Figure 1. 16S rRNA gene TRFLP profi

Figure 1. 16S rRNA gene TRFLP profiles from respirable aerosols of four US cities. Such profiles can be used to assess major features, variability and large changes across local, geographic and temporal scales. When calibrated using sequenced clone libraries from the same samples, the profiles can be used to monitor the dominant bacterial genera in urban air samples. In addition to each major terminal restriction fragment (TRF; for which sequenced clones having that predicted restriction site were obtained), the percentage total fluorescence for that TRF, the percentage of sequenced clones in a 100-member 16S rRNA gene library having that predicted restriction site, and the bacterial genera representing that TRF are shown. The calibrated profiles show that bacterial composition in three of the four cities was dominated by Bacillus species. In contrast, Seattle aerosols were dominated by plant pollen as indicated by chloroplast genes. Ba, Bacillus; Th,Thermoactinomyces; Pa, Paenibacillus; Br,Bradyrhizobium; Oc, Ochrobactrum; Ch, chloroplast rRNA genes from plant pollen.
Hybridization arrays are highly parallel — being capable of simultaneously and sensitively detecting many bacterial species in a single sample. Recent reviews highlight the strengths and weaknesses of hybridization assay technology applied to environmental detection [31• and 32]. In a study by DeSantis and colleagues [33], an Affymetrix 16S rRNA oligonucleotide hybridization chip was used to assess the bacterial composition in an aerosol sample. The authors showed that the number of OTUs (operational taxonomic units; in this reference sequences differing by less than 3% across 1400 bp of 16S rRNA sequence) detected in an air sample was much higher using the hybridization assay than by generating a 253 member sequenced clone library from the same sample. The sequenced clone library approach individually scores each sequence and is consequently very sensitive to the relative abundance of sequence types in the sample. By contrast, the parallel assay provided by the hybridization chip improves measures of species richness, but does not provide information on species abundance distribution. Hybridization assays are limited to the detection of species that have already