Cattle samples and SNP genotypesAll

Cattle samples and SNP genotypes
All individuals were genotyped using the BovineHD
BeadChip that includes ~777 K SNP (Illumina, Inc. San
Diego, USA) following standard procedures. The SNP
set included in this genotyping platform was carefully
selected to reduce the potential for ascertainment
bias during SNP discovery. Seven different grouping of
breeds were used to assess the minor allele frequency
of all available SNP, this included Holstein, Angus,
Nelore, Bos taurus taurus dairy excluding Holstein,
Bos taurus taurus beef ignoring Angus, Bos taurus
indicus excluding Nelore, and adapted Bos taurus
taurus (e.g. Senepol). This was complemented with
sequence data from 30 breeds that were compiled
and weighted to minimize ascertainment bias. More
information on the BovineHD can be found in the
supplier’s website (http://www.illumina.com/documents//
products/datasheets/datasheet_bovineHD.pdf ).
Only animals with call rates > = 98%, and SNP with
more than 95% successful genotypes were kept in the
final dataset. Filtering was also based on available
pedigree information and the estimated proportion of
alleles shared identical-by-descent (PI_HAT > 0.8) ([13]
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/), animals with
high relatedness were excluded. A total of 339 Bos taurus
taurus or taurine individuals from the Bovine Hapmap
DNA panel [12] were included in the analyses. Breeds
represented in this group were: Angus (n = 44), Brown
Swiss (n = 24), Charolais (n = 37), Guernsey (n = 21),
Hereford (n = 36), Holstein (n = 63), Jersey (n = 39),
Limousin (n = 47), Norwegian Red (n = 17), and Red Angus
(n = 11). The Bos taurus indicus or Zebu animals (n = 166)
were also from the Bovine Hapmap experiment, and they
were complemented with additional individuals. Breeds
represented in this group were: Nelore (n = 91), Gir
(n = 50), and Guzera (n = 25). Even though Brahmans are
considered zebu animals, it is known that taurine animals
were also used during the breed formation and expansion;
therefore they were not included in these analyses.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ตัวอย่างวัวควายและการศึกษาจีโนไทป์ของ SNPบุคคลทั้งหมดได้โดยใช้การ BovineHD genotypedBeadChip ที่มี K ~ 777 SNP (ซาน Illumina, incDiego สหรัฐอเมริกา) ตามขั้นตอนมาตรฐาน SNPเป็นชุดที่รวมอยู่ในแพลตฟอร์ม genotyping นี้อย่างระมัดระวังเลือกที่จะเป็น ascertainmentความโน้มเอียงในการค้นพบ SNP กลุ่มแตกต่างกันเจ็ดสายพันธุ์ที่ใช้ประเมินความถี่ของ allele รองของ SNP ทั้งหมด นี้รวมถึงโฮลชไตน์ AngusNelore