4. DiscussionThe present study repo

4. Discussion
The present study reports genetic characterization of TRAP gene
of B. gibsoni from dogs in India. The molecular analysis of canine
B. gibsoni parasites has been reported earlier in East-Asian countries including
India, Bangladesh, Japan, Korea, Taiwan and Malaysia (Inokuma
et al., 2004; Miyama et al., 2005; Lee et al., 2009, 2010; Mokhtar et al.,
2013, Mandal et al., 2014; Terao et al., 2015). In India, a recent study
on 18S rRNA gene and ITS-1 of 13 B. gibsoni isolates from dogs in
north and north-eastern states was carried out to confirm the parasite
as B. gibsoni (Mandal et al., 2014). The authors found no genetic
variations in the Indian isolates of B. gibsoni based on the 18S rRNA
gene and ITS-1 sequences and these isolates were 100% identical to
B. gibsoni Asia-2 (accession no. AF175301). However, for determining
the genetic diversity in the B. gibsoni circulating in this part of India,
TRAP gene was not used as a marker by these authors. Sequence analysis
of BgTRAP gene fragments of different B. gibsoni isolates from north
and north eastern parts of India in the present study showed genetic
variations within these isolates. These B. gibsoni genetic variants were
distributed equally in these four states. This genetic variation was mostly
contributed by the repeat sequences of the hexapeptide, tetrapeptide
and dipeptide, respectively present in the TRAP proteins in the isolates
of India and Bangladesh. Also, length polymorphisms of 2193–2373 bp
(due to deletions and insertions of repeat sequences) in the TRAP
cDNAs of different B. gibsoni isolates and contributing to their genetic
variability have been reported in the database globally.
The phylogenetic tree of BgTRAP gene fragments clearly showed
that B. gibsoni parasites in India and Bangladesh shared a common genetic
cluster that was away from B. gibsoni detected in East-Asian countries.
This result suggests that the parasites distributed in India and
Bangladesh may not have been recently introduced from East-Asian
countries. The tree also revealed that the TRAP genes formed a different
cluster between B. gibsoni and B. bovis species and that genetic difference of the BbTRAP gene was found between different isolates
(Fig. 4). However, the number of currently available Babesia TRAP
sequences in GenBank is very limited. Therefore, the comparison with
known genotypes is relatively less informative at this stage. Since polymorphic
repeats are useful genomic markers (Gelfand et al., 2007),
tandem repeat DNA sequences of the BgTRAP gene were thus analysed
in the present study. Results indicated that nucleotide insertions observed
in three positions in BgTRAP gene in the Indian isolates related
to tandem repeats of DQTD, PH and EEAEED amino acids present in
the TRAP proteins of Bangladeshi isolates. The number of the consensus
repeats of PH in the BgTRAP varied from 3 to 9, DQTD from 2 to 4 and
those of EEAEED from 3 to 5 in the isolates identified in India and
Bangladesh. This tandem repeat analysis of the gene fragments showed
considerable number of genetic variants which were common to Indian
and Bangladeshi isolates. These marker repeat sequences were conspicuously
absent in B. gibsoni East-Asian isolates. The functions of the
DQTD, PH or EEAEED repeats found in Indian and Bangladeshi
B. gibsoni isolates are unknown but these domains may result in allelic
polymorphism of the protein (Terao et al., 2015). Furthermore, detection
of tandem repeat sequences may be a useful tool for identification
of genetic variations or genotypes of the parasite. Together with our
data in the present study, it seems that B. gibsoni parasites with a distinct
genotype are distributed in the dogs in India and Bangladesh.
The present study also confirmed that both the vWF-like A and TSR
domains of BgTRAP protein were well-conserved among B. gibsoni isolates
from India, Bangladesh, Japan, Korea and Taiwan, whereas amino
acids varied in regions after the TSR domain as reported earlier (Jia
et al., 2009; Lee et al., 2010; Terao et al., 2015).
