All primer pairs amplifying gene fr

All primer pairs amplifying gene fragments of nirS
and nirK were run with an initial denaturation of the
DNA at 94 C for 2 min, followed by 35 cycles of 30 s at
94 C, 1 min at 51 C and 1 min at 72 C. The reaction
was completed after 10 min at 72 C. The reaction
mixtures were placed in a minicycler (MJ Research,
Waltham, M, USA). Due to inadequate amplification,
primer pair Cunir3:nirk5R (also named Cunir4) was
also run according to Casciotti and Ward [12]. The PCR
for primer pairs, cd3aF:R3cd and F1aCu:R3Cu, was
further optimised and the annealing temperature was
increased to 57 C for both primer pairs. The annealing
temperature for the primers encoding nosZ differed depending
on the specific pair, but the PCR program was
otherwise as described above. Primer combinations
Nos661F:Nos1527R, Nos661F:Nos1773R, Nos1527F:-
Nos1773R, nosZ-F:Nos1773R and nosZ661b:-
nosZ1773b were run at an annealing temperature of 55
C, combination nosZ-F:nosZ-R at 50 C and combination
nosZ-F:nosZ1622R at 53 C. Primers nosLb and
nosRb were run according to Cheneby et al. [24] but also
with a lower annealing temperature (56 C) due to inadequate
amplification. The detection and the size of the
amplicons were determined by agarose (0.9%) gel electrophoresis
and UV translumination after ethidium
bromide staining.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ทุกคู่ไพรเมอร์ขยายชิ้นส่วนของยีน nirS
และ nirK วิ่งกับ denaturation เริ่มต้นของ
ดีเอ็นเอที่ 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาทีตามด้วย 35 รอบของ 30 วินาทีที่
94? C, 1 นาทีที่ 51 องศาเซลเซียสและ 1 นาทีที่ 72 องศาเซลเซียส ปฏิกิริยา
เสร็จสมบูรณ์หลังจาก 10 นาทีที่ 72 องศาเซลเซียส ปฏิกิริยาที่
ผสมอยู่ใน minicycler A (MJ วิจัย
Waltham, M, USA) เนื่องจากการขยายไม่เพียงพอ
คู่ไพรเมอร์ Cunir3: nirk5R (ชื่อยัง Cunir4) คือการ
ทำงานยังตาม Casciotti และวอร์ด [12] PCR
สำหรับคู่ไพรเมอร์ cd3aF: R3cd และ F1aCu: R3Cu ได้รับการ
เพิ่มประสิทธิภาพต่อไปหลอมและอุณหภูมิก็
เพิ่มขึ้นถึง 57 องศาเซลเซียสเป็นเวลาทั้งคู่ไพรเมอร์? อบอ่อน
อุณหภูมิไพรเมอร์เข้ารหัส nosZ แตกต่างกันขึ้นอยู่
บนคู่เฉพาะ แต่โปรแกรม PCR ได้รับการ
อย่างอื่นตามที่อธิบายไว้ข้างต้น การผสมรองพื้น
Nos661F: Nos1527R, Nos661F: Nos1773R, Nos1527F: -
Nos1773R, nosZ-F: Nos1773R และ nosZ661b: -
nosZ1773b วิ่งที่อุณหภูมิการอบ 55
? C, การรวมกัน nosZ-F: nosZ-R ที่ 50 C และการรวมกัน
nosZ-F: nosZ1622R ที่ 53 องศาเซลเซียส ไพรเมอร์และ nosLb
nosRb วิ่งตาม Ch? Eneby et al, [24] แต่ยัง
มีอุณหภูมิที่ต่ำกว่าการอบ (56 องศาเซลเซียส) เนื่องจากไม่เพียงพอ
ขยาย การตรวจสอบและขนาดของ
amplicons ถูกกำหนดโดย agarose (0.9%) เจลอิเลค
และยูวี translumination หลังจาก ethidium
bromide การย้อมสี

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ทั้งหมดชิ้นส่วนของ nirs ขยายยีนคู่ไพรเมอร์และ เนิร์กได้วิ่งด้วย ( ครั้งแรกของดีเอ็นเอที่ 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาที ตามด้วย 35 รอบ 30 S ที่94 องศาเซลเซียส 1 นาทีที่ 51 C และ 1 นาทีที่ 72 C . ปฏิกิริยาเสร็จสมบูรณ์หลังจาก 10 นาทีที่ 72 C . ปฏิกิริยาผสมอยู่ใน minicycler ( วิจัยะเอ็มเจวอลแทม , M , USA ) เนื่องจากไม่เพียงพอขยายcunir3 คู่หลัก : nirk5r ( ชื่อยัง cunir4 ) คือยังวิ่งตาม casciotti และปัด [ 12 ] pcrสำหรับไพรเมอร์คู่ cd3af : r3cd f1acu : r3cu , และเพิ่มประสิทธิภาพต่อไปและอุณหภูมิการอบอ่อน คือเพิ่มขึ้นเป็น 57 C ทั้งไพรเมอร์คู่ การอบอ่อนอุณหภูมิด้วย nosz แตกต่างกันขึ้นอยู่กับการเข้ารหัสในคู่ที่เฉพาะเจาะจง แต่โปรแกรม PCR คืออย่างอื่นตามที่อธิบายไว้ข้างต้น ไพรเมอร์ผสมnos661f : nos1527r nos661f : nos1773r nos1527f , , : - .nos1773r nosz-f : nos1773r , nosz661b : - และnosz1773b เป็นวิ่งที่อุณหภูมิการอบอ่อน 55C , การรวมกัน nosz-f : nosz-r ที่ 50 องศาเซลเซียส และรวมกันnosz-f : nosz1622r ที่ไพรเมอร์และ noslb 53 Cnosrb กำลังวิ่งตาม cheneby et al . [ 24 ] แต่ยังด้วยการลดอุณหภูมิการอบอ่อน ( 56 องศาเซลเซียส เนื่องจากไม่เพียงพอขยาย . การตรวจจับและขนาดของamplicons ถูกกำหนดโดยโรส ( 0.9% ) เจลอิเลคโตรโฟเรซีสและ UV translumination หลังจากคู่bromide staining