บอสราศีพฤษภราศีพฤษภนมยกเว้นโฮลชไตน์บอสราศีพฤษภราศีพฤษภเนื้อ Angus ละเว้น พฤษภบอสหม้อไม่รวม Nelore และปรับบอสราศีพฤษภราศีพฤษภ (เช่น Senepol) นี้มีครบครันด้วยลำดับ 30 สายพันธุ์ที่ได้รวบรวมข้อมูลและถ่วงน้ำหนักเพื่อลดความโน้มเอียง ascertainment เพิ่มเติมข้อมูลเกี่ยวกับ BovineHD สามารถพบได้ในการเว็บไซต์ของผู้ผลิต (http://www.illumina.com/documents//products/datasheets/datasheet_bovineHD.pdf)สัตว์เท่านั้น ด้วยราคาโทร > = 98% และ SNP กับกว่า 95% ประสบความสำเร็จศึกษาจีโนไทป์ที่ถูกเก็บไว้ในชุดข้อมูลขั้นสุดท้าย กรองยังขึ้นอยู่บนที่ว่างข้อมูลสายเลือดและสัดส่วนโดยประมาณของalleles ร่วมกันโดยเชื้อสาย (PI_HAT > 0.8) ([13]http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/), สัตว์ด้วยrelatedness สูงถูกแยกออก จำนวน 339 บอสพฤษภราศีพฤษภหรือ taurine บุคคลจาก Hapmap วัวแผงดีเอ็นเอ [12] รวมอยู่ในการวิเคราะห์ สายพันธุ์แสดงในกลุ่มนี้มี: Angus (n = 44), สีน้ำตาลสวิส (n = 24), Charolais (n = 37), เกิร์นซีย์ (n = 21),เฮริฟอร์ด (n = 36), โฮลชไตน์ (n = 63), นิวเจอร์ซีย์ (n = 39),Limousin (n = 47), สีแดงภาษานอร์เวย์ (n = 17), และ Angus สีแดง(n = 11) ราศีพฤษภบอสหม้อหรือสัตว์ Zebu (n = 166)ได้ทดลอง Hapmap วัว และพวกเขายังมีครบครัน ด้วยบุคคลเพิ่มเติม สายพันธุ์แสดงในกลุ่มนี้มี: Nelore (n = 91), กีร์(n = 50), และ Guzera (n = 25) แม้ว่าจะอยู่ Brahmansพิจารณาสัตว์ zebu เป็นที่รู้จักกันว่า taurine สัตว์นอกจากนี้ยังใช้ระหว่างสายพันธุ์กำเนิดและขยายดังนั้น จะไม่รวมอยู่ในการวิเคราะห์เหล่านี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ตัวอย่างวัวและยีน SNP
บุคคลทั้งหมดถูก genotyped ใช้ BovineHD
BeadChip ที่มี ~ 777 K SNP (Illumina, Inc ในซาน
ดิเอโกสหรัฐอเมริกา) ตามขั้นตอนมาตรฐาน SNP
ชุดรวมอยู่ในแพลตฟอร์มนี้ genotyping อย่างรอบคอบ
เลือกที่จะลดศักยภาพในการสอบถาม
อคติในระหว่างการค้นพบ SNP เซเว่นการจัดกลุ่มที่แตกต่างของ
สายพันธุ์ที่ถูกนำมาใช้ในการประเมินความถี่อัลลีลเล็ก ๆ น้อย ๆ
ของ SNP ที่มีอยู่ทั้งหมดนี้รวมถึงโฮลแองกัส
Nelore, ราศีพฤษภราศีพฤษภนมไม่รวมโฮล
บอสราศีละเว้นเนื้อวัวแองกัส Bos taurus
indicus ไม่รวม Nelore และดัดแปลง Bos taurus
ราศีพฤษภ (เช่น Senepol) นี้ถูกครบครันด้วย
ข้อมูลลำดับจาก 30 สายพันธุ์ที่ได้รับการรวบรวม
และการถ่วงน้ำหนักเพื่อลดอคติสอบถาม เพิ่มเติม
ข้อมูลเกี่ยวกับ BovineHD สามารถพบได้ใน
เว็บไซต์ของผู้จัดจำหน่าย (http://www.illumina.com/documents//
ผลิตภัณฑ์ / เอกสารข้อมูลทางเทคนิค / datasheet_bovineHD.pdf).
เฉพาะสัตว์ที่มีอัตราการโทร> = 98% และ SNP ที่มี
มากกว่า ยีนที่ประสบความสำเร็จ 95% ถูกเก็บอยู่ใน
ชุดสุดท้าย กรองก็ยังขึ้นอยู่กับที่มีอยู่
ข้อมูลสายเลือดและสัดส่วนโดยประมาณของ
อัลลีลที่ใช้ร่วมกันเหมือนกันโดยโคตร (PI_HAT> 0.8) ([13]
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/) สัตว์ที่มี
ความสัมพันธ์สูงได้รับการยกเว้น รวมของ 339 Bos taurus