Earlier study on the genetic diversity of B. gibsoni in Indian isolates
using 18S rRNA gene and ITS-1 sequences by Mandal et al. (2014)
showed that B. gibsoni isolates in India were genetically similar and
authors suggested that there could be clonal expansion of a single strain of B. gibsoni Asian genotype in India.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

4. DiscussionThe present study reports genetic characterization of TRAP geneof B. gibsoni from dogs in India. The molecular analysis of canineB. gibsoni parasites has been reported earlier in East-Asian countries includingIndia, Bangladesh, Japan, Korea, Taiwan and Malaysia (Inokumaet al., 2004; Miyama et al., 2005; Lee et al., 2009, 2010; Mokhtar et al.,2013, Mandal et al., 2014; Terao et al., 2015). In India, a recent studyon 18S rRNA gene and ITS-1 of 13 B. gibsoni isolates from dogs innorth and north-eastern states was carried out to confirm the parasiteas B. gibsoni (Mandal et al., 2014). The authors found no geneticvariations in the Indian isolates of B. gibsoni based on the 18S rRNAgene and ITS-1 sequences and these isolates were 100% identical toB. gibsoni Asia-2 (accession no. AF175301). However, for determiningthe genetic diversity in the B. gibsoni circulating in this part of India,TRAP gene was not used as a marker by these authors. Sequence analysisof BgTRAP gene fragments of different B. gibsoni isolates from northand north eastern parts of India in the present study showed geneticvariations within these isolates. These B. gibsoni genetic variants weredistributed equally in these four states. This genetic variation was mostlycontributed by the repeat sequences of the hexapeptide, tetrapeptideand dipeptide, respectively present in the TRAP proteins in the isolatesof India and Bangladesh. Also, length polymorphisms of 2193–2373 bp(เนื่องจากการลบและแทรกลำดับซ้ำ) ในcDNAs ของ gibsoni B. ที่แตกแยกและมีส่วนร่วมของพันธุกรรมความแปรปรวนมีการรายงานในฐานข้อมูลระดับโลกPhylogenetic tree BgTRAP บางส่วนของยีนแสดงให้เห็นอย่างชัดเจนที่ปรสิต B. gibsoni ในอินเดียและบังกลาเทศร่วมส่วนพันธุกรรมคลัสเตอร์ที่อยู่ห่างจาก B. gibsoni พบในประเทศเอเชียตะวันออกผลลัพธ์นี้แนะนำว่า ปรสิตกระจายในอินเดีย และบังกลาเทศอาจไม่ได้รับเมื่อเร็ว ๆ นี้แนะนำจากเอเชียตะวันออกประเทศนั้น นอกจากนี้ต้นไม้ยังเปิดเผยว่า ยีนกับดักรูปแบบที่แตกต่างกันคลัสเตอร์ระหว่าง B. gibsoni B. บริษัทชนิด และความแตกต่างทางพันธุกรรมของยีน BbTRAP พบระหว่างแยกแตกต่างกัน(4 รูป) อย่างไรก็ตาม จำนวนกับดัก Babesia ในปัจจุบันลำดับใน GenBank มีจำกัด ดังนั้น การเปรียบเทียบกับรู้จักพันธุ์ค่อนข้างน้อยข้อมูลในขั้นนี้ ตั้งแต่ polymorphicทำซ้ำเป็นเครื่องหมายของการมีประโยชน์ (Gelfand et al. 2007),แบบทำซ้ำได้จึงมีวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอของยีน BgTRAPในการศึกษา ผลระบุว่า สังเกตแทรกนิวคลีโอไทด์ตำแหน่งที่สามในยีน BgTRAP ในอินเดียแยกที่เกี่ยวข้องการทำซ้ำควบคู่ของ DQTD, EEAEED และ PH กรดอะมิโนที่นำเสนอในแยกโปรตีนกับดักของบังคลาเทศ หมายเลขของมติทำซ้ำของค่า PH ใน BgTRAP แตกต่างกันจาก 3-9, DQTD จาก 2 เป็น 4 และthose of EEAEED from 3 to 5 in the isolates identified in India andBangladesh. This tandem repeat analysis of the gene fragments showedconsiderable number of genetic variants which were common to