The bacterial blight (BB) resistanc

The bacterial blight (BB) resistance gene Xa11 confers resistance in rice to Japanese races IB, II,
IIIA, and V of the BB pathogen Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo). Here, we report the mapping
of Xa11 by using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD), cleaved amplified polymorphic sequence
(CAPS), and simple sequence repeat (SSR) markers. To detect DNA markers linked to Xa11,
we used an Xa11 near-isogenic line, IR-BB11 (in genetic background of IR24), and the susceptible
cultivar IR24. The RAPD fragment L191200, putatively linked to Xa11, was identified. Cloning and
sequencing of the L191200 product indicated that it was held in the Rice Genome Program database as
accession number AC097277, and that it occurs on chromosome 3. On the basis of the sequences of
L191200 and the flanking genomic region, we designed CAPS marker KUX11 and selected two SSR
markers, RM347 and RM1350, for mapping Xa11. To confirm the putative linkage among Xa11 and
the three markers, we conducted linkage analysis using the F2 population of a cross between IR24 and
IR-BB11. Each F2 plant was inoculated with strain T7156 (race IB) and genotyped with KUX11,
RM347, and RM1350. Segregation in the F2 located Xa11 between the loci of RM347 (2.0 cM) and
KUX11 (1.0 cM) on the long arm of chromosome 3. These results should be useful for the markerassisted
selection of Xa11 in breeding programs and for cloning Xa11 by map-based cloning

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โรคใบไหม้แบคทีเรีย (BB) ยีนต้านทาน Xa11 ฟาโรห์ต้านทานข้าวไปแข่งญี่ปุ่น IB, II
IIIA และ V ของเชื้อ Xanthomonas oryzae BB pv oryzae (Xoo) ที่นี่เรารายงานการทำแผนที่ของ Xa11 โดยใช้ดีเอ็นเอ polymorphic ขยายแบบสุ่ม (RAPD) เกาะติดลำดับ polymorphic ขยาย (ตัวพิมพ์ใหญ่) และทำซ้ำลำดับง่าย (SSR) เครื่องหมาย เพื่อตรวจหาเครื่องหมายดีเอ็นเอที่เชื่อมโยงกับ Xa11, เราใช้ Xa11 สายพันธุ์ใกล้, IR-BB11 (ในพื้นหลังทางพันธุกรรมของ IR24) และไวต่อIR24 พันธุ์ ส่วน RAPD L191200 เชื่อมโยง putatively Xa11 จะถูกระบุ การโคลนและการหาลำดับเบสของผลิตภัณฑ์ L191200 ชี้ให้เห็นว่ามันจะถูกจัดขึ้นในฐานข้อมูลโครงการจีโนมข้าวเป็นจำนวนเข้าAC097277 และที่มันเกิดขึ้นบนโครโมโซม 3. บนพื้นฐานของการลำดับของL191200 และภูมิภาคจีโนมขนาบเราได้ออกแบบ CAPS เครื่องหมาย KUX11 และเลือกที่สอง SSR เครื่องหมาย RM347 และ RM1350 สำหรับการทำแผนที่ Xa11 เพื่อยืนยันการเชื่อมโยงสมมุติหมู่ Xa11 และสามเครื่องหมายเราดำเนินการวิเคราะห์การเชื่อมโยงโดยใช้ประชากร F2 ข้ามระหว่าง IR24 และ IR-BB11 พืช F2 แต่ละคนได้รับเชื้อด้วยความเครียด T7156 (แข่ง IB) และ genotyped กับ KUX11, RM347 และ RM1350 แยกใน F2 Xa11 อยู่ระหว่างตำแหน่งของ RM347 นี้ (2.0 เซนติเมตร) และKUX11 (1.0 เซนติเมตร) บนแขนยาวของโครโมโซม 3. ผลลัพธ์เหล่านี้ควรจะเป็นประโยชน์สำหรับ markerassisted เลือกของ Xa11 ในโปรแกรมการปรับปรุงพันธุ์และการโคลน Xa11 โดย map- โคลนตาม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การทำลายแบคทีเรีย ( BB ) ยีนที่เกี่ยวข้อง xa11 ความต้านทานความต้านทานในข้าวสาร IB , เชื้อชาติญี่ปุ่น 2
IIIa และ V ของเชื้อ Xanthomonas oryzae pv BB . oryzae ( ให้ ) ที่นี่ เรารายงานแผนที่
ของ xa11 โดยใช้สุ่ม amplified polymorphic DNA ( RAPD ) ของลำดับเบสจำนวน
( หมวก ) , และง่ายลำดับซ้ำ ( SSR ) เครื่องหมาย การตรวจหาเครื่องหมายดีเอ็นเอที่เชื่อมโยงกับ xa11
,เราใช้ xa11 ใกล้ isogenic บรรทัด ir-bb11 ( ในพื้นหลังทางพันธุกรรมของ ir24 ) และพันธุ์อ่อนแอ
ir24 . ในส่วน l191200 putatively RAPD , เชื่อมโยงกับ xa11 , ระบุ การโคลนและ
ลำดับของผลิตภัณฑ์ l191200 ระบุว่ามันถูกจัดขึ้นในจีโนมข้าวโปรแกรมฐานข้อมูล
เข้าเบอร์ ac097277 และมันเกิดขึ้นบนโครโมโซมคู่ที่ 3 บนพื้นฐานของลำดับ
l191200 และ flanking จีโนมภูมิภาค เราออกแบบหมวกเครื่องหมาย kux11 และเลือกสองเครื่องหมาย SSR
rm347 rm1350 xa11 , และ , แผนที่ เพื่อยืนยันการเชื่อมต่อและการแสดงออกของ xa11
3 เครื่องหมาย เราดำเนินการการวิเคราะห์ linkage โดยใช้พันธุ์ประชากรลูกผสมระหว่าง ir24 และ
ir-bb11 . แต่ละโรงงาน F2 เป็นเชื้อที่มีสายพันธุ์ ( IB t7156 การแข่งขัน ) และ genotyped กับ kux11
rm347 , และ rm1350 .การแยกจากกันใน F2 อยู่ xa11 ระหว่างสถานะของ rm347 ( 2.0 ซม. )
kux11 ( ซม ) แขนยาวของโครโมโซม 3 ผลการศึกษานี้จะเป็นประโยชน์สำหรับการเลือก markerassisted
xa11 ในการผสมพันธุ์และโปรแกรมสำหรับการใช้ xa11 โดยแผนที่โคลน