3.2. SSU rRNA gene fragment analysi

3.2. SSU rRNA gene fragment analysis
PCR using primers based on conserved regions of microsporidian
SSU rRNA sequences listed at GenBank and DNA template from
microsporidian-infected P. monodon hepatopancreatic tissue
yielded an amplicon of 886 bp which was in the expected amplicon
range of approximately 900–1000 bp. After cloning and sequencing,
a fragment of 848 bp (excluding the primer sequences) was
subjected to a general BLASTn search that yielded hits only for
microsporidian sequence records. Top hits included Nucleospora
salmonis (AF185998) at 87% identity and E. bieneusi (GenBank
AF023245) at 86% identity. By contrast, sequence identity for A. penaei
(the causative agent of ‘cotton shrimp’ reported from P. monodon
in Thailand) was only 71%. In addition, the sequence identity
match between N. salmonis and E. bieneusi (from different genera in
the family Enterocytozoonidae) was 85%. These results indicated
that the 848 bp sequence from P. monodon was novel and approximately
equidistant from N. salmonis and E. bieneusi in terms of
identity difference. A subsequent CLUSTAL W alignment was carried
out and a phylogenetic tree was constructed with the optimal
criteria set for distance and using SSU rRNA gene sequences of
available microsporidians in the public database. The un-rooted

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.2. SSU rRNA ยีนส่วนวิเคราะห์PCR ที่ใช้ไพรเมอร์ตามภูมิภาคนำของ microsporidianSSU rRNA ลำดับที่ GenBank และดีเอ็นเอต้นแบบจากเนื้อเยื่อติดเชื้อ microsporidian P. monodon hepatopancreaticผลการ amplicon 886 bp ที่ใน amplicon ที่คาดไว้ช่วงประมาณ 900-1000 bp หลังจากการโคลน และการจัด ลำดับส่วนของ 848 คือ bp (ไม่รวมรองพื้น)การค้นหา BLASTn ทั่วไปที่ตอนฮิตเท่านั้นmicrosporidian ลำดับระเบียน นิยมรวม Nucleosporasalmonis (AF185998) ที่ตัว 87% และ E. bieneusi (GenBankAF023245) ที่ 86% ตน โดยคมชัด ลำดับรหัสประจำตัวสำหรับ A. penaei(ตัวแทนสาเหตุการ 'ฝ้ายกุ้ง' รายงานจาก P. monodonในประเทศไทย) เป็นเพียง 71% นอกจากนี้ ตัวลำดับตรงกันระหว่าง N. salmonis และ bieneusi E. (จากสกุลต่าง ๆ ในครอบครัว Enterocytozoonidae) ได้ 85% ผลลัพธ์เหล่านี้ระบุว่า ลำดับ bp 848 จาก P. monodon เป็นนวนิยาย และประมาณเท่าจาก N. salmonis และ bieneusi E. ในแง่ของรหัสประจำตัวความแตกต่างกัน ดำเนินการจัดตำแหน่ง CLUSTAL W ตามมาออกและการ phylogenetic ต้นไม้สร้าง ด้วยที่เหมาะสมเงื่อนไขการตั้งค่าระยะทางและการใช้ลำดับยีน SSU rRNA ของmicrosporidians มีอยู่ในฐานข้อมูลสาธารณะ รากไม่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.2 ซุ rRNA วิเคราะห์ยีนชิ้นส่วน
PCR โดยใช้ไพรเมอร์ขึ้นอยู่กับภูมิภาคอนุรักษ์ของ microsporidian
ลำดับซุ rRNA การระบุไว้ใน GenBank และแม่แบบดีเอ็นเอจาก
กุ้งกุลาดำเนื้อเยื่อ Hepatopancreatic microsporidian เชื้อ
ส่งผลให้ amplicon 886 bp ซึ่งอยู่ใน amplicon คาดว่า
ช่วงประมาณ 900-1000 BP หลังจากการโคลนและลำดับ
ส่วนของ BP 848 (ไม่รวมลำดับไพรเมอร์) ถูก
ยัดเยียดให้การค้นหาดังกล่าวหาทั่วไปที่ให้ผลฮิตเฉพาะสำหรับการ
บันทึกลำดับ microsporidian ยอดฮิตรวม Nucleospora
salmonis (AF185998) ที่บัตรประจำตัว 87% และ E. bieneusi (GenBank
AF023245) ที่บัตรประจำตัว 86% โดยคมชัดลำดับบัตรสำหรับเอ penaei
(สาเหตุเจ้าหน้าที่ของกุ้งฝ้าย 'รับรายงานจากกุ้งกุลาดำ
ในประเทศไทย) เป็นเพียง 71% นอกจากนี้ในลำดับบัตร
การแข่งขันระหว่าง salmonis เอ็นและ E. bieneusi (จากจำพวกแตกต่างกันใน
ครอบครัว Enterocytozoonidae) เป็น 85% ผลการศึกษานี้ชี้ให้เห็น
ว่าลำดับ 848 bp จากกุ้งกุลาดำเป็นนวนิยายและประมาณ
เท่ากันจาก salmonis เอ็นและ E. bieneusi ในแง่ของ
ความแตกต่างตัวตน ต่อมา Clustal W จัดตำแหน่งได้ดำเนินการ
ออกและต้นไม้สายวิวัฒนาการถูกสร้างขึ้นที่เหมาะสมกับ
เกณฑ์ที่กำหนดสำหรับระยะทางและการใช้ซุ rRNA ลำดับยีนของ
microsporidians ที่มีอยู่ในฐานข้อมูลสาธารณะ ยกเลิกการฝังราก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.2 . ซื่อ rRNA ยีนการวิเคราะห์ส่วนวิธี PCR โดยใช้ primers จากบริเวณอนุรักษ์ของไมโครสปอริเดียนซื่อ rRNA ลำดับไว้ที่ 5% และดีเอ็นเอแม่แบบจากไมโครสปอริเดียนที่ติดเชื้อ hepatopancreatic เนื้อเยื่อของกุ้งกุลาดำและให้ผลการของ 886 BP ซึ่งในความคาดหวังและช่วงประมาณ 900 - 1 , 000 BP . หลังจากการโคลนและจัดลำดับส่วน ของ 848 BP ( ไม่รวมรองพื้น ลำดับ ) คือต้องทั่วไป blastn ค้นหาให้ผลกระทบเท่านั้นไมโครสปอริเดียนลำดับระเบียน รวม nucleospora ยอดฮิตsalmonis ( af185998 ) ที่ตน bieneusi ( พบ 87 และ Eaf023245 ) ที่ 86% ของตัวตน โดยคมชัด , ลำดับ penaei เอกลักษณ์ .( ที่เป็นสาเหตุเจ้าหน้าที่ของ ' ฝ้าย ' รายงานจากกุ้งกุลาดำ กุ้งในไทยมีเพียง 71% นอกจากนี้ ตามลําดับ เอกลักษณ์การแข่งขันระหว่าง salmonis . . bieneusi ( จากสกุลต่าง ๆในenterocytozoonidae ครอบครัว ) 85 % ผลการทดลองว่าเธอมีลำดับจากกุ้งกุลาดำ เป็นนวนิยาย และประมาณจาก salmonis เท่ากัน . . bieneusi ในแง่ของความแตกต่างของตัวตน ตามมาจัดการ clustal Wและ phylogenetic ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นด้วยที่เหมาะสมเกณฑ์สำหรับระยะทางและใช้ซื่อ rRNA ยีน ลำดับของบริการ microsporidians ในฐานข้อมูลสาธารณะ ยูเอ็น ราก