Indianand Bangladeshi isolates. These marker repeat sequences were conspicuouslyabsent in B. gibsoni East-Asian isolates. The functions of theDQTD, PH or EEAEED repeats found in Indian and BangladeshiB. gibsoni isolates are unknown but these domains may result in allelicpolymorphism of the protein (Terao et al., 2015). Furthermore, detectionof tandem repeat sequences may be a useful tool for identificationof genetic variations or genotypes of the parasite. Together with ourdata in the present study, it seems that B. gibsoni parasites with a distinctgenotype are distributed in the dogs in India and Bangladesh.The present study also confirmed that both the vWF-like A and TSRdomains of BgTRAP protein were well-conserved among B. gibsoni isolatesfrom India, Bangladesh, Japan, Korea and Taiwan, whereas aminoacids varied in regions after the TSR domain as reported earlier (Jiaet al., 2009; Lee et al., 2010; Terao et al., 2015).Earlier study on the genetic diversity of B. gibsoni in Indian isolatesusing 18S rRNA gene and ITS-1 sequences by Mandal et al. (2014)showed that B. gibsoni isolates in India were genetically similar andauthors suggested that there could be clonal expansion of a single strain of B. gibsoni Asian genotype in India.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

4. การอภิปราย
ผลการศึกษารายงานลักษณะทางพันธุกรรมของยีน TRAP
ของ B. gibsoni จากสุนัขในประเทศอินเดีย การวิเคราะห์ระดับโมเลกุลของสุนัข
บี ปรสิต gibsoni ได้รับการรายงานก่อนหน้านี้ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ประเทศรวมทั้ง
อินเดียบังคลาเทศ, ญี่ปุ่น, เกาหลี, ไต้หวันและมาเลเซีย (Inokuma
et al, 2004;. Miyama et al, 2005;. ลี, et al, 2009, 2010;. Mokhtar et al, .
ปี 2013 ดั et al, 2014;.. Terao, et al, 2015) ในประเทศอินเดีย, การศึกษาล่าสุด
ใน 18S rRNA ยีนและ-1 จาก 13 บี gibsoni แยกจากสุนัขใน
ภาคเหนือและภาคตะวันออกเฉียงเหนือรัฐได้ดำเนินการเพื่อยืนยันปรสิต
เป็นบี gibsoni (ดั et al., 2014) ผู้เขียนพบว่าไม่มีทางพันธุกรรม
รูปแบบในสายพันธุ์อินเดียของ B. gibsoni อยู่บนพื้นฐานของ 18S rRNA
ยีนและ-1 และลำดับสายพันธุ์เหล่านี้เป็น 100% เหมือนกันกับ
บี gibsoni เอเชีย 2 (ภาคยานุวัติไม่มี. AF175301) อย่างไรก็ตามในการพิจารณา
ความหลากหลายทางพันธุกรรมในบี gibsoni หมุนเวียนในส่วนหนึ่งของอินเดียนี้
ยีน TRAP ไม่ได้ถูกนำมาใช้เป็นเครื่องหมายโดยนักเขียนเหล่านี้ การวิเคราะห์ลำดับ
ของ BgTRAP ชิ้นส่วนที่แตกต่างกันของยีนบี gibsoni แยกจากทางเหนือ
และชิ้นส่วนภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศอินเดียในการศึกษาแสดงให้เห็นว่าทางพันธุกรรม
รูปแบบภายในสายพันธุ์เหล่านี้ เหล่านี้บี gibsoni สายพันธุ์ทางพันธุกรรมถูก
กระจายอย่างเท่าเทียมกันในทั้งสี่รัฐ การเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมนี้ส่วนใหญ่
สนับสนุนโดยลำดับซ้ำ Hexapeptide, Tetrapeptide
และ Dipeptide ตามลำดับอยู่ในโปรตีนกับดักในเชื้อ
ของอินเดียและบังคลาเทศ นอกจากนี้ยังมีความหลากหลายตามความยาวของ 2193-2373 BP
(เนื่องจากการลบและการแทรกของลำดับซ้ำ) ในกับดัก
cDNAs ของ gibsoni บีที่แตกต่างกันแยกและเอื้อต่อพันธุกรรมของพวกเขา
แปรปรวนได้รับรายงานในฐานข้อมูลทั่วโลก.
phylogenetic ต้นไม้ของ BgTRAP เศษยีน อย่างชัดเจนแสดงให้เห็น
ว่าบี gibsoni ปรสิตในอินเดียและบังคลาเทศที่ใช้ร่วมกันทางพันธุกรรมที่พบบ่อย
คลัสเตอร์นั้นอยู่ห่างจากบี gibsoni ตรวจพบในประเทศเอเชียตะวันออกเฉียงใต้.
