It has also been shown [129] that s

It has also been shown [129] that synthases possess a
conserved catalytic triad comprising three residues (cysteine,
aspartic acid and histidine) and that the cysteine
bonds are involved in covalent catalysis. It is suggested
that the histidine activates the cysteine for nucleophilic
attack on 3-hydroxybutyryl-CoA, while the aspartic acid
may function as a general base catalyst to activate the
hydroxyl group of HBCoA for ester formation [7].
Two mechanisms have been proposed for chain elongation
to fit with these observations [130] (Fig. 3). Both
involve chain elongation from acylated cysteine. The first
requires only one active cysteine site, and involves both
covalently and noncovalently bound HBn(CoA) intermediates.
The second requires that the active site be at the
interface of two PhaC monomers (with PHA synthase being
present in a dimeric form), with the chain being always
covalently attached to one of the two synthase units,
switching between them with the addition of each new
HA unit. In both mechanisms, the cysteine is activated for
nucleophilic attack by a base residue such as histidine in
the active site. The authors found through labeling studies
using the slower synthase mutant C149S-PhaEC that noncovalently
bound species were present in the early stages
of synthesis, and that these intermediates functioned in
a chemically and kinetically competent fashion, lending
weight to the possibility that the first mechanism is more
likely. In another proposal, Yamanaka et al.[131]
suggested
that an active site of PHA synthase could be first capped
with succinyl-CoA (formed by the condensation reaction of
3HB-CoA with succinyl thiolate), although the MALDI evidence
on which this hypothesis is partly based could have
different interpretations such as a 3HV-terminal unit.
It is well established that microbial PHB (and PHA in
general) is amazingly monodisperse [109]. Doi et al. [132]
estimated the concentration of PHA synthase in a cell (for
R. eutropha) to be 5 ± 1 × 10−7 mol L−1, making the number
of PHA synthase molecules per cell approximately 18,000
(i.e. a ratio of around 42:1 P(3HB) molecules to P(3HB)
synthase molecules based on Steinbüchel’s result ([101],
Section 3.2)). Tian et al. [109] also found that the ratio of
PHB chains to PhaC class I synthase was ∼60, with 1–2
molecules of PhaP1 (phasin) per chain [109,116]. Hence it
has been supposed that there are many chain termination
and reinitiation events during granule formation [111].
The mechanism of chain transfer or chain termination is
not well understood atthis point[105,116]. Kawaguchi and
Doi [133] in the original model for the mechanism of chain
termination proposed that a nucleophilic “chain transfer
agent” would attack at the active site thioester, thereby
releasing PHB and terminating elongation [134–138]. Madden
et al. [135] found through end group analysis by
31P NMR of polymer derivatised with 2-chloro-4,4,5,5-
tetramethyl-1,3,2-dioxaphospholane that all groups were
covalently linked to PHA at the carboxyl terminus, and that
all chain transfer agents possessed one or more hydroxyl
groups. These agents may be diol compounds such as ethylene
glycol, polyethylene glycol (PEG) and propylene glycol
as well as 3-hydroxybutyryl-CoA and water; they may
also be enzymes with a water molecule in its active form
