2.4. Pulsed field gel electrophores

2.4. Pulsed field gel electrophoresis
Following standard protocols (Centers for Disease
Control and Prevention, 2004a,2004b), C. jejuni or Salmonella
spp. isolates were grown on tryptic soy agar with 5%
defibrinated sheep blood (Becton Dickinson, Sparks, MD)
overnight, respectively, at 42 1C micro-aerobically or 37 1C
aerobically. Cells were suspended in phosphate-buffered
saline (pH 7.2) for Campylobacter or Tris–EDTA (TE) buffer
(pH 8.0) for Salmonella. The cell suspensions were adjusted
to an optical density within 1.7–1.8 for Campylobacter or
2.2–2.3 for Salmonella using a spectrophotometer (UV
mini-1240, Shimadzu, Kyoto, Japan) at 610 nm. An aliquot
of each cell suspension was mixed with proteinase K
Table 1
Occurrences of pathogens in small ruminants.
Location Pathogen Year 1 Year 2 Totala
VA Spring (n¼83) Autumn (n¼68) Spring (n¼71) Autumn (n¼71)
C. jejuni
week 2 1 (0)b 14 (0) 1 (0) 0 (0) 16 (0)
week 4 1 (1) 5 (9) 1 (0) 0 (0) 9 (10)
week 6 2 (1) 1 (13) 1 (0) 0 (0) 4 (14)
week 8 0 (2) 3 (11) 2 (2) 0 (0) 5 (15)
Salmonella
week 2 0 (0) 0 (0) 0 (0) 1 (0) 1 (0)
week 4 0 (0) 0 (0) 1 (0) 1 (0) 2 (0)
week 6 3 (0) 0 (0) 2 (0) 0 (0) 5 (0)
week 8 1 (0) 0 (0) 3 (1) 0 (0) 4 (1)
Year 1 Year 2
MD Autumn (n¼87) Spring (n¼101) Autumn (n¼103) Spring (n¼105)
C. jejuni
week 2 2 (0) 15 (0) 3 (0) 0 (0) 20 (0)
week 4 1 (2) 7 (12) 0 (2) 0 (0) 8 (16)
week 6 0 (2) 0 (10) 1 (2) 0 (0) 1 (14)
week 8 0 (1) 1 (9) 0 (2) 0 (0) 1 (12)
Salmonella
week 2 2 (0) 1 (0) 2 (0) 0 (0) 5 (0)
week 4 2 (0) 1 (0) 0 (0) 0 (0) 3 (0)
week 6 1 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0) 1 (0)
week 8 0 (0) 2 (0) 1 (0) 0 (0) 2 (0)
a Spring 07' to autumn 08’ for VA (total n¼293) and autumn 07' to spring 09' for MD (total n¼396). Animals screened negative at week zero were
pastured for the study. b Number of new positive animals followed by number of repeat positive animals in the parenthesis.
S. Pao et al. / Livestock Science 160 (2014) 163–171 165
(Fisher Scientific, Fair Lawn, NJ) before mixing with melted
1.0% Seakem Gold agarose (SKG, Lonza, Rockland, ME)
containing sodium dodecyl sulfate in TE buffer. The mixture
was dispensed immediately into one of the wells of a
plug mold (Bio-Rad, Hercules, CA). Each of the solidified
plugs was transferred to a conical tube (Becton Dickinson)
containing cell lysis buffer (TE buffer, 1% sarcosyl, and
0.1 mg/ml proteinase K). After lysis for 30 min at 57 1C in
an incubator with shaking at 100 rpm, the plugs were
washed with ultrapure water and TE buffer. A 2-mm wide
slice from each plug was then cut and incubated firstly at
37 1C for 5 min with 1 restriction buffer solution (Fisher
Scientific), secondly at 37 1C for 90 min with a restriction
enzyme mixture containing 40 U of SmaI (Fisher Scientific)
for Campylobacter or 50 U of XbaI for Salmonella, and
finally at 24 1C for 5 min with 0.5 Tris-Borate-EDTA
(TBE; from a 10 stock, Fisher Scientific). The plug slices
were then adhered with freshly made 1% SKG agarose gel
on a gel mold comb. A plug slice made from Salmonella
Braenderup (BAA-664, ATCC, Manassas, VA) was also
loaded to the gel comb and used as a marker. Electrophoresis
was conducted using a CHEF Mapper (Bio-Rad) at
6 V/cm and a 1201 angle, with an initial switch time of
2.16 s or 6.76 s and a final switch time of 35.38 s or 63.8 s,
respectively, for Campylobacter or Salmonella. The switch
time values were set using the auto algorithm function to
better separate fragments in the 50–400 kb range for
Campylobacter and in the 30–700 kb range for Salmonella.