ผลที่ได้นี้แสดงให้เห็นว่าปรสิตกระจายอยู่ในอินเดียและ
บังคลาเทศอาจจะไม่ได้รับการแนะนำมาจาก East- เอเชีย
ประเทศ ต้นไม้ยังพบว่ายีนดักรูปแบบที่แตกต่างกัน
ของคลัสเตอร์ระหว่างบีบี gibsoni และ bovis ชนิดและความแตกต่างทางพันธุกรรมของยีน BbTRAP ถูกพบระหว่างสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน
(รูปที่. 4) อย่างไรก็ตามจำนวนของมีอยู่ในปัจจุบัน Babesia ดัก
ลำดับใน GenBank มี จำกัด มาก ดังนั้นการเปรียบเทียบกับ
สายพันธุ์ที่เป็นที่รู้จักค่อนข้างน้อยข้อมูลในขั้นตอนนี้ ตั้งแต่ polymorphic
ซ้ำเครื่องหมายจีโนมที่มีประโยชน์ (ช้าง et al., 2007)
ควบคู่ซ้ำลำดับดีเอ็นเอของยีน BgTRAP จึงถูกนำมาวิเคราะห์
ในการศึกษาในปัจจุบัน ผลการศึกษาพบว่าการแทรกเบื่อหน่ายสังเกต
ในสามตำแหน่งใน BgTRAP ยีนในสายพันธุ์อินเดียที่เกี่ยวข้อง
จะซ้ำตีคู่ DQTD, PH และกรดอะมิโน EEAEED อยู่ใน
โปรตีนไอโซเลทกับดักของบังคลาเทศ จำนวนของฉันทามติ
ซ้ำ PH ใน BgTRAP แตกต่างกัน 3-9, DQTD 2-4 และ
ผู้ EEAEED 3-5 ในสายพันธุ์ที่ระบุไว้ในอินเดียและ
บังคลาเทศ การวิเคราะห์ควบคู่การทำซ้ำของชิ้นส่วนของยีนที่แสดงให้เห็น
จำนวนมากของสายพันธุ์ทางพันธุกรรมซึ่งเป็นเรื่องธรรมดาที่จะอินเดีย
ไอโซเลทและบังคลาเทศ เหล่านี้วนเวียนเครื่องหมายซ้ำได้ผงาด
อยู่ในสายพันธุ์บี gibsoni เอเชียตะวันออก ฟังก์ชั่นของ
DQTD, PH หรือ EEAEED ซ้ำที่พบในอินเดียและบังคลาเทศ
บี ไอโซเลท gibsoni ไม่เป็นที่รู้จัก แต่โดเมนเหล่านี้อาจส่งผลให้ allelic
polymorphism ของโปรตีน (Terao et al., 2015) นอกจากนี้การตรวจสอบ
ของลำดับซ้ำควบคู่อาจจะเป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์สำหรับการระบุ
ของการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมหรือยีนของปรสิต ร่วมกับเรา
ข้อมูลในการศึกษาปัจจุบันก็ดูเหมือนว่าบี gibsoni ปรสิตที่มีแตกต่างกัน
จีโนไทป์มีการกระจายในสุนัขในประเทศอินเดียและบังคลาเทศ.
การศึกษาครั้งนี้ยังได้รับการยืนยันว่าทั้ง VWF เหมือนและ TSR
โดเมนของ BgTRAP โปรตีนได้ดี -conserved หมู่ B. gibsoni แยก
จากอินเดียบังคลาเทศ, ญี่ปุ่น, เกาหลีและไต้หวันในขณะที่อะมิโน
กรดต่าง ๆ ในภูมิภาคหลังจากที่โดเมน TSR รายงานว่าก่อนหน้า (เจี่ย
et al, 2009;.. Lee et al, 2010; et al, Terao , 2015).
