2.1 Selection of DNA barcode marker

2.1 Selection of DNA barcode markers for Neonectria
A total of 205 sequences of the four candidate DNA barcode
regions, ITS, β-tubulin, EF-1α and RPB2 genes, from
19 Neonectria species were analyzed (Table 1). To meet the
requirements for a standard DNA barcode, the sequences of
all the candidate markers must be short, i.e., 412–475 base
pairs (bp) for ITS, 489–515 bp for β-tubulin, 461–478 bp
for EF-1α and 473 bp for RPB2.
Intra- and inter-specific variation, clustering with a given
threshold, and the success rate of PCR and sequencing were
used to evaluate the feasibility of the candidate markers [46].
Among them, intra- and inter-specific variation was treated
as a very important criterion. The successful species identification
of a DNA barcode requires a clear distinction between
intra- and inter-specific divergences [47]. The intraand
inter-specific variations of the candidate DNA barcode
regions for each of the 19 Neonectria species generated
using TaxonGap [42] indicated that the EF-1α gene provided
a somewhat better resolution compared with the ITS,
β-tubulin, and RPB2 genes (Figure 1). For the EF-1α gene,
the smallest inter-specific variation was 1.7%, which is
shown as a thin and black line in Figure 1. All species, except
for N. confusa and N. veuillotiana, had intra-specific
variations lower than 1.7%. When the β-tubulin gene was
tested, the minimum inter-specific variation between N.
confusa and Nectria punicea was only 0.7%, the intra-specific
variations of four species (Nectria discophora var.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.1 การเลือกเครื่องหมายดีเอ็นเอบาร์โค้ดสำหรับ Neonectria
รวม 205
ลำดับในสี่ของผู้สมัครดีเอ็นเอบาร์โค้ดภูมิภาคITS, β-tubulin, EF-1αและยีน RPB2 จาก
19 สายพันธุ์ Neonectria วิเคราะห์ (ตารางที่ 1) เพื่อตอบสนองความต้องการสำหรับดีเอ็นเอบาร์โค้ดมาตรฐานลำดับของทุกเครื่องหมายผู้สมัครต้องสั้นคือ412-475 ฐานคู่(bp) สำหรับ ITS, 489-515 bp สำหรับβ-tubulin, 461-478 bp สำหรับประสิทธิผล 1αและ 473 bp สำหรับ RPB2. Intra- และการเปลี่ยนแปลงระหว่างเฉพาะการจัดกลุ่มที่มีการกำหนดเกณฑ์และอัตราความสำเร็จของPCR และลำดับที่ถูกใช้ในการประเมินความเป็นไปได้ของผู้สมัครเครื่องหมาย [46]. ในหมู่พวกเขา intra- และระหว่าง รูปแบบ -specific ได้รับการรักษาเป็นเกณฑ์ที่สำคัญมาก บัตรประจำตัวสปีชีส์ที่ประสบความสำเร็จของบาร์โค้ดดีเอ็นเอต้องมีความแตกต่างที่ชัดเจนระหว่างintra- และความแตกต่างระหว่างที่เฉพาะเจาะจง [47] intraand รูปแบบระหว่างที่เฉพาะเจาะจงของบาร์โค้ดดีเอ็นเอผู้สมัครภูมิภาคสำหรับแต่ละ 19 Neonectria สายพันธุ์ที่สร้างขึ้นโดยใช้TaxonGap [42] ระบุว่ายีน EF-1αให้ความละเอียดค่อนข้างดีเมื่อเทียบกับITS, β-tubulin และยีน RPB2 ( รูปที่ 1). สำหรับยีน EF-1α, รูปแบบเฉพาะระหว่างที่เล็กที่สุดคือ 1.7% ซึ่งจะแสดงเป็นเส้นบางๆ และสีดำในรูปที่ 1 ทุกชนิดยกเว้นสำหรับเอ็นเอ็นและconfusa veuillotiana ได้ภายในเฉพาะรูปแบบที่ต่ำกว่า1.7% เมื่อยีนβ-tubulin ได้รับการทดสอบการเปลี่ยนแปลงระหว่างที่เฉพาะเจาะจงน้อยที่สุดระหว่างเอ็นconfusa และ Nectria punicea เป็นเพียง 0.7% ซึ่งภายในเฉพาะรูปแบบของสี่ชนิด(Nectria discophora var

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.1 การคัดเลือกดีเอ็นเอเครื่องหมายบาร์โค้ดสำหรับ neonectria
รวม 205 ลำดับสี่ผู้สมัครดีเอ็นเอบาร์โค้ด
ภูมิภาคของบีตา - ทิวบูลินและ ef-1 α , rpb2 ยีน จาก
19 neonectria ชนิดข้อมูล ( ตารางที่ 1 ) เพื่อตอบสนองความต้องการสำหรับบาร์โค้ดดีเอ็นเอ

เครื่องหมายมาตรฐาน ลำดับของผู้สมัครทั้งหมดจะต้องสั้น เช่น 412 – 475 ฐาน
คู่ ( BP ) ของ BP 489 – 515 สำหรับบีตา - ทิวบูลิน ,461 - 480 BP
สำหรับ ef-1 α 473 bp และสำหรับ rpb2 .
ภายในและระหว่างการเปลี่ยนแปลงเฉพาะข้อมูลที่มีให้
เกณฑ์และอัตราความสำเร็จของการใช้วิธี PCR และมี
ประเมินความเป็นไปได้ของเครื่องหมายผู้สมัคร [ 46 ] .
ของพวกเขาภายในและระหว่างการรักษาที่เฉพาะเจาะจง
เป็นเกณฑ์ที่สำคัญมาก ความสำเร็จชนิดระบุ
ของดีเอ็นเอบาร์โค้ดต้องแตกต่างที่ชัดเจนระหว่าง
ภายในและระหว่างเฉพาะ divergences [ 47 ] การ intraand
อินเตอร์ รูปแบบเฉพาะของผู้สมัครดีเอ็นเอบาร์โค้ด
ภูมิภาคทั้ง 19 neonectria ชนิดที่สร้างขึ้นโดยใช้ taxongap
[ 42 ] พบว่า ยีนα ef-1 ให้
ความละเอียดค่อนข้างดีเมื่อเทียบกับของ
บีตา - ทิวบูลิน และ rpb2 ยีน ( รูปที่ 1 ) สำหรับยีนα ef-1
,น้อยที่สุดระหว่างเฉพาะการแปรเป็น 1.7% ซึ่ง
แสดงเป็นบางและเส้นสีดำในรูปที่ 1 ทุกสายพันธุ์ ยกเว้น
สำหรับเอ็นเอ็น veuillotiana confusa และมีรูปแบบเฉพาะ
ภายในต่ำกว่า 1.7 % เมื่อบีตา - ยีนทูบูลินคือ
ทดสอบต่ำสุดระหว่างการเปลี่ยนแปลงเฉพาะระหว่าง N .
confusa และ nectria punicea เพียง 0.7 เปอร์เซ็นต์ ภายในเฉพาะ
การเปลี่ยนแปลงของ 4 ชนิด ( nectria discophora var .