MicroRNAs (miRNAs) are short non-co

MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding RNAs that post-transcriptionally regulate expression of mRNAs in many biological pathways. Liver plays an important role in the feed efficiency of animals and high and low efficient cattle demonstrated different gene expression profiles by microarray. Here we report comprehensive miRNAs profiles by next-gen deep sequencing in Angus cattle divergently selected for residual feed intake (RFI) and identify miRNAs related to feed efficiency in beef cattle. Two microRNA libraries were constructed from pooled RNA extracted from livers of low and high RFI cattle, and sequenced by Illumina genome analyser. In total, 23,628,103 high quality short sequence reads were obtained and more than half of these reads were matched to the bovine genome (UMD 3.1). We identified 305 known bovine miRNAs. Bta-miR-143, bta-miR-30, bta-miR-122, bta-miR-378, and bta-let-7 were the top five most abundant miRNAs families expressed in liver, representing more than 63% of expressed miRNAs. We also identified 52 homologous miRNAs and 10 novel putative bovine-specific miRNAs, based on precursor sequence and the secondary structure and utilizing the miRBase (v. 21). We compared the miRNAs profile between high and low RFI animals and ranked the most differentially expressed bovine known miRNAs. Bovine miR-143 was the most abundant miRNA in the bovine liver and comprised 20% of total expressed mapped miRNAs. The most highly expressed miRNA in liver of mice and humans, miR-122, was the third most abundant in our cattle liver samples. We also identified 10 putative novel bovine-specific miRNA candidates. Differentially expressed miRNAs between high and low RFI cattle were identified with 18 miRNAs being up-regulated and 7 other miRNAs down-regulated in low RFI cattle. Our study has identified comprehensive miRNAs expressed in bovine liver. Some of the expressed miRNAs are novel in cattle. The differentially expressed miRNAs between high and low RFI give some insights into liver miRNAs regulating physiological pathways underlying variation in this measure of feed efficiency in bovines.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