การศึกษาก่อนหน้านี้เกี่ยวกับความหลากหลายทางพันธุกรรมของ B. gibsoni ในสายพันธุ์อินเดีย
โดยใช้ยีน 18S rRNA และ-1 ลำดับโดยดั et al, (2014)
แสดงให้เห็นว่าบี gibsoni แยกในอินเดียมีความคล้ายคลึงกันทางพันธุกรรมและ
ผู้เขียนชี้ให้เห็นว่าอาจจะมีการขยายพันธุ์สายพันธุ์หนึ่งของ B. gibsoni จีโนไทป์เอเชียในอินเดีย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

4 . การอภิปรายปัจจุบันรายงานศึกษาลักษณะทางพันธุกรรมของยีนดักของ gibsoni จากสุนัขในอินเดีย การวิเคราะห์ระดับโมเลกุลของเขี้ยวB . gibsoni ปรสิตมีรายงานก่อนหน้านี้ในประเทศเอเชียตะวันออก ได้แก่อินเดีย , บังคลาเทศ , ญี่ปุ่น , เกาหลี , ไต้หวันและมาเลเซีย ( อินุคุมะet al . , 2004 ; มิยาม่า et al . , 2005 ; ลี et al . , 2009 , 2010 mokhtar et al . ,2013 Mandal et al . , 2014 ; terao et al . , 2015 ) ผลการศึกษาล่าสุดในอินเดียบนยีน 18S rRNA และ its-1 13 พ. gibsoni ที่แยกได้จากสุนัขเหนือ และรัฐภาคตะวันออกเฉียงเหนือมีวัตถุประสงค์เพื่อยืนยันปรสิตเป็นบี gibsoni ( Mandal et al . , 2010 ) ผู้เขียนพบว่าไม่มีทางพันธุกรรมการเปลี่ยนแปลงในอินเดีย พบว่า gibsoni ขึ้นอยู่กับ 18S rRNA Bยีนและ its-1 ลำดับและจำนวน 100% เหมือนB . gibsoni asia-2 ( หนังสือไม่ af175301 ) อย่างไรก็ตาม การความหลากหลายทางพันธุกรรมในพ. gibsoni หมุนเวียนในส่วนนี้ของอินเดียยีนกับดักไม่ได้ใช้เป็นเครื่องหมาย โดยผู้เขียนเหล่านี้ การวิเคราะห์ลำดับของยีนที่แตกต่างกัน bgtrap เศษ . gibsoni ไอโซเลทจากเหนือและภาคอีสานบางส่วนของอินเดียในการศึกษาครั้งนี้พบว่าพันธุกรรมการเปลี่ยนแปลงภายในของเชื้อ เหล่านี้เป็น gibsoni พันธุกรรมสายพันธุ์ Bการกระจายอย่างเท่าเทียมกันในเหล่านี้สี่รัฐ การแปรผันทางพันธุกรรมนี้ส่วนใหญ่จะเป็นสนับสนุนโดยทำซ้ำลำดับของ hexapeptide เตตระเพปไทด์ ,และ ไดเพปไทด์ ตามลำดับ ปัจจุบันอยู่ในกับดักโปรตีนในเลทของอินเดียและบังคลาเทศ นอกจากนี้ ความหลากหลายของความยาว 2193 – 2373 BP( เนื่องจากการลบแทรกของลำดับและทำซ้ำในกับดักcdnas แตกต่างกัน gibsoni สายพันธุ์ B และเอื้อต่อพันธุกรรมซึ่งมีรายงานในฐานข้อมูลทั่วโลกต้นไม้วิวัฒนาการของยีน พบเศษ bgtrap อย่างชัดเจนที่บี gibsoni ปรสิตในอินเดียและบังคลาเทศที่เหมือนกันคือ พันธุกรรมกลุ่มที่ห่างจาก B gibsoni ตรวจพบในประเทศในเอเชียตะวันออกผลที่ได้นี้แสดงให้เห็นว่าปรสิตกระจายในอินเดีย