been identified (for which we know the DNA sequence in targeted genes) and that are included in the original design of arrayed oligonucleotides. This affects the ability to discriminate and correctly identify sequences in complex, undefined mixtures where novel organisms are likely to be present. Strategies using thermal disassociation [34] and allele specific primer extension are being used in attempts to improve the specificity of hybridization arrays.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รูปที่ 1 16S rRNA ยีน TRFLP โปรไฟล์จากปริมาณฝุ่นละอองของสี่เมือง ส่วนกำหนดค่าดังกล่าวสามารถใช้เพื่อประเมินคุณสมบัติสำคัญ ความแปรปรวน และการเปลี่ยนแปลงขนาดใหญ่ในระดับท้องถิ่น ภูมิศาสตร์ และกาลเวลา เมื่อปรับใช้ไลบรารีตามลำดับโคลนจากตัวอย่างเดียวกัน สามารถใช้ส่วนกำหนดค่าเพื่อตรวจสอบสกุลแบคทีเรียโดดเด่นในตัวอย่างอากาศในเมือง นอกจากพืชหลักเทอร์มินัลจำกัด (TRF ได้รับโคลนตามลำดับมีไซต์จำกัดคาดการณ์), เรืองแสงรวมเปอร์เซ็นต์สำหรับที่เมธี เปอร์เซ็นต์ของเรียงลำดับโคลนใน 100 สมาชิก 16S rRNA ยีนไลบรารีมีไซต์จำกัดคาดการณ์ และจำพวกแบคทีเรียที่แสดงเมธีที่แสดงนั้น โพรไฟล์เทียบแสดงว่า องค์ประกอบของแบคทีเรียในสามสี่เมืองถูกครอบงำ โดยสายพันธุ์บาซิลลัส ตรงกันข้าม สเปรย์ซีแอตเทิลถูกครอบงำ โดยเกสรพืชตามที่ระบุ โดยยีนในคลอโรพลาสต์ Ba บาซิลลัส Th, Thermoactinomyces Pa, Paenibacillus Br, Bradyrhizobium Oc, Ochrobactrum Ch คลอโรพลาสต์ rRNA ยีนจากพืชเกสรแถว hybridization คือขนานสูง — ไม่สามารถน้ำ และพร้อมกันตรวจหาแบคทีเรียหลายชนิดในตัวอย่างเดียวกัน รีวิวล่าสุดเน้นจุดแข็งและจุดอ่อนของ hybridization ทดสอบเทคโนโลยีที่ใช้ตรวจสิ่งแวดล้อม [31• 32] ในการศึกษาโดย DeSantis และเพื่อนร่วมงาน [33], การ Affymetrix 16S rRNA oligonucleotide hybridization ชิถูกใช้เพื่อประเมินส่วนประกอบแบคทีเรียในตัวอย่างขวดสเปรย์ ผู้เขียนพบว่าจำนวน OTUs (หน่วยอนุกรมวิธานที่ปฏิบัติงาน ในลำดับนี้อ้างอิงที่แตกต่างกัน โดยน้อยกว่า 3% ใน bp 1400 ของ 16S rRNA ลำดับ) ตรวจพบในตัวอย่างอากาศมากขึ้นใช้ทดสอบ hybridization กว่า โดยการสร้างห้องสมุดสมาชิก 253 โคลนตามลำดับจากตัวอย่างเดียวกัน ไลบรารีวิธีการโคลนตามลำดับแต่ละลำดับคะแนนรายบุคคล และจึงสำคัญมากเพื่อความอุดมสมบูรณ์ญาติลำดับชนิดในตัวอย่าง โดยคมชัด ทดสอบการขนานโดยชิ hybridization ปรับปรุงมาตรการของสายพันธุ์ความอุดมสมบูรณ์ แต่ไม่มีข้อมูลเกี่ยวกับสายพันธุ์ความอุดมสมบูรณ์การกระจาย Hybridization assays จำกัดเพื่อตรวจหาสายพันธุ์ที่ได้รับการระบุแล้ว (ซึ่งเรารู้ว่าลำดับดีเอ็นเอในยีนเป้าหมาย) และที่รวมอยู่ในการออกแบบ oligonucleotides ที่ใส่เสื้อผ้าเดิม นี้มีผลต่อความสามารถในการแยกแยะ และระบุลำดับในซับซ้อน ไม่ได้กำหนดส่วนผสมจะนำเสนอนวนิยายชีวิตอย่างถูกต้อง มีการใช้กลยุทธ์โดยใช้ความร้อนแยกสัมพันธ์ [34] และอัลลีลรองพื้นเฉพาะส่วนขยายในความพยายามเพื่อปรับปรุงความจำเพาะของอาร์เรย์ hybridization

