■ AVAILABILITYMolCalc is avaliable

■ AVAILABILITY

MolCalc is avaliable on the Web1 and the source code is distributed through Github under the GPL license.14 The Github page also accepts bug reports and feature requests. The core of MolCalc is written in PHP5, jQuery, HTML5, and Python2.7, but is modular and can be installed on most Web servers, which makes it quite easy to add new capabilities to MolCalc. A copy of the GAMESS code must be obtained separately.15
■ ASSOCIATED CONTENT
*S Supporting Information

Two exercises for the students. This material is available via the Internet at http://pubs.acs.org.
■ AUTHOR INFORMATION
Corresponding Author

*E-mail: [e-mail].

Notes

The authors declare no competing financial interest.
■ ACKNOWLEDGMENTS

The development of MolCalc is supported by the University of Copenhagen through the Education at its Best initiative (Den gode uddannelse). The Molecule Editor was inspired, in part, by the Virtual Molecular Modeling Kit16 developed by Othis Rothenberger and Thomas Newton, and based on a prototype developed by Toke Fritzemeier. We thank one of the reviewers for sharing their teaching experience and material related to MolCalc.
REFERENCES

Molecule Calculator (MolCalc) http://dgu.ki.ku.dk/molcalc (accessed Jun 2013)

Molecule Calculator (MolCalc) http://dgu.ki.ku.dk/molcalc/ about (accessed Jun 2013)

Molecular Modeling Basics: Bond lengths, Avogadro, Google Docs, and gamification http://molecularmodelingbasics.blogspot.dk/ 2011/12/bond-lengths-avogadro-google-docs-and.html (accessed Jun 2013)

HTML5-only and WebGL Jmol Demo http://chemapps.stolaf. edu/jmol/jsmol/test2.htm (accessed Jun 2013)

Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D http://jmol.sourceforge.net (accessed Jun 2013)

Weininger, D. SMILES, a chemical language and information system. 1. Introduction to methodology and encoding rules. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1988, 28 (1), 3136.

NCI/CADD Chemical Identifier Resolver http://cactus.nci.nih. gov/chemical/structure (accessed Jun 2013)

Halgren, T. A. Merck molecular force field. I. Basis, form, scope, parameterization, and performance of MMFF94. J. Comput. Chem. 1996, 17, 490519.

Stewart, J. J. P. Optimization of Parameters for Semiempirical Methods I. Method. J. Comput. Chem. 1989, V. 10 (2), 209−220.
Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. General Atomic and Molecular Electronic Structure System. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347−1363.

Stewart, J. J. P. Optimization of parameters for semiempirical methods II. Applications. J. Comput. Chem. 1989, 10, 221−264.
Scott, A. P.; Radom, L. Harmonic Vibrational Frequencies: An Evaluation of Hartree Fock, Møller Plesset, Quadratic Configuration Interaction, Density Functional Theory, and Semiempirical Scale Factors. J. Phys. Chem. 1996, 100 (41), 1650216513.


