The diversity of Actinobacteria iso

The diversity of Actinobacteria isolated from the gut microbiota of two freshwater fish species namely Schizothorax zarudnyi and Schizocypris altidorsalis was investigated employing classical cultivation techniques, repetitive sequence-based PCR (rep-PCR), partial and full 16S rDNA sequencing followed by phylogenetic analysis. A total of 277 isolates were cultured by applying three different agar media. Based on rep-PCR profile analysis a subset of 33 strains was selected for further phylogenetic investigations, antimicrobial activity testing and diversity analysis of secondary-metabolite biosynthetic genes. The identification based on 16S rRNA gene sequencing revealed that the isolates belong to eight genera distributed among six families. At the family level, 72% of the 277 isolates belong to the family Streptomycetaceae. Among the non-streptomycetes group, the most dominant group could be allocated to the family of Pseudonocardiaceae followed by the members of Micromonosporaceae. Phylogenetic analysis clearly showed that many of the isolates in the genera Streptomyces, Saccharomonospora, Micromonospora, Nocardiopsis, Arthrobacter, Kocuria, Microbacterium and Agromyces formed a single and distinct cluster with the type strains. Notably, there is no report so far about the occurrence of these Actinobacteria in the microbiota of freshwater fish. Of the 33 isolates, all the strains exhibited antibacterial activity against a set of tested human and fish pathogenic bacteria. Then, to study their associated potential capacity to synthesize diverse bioactive natural products, diversity of genes associated with secondary-metabolite biosynthesis including PKS I, PKS II, NRPS, the enzyme PhzE of the phenazine pathways, the enzyme dTGD of 6-deoxyhexoses glycosylation pathway, the enzyme Halo of halogenation pathway and the enzyme CYP in polyene polyketide biosynthesis were investigated among the isolates. All the strains possess at least two types of the investigated biosynthetic genes, one-fourth of them harbours more than four. This study demonstrates the significant diversity of Actinobacteria in the fish gut microbiota and it's potential to produce biologically active compounds.