Recently, in a new study (Carrera e

Recently, in a new study (Carrera et al., 2010), we proposed a novel
strategy for the extensive characterization and de novo sequencing of all
PRVBs isoforms for all commercial species fromtheMerlucciidae family,
organisms whose genome remains unsequenced. This strategy is based
on the integration of a classical bottom-up proteomics approach with
accurate Mr determination by Fourier-transform ion-cyclotron resonance
(FTICR)-MS of intact proteins and selected tandem mass spectrometry
(MS/MS) ion monitoring (SMIM) of peptide mass gaps. For
each PRVB,mass spectra obtained by LC-ESI-IT-MS/MSfromtwo digests
(trypsin, Glu-C) were followed by database searching using Sequest
(Eng, McCormack, & Yates, 1994) and de novo sequenced manually
with the help of two programs PEAKS (Ma et al., 2003) and DeNovoX
(Thermo Electron Co.) (Scigelova et al., 2007). The deduced peptide sequences
were arranged and the theoretical Mr for the resulting sequences
was calculated. Experimental Mr for each PRVB was
measured with high mass accuracy by FTICR-MS (0.05–4.47 ppm).
The masses of several missing peptide gaps were estimated by

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เมื่อเร็ว ๆ นี้ ในการศึกษาใหม่เป็น (Carrera et al., 2010), เราเสนอนวนิยายกลยุทธ์สำหรับที่ครอบคลุมคุณลักษณะและ de novo ลำดับทั้งหมดPRVBs isoforms ทั้งหมดค้าพันธุ์ fromtheMerlucciidae ครอบครัวสิ่งมีชีวิตกลุ่มยังคง unsequenced ใช้กลยุทธ์นี้การรวมวิธีโปรตีโอมิกส์ล่างสายคลาสสิกด้วยนายมุ่งมั่นที่ถูกต้อง โดยการสั่นพ้อง cyclotron ไอออนการแปลงฟูรีเย(FTICR) -MS ของโปรตีนครบถ้วนและเลือก tandem รเมทตรวจสอบ (SMIM) ของเพปไทด์รวมช่องไอออน (MS/MS) สำหรับแต่ละ PRVB แรมสเป็คตรามวลได้ โดย digests LC-ESI-IT-MS/MSfromtwo(ทริปซิน Glu C) ตามฐานข้อมูลที่ค้นหาโดยใช้ Sequest(ภาษาอังกฤษ รีแมคคอร์แมค & Yates, 1994) และ de novo เรียงลำดับด้วยตนเองด้วยการใช้สองโปรแกรมพีคส์ (Ma et al., 2003) และ DeNovoX(เทอร์โมอิเล็กตรอน จำกัด) (Scigelova et al., 2007) ลำดับเพปไทด์ deducedมีการจัดเรียง และนายทฤษฎีสำหรับลำดับที่เกิดมีคำนวณ นายทดลองในแต่ละ PRVB ได้วัด มีความแม่นยำสูงโดยรวม โดย FTICR MS (0.05 – 4.47 ppm)มวลของหลายช่องเพปไทด์หายไปได้โดยประมาณ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เมื่อเร็ว ๆ นี้ในการศึกษาใหม่ (Carrera et al., 2010) เราเสนอนวนิยาย
กลยุทธ์สำหรับตัวละครอย่างกว้างขวางและโนโวลำดับของทุก
PRVBs ไอโซฟอร์มสำหรับการขยายพันธุ์การค้าทุกคนในครอบครัว fromtheMerlucciidae,
สิ่งมีชีวิตที่มีจีโนมยังคง unsequenced กลยุทธ์นี้จะขึ้นอยู่
ในการรวมของวิธีการโปรตีนล่างขึ้นคลาสสิกที่มี
ความมุ่งมั่นที่ถูกต้องโดยนายฟูริเยร์แปลงไอออน cyclotron กำทอน
(FTICR) -MS ของโปรตีนสมบูรณ์และเลือกตีคู่มวลสาร
(MS / MS) ตรวจสอบไอออน (Smim) ช่องว่างของมวลเปปไทด์ สำหรับ
แต่ละ PRVB, สเปกตรัมมวลที่ได้จากการ LC-ESI-IT-MS / MSfromtwo ย่อยสลาย
(trypsin, Glu-C) ตามมาด้วยการค้นหาโดยใช้ฐานข้อมูล Sequest
(Eng, McCormack, & เยตส์, 1994) และเดอโนโวติดใจด้วยตนเอง
ด้วยความช่วยเหลือ สองโปรแกรม PEAKS (Ma et al., 2003) และ DeNovoX
(Thermo Electron จำกัด ) (Scigelova et al., 2007) อนุมานลำดับเปปไทด์
ถูกจัดและทฤษฎีนายสำหรับลำดับผล
ที่คำนวณได้ ทดลองนาย PRVB สำหรับแต่ละ
วัดที่มีความแม่นยำสูงโดยมวล FTICR-MS (0.05-4.47 ppm).
ฝูงของเปปไทด์ช่องว่างที่ขาดหายไปหลายคนโดยประมาณ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เมื่อเร็วๆ นี้ ในการศึกษาใหม่ ( Carrera et al . , 2010 ) , เรานำเสนอกลยุทธ์ใหม่สำหรับลักษณะที่กว้างขวางและ

prvbs อีกครั้งจัดลำดับของทุกไอโซฟอร์มทุกสายพันธุ์ทางการค้า fromthemerlucciidae ครอบครัว
สิ่งมีชีวิตที่มีโครโมโซมยังคง unsequenced . กลยุทธ์นี้ใช้ในการรวมวิธีการ

ประโยคคลาสสิกกับโปรตีโอมิกส์ถูกต้องนายปณิธาน โดยการแปลงฟูรีเยไอออน cyclotron แนนซ์
( fticr ) - MS ของโปรตีนครบถ้วน และเลือกตีคู่มวลสาร
( MS / MS ) การตรวจสอบไอออน ( smim ) ของเปปไทด์มวลช่องว่าง สำหรับ
แต่ละ prvb มวลจะมีค่าโดย lc-esi-it-ms / msfromtwo digests
( ทริป glu-c , ) ตามมาด้วยการค้นหาฐานข้อมูลที่ใช้ sequest
( Eng & McCormack , , เยตส์ , 1994 ) และอีกครั้งนี้ด้วยตนเอง
ด้วยความช่วยเหลือของโปรแกรมสองโปรแกรมยอด ( ma et al . , 2003 ) และ denovox
( Thermo Electron Co . ) ( scigelova et al . , 2007 ) ได้ลำดับเปปไทด์
จัดและนายเชิงทฤษฎีสำหรับผลลำดับ
คือการคำนวณ ทดลองคุณสำหรับแต่ละ prvb คือ
วัดความถูกต้องมวลสูง โดย fticr-ms ( 0.05 ppm ( 4.47 )
มวลชนหลายเปปไทด์โดยประมาณ โดยช่องว่างที่หายไป