MicroRNAs (miRNAs) จะสั้นไม่ใช่เขียนโค้ด RNAs ที่ post-transcriptionally ควบคุมของ mRNAs ในหลายเส้นทางชีวภาพ ตับมีบทบาทสำคัญในประสิทธิภาพอาหารสัตว์ และสูงและต่ำวัวมีประสิทธิภาพแสดงส่วนกำหนดค่านิพจน์ยีนแตกต่างกัน โดย microarray ที่นี่ที่เรารายงานครอบคลุม miRNAs โปรไฟล์ โดยลำดับลึกถัดไป gen ในวัว Angus divergently สำหรับกินเหลือ (RFI) และระบุ miRNAs ที่เกี่ยวข้องกับอาหารประสิทธิภาพในเนื้อวัว ไลบรารี microRNA สองถูกสร้างขึ้นจาก pooled RNA ที่สกัดจากตับของวัว RFI สูง และต่ำ และเรียงลำดับตามการวิเคราะห์จีโนมที่ Illumina รวม ได้รับคุณภาพสูง 23,628,103 อ่านลำดับสั้น ๆ และมากกว่าครึ่งหนึ่งของการอ่านเหล่านี้ถูกจับคู่กับกลุ่มวัวข้อมูล 3.1) เราระบุ 305 รู้จักวัว miRNAs ห้าอันดับแรกสุด miRNAs ครอบครัวแสดงในตับ คิดเป็นร้อยละ 63 ของ miRNAs แสดง Bta-miR-143, bta-miR-30, bta-miR-122, bta-miR-378 และ bta-ให้-7 ได้ นอกจากนี้เรายังระบุ miRNAs เซทจะมี 52 และ 10 นวนิยาย putative เฉพาะวัว miRNAs ตามลำดับสารตั้งต้นและโครงสร้างรอง และใช้ miRBase (v. 21) เราเปรียบเทียบค่า miRNAs ระหว่างสัตว์ RFI สูง และต่ำ และอันดับวัวแสดงแตกต่างกันมากที่สุดที่เรียกว่า miRNAs วัว miR-143 เที่ยวสุดในตับวัว และ miRNAs แมปซึ่ง 20% ของยอดรวมที่แสดง เที่ยวแสดงสูงสุดในตับของหนูและมนุษย์ มีร์-122 ถูกที่สามมากที่สุดในตัวอย่างตับวัวของเรา นอกจากนี้เรายังระบุผู้สมัคร putative นวนิยายเที่ยวเฉพาะวัว 10 มีระบุ miRNAs ที่แสดงแตกต่างกันระหว่างวัว RFI สูง และต่ำ 18 miRNAs ถูกขึ้นควบคุมและ miRNAs อื่น ๆ ควบคุมลงในวัว RFI ต่ำ 7 ศึกษาของเราได้ระบุครอบคลุม miRNAs แสดงในตับวัว บางส่วนของ miRNAs แสดงเป็นนวนิยายในวัว MiRNAs แสดงแตกต่างกันระหว่าง RFI ที่สูง และต่ำให้ลึกบางตับ miRNAs ควบคุมวิถีทางสรีรวิทยาพื้นฐานความผันแปรในการวัดประสิทธิภาพอาหารสัตว์ใน bovines นี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

microRNAs (miRNAs) จะ RNAs ไม่ใช่การเข้ารหัสสั้น ๆ ที่โพสต์ transcriptionally ควบคุมการแสดงออกของ mRNAs ในทางเดินหลายทางชีวภาพ ตับมีบทบาทสำคัญในประสิทธิภาพการใช้อาหารของสัตว์และปศุสัตว์ที่มีประสิทธิภาพสูงและต่ำแสดงให้เห็นถึงการแสดงออกของยีนที่แตกต่างกันโดย microarray ที่นี่เรารายงานโปรไฟล์ miRNAs ครอบคลุมโดยถัดไป gen ลำดับลึกในวัวแองกัสที่เลือกออกนอกเรื่องสำหรับปริมาณอาหารที่กินเหลือ (RFI) และระบุ miRNAs ที่เกี่ยวข้องกับประสิทธิภาพการใช้อาหารในการเลี้ยงโคเนื้อ สองห้องสมุด microRNA ถูกสร้างขึ้นมาจากอาร์เอ็นเอ pooled สกัดจากตับของต่ำและสูงวัว RFI และลำดับขั้นตอนโดยการวิเคราะห์จีโนม Illumina รวม 23,628,103 ลำดับสั้นที่มีคุณภาพสูงที่ได้รับอ่านและมากกว่าครึ่งหนึ่งของเหล่านี้อ่านถูกจับคู่กับจีโนมวัว (UMD 3.1) เราระบุ 305 ที่รู้จักกัน miRNAs วัว Bta เมียร์-143, BTA เมียร์-30, BTA เมียร์-122, BTA เมียร์-378 และ BTA-ให้-7 เป็นห้าอันดับแรกของครอบครัว miRNAs มากที่สุดแสดงในตับคิดเป็นกว่า 63% ของ miRNAs แสดง . นอกจากนี้เรายังระบุ 52 miRNAs คล้ายคลึงกันและ 10 นวนิยายสมมุติ miRNAs วัวเฉพาะตามลำดับสารตั้งต้นและโครงสร้างทุติยภูมิและใช้ miRBase (v. 