1094 dx.doi.org/10.1021/ed400164n | J. Chem. Educ. 2013, 90, 1093−1095

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

■ความพร้อมใช้งานMolCalc จะใช้ใน Web1 และรหัสแหล่งที่มาจะกระจายผ่าน Github ภายใต้ GPL license.14 Github หน้ายังยอมรับข้อบกพร่องรายงาน และลักษณะการร้องขอ หลักของ MolCalc เขียน PHP5, jQuery, HTML5 และ Python2.7 แต่เป็นโมดุล และสามารถติดตั้งบนเว็บเซิร์ฟเวอร์ส่วนใหญ่ ซึ่งทำให้ค่อนข้างง่ายเพื่อเพิ่มความสามารถใหม่ MolCalc สำเนาของรหัส GAMESS ต้องได้รับ separately.15■ที่เชื่อมโยงเนื้อหา* ข้อมูลการสนับสนุน Sแบบฝึกหัดที่สองสำหรับนักเรียน วัสดุนี้จะพร้อมใช้งานผ่านทางอินเทอร์เน็ตที่ http://pubs.acs.org■ผู้เขียนข้อมูลผู้เขียนที่สอดคล้องกัน* อีเมล์: [e-mail]หมายเหตุผู้เขียนประกาศดอกเบี้ยเงินไม่แข่งขัน■ตอบการพัฒนาของ MolCalc ได้รับการสนับสนุน โดยมหาวิทยาลัยโคเปนเฮเกนผ่านการศึกษาในสุดความคิดริเริ่ม (Den gode uddannelse) แก้ไขโมเลกุลแรงบันดาลใจ ในส่วน โดยเสมือนโมเลกุลสร้างโมเดล Kit16 พัฒนา โดย Othis Rothenberger และนิวตัน Thomas และตามต้นแบบที่พัฒนา โดย Fritzemeier โตก เราขอขอบคุณทานอย่างใดอย่างหนึ่งสำหรับการแบ่งปันประสบการณ์การสอนและวัสดุที่เกี่ยวข้องกับ MolCalc ของพวกเขาการอ้างอิงโมเลกุลเครื่องคิดเลข (MolCalc) http://dgu.ki.ku.dk/molcalc (เข้าถึง 2013 มิ.ย.)Http://dgu.ki.ku.dk/molcalc/ เครื่องคิดเลข (MolCalc) โมเลกุลเกี่ยวกับ (เข้าถึง 2013 มิ.ย.)โมเลกุลสร้างโมเดลพื้นฐาน: พันธบัตรความยาว Avogadro เอกสาร Google และ gamification http://molecularmodelingbasics.blogspot.dk/ 2011/12/bond-lengths-avogadro-google-docs-and.html (เข้าถึง 2013 มิ.ย.)HTML5 เท่านั้น และเว็บจีแอล Jmol สาธิต http://chemapps.stolaf edu/jmol/jsmol/test2.htm (เข้าถึง 2013 มิ.ย.)Jmol: เป็นแหล่งเปิด Java แสดงสำหรับโครงสร้างทางเคมีใน 3D http://jmol.sourceforge.net (เข้าถึง 2013 มิ.ย.)Weininger, D. ยิ้ม ภาษาเคมี และระบบข้อมูล 1. แนะนำวิธีการและกฎการเข้ารหัส J. Chem. Inf. Comput Sci. 1988, 28 (1), 3136NCI/CADD เคมีรหัสตัว http://cactus.nci.nih gov/เคมี/โครง สร้าง (เข้าถึง 2013 มิ.ย.)Halgren ต.อ.เมอร์คฟิลด์บังคับระดับโมเลกุล I. พื้นฐาน แบบฟอร์ม ขอบเขต parameterization และประสิทธิภาพการทำงานของ MMFF94 J. Comput Chem. 1996, 17, 490519สจ๊วต J. J. P. ปรับพารามิเตอร์สำหรับ I. วิธี Semiempirical วิธี J. Comput Chem. 1989, V. 10 (2), 209−220Schmidt, M. W. Baldridge เคเค Boatz, J. A. Elbert, S. ต. Gordon, M. S. เจนเซน J. H. Koseki, S. Matsunaga, N. เหงียน อ.เค Su, S. Windus ต. L. Dupuis, M.; มอนท์โก ระบบโครงสร้างอิเล็กทรอนิกส์ของอะตอม และโมเลกุลทั่วไปของ A. J. J. Comput Chem. 1993, 14, 1347−1363สจ๊วต J. J. P. ปรับพารามิเตอร์สำหรับวิธี semiempirical II ใช้งาน J. Comput Chem. 1989, 10, 221−264สก็อต A. P. Radom ความถี่ Vibrational L. Harmonic: การประเมิน Hartree Fock, Møller Plesset โต้ตอบการกำหนดค่ากำลังสอง ทฤษฎีการทำงานความหนาแน่น และปัจจัยขนาด Semiempirical J. ตามจริง Chem. 1996, 100 (41), 16502165131094 dx.doi.org/10.1021/ed400164n | J. Chem. Educ. 2013, 90, 1093−1095

