The development and validation of c

The development and validation of computational macromolecular modeling and design methods depend on suitable benchmark datasets and informative metrics for comparing protocols. In addition, if a method is intended to be adopted broadly in diverse biological applications, there needs to be information on appropriate parameters for each protocol, as well as metrics describing the expected accuracy compared to experimental data. In certain disciplines, there exist established benchmarks and public resources where experts in a particular methodology are encouraged to supply their most efficient implementation of each particular benchmark. We aim to provide such a resource for protocols in macromolecular modeling and design. We present a freely accessible web resource (https://kortemmelab.ucsf.edu/benchmarks) to guide the development of protocols for protein modeling and design. The site provides benchmark datasets and metrics to compare the performance of a variety of modeling protocols using different computational sampling methods and energy functions, providing a "best practice" set of parameters for each method. Each benchmark has an associated downloadable benchmark capture archive containing the input files, analysis scripts, and tutorials for running the benchmark. The captures may be run with any suitable modeling method; we supply command lines for running the benchmarks using the Rosetta software suite. We have compiled initial benchmarks for the resource spanning three key areas: prediction of energetic effects of mutations, protein design, and protein structure prediction, each with associated state-of-the-art modeling protocols. With the help of the wider macromolecular modeling community, we hope to expand the variety of benchmarks included on the website and continue to evaluate new iterations of current methods as they become available.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การพัฒนาและตรวจสอบคำนวณ macromolecular สร้างโมเดลและการออกแบบวิธีการขึ้นอยู่กับ datasets benchmark ที่เหมาะสมและเครื่องมือวัดข้อมูลสำหรับเปรียบเทียบโปรโตคอล นอกจากนี้ ถ้าวิธีมีวัตถุประสงค์เพื่อจะนำมาใช้อย่างกว้างขวางในงานมีความหลากหลายทางชีวภาพ มีต้อง ข้อมูลพารามิเตอร์ที่เหมาะสมสำหรับแต่ละโพรโทคอล ตลอดจนอธิบายความถูกต้องที่คาดไว้เมื่อเปรียบเทียบกับข้อมูลการทดลองการวัด ในบางสาขาวิชา มีทรัพยากรสาธารณะที่สนับสนุนการปฏิบัติการมีประสิทธิภาพสูงสุดของแต่ละเกณฑ์มาตรฐานโดยเฉพาะการจัดหาผู้เชี่ยวชาญในวิธีการและเกณฑ์มาตรฐานที่กำหนดขึ้น เราจุดมุ่งหมายเพื่อให้ทรัพยากรดังกล่าวสำหรับโพรโทคอลในการออกแบบและสร้างโมเดล macromolecular เรานำเสนอทรัพยากรบนเว็บที่สามารถเข้าถึงได้อย่างอิสระ (https://kortemmelab.ucsf.edu/benchmarks) เพื่อเป็นแนวทางการพัฒนาของโปรโตคอลสำหรับสร้างโมเดลโปรตีนและการออกแบบ เว็บไซต์มี datasets เกณฑ์มาตรฐานและเพื่อเปรียบเทียบประสิทธิภาพของโปรโตคอลที่ใช้วิธีการสุ่มตัวอย่างการคำนวณที่แตกต่างกันและฟังก์ชันพลังงาน ให้ชุด "ส่วนฝึก" พารามิเตอร์สำหรับแต่ละวิธีการสร้างโมเดล เกณฑ์มาตรฐานแต่ละมาตรฐานดาวน์โหลดสัมพันธ์ถาวรที่ประกอบด้วยแฟ้มอินพุต สคริปต์วิเคราะห์ และแบบฝึกหัดสำหรับการรัน benchmark จับได้ จับอาจทำงาน ด้วยวิธีการสร้างโมเดลที่เหมาะสม เราจัดหาบรรทัดคำสั่งสำหรับการรันเกณฑ์มาตรฐานการใช้ซอฟต์แวร์ชุดเซต เราได้รวบรวมเกณฑ์มาตรฐานเริ่มต้นสำหรับทรัพยากรรัฐเรื่องหลักสาม: ทายผลมีพลังกลายพันธุ์ โปรตีน และโปรตีนโครงสร้างคาด เดา มีสัมพันธ์รัฐ-of-the-art โมเดลโพรโทคอลการ ด้วยความช่วยเหลือของชุมชนสร้างโมเดล macromolecular กว้าง