[134] or 3-hydroxybutyric acid, which is not enzyme bound
[135]

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

มันยังแสดง [129] synthases มีการtriad ปัจจัยนำประกอบด้วยสามตกค้าง (cysteineกรดและ histidine) และ cysteineพันธบัตรเกี่ยวข้องในปฏิกิริยาโควาเลนต์ มีการแนะนำว่า ที่ histidine ป็น cysteine สำหรับ nucleophilicโจมตี 3-hydroxybutyryl-CoA ในขณะกรดในอาจทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาพื้นฐานทั่วไปเพื่อเปิดใช้งานการกลุ่มไฮดรอกของ HBCoA เอสก่อ [7]กลไกที่สองที่ได้รับการเสนอสำหรับโซ่ยืดพอดี มีข้อสังเกตเหล่านี้ [130] (รูป 3) ทั้งสองเกี่ยวข้องกับห่วงโซ่ยืดจาก acylated cysteine ครั้งแรกต้อง active cysteine ไซต์เดียวเท่านั้น และเกี่ยวข้องกับทั้งสองด้วย และ noncovalently ผูก HBn(CoA) intermediatesที่สองกำหนดว่า ไซต์ที่ใช้งานอยู่ที่การอินเตอร์เฟซของสองใกล้ภาคฮัทปาอสามารถ (ด้วยผา synthaseปัจจุบันในแบบฟอร์ม dimeric), สายโซ่อยู่เสมอด้วยกับหนึ่งในสอง synthase หน่วยสลับระหว่างพวกเขาด้วยการเพิ่มแต่ละใหม่ฮา หน่วย ในทั้งสองกลไก cysteine จะเรียกใช้สำหรับสารตกค้างเป็นฐานเช่น histidine ใน nucleophilic โจมตีไซต์ใช้งาน ผู้เขียนพบผ่านฉลากศึกษาใช้ mutant synthase ช้า C149S PhaEC ที่ noncovalentlyผูกพันธุ์กำลังอยู่ในขั้นเริ่มต้นการสังเคราะห์ และ intermediates เหล่านี้ทำหน้าที่ในแฟชั่น เคมี และสร้างอำนาจให้ยืมน้ำหนักความกลไกแรกคือมีแนวโน้ม ในข้อเสนออื่น ยามานากะ et al. [131]แนะนำว่าการใช้งานเว็บไซต์ของผา synthase สามารถต่อยอดก่อนมี succinyl CoA (ที่เกิดขึ้น โดยปฏิกิริยาการควบแน่นของ3HB-CoA กับ succinyl thiolate), แม้ว่าหลักฐาน MALDIซึ่งสมมุติฐานนี้บางส่วนอยู่อาจมีการตีความที่แตกต่างกันเช่นหน่วย 3HV-เทอร์มินัลมันดีก่อตั้งขึ้นที่จุลินทรีย์ (PHB และผาในทั่วไป) เป็นอัศจรรย์ monodisperse [109] ดอย et al. [132]ประมาณความเข้มข้นของผา synthase ในเซลล์ (สำหรับอาร์ eutropha) เป็น 5 ± 1 × 10−7 mol L−1 ทำจำนวนของโมเลกุล synthase ผาต่อเซลล์ประมาณ 18,000(เช่นอัตราส่วนของรอบโมเลกุล P(3HB) 42:1 P(3HB)synthase โมเลกุลจากผลของ Steinbüchel ([101],ส่วน 3.2)) เทียน et al. [109] นอกจากนี้ยังพบว่าอัตราส่วนของPHB โซ่ไปใกล้ภาคฮัทปาชั้นฉัน synthase ถูก ∼60, 1 – 2โมเลกุลของ PhaP1 (phasin) ต่อโซ่ [109,116] ดังนั้นมันการควรมีหลายห่วงโซ่การเลิกจ้างและกิจกรรม reinitiation ในระหว่างการก่อตัวของเม็ด [111]กลไกของการถ่ายโอนสายโซ่หรือห่วงโซ่เลิกคือไม่เข้าใจดี atthis ชี้ [105,116] คาวากุจิ และดอย [133] ในแบบเดิมสำหรับกลไกของโซ่สิ้นสุดการนำเสนอที่เป็น nucleophilic "โซ่โอนตัวแทน"จะโจมตีที่ thioester ไซต์ใช้งาน จึงปล่อย PHB และเลิกยืด [134-138] แมดเดนet al. [135] พบผ่านการวิเคราะห์กลุ่มสิ้นสุดโดย31P NMR ของพอลิเมอร์ derivatised 2-chloro-4,4,5,5 -tetramethyl-1,3,2-dioxaphospholane ที่กลุ่มทั้งหมดเชื่อมโยงด้วยกับผาที่ carboxyl terminus และที่ตัวแทนโอนสายทั้งหมดครอบครอง หนึ่งไฮดรอกกลุ่มนี้ ตัวแทนเหล่านี้อาจเป็นสารไดเอทิลีนเช่นไกลคอล เอทิลีนไกลคอล (PEG) และโพรพิลีนไกลคอล3-hydroxybutyryl-CoA และน้ำ พวกเขาอาจยัง เป็นเอนไซม์ ด้วยโมเลกุลน้ำในรูปแบบที่ใช้งานอยู่[134] หรือ กรด 3-hydroxybutyric ที่ไม่ใช่เอนไซม์ที่ผูกไว้[135]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

นอกจากนี้ยังได้รับการแสดง [129] ที่ synthases มี
ป่าสงวนสามตัวเร่งปฏิกิริยาประกอบไปด้วยสามตกค้าง (cysteine,
กรด aspartic และฮิสติดีน) และ cysteine
​​พันธบัตรมีส่วนร่วมในการเร่งปฏิกิริยาโควาเลนต์ มันบอก
ว่าฮิสติดีนเปิดใช้งาน cysteine ​​สำหรับ nucleophilic
โจมตี 3 hydroxybutyryl-CoA ในขณะที่กรด aspartic
อาจทำงานเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาที่ฐานทั่วไปเพื่อเปิดใช้งาน
กลุ่มไฮดรอกซิของ HBCoA สำหรับการก่อตัวเอสเตอร์ [7].
