Mushroom species can be identified

Mushroom species can be identified based on morphological features, but this requires expert knowledge and biological specimens available for morphological diagnosis are often limited, not well preserved and thus frequently unsuitable for a rapid identification [22]. In cases when fungal materials (e.g. tissues, spores) are available, molecular genetic strategies for species identification may provide a promising alternative strategy [23–26]. Kotlowski et al. [23] developed a conventional PCR-based approach for the specific detection of the glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gpd) gene fragment from A. phalloides. However, this technique was relatively time-consuming, gpd is a low-copy target [24] which implies low assay sensitivity, and the authors did not present an application to clinical samples. Maeta et al. [25] established a rapid and sensitive real-time PCR methodology for the detection of four poisonous fungal species common in Japan, and demonstrated successful applications with a variety of cooked preparations. Epis et al. [26] published single-plex real-time PCRs for the specific detection of four poisonous mushrooms (including A. phalloides) and tested these assays with DNA extracts from a variety of different sources (dried mushrooms, pasta with mushrooms, cooked mushrooms and gastric aspirates mixed with dried mushrooms). Furthermore, the development of a sensitive DNA-based macroarray for the simultaneous (but time-consuming) identification of several selected Amanita species was reported [27]. Previously, we have demonstrated the feasibility of a rapid direct PCR approach for toxic plant detection with diluted gastric contents from a forensic case [28]. In the present study, a similar strategy was developed for the detection of deadly poisonous European species of the genus Amanita, namely A. phalloides, A. virosa and A. verna, respectively. PCR primers were designed that target discriminatory polymorphic sequences located in the nuclear ribosomal DNA. A series of experiments was conducted that follows the course of mushroom food processing and consumption. A variety of test samples, including homogenized mixed mushrooms (raw, fried, digested) and fecal preparations were subjected to analysis by direct PCR. Target amplification by direct PCR was successful with raw, fried and digested mushrooms. With the use of a short protocol for feces pre¬processing and a modified PCR reaction mix, we were further able to discover highly diluted A. phalloides traces in spiked stool specimens and to provide confirming molecular evidence in clinical cases of suspected mushroom poisoning.