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ความหลากหลายของ Actinobacteria ที่แยกต่างหากจาก microbiota ไส้ปลาสองชนิดคือ Schizothorax zarudnyi และ Schizocypris altidorsalis ถูกสอบสวนใช้เทคนิคเพาะปลูกคลาสสิก ซ้ำตามลำดับ PCR (ตัวแทน-PCR), บางส่วนและเต็ม 16S rDNA ลำดับตามวิเคราะห์ phylogenetic จำนวน 277 แยกได้อ่าง โดยใช้สื่อต่าง ๆ agar สาม ตามการวิเคราะห์โพรไฟล์พนักงาน PCR เลือกชุดย่อยของสายพันธุ์ 33 สำหรับเพิ่มเติม phylogenetic สืบสวน วิเคราะห์ทดสอบและความหลากหลายของกิจกรรมจุลินทรีย์ biosynthetic ของ metabolite รอง รหัสตามลำดับ 16S rRNA ยีนเปิดเผยว่า การแยกเป็นสกุลแปดถูกกระจาย 6 ครอบครัว ระดับครอบครัว 72% แยก 277 เป็นของครอบครัว Streptomycetaceae ระหว่างกลุ่มไม่ใช่ streptomycetes กลุ่มโดดเด่นที่สุดสามารถถูกปันส่วนให้กับครอบครัวของ Pseudonocardiaceae ตาม ด้วยสมาชิกของ Micromonosporaceae วิเคราะห์ phylogenetic ชัดเจนแสดงให้เห็นว่า หลายแยกในสกุล Streptomyces, Saccharomonospora, Micromonospora, Nocardiopsis, Arthrobacter, Kocuria, Microbacterium และ Agromyces รูปแบบคลัสเตอร์เดียว และแตกต่างกับสายพันธุ์ชนิด ยวด มีรายงานไม่มากเกี่ยวกับการเกิดขึ้นของ Actinobacteria ใน microbiota ของปลาเหล่านี้ ของ 33 แยก สายพันธุ์ทั้งหมดจัดแสดงกิจกรรมต้านเชื้อแบคทีเรียกับชุดของมนุษย์ผ่านการทดสอบและแบคทีเรีย pathogenic ปลา แล้ว เพื่อศึกษาความเป็นไปได้เชื่อมโยงสังเคราะห์หลากหลายผลิตภัณฑ์ธรรมชาติกรรมการก ความหลากหลายของยีนเกี่ยวข้องกับมัธยม metabolite สังเคราะห์รวม PKS I, PKS II, NRPS เอนไซม์ PhzE มนต์ phenazine, dTGD เอนไซม์ของ 6 deoxyhexoses glycosylation ทางเดิน เอนไซม์ Halo halogenation ทางเดินและเอนไซม์ CYP ในการสังเคราะห์พอลิอีนโพลีคีไทด์ถูกตรวจสอบระหว่างแยก สายพันธุ์ทั้งหมดมีอย่างน้อยสองชนิดของยีน biosynthetic investigated หนึ่งส่วนสี่ของพวกเขา harbours มากกว่า 4 การศึกษานี้แสดงให้เห็นถึงความหลากหลายที่สำคัญของ Actinobacteria ใน microbiota ไส้ปลา และมีศักยภาพในการผลิตชิ้นงานสาร

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ความหลากหลายของ actinobacteria ที่แยกได้จากลำไส้ microbiota ของทั้งสองสายพันธุ์ปลาน้ำจืด ได้แก่ Schizothorax zarudnyi และ Schizocypris altidorsalis ถูกตรวจสอบการใช้เทคนิคการเพาะปลูกคลาสสิกซ้ำลำดับตาม PCR (ตัวแทน-PCR) บางส่วนและเต็ม 16S rDNA ลำดับตามด้วยการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ ทั้งหมด 277 สายพันธุ์โดยการเพาะโดยใช้สื่อที่แตกต่างกันสามวุ้น จากการวิเคราะห์รายละเอียดตัวแทน-PCR ย่อยของ 33 สายพันธุ์ได้รับเลือกสำหรับการตรวจสอบสายวิวัฒนาการต่อไปทดสอบฤทธิ์ต้านจุลชีพและการวิเคราะห์ความหลากหลายของยีนสังเคราะห์รอง metabolite บัตรประจำตัวอยู่บนพื้นฐานของ 16S rRNA ลำดับยีนเปิดเผยว่าสายพันธุ์ที่อยู่ในแปดจำพวกหกกระจายในหมู่ครอบครัว ในระดับครอบครัว 72% ของ 277 แยกเป็นของครอบครัว Streptomycetaceae ในกลุ่มที่ไม่ได้ใน streptomycete กลุ่มที่โดดเด่นที่สุดจะได้รับการจัดสรรให้กับครอบครัวของ Pseudonocardiaceae ที่ใช้โดยสมาชิกของ Micromonosporaceae การวิเคราะห์วิวัฒนาการอย่างชัดเจนพบว่าหลายสายพันธุ์ในจำพวก Streptomyces, Saccharomonospora, Micromonospora, Nocardiopsis, Arthrobacter, Kocuria, Microbacterium Agromyces และกลายเป็นกลุ่มเดียวและแตกต่างกับสายพันธุ์ชนิด ยวดไม่มีรายงานเพื่อให้ห่างไกลเกี่ยวกับการเกิดขึ้นของ actinobacteria เหล่านี้ใน microbiota ของปลาน้ำจืด 