Functional architecture of RNAPDesp

Functional architecture of RNAP

Despite a relatively low sequence identity, the two main types of multisubunit RNAP, exemplified by the Bacterial and Archaeal/eukaryotic enzymes, respectively, display an impressive degree of structural homology (Figure 4; homologous RNAP subunits are colour coded). The strictly conserved residues cluster around the RNAP active site (Figure 4, red circle) including the bridge (Figure 4, orange) and trigger helices, form the NTP entry pore and are involved in the handling of the template and nontemplate DNA- and RNA strands, or encode flexible motifs including the RNAP clamp (Figure 4, green circle) and the switch regions (Ruprich-Robert and Thuriaux, 2010). How does the active site of multisubunit RNAPs work? X-ray structures of the Bacterial and yeast enzymes have captured conformational intermediates of the NTP addition cycle that correspond to distinct functional states of RNAP, which in combination are the molecular basis for the physical translocation of RNAP along the template gene (Vassylyev et al., 2007a, Vassylyev et al., 2007b, Brueckner et al., 2009). Two structural motifs, the bridge and trigger helices, are crucial to the mechanism. The RNAP-DNA-RNA elongation complex is in equilibrium between pre- and post-translocated states, where the latter corresponds to the RNAP having moved one basepair in the downstream direction. The NTP substrate is inserted into the RNAP active site in the post-translocated 'preinsertion' state, the active site 'closes' by a structural rearrangement of the trigger motif from a loop to a helical structure, which results in the formation of a trihelix bundle with the bridge helix - the 'insertion' state. In this posttranslocated insertion state conformation the two Magnesium ions are ideally positioned and the active site is competent for catalysis, and a new phosphodiester bond is formed. Pyrophosphate leaves the active site, and the elongation complex is rendered in the pre-translocated state. Transition of the pre- into post-translocated state involves an 'opening' of the active site into the preinsertion state, i.e. a structural rearrangement of the trihelix bundle into trigger loop and bridge helix - ready for the subsequent NTP binding event and the next nucleotide addition cycle.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

งานสถาปัตยกรรมของ RNAPDespite a relatively low sequence identity, the two main types of multisubunit RNAP, exemplified by the Bacterial and Archaeal/eukaryotic enzymes, respectively, display an impressive degree of structural homology (Figure 4; homologous RNAP subunits are colour coded). The strictly conserved residues cluster around the RNAP active site (Figure 4, red circle) including the bridge (Figure 4, orange) and trigger helices, form the NTP entry pore and are involved in the handling of the template and nontemplate DNA- and RNA strands, or encode flexible motifs including the RNAP clamp (Figure 4, green circle) and the switch regions (Ruprich-Robert and Thuriaux, 2010). How does the active site of multisubunit RNAPs work? X-ray structures of the Bacterial and yeast enzymes have captured conformational intermediates of the NTP addition cycle that correspond to distinct functional states of RNAP, which in combination are the molecular basis for the physical translocation of RNAP along the template gene (Vassylyev et al., 2007a, Vassylyev et al., 2007b, Brueckner et al., 2009). Two structural motifs, the bridge and trigger helices, are crucial to the mechanism. The RNAP-DNA-RNA elongation complex is in equilibrium between pre- and post-translocated states, where the latter corresponds to the RNAP having moved one basepair in the downstream direction. The NTP substrate is inserted into the RNAP active site in the post-translocated 'preinsertion' state, the active site 'closes' by a structural rearrangement of the trigger motif from a loop to a helical structure, which results in the formation of a trihelix bundle with the bridge helix - the 'insertion' state. In this posttranslocated insertion state conformation the two Magnesium ions are ideally positioned and the active site is competent for catalysis, and a new phosphodiester bond is formed. Pyrophosphate leaves the active site, and the elongation complex is rendered in the pre-translocated state. Transition of the pre- into post-translocated state involves an 'opening' of the active site into the preinsertion state, i.e. a structural rearrangement of the trihelix bundle into trigger loop and bridge helix - ready for the subsequent NTP binding event and the next nucleotide addition cycle.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สถาปัตยกรรมการทำงานของ RNAP แม้จะมีตัวตนลำดับค่อนข้างต่ำสองประเภทหลักของ multisubunit RNAP สุดขั้วโดยแบคทีเรียและ Archaeal / เอนไซม์ยูคาริโอตามลำดับแสดงระดับที่น่าประทับใจของโครงสร้างที่คล้ายคลึงกัน (รูปที่ 4; หน่วยย่อย RNAP คล้ายคลึงกันเป็นรหัสสี) ตกค้างอนุรักษ์อย่างเคร่งครัดกลุ่มรอบใช้งานเว็บไซต์ RNAP (รูปที่ 4, วงกลมสีแดง) รวมทั้งสะพาน (รูปที่ 4, สีส้ม) และเอนริเก้เรียกรูปแบบรายการ NTP รูขุมขนและมีส่วนร่วมในการจัดการของแม่แบบและ DNA- nontemplate และ RNA เส้นหรือเข้ารหัสลวดลายที่มีความยืดหยุ่นรวมทั้งยึด RNAP (รูปที่ 4, วงกลมสีเขียว) และสวิทช์ภูมิภาค (Ruprich-โรเบิร์ตและ Thuriaux 2010) ใช้งานเว็บไซต์อย่างไรของ RNAPs multisubunit ทำงานอย่างไร โครงสร้าง X-ray ของเอนไซม์ของแบคทีเรียและยีสต์ได้จับตัวกลางโครงสร้างของวงจรนอกจาก NTP ที่สอดคล้องกับรัฐการทำงานที่แตกต่างของ RNAP ซึ่งในการรวมกันเป็นโมเลกุลพื้นฐานสำหรับการโยกย้ายทางกายภาพของ RNAP พร้อมแม่แบบยีน (Vassylyev และคณะ , 2007A, Vassylyev et al., 2007B, Brueckner et al., 2009) สองลวดลายโครงสร้างสะพานและเอนริเก้ทริกเกอร์มีความสำคัญต่อกลไก RNAP-ดีเอ็นเออาร์เอ็นเอที่ซับซ้อนการยืดตัวอยู่ในความสมดุลระหว่างรัฐก่อนและหลังการ translocated ที่สอดคล้องหลัง RNAP ต้องย้ายหนึ่ง basepair ในทิศทางปลายน้ำ พื้นผิว NTP ถูกแทรกเข้าไปใช้งานเว็บไซต์ RNAP ในการโพสต์ translocated 'preinsertion' รัฐใช้งานเว็บไซต์ 'ปิด' โดยสายใยโครงสร้างของบรรทัดฐานการเรียกจากวงไปยังโครงสร้างขดลวดซึ่งจะส่งผลในการก่อตัวของ trihelix มัดด้วยเกลียวสะพาน - 'แทรก' รัฐ ในรูปแบบรัฐแทรก posttranslocated นี้สองไอออนแมกนีเซียมอยู่ในตำแหน่งที่นึกคิดและเว็บไซต์ที่ใช้งานมีความสามารถสำหรับการเร่งปฏิกิริยาและพันธบัตร phosphodiester ใหม่จะถูกสร้างขึ้น pyrophosphate ใบใช้งานเว็บไซต์และการยืดตัวที่ซับซ้อนมีการแสดงในรัฐก่อน translocated การเปลี่ยนแปลงของก่อนเข้าสู่สถานะการโพสต์ translocated ที่เกี่ยวข้องกับการ 'เปิด' ของเว็บไซต์ที่ใช้งานอยู่ในสภาพ preinsertion คือสายใยโครงสร้างของ trihelix กำเป็นวงทริกเกอร์และเกลียวสะพาน - พร้อมสำหรับเหตุการณ์ NTP มีผลผูกพันตามมาและเบื่อหน่ายต่อไป วงจรนอกจากนี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