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

■ว่างMolCalc เป็นใช้ได้ใน web1 และรหัสที่มามีการกระจายผ่าน Github ภายใต้ GPL license.14 หน้า Github ยังรับรายงานข้อผิดพลาดและแสดงคุณสมบัติ หลักของ MolCalc เขียนใน PHP5, jQuery, HTML5 และ Python2.7 แต่เป็นแบบแยกส่วนและสามารถติดตั้งบนส่วนใหญ่เว็บเซิร์ฟเวอร์ซึ่งจะทำให้ง่ายต่อการเพิ่มความสามารถใหม่ในการ MolCalc สำเนาของรหัส GAMESS ต้องได้รับ separately.15 ■เนื้อหาที่เกี่ยวข้องของS * สนับสนุนข้อมูลสองการออกกำลังกายสำหรับนักเรียน วัสดุนี้สามารถใช้ได้ผ่านทางอินเทอร์เน็ตที่ http://pubs.acs.org. ■ข้อมูลที่ผู้เขียนเขียนสอดคล้อง* E-mail:. [e-mail] หมายเหตุผู้เขียนประกาศไม่มีผลประโยชน์ทางการเงินการแข่งขัน. ■กิตติกรรมประกาศพัฒนา MolCalc รับการสนับสนุนจากมหาวิทยาลัยโคเปนเฮเกนผ่านการศึกษาความคิดริเริ่มที่ดีที่สุด (Den ข่าวดีการศึกษา) โมเลกุลบรรณาธิการรับแรงบันดาลใจในบางส่วนโดยการสร้างแบบจำลองโมเลกุลเสมือน Kit16 พัฒนาโดย Othis Rothenberger และโทมัสนิวตันและอยู่บนพื้นฐานของต้นแบบที่พัฒนาโดย Toke Fritzemeier เราขอขอบคุณหนึ่งในผู้แสดงความคิดเห็นสำหรับการแบ่งปันประสบการณ์ในการสอนของพวกเขาและวัสดุที่เกี่ยวข้องกับ MolCalc. อ้างอิงโมเลกุลคำนวณ (MolCalc) http://dgu.ki.ku.dk/molcalc (เข้าถึงมิถุนายน 2013) เครื่องคิดเลขโมเลกุล (MolCalc) http: // dgu.ki.ku.dk/molcalc/ เกี่ยวกับ (เข้าถึงมิถุนายน 2013) การสร้างแบบจำลองโมเลกุลขั้นพื้นฐาน: ความยาวบอนด์ Avogadro, Google Docs และ gamification http://molecularmodelingbasics.blogspot.dk/ 2011/12 / พันธบัตรยาว-avogadro- google-เอกสาร-and.html (เข้าถึงมิถุนายน 2013) HTML5 เดียวและ WebGL Jmol สาธิต http: //chemapps.stolaf edu / jmol / jsmol / test2.htm (เข้าถึงมิถุนายน 2013) Jmol: เปิดแหล่งที่มาของผู้ชม Java สำหรับโครงสร้างทางเคมีในรูปแบบ 3D http://jmol.sourceforge.net (เข้าถึงมิถุนายน 2013) Weininger, D. SMILES, ภาษาเคมี และระบบสารสนเทศ 1. รู้เบื้องต้นเกี่ยวกับวิธีการและกฎการเข้ารหัส Chem เจ Inf คอมพิวเต วิทย์ 1988, 28 (1), 3136. NCI / CADD เคมี Identifier Resolver http: //cactus.nci.nih gov / เคมี / โครงสร้าง (เข้าถึงมิถุนายน 2013) Halgren, TA เมอร์คสนามพลังโมเลกุล เกณฑ์ I. รูปแบบขอบเขตพาราเมทริกและประสิทธิภาพการทำงานของ MMFF94 เจคอมพิวเต Chem 1996, 17, 490,519. สจ๊วต JJP การเพิ่มประสิทธิภาพของพารามิเตอร์สำหรับ Semiempirical วิธีหนึ่งวิธี เจคอมพิวเต Chem 1989, V. 10 (2), 209-220. ชมิดท์, MW; Baldridge, KK; Boatz, JA; เอลเบิร์, ST; กอร์ดอน, MS; เซ่น JH; Koseki, S .; Matsunaga, ไม่มี .; เหงียน, KA; ซู S .; Windus, TL; ปีส์, M .; มอนต์กอเม JA ทั่วไปอะตอมและโมเลกุลโครงสร้างระบบอิเล็กทรอนิกส์ เจคอมพิวเต Chem 1993, 14, 1347-1363. สจ๊วต JJP การเพิ่มประสิทธิภาพของพารามิเตอร์สำหรับวิธีการ semiempirical ครั้งที่สอง การประยุกต์ใช้งาน เจคอมพิวเต Chem . 1989, 10, 221-264 ก็อตต์, AP; ราดแอลฮาร์มอนิ Vibrational ความถี่: การประเมินผลการ Hartree Fock, Møller Plesset ปฏิสัมพันธ์การกำหนดค่ากำลังสอง, ความหนาแน่นของทฤษฎีการทำงานและปัจจัยที่มีสเกล Semiempirical เจสรวง Chem . 1996, 100 (41), 1650216513 1094 dx.doi.org/10.1021/ed400164n | เจ Chem Educ 2013, 90, 1093-1095

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

■ว่าง

molcalc สามารถใช้ได้บน web1 และรหัสแหล่งที่มามีการกระจายผ่านทางบริการภายใต้ GPL license.14 ที่บริการ หน้า ยัง รับ รายงานข้อผิดพลาดและคุณสมบัติการร้องขอ หลักของ molcalc เขียนใน php5 HTML5 , jQuery , และ , python2.7 แต่เป็น modular และสามารถติดตั้งบนเว็บเซิร์ฟเวอร์ส่วนใหญ่ ซึ่งทำให้มันค่อนข้างง่ายที่จะเพิ่มความสามารถใหม่เพื่อ molcalc .สำเนาของรหัสจะต้องได้รับ gamess แยก 15

* s ■เนื้อหาที่เกี่ยวข้องข้อมูลสนับสนุน

สองแบบฝึกหัดสำหรับนักเรียน วัสดุนี้สามารถใช้ได้ผ่านทางอินเทอร์เน็ต ที่ http : / / ผับ . ACS . org .
■เขียนข้อมูลที่ผู้เขียน


* E - mail : jhjensen @ Chem . KU . dk .