Each gel was electrophoresed in 0.5 TBE for about 18 h
before staining with SYBR Green (SYBR Green I Nucleic
acid gel stain, Lonza). The band patterns of each stained gel
were observed under UV illumination, recorded using EC3
Imaging System with OptiChemi HR Camera (UVP, Upland,
CA), and analyzed using VisionWorksLS image acquisition
and analysis software (version 6.4.3, UVP).
2.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.4. พัลฟิลด์เจล electrophoresisโพรโทคอลมาตรฐาน (ศูนย์ควบคุมโรคต่อไปนี้ควบคุมและการป้องกัน 2004a, 2004b), C. jejuni หรือสายโอแยกถูกปลูกใน agar tryptic ถั่วเหลือง 5%defibrinated เลือดแกะ (Becton สัน สปาร์ค MD)นอน ตามลำดับ ที่ 42 1C ไมโคร aerobically หรือ 37 1Caerobically เซลล์ถูกหยุดชั่วคราวใน buffered ฟอสเฟตน้ำเกลือ (pH 7.2) สำหรับบัฟเฟอร์ Campylobacter หรือตรี – EDTA (TE)(pH 8.0) สำหรับสายนี้ บริการเซลล์ถูกปรับปรุงจะมีความหนาแน่นออปติคอลภายใน 1.7 – 1.8 สำหรับ Campylobacter หรือ2.2-2.3 สำหรับสายที่ใช้กับเครื่องทดสอบกรดด่าง (UVมินิ-1240, Shimadzu เกียวโต ญี่ปุ่น) ที่ 610 nm ส่วนลงตัวของแต่ละเซลล์ ระงับถูกผสม ด้วย proteinase Kตารางที่ 1การเกิดของโรคใน ruminants เล็กสถานศึกษาปี 1 ปี 2 Totalaใบไม้ร่วงฤดูใบไม้ผลิ VA (n¼83) (n¼68) ฤดูใบไม้ร่วงฤดูใบไม้ผลิ (n¼71) (n¼71)C. jejuniสัปดาห์ 2 1 (0) บี 14 (0) 1 (0) 0 (0) 16 (0)สัปดาห์ 4 1 (1) 5 (9) 1 (0) 0 (0) (10) 9สัปดาห์ 6 2 (1) 1 (13) 1 (0) 0 (0) 4 (14)สัปดาห์ 8 0 (2) 3 (11) 2 (2) (0) 0 5 (15)สายสัปดาห์ 2 0 (0) 0 (0) 0 (0) 1 (0) 1 (0)สัปดาห์ที่ 4 (0) 0 0 (0) 1 (0) 1 (0) 2 (0)สัปดาห์ที่ 3 6 (0) 0 (0) 2 (0) 0 (0) 5 (0)สัปดาห์ 8 1 (0) 0 (0) 3 (1) 0 (0) 4 (1)ปี 1 ปี 2ใบไม้ผลิฤดูใบไม้ร่วง MD (n¼87) (n¼101) ฤดูใบไม้ผลิฤดูใบไม้ร่วง (n¼103) (n¼105)C. jejuniสัปดาห์ 2 2 (0) 15 (0) 3 (0) 0 (0) 20 (0)สัปดาห์ 4 1 2 7 (12) (2) 0 0 (0) 8 (16)สัปดาห์ที่ 6 0 (2) (10) 0 1 2 0 (0) 1 (14)สัปดาห์ 8 0 (1) (9) 1 0 2 0 (0) 1 (12)สายสัปดาห์ 2 2 (0) 1 (0) 2 (0) 0 (0) 5 (0)สัปดาห์ 4 2 (0) 1 (0) 0 (0) 0 (0) 3 (0)สัปดาห์ 6 1 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0) 1 (0)สัปดาห์ 