สองกลไกการได้รับการเสนอให้ การยืดตัวของห่วงโซ่
เพื่อให้พอดีกับข้อสังเกตเหล่านี้ [130] (รูปที่. 3) ทั้งสอง
เกี่ยวข้องกับการยืดตัวของห่วงโซ่จาก cysteine ​​acylated เป็นครั้งแรกที่
ต้องมีเพียงเว็บไซต์ cysteine ​​หนึ่งที่ใช้งานและเกี่ยวข้องกับทั้ง
โควาเลนต์และ noncovalently ผูกพัน HBN (COA) ตัวกลาง.
ที่สองกำหนดว่าใช้งานเว็บไซต์เป็นที่
อินเตอร์เฟซของทั้งสองโมโนเมอร์ PhaC (กับ PHA เทสถูก
นำเสนอในรูปแบบ dimeric) กับ ห่วงโซ่ที่ถูกเสมอ
แนบ covalently ให้เป็นหนึ่งในสองหน่วยเทส,
สลับไปมาระหว่างพวกเขากับการเพิ่มของแต่ละใหม่
หน่วย HA ในทั้งสองกลไก cysteine ​​ถูกเปิดใช้งานสำหรับ
nucleophilic โจมตีด้วยสารตกค้างฐานเช่นฮิสติดีนใน
การใช้งานเว็บไซต์ ผู้เขียนพบว่าผ่านการศึกษาการติดฉลาก
โดยใช้เทสช้า C149S-PhaEC กลายพันธุ์ที่ noncovalently
สายพันธุ์ผูกพันอยู่ในปัจจุบันในช่วงแรก
ของการสังเคราะห์และที่ตัวกลางเหล่านี้ทำหน้าที่ใน
แฟชั่นเคมีและมีอำนาจ kinetically ยืม
น้ำหนักให้กับความเป็นไปได้ว่ากลไกแรกคือ มากขึ้น
มีแนวโน้ม ในข้อเสนออื่น Yamanaka et al. [131]
แนะนำ
ว่าการใช้งานเว็บไซต์ของ PHA เทสอาจจะต่อยอดเป็นครั้งแรก
กับการเป็น Succinyl CoA (ที่เกิดขึ้นจากปฏิกิริยาการรวมตัวของ
3HB-CoA กับเป็น Succinyl thiolate) แม้ว่าหลักฐาน MALDI
ซึ่งสมมติฐานนี้ ส่วนหนึ่งขึ้นอาจมี
การตีความที่แตกต่างกันเช่นหน่วย 3HV ขั้ว.
