broad use. In our study, we could d

broad use. In our study, we could detect around 68% of the experimentally defined TFBSs in conserved segments (at 65% relative matrix score threshold; see Figure 2). This differs slightly from the outcome of a study of conservation
properties proximal to TFBSs [29], which indicated that only around 50% of sites are situated in conserved regions. There are several key factors that may account for this difference. The procedures for defining the collections were different. For
by a stringent similarity threshold (> 80% identity over 40 bp). There was no exclusion of pseudogenes or paralogous genes indicated in the previous study, which would result in decreased sensitivity due to the erroneous application of phylogenetic footprinting to genes evolving under distinct evolutionary pressures.
While the work presented here focuses on mammalian sequence comparisons, there is no limitation within the ConSite system precluding studies of other organisms (the ConSite website includes samples with insect and nematode sequences). In the future it will be important to develop methods capable of analyzing multiple genomic sequences in parallel, but this is a

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กว้างใช้ ในการศึกษาของเรา เราสามารถตรวจพบประมาณ 68% ของ TFBSs experimentally กำหนดไว้ในส่วนนำ (ที่ขีดจำกัดเมตริกซ์สัมพัทธ์ 65% คะแนน ดูรูปที่ 2) นี้แตกต่างเล็กน้อยจากผลการศึกษาการอนุรักษ์proximal เพื่อ TFBSs [29], ซึ่งระบุว่า เพียงประมาณ 50% ของอเมริกาอยู่ใน คุณสมบัติอยู่ภูมิภาค มีปัจจัยสำคัญหลายที่สามารถบัญชีสำหรับความแตกต่างนี้ ขั้นตอนการกำหนดคอลเลกชันแตกต่างกัน สำหรับ โดยจำกัดมิใช่น้อยเข้มข้น (> 80% ประจำ 40 กว่า bp) Pseudogenes หรือยีน paralogous ที่ระบุไว้ในการศึกษาก่อนหน้านี้ ซึ่งจะทำให้ความไวลดลงเนื่องจากโปรแกรมประยุกต์มีข้อผิดพลาดของ phylogenetic footprinting ยีนพัฒนาภายใต้ความดันวิวัฒนาการที่แตกต่าง กันไม่ได้ ในขณะที่งานนำเสนอที่นี่เน้นตามการเปรียบเทียบลำดับ mammalian มีไม่จำกัดภายในระบบ ConSite precluding ศึกษาสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ (เว็บไซต์ ConSite รวมตัวอย่างแมลงและลำดับนีมาโทดา) ในอนาคตจะต้องพัฒนาวิธีการวิเคราะห์ลำดับ genomic หลายขนานสามารถ แต่นี้เป็นการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การใช้งานในวงกว้าง ในการศึกษาของเราเราสามารถตรวจสอบรอบ ๆ 68% ของที่กำหนดไว้ทดลอง TFBSs ในส่วนป่าสงวน (ที่ 65% เกณฑ์คะแนนเมทริกซ์ญาติดูรูปที่ 2) ซึ่งแตกต่างเล็กน้อยจากผลการศึกษาของการอนุรักษ์
คุณสมบัติใกล้เคียงที่จะ TFBSs [29] ซึ่งแสดงให้เห็นว่ามีเพียงประมาณ 50% ของเว็บไซต์ที่ตั้งอยู่ในภูมิภาคอนุรักษ์ มีปัจจัยสำคัญหลายประการที่อาจบัญชีสำหรับความแตกต่างนี้ ขั้นตอนสำหรับการกำหนดคอลเลกชันที่แตกต่างกัน สำหรับ
โดยเกณฑ์ที่คล้ายคลึงกันที่เข้มงวด (> ตัวตน 80% ในช่วง 40 bp) มีการยกเว้นไม่ปลอมหรือยีน paralogous ที่ระบุไว้ในการศึกษาก่อนหน้านี้ซึ่งจะส่งผลในความไวลดลงเนื่องจากการประยุกต์ใช้ที่ผิดพลาดของ footprinting สายวิวัฒนาการยีนการพัฒนาภายใต้แรงกดดันของวิวัฒนาการที่แตกต่างกัน.
ในขณะที่การทำงานที่นำเสนอนี้มุ่งเน้นไปที่การเปรียบเทียบลำดับเลี้ยงลูกด้วยนมที่มี ไม่มีข้อ จำกัด ในระบบ ConSite precluding การศึกษาของสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ (รวมถึงเว็บไซต์ ConSite ตัวอย่างวนเวียนอยู่กับแมลงและไส้เดือนฝอย) ในอนาคตมันจะเป็นสิ่งสำคัญที่จะพัฒนาวิธีการที่มีความสามารถในการวิเคราะห์ลำดับจีโนมหลายขนาน แต่นี้เป็น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ใช้ในวงกว้าง ในการศึกษาของเรา เราสามารถตรวจสอบประมาณ 68% ของการทดลองที่กำหนดไว้ tfbss ในกลุ่มอนุรักษ์ ( ที่ 65 % เกณฑ์ ; เทียบคะแนนเมทริกซ์ ดูรูปที่ 2 ) นี้แตกต่างเล็กน้อยจากผลของการศึกษา อนุรักษ์ คุณสมบัติใกล้เคียงกับ tfbss
[ 29 ] ซึ่งพบว่าประมาณ 50% ของเว็บไซต์ตั้งอยู่ในบริเวณอนุรักษ์ .มีหลายปัจจัยที่สำคัญที่อาจบัญชีสำหรับความแตกต่างนี้ ขั้นตอนสำหรับการกำหนดคอลเลกชันที่แตกต่างกัน โดยเกณฑ์ที่เข้มงวดสำหรับ
ความเหมือน ( > 80% เอกลักษณ์กว่า 40 BP ) ไม่มีการยกเว้น pseudogenes หรือ paralogous ยีนที่พบในการศึกษาก่อนหน้าซึ่งจะส่งผลในการลดความไวเนื่องจากการผิดพลาดของยีนที่แตกต่างกัน ซึ่ง footprinting พัฒนาภายใต้แรงกดดันทางวิวัฒนาการ .
ในขณะที่ผลงานที่นี่เน้นเฉพาะการเปรียบเทียบลำดับ ไม่มีข้อจำกัดในระบบ consite เลศึกษาสิ่งมีชีวิตอื่น ( เว็บไซต์ consite รวมถึงตัวอย่างแมลงและไส้เดือนฝอย ลำดับ )ในอนาคตมันจะเป็นสิ่งสำคัญที่จะพัฒนาวิธีการสามารถวิเคราะห์จีโนมลำดับหลายขนาน แต่นี่คือ