไปได้ที่จะระบุ 56 วงดนตรีที่อยู่ในช่วงขนาด 198-1,780 bp (ตารางที่ 2) 56 ตำแหน่งวิเคราะห์ 82.14% เป็น polymorphic (ตารางที่ 2) มีทั้งหมดเขา = 0.273 และค่าเฉลี่ยดัชนีแชนนอนของ 0.406 นอกจากนี้ประชากรซานอิกนาซิโอแสดงวงดนตรีที่ 9 เอกชน (17.64%) ในขณะที่RincónOmbúแสดงเพียง 5 หมู่ทุกตำแหน่งวิเคราะห์ (10.63%) (ตารางที่ 3) หมายถึงค่าพารามิเตอร์ที่ได้รับสำหรับประชากรแต่ละคนมีรายละเอียดในตารางที่ 3 ในที่สุดระยะทางพันธุกรรม Nei ประมาณระหว่างประชากรคือ 0.185. ตารางที่ 2 สรุปข้อมูลที่ได้จากรูปแบบวงไพรเมอร์เลือก TNB: จำนวนวง NPB: จำนวนวง Polymorphic % P: ร้อยละของ Polymorphic แสดงออกของยีน