หมายเหตุผู้เขียนประกาศไม่การแข่งขันเงิน■


ขอบคุณที่สนใจการพัฒนา molcalc ได้รับการสนับสนุนจากมหาวิทยาลัยโคเปนเฮเกน ผ่านการศึกษาความคิดริเริ่มที่ดีที่สุด ( เดนโกเด uddannelse ) โมเลกุลบรรณาธิการได้รับแรงบันดาลใจ ในส่วน ของโมเลกุลแบบเสมือน kit16 พัฒนาโดย othis rothenberger และโทมัส นิวตัน และยึดตามต้นแบบที่พัฒนาโดยพา fritzemeier .เราขอขอบคุณที่ความคิดเห็นเพื่อแลกเปลี่ยนประสบการณ์การสอนของตนเอง และวัสดุที่เกี่ยวข้องกับ molcalc .
อ้างอิง

โมเลกุลเครื่องคิดเลข ( molcalc ) http://dgu.ki.ku.dk/molcalc ( เข้าถึงมิ.ย. )

โมเลกุลเครื่องคิดเลข ( molcalc ) http://dgu.ki.ku.dk/molcalc/ ( เข้าถึงมิ.ย. )

โมเลกุลแบบพื้นฐาน : พันธบัตรความยาวอาโวกาโดร , Google Docs และเกมมิฟิเคชั่น http : / / molecularmodelingbasics .blogspot.dk/ 2011 / 12 / bond-lengths-avogadro-google-docs-and.html ( เข้าถึงมิ.ย. )

HTML5 เท่านั้นและ WebGL jmol สาธิต http://chemapps.stolaf . การศึกษา / jmol / jsmol / test2.htm ( เข้าถึงมิ.ย. )

jmol : โอเพนซอร์ส Java Viewer สำหรับโครงสร้างทางเคมีใน 3D http://jmol.sourceforge.net ( เข้าถึงมิ.ย. )

weininger , D . ยิ้ม ระบบภาษาเคมีและข้อมูล 1 .แนะนำวิธีการและการเข้ารหัสกฎ เจเคมี โดยเฉพาะคอมพิวเตอร์ . สภาวะโลกร้อน 1988 , 28 ( 1 ) , ที่

NCI / cadd เคมีระบุตัว http://cactus.nci.nih . 14 / เคมี / โครงสร้าง ( เข้าถึงมิ.ย. )

halgren ที. . Merck โมเลกุลแรงสนาม ฉันพื้นฐาน , รูปแบบ , ขอบเขต , parameterization และผลการปฏิบัติงานของ mmff94 . เจคอมพิวเตอร์ . เคมี 1996 17 490519

สจ๊วต เจ เจ พีการเพิ่มประสิทธิภาพของพารามิเตอร์สำหรับ semiempirical วิธีผม วิธี เจคอมพิวเตอร์ . เคมี 1989 , V . 10 ( 2 ) 209 − 220 .
ชมิดท์ , M . W ; แบลดริจ เค. เค. ; boatz , J . A ; Elbert , S . T ; กอร์ดอน ม. S . ; เจนเซ่น เจ. เอช. ; koseki , S . ; มัตสึนากะ , N ; K . A ; เหงียนซู , S . ; WINDUS , T . L ; ดุเพิส M ; มอนโกเมอรี่ , J . A . ทั่วไปอะตอมและโครงสร้างของระบบอิเล็กทรอนิกส์ระดับโมเลกุล เจคอมพิวเตอร์ . เคมี 1993 , 14 , ซ้ํา− 1128 .

สจ๊วต เจ เจ พี เพิ่มประสิทธิภาพของพารามิเตอร์สำหรับวิธีการที่ 2 semiempirical . การประยุกต์ใช้ เจคอมพิวเตอร์ . เคมี 1989 , 10 , 221 − 0 .
สก็อต เอ. พี. ; Radom , L . การสั่นความถี่ฮาร์มอนิกการประเมินของฮาร์ทรี่ก M ller plesset ขึ้น การโต้ตอบ กำลังสอง ค่าความหนาแน่นของทฤษฎีเกี่ยวกับการทำงาน และปัจจัยระดับ semiempirical . J . ว. . เคมี 2539 , 100 ( 41 ) 1650216513


แล้ว dx.doi.org/10 .1021 / ed400164n | เจ. เคมี กระบวนการ . 2013 , 90 , 907 − 1095