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สายพันธุ์เห็ดสามารถระบุได้ตามลักษณะทางสัณฐานวิทยา แต่ต้องมีความรู้ผู้เชี่ยวชาญและตัวอย่างทางชีวภาพที่มีอยู่สำหรับการวินิจฉัยก้านมักจะถูก จำกัด ไม่ได้เก็บรักษาไว้อย่างดีและทำให้บ่อยครั้งที่ไม่เหมาะสมสำหรับการระบุอย่างรวดเร็ว [22] ในกรณีที่วัสดุเชื้อรา (เช่นเนื้อเยื่อสปอร์) ที่มีอยู่กลยุทธ์ทางอณูพันธุศาสตร์ในการจำแนกสายพันธุ์อาจจะให้กลยุทธ์ทางเลือกที่มีแนวโน้ม [23-26] kotlowski ตอัล [23] การพัฒนาวิธี PCR-based ทั่วไปสำหรับการตรวจสอบที่เฉพาะเจาะจงของ dehydrogenase glyceraldehyde-3-ฟอสเฟต (gpd) ส่วนยีนจาก phalloides แต่เทคนิคนี้ค่อนข้างใช้เวลานานGPD จะเป็นเป้าหมายที่ต่ำสำเนา [24] ซึ่งแสดงถึงความไวทดสอบต่ำและผู้เขียนไม่ได้นำเสนอการประยุกต์ใช้ตัวอย่างทางคลินิก maeta ตอัล [25] การจัดตั้งวิธี PCR อย่างรวดเร็วและที่สำคัญเรียลไทม์สำหรับการตรวจสอบของสี่สายพันธุ์ของเชื้อราที่เป็นพิษที่พบมากในประเทศญี่ปุ่นและแสดงให้เห็นถึงการใช้งานที่ประสบความสำเร็จกับความหลากหลายของการเตรียมการปรุงสุก Epis ตอัล[26] ตีพิมพ์เดียวซับซ้อน PCRs เรียลไทม์สำหรับการตรวจสอบที่เฉพาะเจาะจงของสี่เห็ดพิษ (รวมถึง phalloides.) และผ่านการทดสอบการตรวจเหล่านี้ด้วยสารสกัดดีเอ็นเอจากความหลากหลายของแหล่งที่มาที่แตกต่างกัน (เห็ดแห้ง, พาสต้ากับเห็ด, เห็ดสุกและกระเพาะอาหาร ดูดผสมกับเห็ดแห้ง) ยิ่งไปกว่านั้นการพัฒนาของ macroarray ดีเอ็นเอตามที่มีความสำคัญสำหรับพร้อมกัน (แต่ใช้เวลานาน) บัตรประจำตัวของหลายชนิดที่เลือกไว้ Amanita มีรายงาน [27] ก่อนหน้านี้เราได้แสดงให้เห็นถึงความเป็นไปได้ของวิธี PCR โดยตรงอย่างรวดเร็วสำหรับการตรวจสอบโรงงานที่เป็นพิษกับเนื้อหาในกระเพาะอาหารเจือจางจากกรณีทางกฎหมาย [28] ในการศึกษาปัจจุบันกลยุทธ์ที่คล้ายกันได้รับการพัฒนาสำหรับการตรวจหาสายพันธุ์ร้ายแรงของยุโรปเป็นพิษของ Amanita ประเภทคือ phalloides, virosa และ เวอร์ตามลำดับ PCR ไพรเมอร์ได้รับการออกแบบที่เป้าหมายลำดับ polymorphic พินิจพิเคราะห์ตั้งอยู่ในดีเอ็นเอโซมอลนิวเคลียร์ ชุดของการทดลองที่ได้ดำเนินการที่เป็นไปตามหลักสูตรของการแปรรูปอาหารและการบริโภคเห็ดความหลากหลายของตัวอย่างทดสอบรวม​​ทั้งเห็ดหดหายผสม (ดิบทอดย่อย) และการเตรียมอุจจาระถูกยัดเยียดให้การวิเคราะห์โดยวิธี PCR โดยตรง ขยายเป้าหมายโดยวิธี PCR โดยตรงก็ประสบความสำเร็จกับดิบทอดและเห็ดย่อย กับการใช้งานของโพรโทคอสั้นสำหรับการประมวลผล¬อุจจาระก่อนและผสมปฏิกิริยา