และบังคลาเทศอาจได้รับการแนะนำจากเอเชียตะวันออกประเทศ ต้นไม้ยังพบว่ากับดักยีนรูปแบบที่แตกต่างกันกลุ่มระหว่างพ. gibsoni และ B bovis ชนิดและความแตกต่างทางพันธุกรรมของยีนที่แตกต่างกัน bbtrap พบระหว่างไอโซเลท( รูปที่ 4 ) แต่จำนวนของกับดัก babesia ใช้ได้ในปัจจุบันลำดับบริเวณมี จำกัด มาก ดังนั้น การเปรียบเทียบกับพันธุ์ที่รู้จักกันมีข้อมูลค่อนข้างน้อยในขั้นตอนนี้ เนื่องจากจำนวนซ้ำเป็นเครื่องหมายที่มีประโยชน์ ( เกลเฟิ่นด์ et al . , 2007 )ตีคู่ซ้ำลำดับดีเอ็นเอของยีน bgtrap ) จึงวิเคราะห์ในการศึกษาปัจจุบัน ผลการศึกษาพบว่า ยีนครั้งสังเกตสามตำแหน่งใน bgtrap ยีนในสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกับอินเดียการตีคู่ซ้ำของ dqtd pH และ eeaeed กรดอะมิโน ปัจจุบันกับดักกลไกของโปรตีนของเชื้อ จำนวน เอกฉันท์ซ้ำของ pH ใน bgtrap แตกต่างกัน ตั้งแต่ 3 ถึง 9 dqtd จาก 2 เป็น 4 และผู้ eeaeed จาก 3 ถึง 5 ในสายพันธุ์ที่ระบุในอินเดียและบังคลาเทศ นี้ควบคู่ทำซ้ำการวิเคราะห์ยีนเศษแสดงจํานวนมากของพันธุกรรมสายพันธุ์ซึ่งพบอินเดียบังคลาเทศและเชื้อ เหล่านี้เป็นเครื่องหมายทำซ้ำลำดับโร่ขาดใน พ. gibsoni เอเชียตะวันออกของเชื้อ การทำงานของdqtd pH หรือ eeaeed ซ้ำที่พบในอินเดียและบังคลาเทศB . gibsoni สายพันธุ์จะไม่รู้จัก แต่โดเมนเหล่านี้อาจส่งผลให้ยาฆ่าแมลงความหลากหลายของโปรตีน ( terao et al . , 2015 ) นอกจากนี้ การตรวจสอบตีคู่ซ้ำของลำดับจะเป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์สำหรับการระบุการเปลี่ยนแปลงของพันธุกรรมหรือชนิดของปรสิต ร่วมกับเราข้อมูลในการศึกษาครั้งนี้ ดูเหมือนว่า บี gibsoni ปรสิตที่มีแตกต่างกันพันธุกรรม มีการกระจายในสุนัขในอินเดีย และบังคลาเทศการศึกษายังยืนยันว่า ทั้ง vwf เหมือนและ TSRโดเมนของโปรตีน bgtrap ได้ดีใน gibsoni สายพันธุ์อนุรักษ์พ.จากอินเดีย บังคลาเทศ ญี่ปุ่น เกาหลี และไต้หวัน ส่วนกรดอะมิโนกรดที่แตกต่างกันในภูมิภาคหลังจากที่โดเมน TSR ตามที่รายงานก่อนหน้านี้ ( เจียet al . , 2009 ; ลี et al . , 2010 ; terao et al . , 2015 )ก่อนหน้านี้การศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อ B . gibsoni ในอินเดียการใช้ยีน 18S rRNA และลำดับโดย its-1 Mandal et al . ( 2014 )พบว่าเชื้อ B . gibsoni ในประเทศอินเดียมีความคล้ายคลึงทางพันธุกรรมและผู้เขียนแนะนำว่าอาจจะมีผู้เผยแพร่ของสายพันธุ์เดียวของ บีจี gibsoni เอเชียในอินเดีย