การขนส่งทางอากาศเป็นธุรกิจบริการที่สำคัญอีกประเภทหนึ่งของเยอรมนี เนื่องจากเป็นประเทศที่ตั้งอยู่ใจกลางทวีปยุโรป จึงมีความสำคัญในระดับหนึ่งในด้านสนามบินนานาชาติ รองจาก สหราชอาณาจักร (ลอนดอน) เนเธอร์แลนด์ (อัมสเตอร์ดัม) และฝรั่งเศส (ปารีส) แต่การบินภายในประเทศไม่ได้รับความสนใจเท่าใด เนื่องจากประเทศมีขนาดเล็ก ปัจจุบันเยอรมนีจะมีสนามบินภายในประเทศราว 280 แห่งก็ตาม แต่เป็นสนามบินสำคัญๆ ที่มีผู้โดยสารขึ้นลงเครื่องบินมากเกินกว่า 150,000 คนเพียง 26 แห่ง ถึงกระนั้นในด้านส่วนแบ่งผู้โดยสารและการขนส่งสินค้าจะมีส่วนแบ่งสูงถึงร้อยละ 99 ของปริมาณทั้งสิ้นในเยอรมนี ที่สำคัญๆ ได้แก่
- แฟรงก์เฟริต/ไมน์ (อันดับ 1 ทั้งในด้านผู้โดยสารและการขนส่งสินค้า)
- มิวนิค (อันดับ 2 ในด้านผู้โดยสาร อันดับ 4 ในด้านการขนส่งสินค้า)
- ดึสเซิลดอร์ฟ (อันดับ 3 ในด้านผู้โดยสาร อันดับ 6 ในด้านการขนส่งสินค้า)
- เบอร์ลิน-เทเกิ้ล (อันดับ 4 ในด้านผู้โดยสาร อันดับ 11 ในด้านการขนส่งสินค้า)
- โคโลญจน์/บอนน์ (อันดับ 6 ในด้านผู้โดยสาร อันดับ 2 ในด้านการขนส่งสินค้า)
- ฮาห์น (อันดับ 11 ในด้านผู้โดยสาร อันดับ 5 ในด้านการขนส่งสินค้า)
เส้นทางการบินภายในที่สำคัญๆ จะเป็นการเดินทางระหว่างนครมิวนิค กรุงเบอร์ลิน ฮัมบูร์ก แฟรงก์เฟริต โคโลญจน์/บอนน์ และดึสเซิลดอร์ฟ