8 0 (0) 2 (0) 1 (0) 0 (0) 2 (0)มีสปริง 07' ไปร่วง 08' VA (รวม n¼293) และฤดูใบไม้ร่วง 07' กับสปริง 09' สำหรับ MD (รวม n¼396) สัตว์ฉายลบที่สัปดาห์ที่ศูนย์ได้pastured การศึกษา ขจำนวนสัตว์บวกใหม่ตามจำนวนซ้ำสัตว์บวกในวงเล็บS. เป้า et al. / ปศุสัตว์วิทยาศาสตร์ 160 (2014) 163 – 171 165(Fisher วิทยาศาสตร์ งานสนามหญ้า NJ) นำมาผสมหลอม1.0% agarose ทอง Seakem (SKG, Lonza, Rockland, ME)มีซัลเฟต dodecyl โซเดียมในบัฟเฟอร์ TE ส่วนผสมมีคำทันทีเป็นบ่อของการต่อแม่พิมพ์ (Bio Rad เฮอร์คิวลิส แคลิฟอร์เนีย) แต่ละที่ solidifiedปลั๊กถูกถ่ายโอนไปท่อทรงกรวย (Becton สัน)มีเซลล์ lysis บัฟเฟอร์ (บัฟเฟอร์ TE, sarcosyl 1% และ0.1 mg/ml proteinase K) หลังจาก lysis ใน 30 นาทีที่ 57 1C ในบ่มเพาะวิสาหกิจที่ มีการสั่นที่ 100 rpm ปลั๊กถูกล้าง ด้วยน้ำ ultrapure และบัฟเฟอร์ TE กว้าง 2 มม.จากปลั๊กแต่ละชิ้นถูกตัด แล้ว incubated แรกที่37 โซลูชัน (Fisher บัฟเฟอร์ 1C สำหรับ 5 นาทีกับข้อจำกัดที่ 1วิทยาศาสตร์), ประการที่สองที่ 1C 37 ใน 90 นาทีกับข้อจำกัดผสมเอนไซม์ประกอบด้วย 40 U ของ SmaI (Fisher วิทยาศาสตร์)Campylobacter หรือ 50 U XbaI ในสาย และสุดท้ายที่ 1C 24 สำหรับ 5 นาทีกับ 0.5 ตรี-Borate-EDTA(TBE จาก หุ้น 10 วิทยาศาสตร์ Fisher) ชิ้นต่อได้ปฏิบัติตามแล้ว ด้วยเจล agarose SKG 1% ทำสดใหม่บนหวีแม่เจ ชิ้นเสียบที่ทำจากสายBraenderup (บา-664, ATCC มานาสซาส VA) ยังเป็นโหลดไปหวีเจล และใช้เป็นเครื่องหมาย Electrophoresisวิธีการใช้แมปเปอร์เชฟ (ไบ-Rad) ที่V 6 ซม.และมุม 1201 เวลาการสวิตช์เริ่มต้นของ2.16 s หรือ 6.76 s และเวลาสลับสุดท้ายของ 35.38 s หรือ 63.8 sสำหรับ Campylobacter หรือสายตามลำดับ สวิตช์ค่าเวลาถูกตั้งค่าโดยใช้ฟังก์ชันอัลกอริทึมโดยอัตโนมัติแยกดีแยกส่วนในช่วง 50 – 400 kbCampylobacter ในช่วง 30-700 kb สำหรับสายนี้เจลแต่ละถูก electrophoresed ใน TBE 0.5 สำหรับประมาณ 18 hก่อนย้อมสีกับ SYBR Green (SYBR Green I นิวคลีอิกเจลกรดคราบ Lonza) รูปแบบวงดนตรีของเจลแต่ละทิ้งคราบสุภัคภายใต้ UV รัศมี บันทึกการใช้ EC3ระบบภาพกับกล้อง HR OptiChemi (UVP ค่อยCA), และวิเคราะห์โดยใช้การซื้อภาพ VisionWorksLSและซอฟต์แวร์วิเคราะห์ (รุ่น 6.4.3, UVP)2

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 ข่าวคราวสนาม Pulsed
