DNAmacrorestriction analysis of all

DNAmacrorestriction analysis of all isolates was conducted by PFGE following the PulseNet protocol with minor modifications. Briefly, agarose plugs containing genomic DNA were prepared from each isolate and digested over night with 24 U of XbaI (Promega). Restriction fragments were separated on 1% agarose gel (Certified Agarose, BioRad) in 0.5× TBE buffer on a CHEFIII system (BioRad); thiourea 50 μM was added to the running buffer to avoid the DNA degradation of some isolates. The settings were: 6 V/cm, included angle 120°, initial switch time 2 s, final switch time 64 s, and run time 22 h. Salmonella Braenderup H9812 XbaI-digested DNA was used as universal molecular reference marker. The different PFGE profiles obtained were compared by GelCompar II 5.0 software (Applied Maths) and analyzed by Dice coefficient and unweighted
pair-group methodwith arithmetic averages (UPGMA),with 1% optimization and 0.5% band position tolerance.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

DNAmacrorestriction วิเคราะห์แยกทั้งหมดถูกดำเนิน โดย PFGE ต่อโพรโทคอล PulseNet มีการปรับเปลี่ยนเล็กน้อย สั้น ๆ ปลั๊ก agarose ประกอบด้วย genomic DNA ถูกเตรียมจากแต่ละแยก และต้องข้ามคืนกับ 24 U XbaI (Promega) บางส่วนของข้อจำกัดได้แยกจากกันในเจ 1% agarose (Agarose รับรอง BioRad) ในบัฟเฟอร์ TBE × 0.5 ในระบบ CHEFIII (BioRad); μM thiourea 50 ถูกเพิ่มไปยังบัฟเฟอร์ใช้เพื่อหลีกเลี่ยงการสร้างดีเอ็นเอของบางอย่างที่แยกได้ การตั้งค่าได้: 6 V/cm รวมมุม 120° สวิตช์เริ่มต้นเวลา 2 s, s สลับสุดท้ายเวลา 64 และเวลา 22 h. เจ่า XbaI H9812 Braenderup สาย DNA ถูกใช้เป็นเครื่องหมายอ้างอิงโมเลกุลสากลที่ใช้ โปรไฟล์ของ PFGE อื่นที่ได้รับเปรียบเทียบซอฟต์แวร์ GelCompar II 5.0 (คณิตศาสตร์ประยุกต์) และวิเคราะห์ โดยสัมประสิทธิ์ลูกเต๋า และ unweightedคณิตศาสตร์ methodwith คู่กลุ่มหาค่าเฉลี่ย (UPGMA), มี 1% 0.5% และปรับวงตำแหน่ง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์ DNAmacrorestriction ของเชื้อทั้งหมดได้ดำเนินการโดย PFGE ต่อไปนี้โปรโตคอล PulseNet มีการปรับเปลี่ยนเล็กน้อย สั้น ๆ , ปลั๊ก agarose มีดีเอ็นเอที่เตรียมจากแต่ละแยกและย่อยข้ามคืน 24 U ของ XbaI (Promega) ชิ้นส่วนที่ถูกแยกออกข้อ จำกัด เมื่อวันที่ 1% agarose เจล (ได้รับการรับรอง Agarose, BioRad) 0.5 ×บัฟเฟอร์ TBE ในระบบ CHEFIII (ที่ BioRad); thiourea 50 ไมครอนถูกบันทึกอยู่ในบัฟเฟอร์ทำงานเพื่อหลีกเลี่ยงการย่อยสลายดีเอ็นเอของเชื้อบาง การตั้งค่าเป็น 6 V / cm รวมมุม 120 °, สวิทช์เริ่มต้นเวลา 2 วินาที, สวิทช์สุดท้ายเวลา 64 วินาทีและใช้เวลา 22 ชั่วโมง Salmonella Braenderup H9812 XbaI ย่อยดีเอ็นเอถูกใช้เป็นเครื่องหมายโมเลกุลอ้างอิงสากล โปรไฟล์ PFGE ที่แตกต่างกันที่ได้มาเปรียบเทียบโดย GelCompar ครั้งที่สอง 5.0 ซอฟแวร์ (คณิตศาสตร์ประยุกต์)
และวิเคราะห์โดยค่าสัมประสิทธิ์ลูกเต๋าและชั่งคู่กลุ่มmethodwith ค่าเฉลี่ยเลขคณิต (UPGMA) ด้วยการเพิ่มประสิทธิภาพ 1% และ 0.5% ความอดทนตำแหน่งวง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์ dnamacrorestriction ทุกสายพันธุ์นี้ดำเนินการโดย PFGE ต่อไปนี้ pulsenet โปรโตคอลมีการปรับเปลี่ยนเล็กน้อย สั้น ๆ , หรือปลั๊กที่มีดีเอ็นเอสังเคราะห์จากแต่ละแยกและย่อยทั้งคืนกับ 24 U ของ xbai ( promega ) ชิ้นส่วนการแยกกันบน 1% เจล ( รับรอง ( biorad , ) 0.5 ×ทีบีบัฟเฟอร์ในระบบ chefiii ( biorad )ไทโอ 50 μ M เพิ่มวิ่งบัฟเฟอร์เพื่อหลีกเลี่ยงการสลายตัวของดีเอ็นเอของเชื้อ การตั้งค่า : 6 v / cm รวมมุม 120 องศาการตั้งเวลา 2 วินาที สุดท้ายเปลี่ยนเวลา 64 s และใช้เวลา 22 ชั่วโมง เชื้อ Salmonella braenderup h9812 xbai ย่อยดีเอ็นเอถูกใช้เป็นเครื่องหมายอ้างอิงสากลระดับโมเลกุล ที่แตกต่างเปรียบเทียบโดย PFGE รูปแบบ gelcompar 2 50 ซอฟต์แวร์ ( คณิตศาสตร์ประยุกต์ ) และวิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้ค่าถ่วงน้ำหนักลูกเต๋าและกลุ่มคู่ตามปกติ
) ค่าเฉลี่ย ( UPGMA ) ด้วยการเพิ่มประสิทธิภาพ 1 % และวงดนตรี 0.5% ตำแหน่งความอดทน