มันเป็นที่ยอมรับกันดีว่า PHB จุลินทรีย์ (และผา
ทั่วไป) เป็นที่น่าอัศจรรย์ใจ monodisperse [109] ดอย et al, [132]
ประมาณความเข้มข้นของ PHA เทสในมือถือ (สำหรับ
อาร์ eutropha) ให้เป็น 5 ± 1 × 10-7 mol L-1 ทำให้จำนวน
ของโมเลกุล PHA เทสต่อเซลล์ประมาณ 18,000
(เช่นอัตราส่วนของรอบ 42 : 1 P (3HB) โมเลกุล P (3HB)
โมเลกุลเทสขึ้นอยู่กับผลของSteinbüchel ([101]
มาตรา 3.2)) Tian et al, [109] นอกจากนี้ยังพบว่าอัตราส่วนของ
โซ่ PHB เพื่อ PhaC ระดับเทสผมเป็น ~60, 1-2
โมเลกุลของ PhaP1 (phasin) ต่อห่วงโซ่ [109,116] ดังนั้นมันจึง
ได้รับการคิดว่ามีหลายเลิกจ้างห่วงโซ่
และ reinitiation เหตุการณ์ในช่วงการสร้างเม็ด [111].
กลไกของการถ่ายโอนโซ่หรือห่วงโซ่การเลิกจ้างจะ
ไม่เข้าใจดีขัดเกลาจุด [105,116] Kawaguchi และ
ดอย [133] ในรูปแบบเดิมกลไกของห่วงโซ่
การยกเลิกเสนอว่า nucleophilic "การโอนห่วงโซ่
ตัวแทน" จะมีการโจมตีที่ thioester ใช้งานเว็บไซต์จึง
ปล่อย PHB และยุติการยืดตัว [134-138] Madden
, et al [135] พบผ่านการวิเคราะห์กลุ่มท้ายโดย
31P NMR ของพอลิเมอ derivatised มี 2-chloro-4,4,5,5-
tetramethyl-1,3,2-dioxaphospholane ว่าทุกกลุ่มได้รับการ
เชื่อมโยง covalently ผาที่ปลายทาง carboxyl และ ที่
ทุกตัวแทนการโอนห่วงโซ่ครอบครองหนึ่งหรือมากกว่าหนึ่งไฮดรอกซิ
กลุ่ม สารเหล่านี้อาจจะเป็นสารไดออลเช่นเอทิลีน
ไกลคอล, polyethylene glycol (PEG) และโพรพิลีนไกลคอล
เช่นเดียวกับ 3 hydroxybutyryl-CoA และน้ำ; พวกเขาอาจจะ
ยังเป็นเอนไซม์ที่มีโมเลกุลของน้ำในรูปแบบที่ใช้งาน
[134] หรือ 3-hydroxybutyric กรดซึ่งไม่ได้เป็นเอนไซม์ที่ถูกผูกไว้
[135]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ก็ยังได้รับแสดง [ 129 ] แต่ไม่ครอบครองศึกษาการตกค้าง ( cysteine ซึ่งประกอบด้วยสามแก๊งมังกรดำกรด aspartic และกรดอะมิโนฮิสติดีน ) และที่หุ้นกู้มีการเกี่ยวข้องในปฏิกิริยา มันแนะนำที่กระตุ้นให้ nucleophilic กรดอะมิโนฮิสติดีนการโจมตีบน 3-hydroxybutyryl-coa , ในขณะที่กรดแอสปาร์ติกอาจใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาเพื่อใช้งานพื้นฐานทั่วไปหมู่ไฮดรอกซิลของ hbcoa สำหรับ Ester การพัฒนา [ 7 ]สองกลไกได้รับการเสนอสำหรับโซ่พอดีกับเหล่านี้สังเกต [ 130 ] ( รูปที่ 3 ) ทั้งเกี่ยวข้องกับโซ่ยืดจาก acylated ซีสเตอีน . ครั้งแรกต้องมีเพียงหนึ่งงาน 8-12 เว็บไซต์และเกี่ยวข้องกับทั้งcovalently noncovalently ผูกพันและ hbn ( COA ) ตัวกลาง2 