หลังจากโปรโตคอลมาตรฐาน
(ศูนย์โรคการควบคุมและป้องกัน2004a, 2004b) C. jejuni หรือ Salmonella
spp สายพันธุ์ที่ปลูกถั่วเหลืองในอาหารเลี้ยงเชื้อ tryptic 5%
เลือดแกะ defibrinated (Becton ดิกคินสันปาร์กส์, MD)
ค้างคืนตามลำดับที่ 42 1C ไมโคร aerobically หรือ 37 1C
aerobically เซลล์ที่ถูกระงับในฟอสเฟตบัฟเฟอร์น้ำเกลือ (pH 7.2) สำหรับ Campylobacter หรือ Tris-EDTA (TE) บัฟเฟอร์ (pH 8.0) สำหรับเชื้อ Salmonella แขวนลอยเซลล์มีการปรับเพื่อความหนาแน่นแสงภายใน 1.7-1.8 สำหรับ Campylobacter หรือ 2.2-2.3 สำหรับ Salmonella โดยใช้สเปก (UV มินิ 1240, Shimadzu เกียวโตญี่ปุ่น) ที่ 610 นาโนเมตร aliquot ของการระงับแต่ละเซลล์ผสมกับโปร K ตารางที่ 1 การเกิดขึ้นของเชื้อโรคในสัตว์เคี้ยวเอื้องขนาดเล็ก. ตั้งเชื้อโรคปีที่ 1 ปีที่ 2 Totala VA ฤดูใบไม้ผลิ (n¼83) ฤดูใบไม้ร่วง (n¼68) ฤดูใบไม้ผลิ (n¼71) ฤดูใบไม้ร่วง (n¼71) ซี jejuni สัปดาห์ที่ 2 1 (0) ข 14 (0) 1 (0) 0 (0) 16 (0) สัปดาห์ที่ 4 1 (1) 5 (9) 1 (0) 0 (0) 9 (10) สัปดาห์ที่ 6 2 ( 1) 1 (13) 1 (0) 0 (0) 4 (14) สัปดาห์ที่ 8 0 (2) 3 (11) 2 (2) 0 (0) 5 (15) Salmonella สัปดาห์ที่ 2 0 (0) 0 (0 ) 0 (0) 1 (0) 1 (0) สัปดาห์ที่ 4 0 (0) 0 (0) 1 (0) 1 (0) 2 (0) 6 สัปดาห์ที่ 3 (0) 0 (0) 2 (0) 0 (0) 5 (0) 8 สัปดาห์ที่ 1 (0) 0 (0) 3 (1) 0 (0) 4 (1) ปีที่ 1 ปีที่ 2 MD ฤดูใบไม้ร่วง (n¼87) ฤดูใบไม้ผลิ (n¼101) ฤดูใบไม้ร่วง (n¼103) ฤดูใบไม้ผลิ (n¼105) ซี jejuni สัปดาห์ที่ 2 2 (0) 15 (0) 3 (0) 0 (0) 20 (0) สัปดาห์ที่ 4 1 (2) 7 (12) 0 (2) 0 (0) 8 (16) สัปดาห์ที่ 6 0 (2 ) 0 (10) 1 (2) 0 (0) 1 (14) สัปดาห์ที่ 8 0 (1) 1 (9) 0 (2) 0 (0) 1 (12) Salmonella สัปดาห์ที่ 2 2 (0) 1 (0) 2 (0) 0 (0) 5 (0) สัปดาห์ที่ 4 2 (0) 1 (0) 0 (0) 0 (0) 3 (0) สัปดาห์ที่ 6 1 (0) 0 (0) 0 (0) (0 0) 1 (0) สัปดาห์ที่ 8 0 (0) 2 (0) 1 (0) 0 (0) 2 (0) ฤดูใบไม้ผลิ 07 'กับฤดูใบไม้ร่วง 08' สำหรับ VA (รวมn¼293) และฤดูใบไม้ร่วง 07 'ฤดูใบไม้ผลิ 09' สำหรับ MD (รวมn¼396) สัตว์ฉายเชิงลบในสัปดาห์ที่ศูนย์ถูกต้อนสำหรับการศึกษา จำนวนขสัตว์บวกใหม่ตามด้วยหมายเลขของสัตว์บวกซ้ำในวงเล็บ. เอส เปา et al, ปศุสัตว์ / วิทยาศาสตร์ 160 (2014) 163-171 165 (ฟิชเชอร์วิทยาศาสตร์แฟร์ลอว์, นิวเจอร์ซีย์) ก่อนที่จะละลายผสมกับ1.0% agarose Seakem ทอง (SKG, Lonza, ร็อกแลนด์, ME) ที่มีโซเดียมโดเดซิลซัลเฟตในบัฟเฟอร์ TE ส่วนผสมที่ได้รับการจ่ายทันทีเป็นหนึ่งในหลุมที่แม่พิมพ์ปลั๊ก(Bio-Rad ดาว, CA) แต่ละแข็งปลั๊กถูกย้ายไปเป็นหลอดรูปกรวย (Becton ดิกคินสัน) ที่มีบัฟเฟอร์สลายเซลล์ (บัฟเฟอร์ TE, sarcosyl 1% และ0.1 mg / ml proteinase K) หลังจากที่สลายเป็นเวลา 30 นาทีที่ 57 1C ในศูนย์บ่มเพาะด้วยการเขย่าที่100 รอบต่อนาทีเป็นปลั๊กที่ถูกล้างด้วยน้ำบริสุทธิ์และบัฟเฟอร์TE 2 มิลลิเมตรกว้างชิ้นจากปลั๊กแต่ละคนถูกตัดแล้วและบ่มแรกที่37 1C 5 นาที 1 สารละลายบัฟเฟอร์ข้อ จำกัด (ฟิชเชอร์ทางวิทยาศาสตร์) ประการที่สองที่ 37 1C 90 นาทีที่มีข้อ จำกัดส่วนผสมของเอนไซม์ที่มี 40 U ของสมัย (ฟิชเชอร์ วิทยาศาสตร์) สำหรับ Campylobacter หรือ 50 U ของ XbaI สำหรับเชื้อ Salmonella และในที่สุดวันที่24 1C 5 นาที 0.5 Tris-บอเรต-EDTA (TBE; จากหุ้น 10 ฟิชเชอร์ทางวิทยาศาสตร์) ชิ้นเสียบถูกยึดติดกับแล้วทำสดใหม่ 1% SKG เจล agarose บนหวีแม่พิมพ์เจล ชิ้นเสียบที่ทำจากเชื้อ Salmonella Braenderup (BAA-664, ATCC ซาส, VA) ก็ยังโหลดไปหวีเจลและใช้เป็นเครื่องหมาย electrophoresis ได้ดำเนินการโดยใช้ CHEF แมปเปอร์ (Bio-Rad) ที่6 V / cm และมุม 1201 ด้วยเวลาที่สวิทช์เริ่มต้นของ2.16 หรือ 6.76 และช่วงเวลาที่สวิทช์สุดท้ายของ 35.38 หรือ 63.8 วินาทีตามลำดับสำหรับCampylobacter หรือ Salmonella สวิทช์ค่าเวลาที่ถูกตั้งค่าการใช้ฟังก์ชั่นอัตโนมัติขั้นตอนวิธีการที่จะแยกชิ้นส่วนที่ดีขึ้นในช่วง50-400 กิโลไบต์สำหรับCampylobacter และอยู่ในช่วง 30-700 กิโลไบต์สำหรับ Salmonella. เจแต่ละ electrophoresed 0.5 TBE ประมาณ 18 ชั่วโมงก่อนที่จะย้อมสีด้วยSYBR สีเขียว (สีเขียว SYBR ฉันนิวคลีอิกคราบเจลกรดLonza) รูปแบบของแต่ละวงเจลสีถูกตั้งข้อสังเกตการส่องสว่างภายใต้ยูวีที่บันทึกโดยใช้ EC3 ระบบการถ่ายภาพด้วยกล้อง OptiChemi ทรัพยากรบุคคล (UVP, ดอนCA) และวิเคราะห์โดยใช้การควบรวมภาพ VisionWorksLS และซอฟต์แวร์การวิเคราะห์ (เวอร์ชั่น 6.4.3, UVP). 2

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.4 . พัลฟิลด์เจล
ดังต่อไปนี้โปรโตคอลมาตรฐาน ( ศูนย์ควบคุมและป้องกันโรค 2004a
, , , 2004b ) เชื้อหรือเชื้อ C .