33 สายพันธุ์สายพันธุ์ทั้งหมดที่แสดงฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียกับชุดของการทดสอบของมนุษย์และปลาเชื้อแบคทีเรียก่อโรค จากนั้นจะศึกษาความจุของพวกเขาที่มีศักยภาพที่เกี่ยวข้องในการสังเคราะห์ผลิตภัณฑ์ธรรมชาติที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีความหลากหลายความหลากหลายของยีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์สารมัธยมศึกษารวมทั้ง PKS ผม PKS ครั้งที่สอง NRPS เอนไซม์ PhzE ของทางเดิน phenazine ที่เอนไซม์ dTGD 6 deoxyhexoses เดิน glycosylation เอนไซม์รัศมีของทางเดิน halogenation และเอนไซม์ CYP ในการสังเคราะห์ polyene polyketide ที่ถูกสอบสวนในหมู่เชื้อ สายพันธุ์ทั้งหมดมีอย่างน้อยสองชนิดของยีนสังเคราะห์สอบสวนหนึ่งในสี่ของพวกเขาการคุ้มกันอย่างแน่นหนากว่าสี่ การศึกษาครั้งนี้แสดงให้เห็นถึงความหลากหลายที่สำคัญของ actinobacteria ใน microbiota ลำไส้ปลาและก็มีศักยภาพในการผลิตสารชีวภาพ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความหลากหลายของแอคติโนมัยสีทที่แยกจากลำไส้ไมโครไบโ ้า 2 ปลาน้ำจืดชนิดคือ schizothorax zarudnyi schizocypris altidorsalis และศึกษาเทคนิคการใช้คลาสสิกลำดับซ้ำจาก PCR ( ตัวแทน PCR ) บางส่วนและเต็ม 16S rDNA จัดลำดับตามด้วยการวิเคราะห์ phylogenetic .ทั้งหมด 277 เชื้อเพาะเลี้ยงโดยใช้อาหาร 3 สื่อที่แตกต่างกัน จากการวิเคราะห์ตัวแทน PCR โปรไฟล์ย่อย 33 สายพันธุ์ที่ได้รับการยืนยันเพิ่มเติม การทดสอบฤทธิ์ต้านจุลชีพและการวิเคราะห์ความหลากหลายของการมัธยมศึกษาระดับยีนการจำแนกตามลำดับเบส 16S rRNA ยีน พบว่าสายพันธุ์ของแปดสกุลกระจายระหว่างหกครอบครัว ในระดับครอบครัว , 72% ของ 277 แยกเป็นของ streptomycetaceae ครอบครัว ไม่ streptomycetes ระหว่างกลุ่ม กลุ่มเด่นมากที่สุดอาจจะมีการจัดสรรให้กับครอบครัวของ pseudonocardiaceae ตามด้วยสมาชิกของ micromonosporaceae .การวิเคราะห์ phylogenetic พบว่าจำนวนมากของสายพันธุ์ในสกุล Streptomyces saccharomonospora ไมโครโมโนสปอรา nocardiopsis , , , , kocuria ยา , และ , microbacterium agromyces รูปแบบที่เดี่ยวและกลุ่มที่แตกต่างกันกับประเภทของสายพันธุ์ อย่างไรก็ตาม ไม่มีรายงานเกี่ยวกับการเกิดของเหล่านี้เพื่อให้ห่างไกลแอคติโนมัยสีทในไมโครไบโ ้าของน้ำจืดปลา ของ 33 สายพันธุ์สายพันธุ์ทั้งหมด มีฤทธิ์ต้านแบคทีเรีย กับชุดทดสอบมนุษย์และปลาเชื้อโรคแบคทีเรีย แล้ว ศึกษาศักยภาพการผลิตที่หลากหลายของผลิตภัณฑ์ธรรมชาติและสารสังเคราะห์ ความหลากหลายของยีนที่เกี่ยวข้องกับการสร้างสารทุติยภูมิในรวมทั้ง pks ผม pks II , nrps , เอนไซม์ phze ของ phenazine ทางเดินเอนไซม์ dtgd ของ 6-deoxyhexoses glycosylation ทางเดิน , เอนไซม์ฮาโลจิเนชันและรัศมีของทางเอนไซม์ CYP ในกระสังโดยศึกษาในกลุ่มของเชื้อ สายพันธุ์ทั้งหมดมีอย่างน้อยสองชนิดของการตรวจสอบยีน หนึ่งในสี่ของพวกเขาท่าเรือมากกว่าสี่การศึกษาครั้งนี้แสดงให้เห็นถึงความหลากหลายที่สำคัญของแอคติโนมัยสีทในท้องปลาไมโครไบโ ้าและก็มีศักยภาพที่จะผลิตสารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