Real-time PCR based detection assay

Real-time PCR based detection assay was developed for Fusarium udum, causing vascular wilt of pigeonpea. The Histone-3 gene of F. udum was targeted to design species-specific primers and probe. A comparative study was undertaken to develop a reliable and reproducible procedure for detection and quantification of F. udum from diverse samples. The sensitivity and specificity of oligonucleotides were evaluated through dot blot hybridization, standard and real-time PCR assays. The probe HFUSP showed high degree of sensitivity for DNA obtained from pure cultures of F. udum to that of environmental DNA samples. The qPCR assay specifically differentiated the F. udum from closely related species of Fusarium, other test microbes and environmental samples. The single melting curve at 84.17 and a monomorphic band of 200 bp indicates the specificity and authenticity of the PCR assays. Thus, real-time PCR assay can be used as a rapid and effective procedure that can detect minute amounts of F. udum from complex environments. Therefore, the real-time PCR assay demonstrated in the present study can be successfully used for detection and monitoring of F. udum for early infection and disease epidemiology of vascular wilt of pigeonpea.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิเคราะห์ตรวจ PCR ตามเวลาจริงได้รับการพัฒนาสำหรับ Fusarium udum สาเหตุของหลอดเลือดทั้งหลายของ pigeonpea ยีน 3 ฮิสโตนของ F. udum เป็นเป้าหมายการออกแบบไพรเมอร์ species-specific โพรบ ดำเนินการศึกษาเปรียบเทียบการพัฒนาความน่าเชื่อถือ และจำลองขั้นตอนการตรวจนับของ F. udum จากตัวอย่างที่หลากหลาย มีประเมินความไวและ specificity oligonucleotides ผ่านจุดคืนในตา hybridization, assays PCR มาตรฐาน แบบเรียลไทม์ โพรบ HFUSP แสดงให้เห็นระดับความไวสูงสำหรับ DNA ที่ได้รับจากวัฒนธรรมบริสุทธิ์ของ F. udum กับตัวอย่างดีเอ็นเอสิ่งแวดล้อม ทดสอบ qPCR differentiated F. udum จากพันธุ์ Fusarium จุลินทรีย์ทดสอบและตัวอย่างสิ่งแวดล้อมอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดโดยเฉพาะ โค้งเดียวละลาย 84.17 และวง monomorphic 200 bp ระบุ specificity และความถูกต้องของ PCR assays ดังนั้น ทดสอบ PCR แบบเรียลไทม์สามารถใช้เป็นขั้นตอนอย่างรวดเร็ว และมีประสิทธิภาพที่สามารถตรวจสอบจำนวนนาทีของ F. udum จากสภาพแวดล้อมที่ซับซ้อน ดังนั้น ทดสอบ PCR แบบเรียลไทม์ที่แสดงให้เห็นว่าในการศึกษาปัจจุบันได้ประสบความสำเร็จใช้สำหรับตรวจหา และตรวจสอบของ F. udum การระบาดวิทยาการติดเชื้อและโรคของหลอดเลือดทั้งหลายของ pigeonpea ต้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เวลาจริงการตรวจสอบตามวิธี PCR ที่พัฒนาขึ้นเพื่อ Fusarium udum ก่อให้เกิดหลอดเลือดจะผลิต . ยีน histone-3 ของ F . udum เป็นเป้าหมายในการออกแบบไพรเมอร์และเผ่าพันธุ์ - เฉพาะการสอบสวน การศึกษาเปรียบเทียบปัญหาเพื่อพัฒนาที่เชื่อถือได้และขั้นตอนการตรวจสอบและการหาปริมาณของ เอฟ udum จากตัวอย่างที่หลากหลายความไวและความจำเพาะของโอลิโกนิวคลีโอไทด์จำนวนผ่าน dot blot hybridization มาตรฐานและเรียลไทม์พีซีอาร์ ) . การสอบสวน hfusp แสดงระดับสูงของความไวของดีเอ็นเอที่ได้จากเชื้อบริสุทธิ์ของ F . udum ที่ดีเอ็นเอตัวอย่างสิ่งแวดล้อม การ qpcr โดยเฉพาะแตกต่างจาก . udum เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดชนิด Fusarium ,จุลินทรีย์ทดสอบและตัวอย่างสิ่งแวดล้อม เดียวละลายเส้นโค้งที่ 84.17 และวงดนตรี monomorphic 200 BP แสดงความจำเพาะและความถูกต้องของวิธี PCR ) . ดังนั้น วิธี PCR แบบเรียลไทม์ สามารถใช้เป็นอย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพขั้นตอนที่สามารถตรวจสอบจำนวนนาทีของ F . udum จากสภาพแวดล้อมที่ซับซ้อน ดังนั้น( PCR แบบเรียลไทม์ ) ในการศึกษาครั้งนี้สามารถนำมาใช้สำหรับการตรวจสอบและการตรวจสอบของ F . udum สำหรับการติดเชื้อและโรคหลอดเลือดระบาดวิทยาของต้นเหี่ยวของ
แฮะ .