ไอโซเลทโตบนอาหารวุ้นถั่วเหลืองอาหาร 5%
หัวใจโตจากการอุดตัน ( เบคตอนแกะดิกคินสัน , ประกายไฟ , MD )
ค้างคืนตามลำดับที่ 42 ในไมโคร aerobically 37 c
aerobically . เซลล์ที่ถูกระงับในฟอสเฟตบัฟเฟอร์ pH 7
( .2 ) สำหรับประกวดหรือทริส– EDTA ( TE )
( บัฟเฟอร์ pH 8.0 ) สำหรับเชื้อ Salmonella . เซลล์แขวนลอยอยู่ปรับ
กับซิกแซ็กภายใน 1.7 และ 1.8 สำหรับประกวดหรือ
2.2 และ 2.3 Salmonella โดยใช้ Spectrophotometer ( UV
mini-1240 Shimadzu , เกียวโต , ญี่ปุ่น ) ที่ 610 nm . เป็นส่วนลงตัว
ของแต่ละเซลล์แขวนลอยผสมกับตารางโปร k
1
เกิดโรคในสัตว์เคี้ยวเอื้องขนาดเล็ก .
Location Pathogen Year 1 Year 2 Totala
VA Spring (n¼83) Autumn (n¼68) Spring (n¼71) Autumn (n¼71)
C. jejuni
week 2 1 (0)b 14 (0) 1 (0) 0 (0) 16 (0)
week 4 1 (1) 5 (9) 1 (0) 0 (0) 9 (10)
week 6 2 (1) 1 (13) 1 (0) 0 (0) 4 (14)
week 8 0 (2) 3 (11) 2 (2) 0 (0) 5 (15)
Salmonella
week 2 0 (0) 0 (0) 0 (0) 1 (0) 1 (0)
week 4 0 (0) 0 (0) 1 (0) 1 (0) 2 (0)
week 6 3 (0) 0 (0) 2 (0) 0 (0) 5 (0)
สัปดาห์ที่ 8 ( 1 ) 0 ( 1 ) 3 ( 1 ) 0 ( 1 ) 4 ปี ( 1 )
2
MD ฤดูใบไม้ร่วงปี 1 ( N ¼ 87 ) ฤดูใบไม้ผลิ ( N ¼ 101 ) ฤดูใบไม้ร่วง ( N ¼ 103 ) ฤดูใบไม้ผลิ ( N ¼ 105 )
c
2 ใช้ 2 สัปดาห์ ( 0 ) 15 ( 0 ) 3 ( 0 ) 0 ( 0 ) ( 0 )
4 สัปดาห์ที่ 1 ( 2 ) 7 ( 12 ) 0 ( 2 ) 0 ( 0 ) 8 ( 16 )
6 สัปดาห์ 0 ( 2 ) 0 ( 2 ) 1 ( 2 ) 0 ( 2 ) 1 ( 14 )
8 สัปดาห์ 0 ( 1 ) 1 ( 1 ) 0 ( 2 ) 0 ( 2 ) 1 ( 12 สัปดาห์ )

2 2 เชื้อ ( 1 ) 1 ( 1 ) 2 ( 1 ) 0 ( 0 ) 5 ( 0 )
4 สัปดาห์ 2 ( 0 ) ( 0 ) 0 ( 0 ) 0 ( 0 ) ( 0 )
3สัปดาห์ 1 ( 2 ) 0 ( 2 ) 0 ( 2 ) 0 ( 2 ) 1 ( 0 )
8 สัปดาห์ 0 ( 0 ) 2 ( 1 ) 1 ( 1 ) 0 ( 1 ) 2 ( 1 )
' ฤดูใบไม้ร่วงฤดูใบไม้ผลิ 07 08 ' VA ( ไนโตรเจน¼ 293 ) และฤดูใบไม้ร่วง 07 ' ฤดูใบไม้ผลิ 09 ' MD ( ไนโตรเจน¼ 396 ) สัตว์คัดลบที่สัปดาห์ศูนย์ถูก
pastured สำหรับการศึกษา B จำนวนสัตว์ใหม่บวกตามด้วยหมายเลขซ้ำบวกสัตว์ในวงเล็บ .