pcr แก้ไขเราต่อไปสามารถค้นพบเจือจางสูงphalloides ร่องรอยอยู่ในอุจจาระได้ถูกแทงและเพื่อให้หลักฐานยืนยันในกรณีโมเลกุลทางคลินิกของการเป็นพิษเห็ดที่น่าสงสัย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สามารถระบุสายพันธุ์เห็ดตามคุณลักษณะของ แต่นี้ต้องใช้ความรู้ และชีวภาพไว้เป็นตัวอย่างที่ใช้สำหรับการวินิจฉัยของมักจำกัด ไม่รักษาดี และดังนั้นจึงมักไม่เหมาะสมสำหรับรหัสอย่างรวดเร็ว [22] ในกรณีเมื่อวัสดุเชื้อรา (เช่นเนื้อเยื่อ เพาะเฟิร์น) กลยุทธ์ทางพันธุกรรมระดับโมเลกุลสำหรับการระบุชนิดอาจมีกลยุทธ์ทางเลือกสัญญา [23–26] Kotlowski et al. [23] พัฒนาปกติ PCR โดยใช้วิธีการตรวจเฉพาะส่วนยีน glyceraldehyde-3-ฟอสเฟต dehydrogenase (gpd) จาก A. phalloides อย่างไรก็ตาม นี้เทคนิคค่อนข้างใช้เวลานาน gpd เป้าหมายต่ำคัด [24] ซึ่งหมายถึงความไวในการทดสอบต่ำ และผู้เขียนได้นำเสนอโปรแกรมประยุกต์ตัวอย่างที่ทางคลินิก Maeta al. ร้อยเอ็ด [25] วิธี PCR แบบเรียลไทม์อย่างรวดเร็ว และที่สำคัญตรวจพันธุ์ 4 พิษเชื้อราทั่วไปในญี่ปุ่นก่อตั้ง และแสดงโปรแกรมประยุกต์ที่ประสบความสำเร็จ มีหลากหลายสุกเตรียม Epis et al [26] ประกาศเพล็กซ์เดียว PCRs แบบเรียลไทม์ตรวจเฉพาะของเห็ดพิษสี่ (รวม A. phalloides) และทดสอบ assays เหล่านี้ ด้วยสารสกัดจากดีเอ็นเอจากแหล่งอื่น (แห้งเห็ด พาสต้ากับเห็ด ต้มเห็ดและ aspirates แดงกระเพาะอาหารผสมกับเห็ดแห้ง) นอกจากนี้ การพัฒนาสำคัญโดยใช้ดีเอ็นเอ macroarray สำหรับรหัสพร้อมกัน (แต่ใช้เวลานาน) หลายชนิดเกิดเลือกได้รายงาน [27] ก่อนหน้านี้ เราได้แสดงความเป็นไปได้อย่างรวดเร็วโดยตรง PCR วิธีตรวจพืชพิษด้วยเนื้อหาแตกออกในกระเพาะอาหารจากกรณีทางกฎหมาย [28] ในการศึกษาปัจจุบัน กลยุทธ์ที่คล้ายกันถูกพัฒนาขึ้นเพื่อตรวจสอบพันธุ์ยุโรปแรงพิษสกุลเกิด ได้แก่ A. phalloides, A. virosa และ A. verna ตามลำดับ ไพรเมอร์ PCR ถูกออกแบบให้เป้าหมายลำดับ polymorphic โจ่งแจ้งอยู่ใน DNA ribosomal นิวเคลียร์ ชุดการทดลองที่ดำเนินที่ตามหลักสูตรของอาหารเห็ดและการใช้ ความหลากหลายของตัวอย่างทดสอบ รวม homogenized เห็ดผสม (วัตถุดิบ ทอด digested) และเตรียม fecal ถูกต้องวิเคราะห์ โดย PCR โดยตรง ขยายเป้าหมาย โดย PCR โดยตรงสำเร็จกับเห็ดดิบ ทอด และ digested มีการใช้โพรโทคอสั้น pre¬processing อุจจาระและผสมปฏิกิริยา PCR แก้ไข เราเพิ่มเติมมีความสามารถได้สูงยกเว้นอ. ร่องรอย phalloides ในอุจจาระถูกแทงไว้เป็นตัวอย่าง และ เพื่อให้หลักฐานโมเลกุลยืนยันในกรณีที่สงสัยว่าเป็นเห็ดพิษทางคลินิก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สายพันธุ์เห็ดจะสามารถระบุได้โดยขึ้นอยู่กับคุณสมบัติเกี่ยวกับวิชาว่าด้วยรูปร่างลักษณะแต่เรื่องนี้ต้องมีความรู้ความเชี่ยวชาญและเป็นตัวอย่างทางชีววิทยาสำหรับการวินิจฉัยเกี่ยวกับวิชาว่าด้วยรูปร่างลักษณะมีจำกัด(มหาชน)ไม่ได้รับการสงวนรักษาเป็นอย่างดีและที่ไม่เหมาะสมสำหรับการระบุตัวตนอย่างรวดเร็ว[ 