21) เราเมื่อเทียบกับรายละเอียด miRNAs ระหว่างสัตว์ RFI สูงและต่ำและการจัดอันดับวัวที่รู้จักกันมากที่สุด miRNAs แสดงความแตกต่างกัน วัว miR-143 เป็นมากที่สุด miRNA ในตับวัวและประกอบด้วย 20% จากทั้งหมดแสดง miRNAs แมป miRNA ส่วนใหญ่แสดงออกมากในตับของหนูและมนุษย์เมียร์-122 เป็นครั้งที่สามที่มีมากที่สุดในตัวอย่างวัวต​​ับของเรา นอกจากนี้เรายังระบุ 10 สมมุตินวนิยายวัวเฉพาะผู้สมัคร miRNA miRNAs แสดงความแตกต่างระหว่างสูงและต่ำวัว RFI ถูกระบุกับ 18 miRNAs เป็นขึ้นควบคุมและ 7 miRNAs อื่น ๆ ควบคุมลงในวัว RFI ต่ำ การศึกษาของเรามีการระบุ miRNAs ครอบคลุมแสดงในตับวัว บางส่วนของ miRNAs แสดงเป็นนวนิยายในวัว miRNAs แสดงความแตกต่างกันระหว่าง RFI สูงและต่ำให้ข้อมูลเชิงลึกบางอย่างในการควบคุม miRNAs ตับทางเดินทางสรีรวิทยาการเปลี่ยนแปลงพื้นฐานในการวัดประสิทธิภาพของอาหารใน bovines นี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

micrornas ( mirnas ) จะสั้นไม่รหัส RNAs ที่โพสต์ transcriptionally ควบคุมการแสดงออกของรหัสในทางชีวภาพมากมาย ตับมีบทบาทสำคัญในประสิทธิภาพการใช้อาหารของสัตว์ และมีประสิทธิภาพสูงและต่ำ แตกต่างกันโคแสดงยีนโปรไฟล์โดย microarray . ที่นี่เรารายงานที่ครอบคลุม mirnas โปรไฟล์ถัดไป gen ในแองกัสโคเข้ารกเข้าพงลึกการเลือกปริมาณอาหารที่กินเหลือ ( RFI ) และระบุ mirnas ที่เกี่ยวข้องกับประสิทธิภาพการใช้อาหารในโคเนื้อ ถูกสร้างขึ้นจากสองห้องสมุด MIC pooled RNA ที่สกัดจากตับต่ำและโค RFI สูงและลำดับเบสจีโนม Illumina โดยวิเคราะห์ รวม 23628103 คุณภาพสูงลำดับสั้นๆอ่านได้ และมากกว่าครึ่งหนึ่งของเหล่านี้อ่านถูกจับคู่กับจีโนมวัว ( UMD 3.1 ) เราระบุ 305 รู้จักวัว mirnas . bta-mir-143 bta-mir-30 bta-mir-122 bta-mir-378 , , , , และ bta-let-7 เป็นด้านบนห้าชุกชุมมากที่สุด mirnas ครอบครัวแสดงออกในตับ เป็นตัวแทนมากกว่า 63% ของแสดง mirnas . เรายังระบุความคล้ายคลึง mirnas 52 และ 10 นวนิยายซึ่งวัวเฉพาะ mirnas ตามลำดับโปรตีนและโครงสร้างและการ mirbase ( 21 โวลต์ ) เราเมื่อเทียบ mirnas โปรไฟล์ระหว่างสูงและต่ำมากที่สุดสัตว์ RFI และแสดงออกแตกต่างกันวัวที่รู้จักกัน mirnas . mir-143 วัวเป็น mirna ชุกชุมมากที่สุดในตับวัว และจำนวน 20% ของทั้งหมดแสดงแมป mirnas . สูงที่สุด แสดง mirna ในตับของหนูและมนุษย์ mir-122 เป็นมากมายที่สามมากที่สุดในตับวัวของเราตัวอย่าง เรายังระบุ 10 ซึ่ง mirna นวนิยาย ) เฉพาะผู้สมัคร mirnas แสดงออกแตกต่างกันระหว่างสูงและต่ำโค RFI ถูกระบุด้วย 18 mirnas ถูกกระตุ้นและ 7 อื่นๆ mirnas ลงระเบียบในโค RFI ต่ำ การศึกษาของเราได้ระบุอย่างละเอียด mirnas แสดงออกในตับวัว บางส่วนของการแสดง mirnas เป็นนวนิยายในโค ที่แสดงออกแตกต่างกัน mirnas ระหว่างสูงและต่ำให้ข้อมูลเชิงลึกบางอย่างเข้าไปในตับ RFI mirnas ควบคุมทางเดินสรีรวิทยาพื้นฐานการเปลี่ยนแปลงนี้วัดประสิทธิภาพของอาหารใน bovines .