ต้องที่เว็บไซต์ที่ใช้งานอยู่ที่เฟสสองแบบ phac ( ผา และเป็นปัจจุบันในรูปแบบท้องเฟ้อ ) กับโซ่ที่ถูกเสมอcovalently ติดหนึ่งในสองคน และหน่วยสลับระหว่างพวกเขากับทั้งใหม่ฮา หน่วย ทั้งกลไก ซิสเตอีนถูกเปิดใช้งานสำหรับnucleophilic โจมตีโดยฐานกากเช่นีนในเว็บไซต์ที่ใช้งานอยู่ ผู้เขียนได้ศึกษาผ่านการติดฉลากการใช้ช้าลง และ c149s phaec ที่ noncovalently กลายพันธุ์ผูกพันชนิด ปัจจุบัน ใน ระยะ แรกการสังเคราะห์ และตัวกลางเหล่านี้อยู่ในแฟชั่นและเชี่ยวชาญจลนศาสตร์เคมี ยืมน้ำหนักที่จะเป็นไปได้ว่ากลไกแรกมากขึ้นมีแนวโน้มที่ ในข้อเสนออื่น ยามานากะ et al . [ 131 ]แนะนำที่เป็นเว็บไซต์ที่ใช้งานของผา และอาจเป็นครั้งแรก ปรบมือกับยาซัคซินิล ( ที่เกิดจากการทำปฏิกิริยาของ3hb COA กับซัคซินิล thiolate ) , แม้ว่าหลักฐานมา ดิซึ่งสมมติฐานนี้เป็นส่วนหนึ่งตามได้การตีความที่แตกต่างกัน เช่น 3hv เทอร์มินัลยูนิทมันเป็นที่ยอมรับว่า PHB และจุลินทรีย์ ( ผาทั่วไป ) เป็น amazingly monodisperse [ 109 ] ดอย et al . [ 132 ]ประมาณความเข้มข้นของโปรตีนในเซลล์ ( ผาอาร์ด้วย ) เป็น± 1 × 10 − 5 7 โมล L − 1 , หมายเลขโมเลกุลของโปรตีนต่อเซลล์ประมาณ 18000 ผา( เช่น อัตราส่วนของรอบ 42:1 P ( 3hb ) โมเลกุล P ( 3hb )โปรตีนโมเลกุลบนพื้นฐานของ steinb üเชลผล ( [ 101 ]ส่วน 3.2 ) เทียน et al . [ 109 ] นอกจากนี้ยังพบว่าอัตราส่วนของโซ่พอลิ phac ชั้นเรียน ฉัน และก็∼ 60 1 – 2โมเลกุลของ phap1 ( phasin ) ต่อโซ่ [ 109116 ] ดังนั้นได้ควรจะมีการสิ้นสุดโซ่มากมายreinitiation เหตุการณ์ในระหว่างการก่อตัวและเม็ด [ 111 ]กลไกการถ่ายโอนโซ่โซ่บอกเลิก หรือไม่เข้าใจ atthis จุด [ 105116 ] คาวากูชิ และดอย [ 133 ] ในรูปแบบเดิม สำหรับกลไกของโซ่การเสนอให้โอน nucleophilic " โซ่ตัวแทน " จะโจมตีที่ไทโอเ เทอร์ไซต์งาน , จึงและยกเลิกการปล่อย PHB 134 – [ 138 ] แมดเด้นet al . [ 135 ] พบได้ผ่านการวิเคราะห์กลุ่มจบด้วย31p NMR ของพอลิเมอร์ derivatised 2-chloro-4,4,5,5 - กับtetramethyl-1,3,2-dioxaphospholane ทั้งหมดกลุ่มcovalently เชื่อมโยงกับผาที่หมู่คาร์บอกซิล และที่เครื่องปลายทางเจ้าหน้าที่ทุกคนมีหนึ่งหรือมากกว่าหนึ่ง ( การถ่ายโอนโซ่กลุ่ม ตัวแทนเหล่านี้อาจเป็นสารประกอบ เช่น เอทิลีนไดออลไกลคอล , polyethylene glycol ( PEG ) และโพรพิลีนไกลคอลรวมทั้ง 3-hydroxybutyryl-coa และน้ำ พวกเขาอาจจะมีเอนไซม์ที่มีโมเลกุลน้ำในรูปแบบของงาน[ 134 ] หรือ 3-hydroxybutyric กรด ซึ่งไม่ใช่เอนไซม์ ผูกพัน[ 135 ]