ราศีพฤษภหรือบุคคลทอรีนจาก HapMap วัว
แผงดีเอ็นเอ [12] ถูกรวมอยู่ในการวิเคราะห์ สายพันธุ์ที่
เป็นตัวแทนในกลุ่มนี้: แองกัส (n = 44), บราวน์
สวิส (n = 24) Charolais (n = 37), เกิร์นซี (n = 21),
ฟอร์ด (n = 36), โฮล (n = 63) นิวเจอร์ซีย์ (n = 39),
ลีมู (n = 47), สีแดงนอร์เวย์ (n = 17) และสีแดงแองกัส
(n = 11) Bos taurus indicus หรือสัตว์ Zebu (n = 166)
ก็ยังมาจากการทดลองวัว HapMap และพวกเขา
ได้รับการเติมเต็มกับบุคคลเพิ่มเติม สายพันธุ์ที่
เป็นตัวแทนในกลุ่มนี้: Nelore (n = 91), กี
(n = 50) และ Guzera (n = 25) ถึงแม้ว่าจะมีการเจริญชัย
ถือว่าสัตว์วัวสีบิวเป็นที่รู้จักกันว่าสัตว์ทอรีน
ยังถูกนำมาใช้ในระหว่างการก่อสายพันธุ์และการขยายตัว;
ดังนั้นพวกเขาจึงไม่รวมอยู่ในการวิเคราะห์เหล่านี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ตัวอย่างโคและ SNP พันธุ์
บุคคลทั้งหมดเป็น genotyped ใช้ bovinehd
beadchip ที่มี ~ SNP K 777 ( Illumina Inc . ซาน
ซานดิเอโก สหรัฐอเมริกา ) ตามขั้นตอนมาตรฐาน ส่วน SNP
ชุดรวมอยู่ในแพลตฟอร์มนี้ส่งเสริมเป็นอย่างดี
เลือกเพื่อลดศักยภาพในการตั้งค่าวิธีการค้นหา
ในระหว่างการค้นพบ SNP เจ็ดกลุ่มที่แตกต่างกันของ
พันธุ์ที่ใช้เพื่อประเมินความถี่อัลลีลของ SNP รอง
บริการนี้รวมโฮลสไตน์ แองกัส
เนลเลอร์ บอสราศีพฤษภราศีพฤษภนมไม่รวมบอสราศีพฤษภราศีพฤษภวัวโฮลชไตน์
เมินแองกัส บอสราศีพฤษภ
ปลักร้ยกเว้นเนลเลอร์ และปรับบอสราศีพฤษภ
ราศีพฤษภ ( เช่น senepol ) นี้เต็มไปด้วย
ลำดับข้อมูลจาก 30 สายพันธุ์ที่รวบรวม
น้ำหนักลด อคติ และมกุฎราชกุมารี . ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับ bovinehd

สามารถพบได้ในเว็บไซต์ของผู้ผลิต ( http : / / www.illumina . com / เอกสาร / /
สินค้า / เอกสารข้อมูล / datasheet_bovinehd.pdf ) .
สัตว์เท่านั้นที่มีอัตราค่าโทร > = 98% และ SNP กับ
มากกว่า 95% น้ำหนักที่ประสบความสำเร็จถูก
ข้อมูลสุดท้าย กรองยังใช้ได้
ตามสายเลือดและคาดว่าสัดส่วนของข้อมูลที่ใช้ร่วมกันโดย
อัลลีลเหมือนกันโคตร ( pi_hat > 0.8 ) ( [ 13 ]
http : / / pngu MGH . ฮาร์วาร์ด . edu / ~ เพอร์เซล / plink / ) เป็นสัตว์ที่มี
สัมพันธ์สูงยังไม่รวม ทั้งหมด 339 บอสราศีพฤษภราศีพฤษภหรือบุคคลจากน

) hapmap ดีเอ็นเอแผง [ 12 ] รวมอยู่ในองค์ประกอบ สายพันธุ์ในกลุ่มนี้ได้แก่
แทนแองกัส ( n = 44 ) สีน้ำตาล
ชาวสวิส ( n = 24 ) , ชา ( n = 31 ) , เกิร์นซีย์ ( n = 21 ) ,
Hereford ( 36 ) , โฮลสไตน์ ( n = 63 ) , นิวเจอร์ซีย์ ( n = 39 )
เมี่ยงคำ ( n = 47 ) , นอร์เวย์สีแดง ( n = 17 ) และแองกัสแดง
( n = 11 ) ส่วนบอสราศีพฤษภปลักร้หรือเซบูสัตว์ ( n = 166 )
นอกจากนี้จากการทดลอง hapmap วัวและพวกเขา
ถูกครบครันด้วยบุคคลเพิ่มเติม สายพันธุ์ในกลุ่มนี้ได้แก่
แทนเนลเลอร์ ( n = 91 , Gir
( n = 50 )และ guzera ( n = 25 ) แม้พราหมณ์เป็น
ถือว่าสัตว์เซบู มันเป็นที่รู้จักกันว่าสัตว์
นถูกใช้ในระหว่างการก่อตัวและขยายพันธุ์ ;
ดังนั้นพวกเขาไม่ได้ถูกรวมอยู่ในการศึกษาเหล่านี้