22 ] ในบางกรณีเมื่อวัสดุเชื้อรา(เช่นช่วยกรองเนื้อเยื่อ)จัดให้บริการกลยุทธ์ทางพันธุกรรมระดับโมเลกุลสำหรับการระบุตัวตนสายพันธุ์อาจจะจัดให้บริการทางเลือกนักเตะดาวรุ่งอนาคตไกลกลยุทธ์ที่[ 23-26 23-26 23-26 23-26 23-26 ] kotlowski et al . [ 23 ]ได้พัฒนาวิธีการ pcr ซึ่งใช้ทั่วไปสำหรับการตรวจจับที่ส่วนท้ายของยีน - 3 - alcohol dehydrogenase ฟอสเฟต( GPD ) glyceraldehyde จาก phalloides A . แต่ถึงอย่างไรก็ตามเทคนิคนี้เป็นอยู่ต้องใช้เวลานานGPD อยู่ในระดับต่ำ - คัดลอกเป้าหมาย[ 24 ]ซึ่งหมายถึงระดับความไวต่ำสอบและผู้เขียนไม่ได้มีแอปพลิเคชันเพื่อตัวอย่างทางการแพทย์ maeta et al . [ 25 ]กำหนดวิธีการ pcr แบบ real - time อย่างรวดเร็วและที่สำคัญสำหรับการตรวจจับที่สี่สายพันธุ์ของเชื้อราพิษโดยทั่วไปในประเทศญี่ปุ่นและแสดงให้เห็นถึงแอปพลิเคชันความสำเร็จพร้อมด้วยความหลากหลายของการเตรียมตัวที่ปรุงขึ้นตามสั่ง epis et al .[ 26 ]เผยแพร่แบบ Single - เพล็คซ์แบบเรียลไทม์ pcrs สำหรับเฉพาะการตรวจจับของสี่พิษเห็ด(รวมถึง A phalloides )และได้รับการทดสอบเหล่านี้ assays มีดีเอ็นเอสารสกัดจากความหลากหลายของแหล่ง(เห็ดหอมแห้ง,พาสต้าพร้อมด้วยเห็ด,เห็ดหอมปรุงขึ้นตามสั่งและย่อย aspirates ผสมกับเห็ดหอมแห้ง) ยิ่งไปกว่านั้นการพัฒนาการที่ดีเอ็นเอของ macroarray - ใช้ผิวที่บอบบางสำหรับพร้อมกัน(แต่ต้องใช้เวลานาน)การระบุตัวตนของสายพันธุ์อยู่ในเห็ดที่เลือกไว้หลายแห่งได้รับการรายงาน[ 27 ] ที่ผ่านมาเราได้แสดงให้เห็นถึงความเป็นไปได้ของการ pcr โดยตรงอย่างรวดเร็วสำหรับการตรวจจับโรงงานผลิตเป็นพิษด้วยเนื้อหาเกี่ยวกับกระเพาะเจือจางจากกรณีนิติวิทยาศาสตร์ที่[ 28 ] ในการศึกษาในปัจจุบันกลยุทธ์ด้านความเหมือนที่ได้รับการพัฒนาขึ้นสำหรับการตรวจจับที่มีพันธุ์ไม้ตามแบบยุโรปมีพิษอันตรายอยู่ในเห็ดพืชได้แก่ phalloides A virosa A และ verna A .ตามลำดับ ได้รับการออกแบบมา primers pcr ซึ่งมีเป้าหมายลำดับเลือกปฏิบัติด้วยตั้งอยู่ในดีเอ็นเอ ribosomal นิวเคลียร์ ชุดการทดลองที่ได้รับการศึกษาตามหลักสูตรของการ บริโภค และการผลิตอาหารเห็ดฟางความหลากหลายของตัวอย่างการทดสอบซึ่งรวมถึงเห็ดหอมสดพร่องมันเนยเป็นแบบผสม(สดทอดบ้างนิดหน่อย)และการเตรียมตัวอุจจาระได้ถูกครอบงำการวิเคราะห์โดย pcr. โดยตรง การขยายเป้าหมายโดย pcr โดยตรงได้สำเร็จพร้อมด้วยเห็ดหอมทอดและวัตถุดิบบ้างนิดหน่อย พร้อมด้วยการใช้โปรโตคอลเพื่อไปถึงได้ไม่ไกลนักสำหรับอุจจาระ ก่อน ¬ การประมวลผลและผสมผสานการตอบสนอง pcr แก้ไขได้เราก็ยังสามารถที่จะพบกับ A .เจือจางเป็นอย่างสูงphalloides ลายวงจรขาดในตัวอย่างเก้าอี้เครื่องเซ่นไหว้และเพื่อเป็นหลักฐานยืนยันโมเลกุลในกรณีทางการแพทย์ของเห็ดพิษสงสัย