สาเหตุหลักที่ทำให้เชื้อดื้อยาปฏิชีวนะง่ายขึ้นเกิดจาก
1.การใช้ยาปฏิชีวนะในโรคที่ไม่จำเป็นต้องใช้ เช่น โรคหวัด และท้องเสีย ซึ่งเกือบทั้งหมดเกิดจากเชื้อไวรัสไม่ใช่แบคทีเรีย ยาปฏิชีวนะจึงไม่มีประโยชน์ในโรคเหล่านี้
2.การเลือกใช้ยาที่ไม่เหมาะสมกับเชื้อแบคทีเรีย เนื่องจากยาปฏิชีวนะมีหลายชนิด และแต่ละชนิดจะเหมาะกับการใช้รักษาโรคติดเชื้อแบคทีเรียที่ต่างกัน
3.ประชาชนไม่เข้าใจเกี่ยวกับโรค และยาปฏิชีวนะ ทำให้กังวลหรือใจร้อน รีบหายาปฏิชีวนะมารับประทาน เปลี่ยนยากินบ่อย หรือกินไม่ครบขนาดตามที่แพทย์สั่ง