S . เปา et al . ปศุสัตว์วิทยาศาสตร์ 160 ( 2014 ) 163 , 165
จำกัด( ฟิชเชอร์ทางวิทยาศาสตร์ยุติธรรมสนามหญ้า , NJ ) ก่อนที่จะผสมกับละลาย
( 1.0% seakem ทอง ( skg รอก ฉันลืม , ,
) ประกอบด้วยโซเดียมโดเดซิลซัลเฟตใน TE buffer ส่วนผสม
คือจ่ายทันทีเป็นหนึ่งในบ่อของ
ปลั๊กแม่พิมพ์ ( ไบโอ ราด , Hercules , CA ) ของแต่ละก้อน
ปลั๊กถูกย้ายไปเป็นหลอดรูปกรวย ( เบคตอน Dickinson )
ที่มีการสลายเซลล์ บัฟเฟอร์ ( TE buffer , sarcosyl 1 % ,
0.1 มก. / มล. และโปร K ) หลังจากการสลายสำหรับ 30 นาทีที่ 57 1C ใน
ตู้อบกับสั่นที่ 100 รอบต่อนาที , ปลั๊กถูกล้างด้วยน้ำบริสุทธิ์มาก
และ TE buffer เป็น 2-mm กว้าง
ชิ้นจากแต่ละปลั๊กถูกตัดโดยประการแรกที่
37 c เป็นเวลา 5 นาทีด้วยสารละลายบัฟเฟอร์ 1 ข้อ จำกัด ( Fisher
ทางวิทยาศาสตร์ ) ประการที่สองใน 90 นาทีที่ 37 ข้อจํากัด
เอนไซม์ผสมที่ประกอบด้วย 40 U ของอาล ( ฟิชเชอร์ทางวิทยาศาสตร์
สำหรับประกวดหรือ 50 U ของ xbai สำหรับ Salmonella และ
สุดท้ายที่ 24 c 5 นาทีกับ 0.5 โดยบอเรท EDTA
( ทีบี จาก 10 หุ้น ฟิชเชอร์ทางวิทยาศาสตร์ ) เสียบชิ้น
แล้วยึดติดกับทำใหม่ๆ 1% skg เจล
บนเจล โมลด์หวี เสียบชิ้นผลิตจากเชื้อ Salmonella
braenderup ( baa-664 , ATCC ซาส , VA ) ยัง
โหลดเจลหวีและใช้เป็นเครื่องหมาย อิเล็กโตรโฟรีซิส
จำนวนพ่อครัว Mapper ( ไบโอ ราด )
6 v / cm และ 1201 มุม กับเวลาที่เปลี่ยนเริ่มต้น
2.16 หรือ 6.76 และเวลาเปลี่ยนสุดท้ายของ 35.38 S หรือ 8 S ,
ตามลำดับ สำหรับประกวดหรือ Salmonella . สวิตช์
ค่าเวลาที่กำหนดโดยใช้ฟังก์ชันขั้นตอนวิธีอัตโนมัติ

เศษแยกได้ดีขึ้นในช่วง 50 - 400 kb
ประกวด และในช่วง 30 – 700 กิโลไบต์สำหรับ Salmonella .
แต่ละเจลคือ electrophoresed 0.5 ทีบีประมาณ 18 H
ก่อนย้อมด้วย SYBR กรีน ( สีเขียว SYBR กรดนิวคลีอิก
กรดเจลคราบ , โล้นซ่า ) รูปแบบของแต่ละวงเปื้อนเจล
พบภายใต้แสง UV , การบันทึกโดยใช้ระบบการถ่ายภาพด้วยกล้อง ec3
optichemi HR ( uvp ที่ดอน
, , CA ) และวิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้ visionworksls การควบรวมภาพ
และซอฟต์แวร์การวิเคราะห์ ( รุ่น 6.4.3 uvp , )
2