งานสถาปัตยกรรมของ rnap

แม้ตัวตนดับค่อนข้างต่ำ สองประเภทหลักของ multisubunit rnap exemplified โดยแบคทีเรีย , archaeal / เอนไซม์ , eukaryotic ตามลำดับ แสดงระดับที่น่าประทับใจของตัวโครงสร้าง ( รูปที่ 4 rnap ฟังก์ชันย่อยเป็นสีเขียน ) อย่างเคร่งครัดเพื่อตกค้างกลุ่มรอบ rnap ทีฟไซต์ ( รูปที่ 4วงกลมสีแดง ) รวมทั้งสะพาน ( รูปที่ 4 , ส้ม ) และเรียก helices แบบ ntp รายการรูขุมขนและมีส่วนร่วมในการจัดการแม่แบบ และ nontemplate ดีเอ็นเอ - อาร์เอ็นเอและเส้นหรือเข้ารหัสแบบยืดหยุ่น รวมทั้ง rnap หนีบ ( วงกลมรูปที่ 4 สีเขียว ) และสวิตช์ภูมิภาค ( ruprich โรเบิร์ตและ thuriaux , 2010 ) วิธีไม่ active site ของ multisubunit rnaps ทำงาน ?ด้วยโครงสร้างของเอนไซม์ที่แบคทีเรียและยีสต์ได้จับในตัวกลางของ NTP เพิ่มวงจรที่สอดคล้องกับการทำงานของ rnap แตกต่างรัฐ ซึ่งในการรวมกันเป็นโมเลกุลพื้นฐานสำหรับการเคลื่อนย้ายทางกายภาพของ rnap ตามแม่แบบจีน ( vassylyev et al . , 2007a vassylyev , et al . , 2007b บรู๊กเนอร์ , et al . , 2009 ) สองโครงสร้างลาย ,สะพาน และเรียก helices เป็นสำคัญในกลไก การ rnap-dna-rna ยืดยาวซับซ้อนอยู่ในสมดุลระหว่างก่อนและหลัง translocated สหรัฐอเมริกา ซึ่งหลังสอดคล้องกับ rnap ต้องย้ายหนึ่ง basepair ในทิศทางที่ปลายน้ำ NTP พื้นผิวจะถูกแทรกลงใน rnap การใช้งานเว็บไซต์ในการโพสต์ translocated ' preinsertion ' รัฐไซต์งานปิด ' ' โดยโครงสร้างใหม่ของทริกเกอร์แม่ลายจากห่วงโครงสร้างเกลียว , ซึ่งผลในการก่อตัวของกลุ่ม trihelix กับสะพาน Helix - ' แทรก ' รัฐ ในนี้ posttranslocated แทรกสภาพโครงสร้างสองแมกนีเซียมไอออนมีความนึกคิดที่วาง และเว็บไซต์ที่ใช้งานความสามารถในการเร่งปฏิกิริยาโดยฟ โฟไดเ เตอร์และพันธบัตรใหม่จะถูกสร้างขึ้น พบใบ active site และการยืดตัวที่ซับซ้อนจะแสดงผลในรัฐ translocated ก่อน การเปลี่ยนแปลงของ pre - เข้ามาในกระทู้ translocated รัฐเกี่ยวข้องกับการ ' เปิด ' ในการใช้งานเว็บไซต์ใน preinsertion รัฐ ได้แก่โครงสร้างใหม่ของ trihelix มัดเป็นวงและเรียกสะพาน Helix - พร้อมตามมา NTP ผูกเหตุการณ์และลำดับเบสและอีกรอบ