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

รูปที่ 1 16S rRNA โปรไฟล์ยีน TRFLP จากละอองทางเดินหายใจในสี่เมืองของสหรัฐ โปรไฟล์ดังกล่าวสามารถนำมาใช้ในการประเมินคุณสมบัติที่สำคัญแปรปรวนและการเปลี่ยนแปลงขนาดใหญ่ในเครื่องชั่งท้องถิ่นทางภูมิศาสตร์และชั่วขณะ เมื่อการสอบเทียบการใช้ไลบรารีโคลนติดใจจากตัวอย่างเดียวกันโปรไฟล์สามารถนำมาใช้ในการตรวจสอบจำพวกแบคทีเรียที่โดดเด่นในตัวอย่างอากาศในเมือง นอกเหนือจากการที่สำคัญในแต่ละชิ้นส่วนขั้วข้อ จำกัด (สกว; ที่ติดใจโคลนที่มีเว็บไซต์ที่คาดคะเนข้อ จำกัด ที่ได้รับ) ร้อยละเรืองแสงรวมสำหรับสกวว่าร้อยละของโคลนติดใจใน 100 สมาชิกห้องสมุดยีน 16S rRNA ที่มีข้อ จำกัด ที่คาดการณ์ไว้ สถานที่และจำพวกแบคทีเรียที่เป็นตัวแทนของสกวที่แสดง โปรไฟล์สอบเทียบแสดงให้เห็นว่าองค์ประกอบของแบคทีเรียในสามในสี่เมืองถูกครอบงำโดยสายพันธุ์ Bacillus ในทางตรงกันข้ามละอองซีแอตเติถูกครอบงำโดยเกสรพืชตามที่ระบุโดยยีน chloroplast บริติชแอร์เวย์, Bacillus; TH, Thermoactinomyces; PA, Paenibacillus; Br, Bradyrhizobium; องศา Ochrobactrum; บริษัท ช. การยีน chloroplast rRNA จากพืชเกสร
อาร์เรย์ผสมพันธุ์ขนานสูง - ความสามารถของละม่อมพร้อมกันและการตรวจหาแบคทีเรียสายพันธุ์จำนวนมากในตัวอย่างเดียว ความคิดเห็นล่าสุดเน้นจุดแข็งและจุดอ่อนของเทคโนโลยีไฮบริทดสอบนำไปใช้กับการตรวจสอบด้านสิ่งแวดล้อม [31 • 32] ในการศึกษาโดย DeSantis และเพื่อนร่วมงาน [33], ชิป oligonucleotide ผสมพันธุ์ Affymetrix 16S rRNA ถูกใช้ในการประเมินองค์ประกอบของแบคทีเรียในตัวอย่างละออง ผู้เขียนพบว่าจำนวนของ Otus (หน่วยอนุกรมวิธานการปฏิบัติงานในการอ้างอิงนี้ลำดับที่แตกต่างกันโดยน้อยกว่า 3% ทั่ว 1400 BP ของลำดับ 16S rRNA) ตรวจพบในตัวอย่างอากาศที่สูงขึ้นมากโดยใช้การทดสอบการผสมพันธุ์กว่าโดยการสร้างสมาชิก 253 ติดใจ ห้องสมุดโคลนจากตัวอย่างเดียวกัน โคลนวิธีห้องสมุดติดใจไม่ซ้ำกันในแต่ละลำดับคะแนนและเป็นจึงมีความสำคัญมากกับความอุดมสมบูรณ์ของประเภทลำดับในกลุ่มตัวอย่าง ในทางตรงกันข้ามการทดสอบคู่ขนานให้โดยชิปผสมพันธุ์ปรับปรุงมาตรการของสายพันธุ์ที่ร่ำรวย แต่ไม่ได้ให้ข้อมูลเกี่ยวกับการกระจายความอุดมสมบูรณ์ชนิด ชุดตรวจการผสมพันธุ์จะถูก จำกัด ให้การตรวจสอบของสายพันธุ์ที่ได้รับการระบุอยู่แล้ว (ซึ่งเรารู้ว่าลำดับดีเอ็นเอในยีนที่กำหนดเป้าหมาย) และที่มีอยู่ในการออกแบบเดิมของ oligonucleotides รบ นี้มีผลต่อความสามารถในการแยกแยะและถูกต้องระบุลำดับที่ซับซ้อนผสมไม่ได้กำหนดที่มีชีวิตนวนิยายมีแนวโน้มที่จะนำเสนอ กลยุทธ์การใช้โจษจันความร้อน [34] และอัลลีลขยายไพรเมอร์ที่เฉพาะเจาะจงที่ถูกนำมาใช้ในความพยายามที่จะปรับปรุงความจำเพาะของอาร์เรย์ผสมพันธุ์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

รูปที่ 1 เบส 16S rRNA ยีน trflp โปรไฟล์จากการหายใจ ละอองลอยจากสี่เมืองสหรัฐอเมริกา รูปแบบดังกล่าวสามารถใช้ในการประเมินคุณลักษณะหลัก แปรปรวนและการเปลี่ยนแปลงขนาดใหญ่ในประเทศ ทางภูมิศาสตร์และเวลาตาชั่ง เมื่อเทียบการใช้ยีนจากโคลนห้องสมุดตัวอย่างเดียวกันโปรไฟล์สามารถใช้ตรวจสอบเด่นแบคทีเรียสกุลในตัวอย่างอากาศในเมือง นอกจากนี้แต่ละสาขาเทอร์มินอลจำกัดจำเพาะ ( TRF ; ซึ่งทำการโคลนมีไม่มีเว็บไซต์ข้อ จำกัด ที่ได้รับเปอร์เซ็นต์ทั้งหมดเรืองแสงที่สกว. , ร้อยละของโคลนในลำดับเบส 16S rRNA ยีน 100 สมาชิกห้องสมุดมีเว็บไซต์ข้อ จำกัด ที่คาดการณ์ไว้ และแบคทีเรียสกุลแทนว่า สกว. จะแสดง การปรับรูปแบบแสดงองค์ประกอบที่แบคทีเรียในสามสี่เมืองที่ถูกครอบงำโดย Bacillus สายพันธุ์ ในทางตรงกันข้าม , ซีแอตเทิละอองลอยเป็น dominated โดยพืชเกสร ( คลอยีน BA , Bacillus ; th , thermoactinomyces ; PA paenibacillus ; ห้องนอน , ถั่วเหลือง ; OC ochrobactrum ; Ch , คลอ rRNA ยีนจากเกสรของพืชเซเรย์จะสูงขนาน - มีความสามารถพร้อมกันและ sensitively ตรวจหาชนิดแบคทีเรียมากมายในตัวอย่างเดียว บทวิจารณ์ล่าสุดเน้นจุดแข็งและจุดอ่อนของเทคโนโลยีการทดสอบ ( ใช้กับการตรวจสอบสิ่งแวดล้อม 31 - [ 32 ] ในการศึกษาโดย desantis และเพื่อนร่วมงาน [ 33 ] , affymetrix 16S rRNA ซึ่งทำชิปที่ใช้ประเมินองค์ประกอบของแบคทีเรียในตัวอย่าง ผู้เขียนพบว่าตัวเลขใน ( ) ทางหน่วย ในการอ้างอิงลำดับต่างกันน้อยกว่า 3% ของ 16S rRNA ลำดับเบสใน 1400 ) ที่ตรวจพบในตัวอย่างอากาศกำลังสูงมากใช้เบสมากกว่า โดยการใช้ลำดับ 253 สมาชิกโคลนห้องสมุดจากตัวอย่างเดียวกัน การโคลนจากห้องสมุดยีนแบบคะแนนแต่ละลำดับและจึงอ่อนไหวกับความชุกชุมสัมพัทธ์ของลำดับชนิดในตัวอย่าง โดยทางคู่ขนาน ) โดยชิปเพิ่มมาตรการของความร่ำรวยของชนิดเบส แต่ไม่ได้ให้ข้อมูลเกี่ยวกับชนิดมากมายกระจาย ( หรือจะ จำกัด การตรวจหาชนิดที่ถูกระบุ ( ซึ่งเราทราบลําดับดีเอ็นเอในยีนเป้าหมาย ) และจะรวมอยู่ในการออกแบบเดิมของนุ่งห่มโอลิโกนิวคลีโอไทด์ . มีผลต่อความสามารถในการแยกแยะและถูกต้องระบุลำดับในซับซ้อนผสม God ที่สิ่งมีชีวิตใหม่มีแนวโน้มที่จะนำเสนอ กลยุทธ์การใช้ความร้อนโจษจัน [ 34 ] และส่งเสริมเฉพาะอัลลีลไพรเมอร์ถูกใช้ในความพยายามที่จะเพิ่มความจำเพาะของเซอาร์เรย์ .