2.2. Molecular characterization of

2.2. Molecular characterization of the endophytes and Fusarium
isolates
2.2.1. DNA amplification and sequencing
The identification of endophytic and pathogenic fungi was performed
by means of nucleotide sequence of the ITS1-5.8S rRNAITS2
region that varies depending on fungal species. DNA was
extracted from small mycelial fragments scraped from the surface
of culture plates using a commercial kit (RedExtract-N-Amp Plant
PCR, Sigma Aldrich) as recommended by the manufacturer. The
ITS1-5.8S rRNA-ITS2 region was amplified using PCR in a system
including 2 ll of DNA extract and primers ITS4 and ITS5. Amplifi-
cation conditions were: 95 C for 2 min, followed by 35 cycles of
94 C for 1 min, 54 C for 1 min, and 72 C for 1 min after which
the reaction was kept at 72 C for 10 min. PCR amplicons were
purified by filtration (Montage PCR, Millipore), and sequenced in
a 3100 Genetic Analyzer (Applied Biosciences). Only one strand
of the PCR amplicon was sequenced. The sequencing reaction
was started at the 50
end of the ITS1-5.8S rRNA-ITS2 region, using
primer ITS4. The quality of the sequences obtained was analyzed
by means of sequencing reaction chromatograms, visualized with
Chromas 1.45 software (Technelysium, Australia) (Sánch

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.2. โมเลกุลสมบัติของ endophytes และ Fusariumแยก2.2.1. ดีเอ็นเอขยายและลำดับทำรหัสของเชื้อ endophytic และทำให้เกิดโรคโดยลำดับนิวคลีโอไทด์ ITS1-5.8S rRNAITS2ภูมิภาคที่แตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับสายพันธุ์เชื้อรา เป็นดีเอ็นเอสกัดจากเศษ mycelial เล็กขูดจากพื้นผิววัฒนธรรมแผ่นใช้ชุดเชิงพาณิชย์ (โรงงาน RedExtract-N-แอมป์PCR, Sigma Aldrich) แนะนำ โดยผู้ผลิต การITS1-5.8S rRNA ITS2 ภูมิภาคได้ขยายการใช้ PCR ในระบบรวมทั้ง 2 จะแยกดีเอ็นเอและไพรเมอร์ ITS4 และ ITS5 แอมพลิฟาย-สภาพไอออนก็: C 95 สำหรับ 2 นาที ตาม ด้วยรอบ 35C 94 สำหรับ 1 นาที 54 C เป็นเวลา 1 นาที และ 72 C 1 นาทีหลังจากนั้นปฏิกิริยาที่ถูกเก็บไว้ที่ 72 C สำหรับ amplicons PCR 10 นาทีได้บริสุทธิ์ โดยการกรอง (ตัด PCR มิลลิพอร์), และเรียงลำดับในที่ 3100 พันธุกรรมวิเคราะห์ (วิทยาศาสตร์ชีวภาพในระดับประยุกต์) สาระเดียวของ PCR amplicon ที่ถูกเรียงลำดับ ปฏิกิริยาลำดับเริ่มต้นที่ 50สิ้นสุด ITS1-5.8S ภูมิภาค rRNA ITS2 ใช้รองพื้น ITS4 คุณภาพของลำดับได้ถูกวิเคราะห์โดยใช้วิธีจัดลำดับปฏิกิริยา chromatograms มองเห็นด้วยซอฟต์แวร์ chromas 1.45 (Technelysium ออสเตรเลีย) (Sánch

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.2 ลักษณะโมเลกุลของ endophytes และ Fusarium
แยก
2.2.1 ดีเอ็นเอลำดับและ
บัตรประจำตัวของเชื้อราที่ทำให้เกิดโรคเอนโดไฟท์และได้ดำเนินการ
โดยวิธีการของลำดับเบสของ ITS1-5.8S rRNAITS2
พื้นที่ที่แตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับชนิดของเชื้อรา ดีเอ็นเอ
ที่สกัดจากเศษเส้นใยเล็ก ๆ ที่คัดลอกมาจากพื้นผิว
ของแผ่นวัฒนธรรมโดยใช้ชุดพาณิชย์ (RedExtract-N-Amp พืช
PCR ซิกดิช) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต
ภูมิภาค ITS1-5.8S rRNA-ITS2 ถูกขยายโดยใช้วิธี PCR ในระบบ
รวมทั้ง 2 LL ของสารสกัดจาก DNA และไพรเมอร์และ ITS4 ITS5 เครื่องขยาย
เงื่อนไขไอออนบวกคือ: 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาทีตามด้วย 35 รอบของ
94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาที 54 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาทีและ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาทีหลังจากที่
เกิดปฏิกิริยาถูกเก็บไว้ที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาที amplicons PCR ถูก
ทำให้บริสุทธิ์โดยการกรอง (Montage PCR, อร์ค) และลำดับขั้นตอนใน
พันธุกรรมวิเคราะห์ (ประยุกต์ชีววิทยาศาสตร์) 3100 เพียงเส้นหนึ่ง
ของ amplicon PCR ถูกติดใจ ปฏิกิริยาลำดับ
เริ่มต้นที่ 50
ในตอนท้ายของภูมิภาค ITS1-5.8S rRNA-ITS2 ใช้
ITS4 ไพรเมอร์ คุณภาพของลำดับที่ได้มาวิเคราะห์
โดยวิธีโครมาโตลำดับปฏิกิริยามองเห็นด้วย
chromas 1.45 ซอฟแวร์ (Technelysium, ออสเตรเลีย) (Sánch