เราหวังว่าจะขยายเกณฑ์มาตรฐานรวมอยู่บนเว็บไซต์ที่หลากหลาย และการประเมินซ้ำใหม่วิธีปัจจุบัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การพัฒนาและการตรวจสอบของการสร้างแบบจำลองโมเลกุลคำนวณและวิธีการออกแบบขึ้นอยู่กับชุดข้อมูลมาตรฐานและตัวชี้วัดที่เหมาะสมสำหรับการเปรียบเทียบข้อมูลโปรโตคอล นอกจากนี้หากเป็นวิธีการที่มีจุดมุ่งหมายที่จะนำวงกว้างในการใช้งานทางชีวภาพที่มีความหลากหลายมีความต้องการที่จะมีข้อมูลเกี่ยวกับพารามิเตอร์ที่เหมาะสมสำหรับแต่ละโปรโตคอลเช่นเดียวกับตัวชี้วัดอธิบายความถูกต้องคาดว่าเมื่อเทียบกับข้อมูลการทดลอง ในสาขาวิชาหนึ่งมีอยู่จัดตั้งมาตรฐานและทรัพยากรสาธารณะที่ผู้เชี่ยวชาญในการวิธีการโดยเฉพาะอย่างยิ่งได้รับการสนับสนุนในการจัดหาที่มีประสิทธิภาพมากที่สุดของพวกเขาการดำเนินงานของแต่ละมาตรฐานโดยเฉพาะอย่างยิ่ง เรามุ่งมั่นที่จะให้ทรัพยากรเช่นโปรโตคอลในการสร้างแบบจำลองโมเลกุลและการออกแบบ เรานำเสนอทรัพยากรเว็บเข้าถึงได้อย่างอิสระ (https://kortemmelab.ucsf.edu/benchmarks) เพื่อเป็นแนวทางในการพัฒนาโปรโตคอลสำหรับการสร้างแบบจำลองและการออกแบบที่มีโปรตีน เว็บไซต์ที่ให้ชุดข้อมูลมาตรฐานและตัวชี้วัดเพื่อเปรียบเทียบประสิทธิภาพการทำงานของความหลากหลายของโปรโตคอลการสร้างแบบจำลองโดยใช้วิธีการสุ่มตัวอย่างการคำนวณแตกต่างกันและฟังก์ชั่นการใช้พลังงานให้ "การปฏิบัติที่ดีที่สุด" ตั้งค่าพารามิเตอร์สำหรับแต่ละวิธี มาตรฐานแต่ละคนมีเก็บมาตรฐานดาวน์โหลดที่เกี่ยวข้องจับภาพที่มีไฟล์ข้อมูลสคริปต์การวิเคราะห์และแบบฝึกหัดสำหรับการทำงานมาตรฐาน จับอาจจะทำงานกับวิธีการสร้างแบบจำลองที่เหมาะสมใด ๆ เราจัดหาบรรทัดคำสั่งสำหรับการทำงานมาตรฐานโดยใช้ชุดซอฟต์แวร์ Rosetta เราได้รวบรวมมาตรฐานเริ่มต้นสำหรับทรัพยากรทอดสามประเด็นสำคัญ: การคาดการณ์ของผลกระทบที่มีพลังของการกลายพันธุ์, การออกแบบโปรตีนและการทำนายโครงสร้างโปรตีนแต่ละคนมีการสร้างแบบจำลองโปรโตคอลที่เกี่ยวข้องรัฐของศิลปะ ด้วยความช่วยเหลือของชุมชนการสร้างแบบจำลองโมเลกุลที่กว้างขึ้นเราหวังที่จะขยายความหลากหลายของมาตรฐานรวมอยู่ในเว็บไซต์และยังคงประเมินซ้ำใหม่ของวิธีการในปัจจุบันที่พวกเขากลายเป็นใช้ได้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การพัฒนาและตรวจสอบความตรงของโมเดลและวิธีการคำนวณ macromolecular การออกแบบขึ้นอยู่กับข้อมูลที่เหมาะสม และข้อมูลสำหรับการเปรียบเทียบวัดมาตรฐานโปรโตคอล นอกจากนี้ ถ้าวิธีมีวัตถุประสงค์เพื่อนำมาใช้อย่างกว้างขวางในงานความหลากหลายทางชีวภาพ มีต้องมีข้อมูลเกี่ยวกับค่าพารามิเตอร์ที่เหมาะสมสำหรับแต่ละขั้นตอนเช่นเดียวกับวัดอธิบายคาดหวังความถูกต้องเมื่อเทียบกับข้อมูลจากการทดลอง ในบางสาขา มีมาตรฐานและสร้างทรัพยากรสาธารณะที่ผู้เชี่ยวชาญในวิธีการที่เฉพาะเจาะจงได้รับการสนับสนุนในการจัดหาการใช้มีประสิทธิภาพมากที่สุดของพวกเขาในแต่ละมาตรฐาน . เรามุ่งมั่นที่จะให้ทรัพยากรดังกล่าว สำหรับโปรโตคอลแบบแมคโครโมเลกุลและการออกแบบเรานำเสนอทรัพยากรเว็บสามารถเข้าถึงได้อย่างอิสระ ( https://kortemmelab.ucsf.edu/benchmarks ) เพื่อเป็นแนวทางในการพัฒนาระบบและการออกแบบแบบโปรตีน เว็บไซต์ให้ข้อมูลมาตรฐานและตัวชี้วัดเพื่อเปรียบเทียบประสิทธิภาพของความหลากหลายของโปรโตคอลที่แตกต่างกันโดยใช้วิธีการคำนวณแบบสุ่มและพลังงานฟังก์ชันให้ " ปฏิบัติที่ดีที่สุด " การตั้งค่าพารามิเตอร์สำหรับแต่ละวิธี แต่ละรอยมีมาตรฐานที่เกี่ยวข้องดาวน์โหลดจับภาพจัดเก็บที่มีไฟล์ใส่สคริปต์การวิเคราะห์ และสอนให้ใช้มาตรฐาน . จับ อาจจะใช้วิธีการใด ๆที่เหมาะสม เราใส่บรรทัดคำสั่งสำหรับการทำงานมาตรฐานใช้ Rosetta ซอฟต์แวร์สวีทเราได้รวบรวมมาตรฐานเบื้องต้นสำหรับทรัพยากรที่ครอบคลุมทั้งสามพื้นที่หลัก : การทำนายผลพลังของการกลายพันธุ์ การออกแบบโปรตีน และโปรตีนการทำนายโครงสร้างแต่ละโปรโตคอลแบบทันสมัยที่เกี่ยวข้อง ด้วยความช่วยเหลือของกว้าง macromolecular แบบชุมชนเราหวังที่จะขยาย ความหลากหลายของมาตรฐานรวมอยู่ในเว็บไซต์และยังคงประเมินซ้ำใหม่ของวิธีการในปัจจุบันตามที่พวกเขากลายเป็นใช้ได้