MATERIALS AND METHODSPatient sample

MATERIALS AND METHODS
Patient samples We recruited 79 Thai Autistic spectrum disorders children (ASD) between 2010 and 2012 from Yuwaprasart Waithayopathum Child Psychiatric Hospital. The genetic information of 154 subjects without ASD diagnosed (non-ASD) was collected from Laboratory for Pharmacogenetics, Department of Pathology, Faculty of Medicine Ramathibodi Hospital, Mahidol University. Genomic DNA was extracted from 1 ml of whole blood using automated MagNA Pure Compact (Roche Applied Science, Penzberg, Germany). This study was approved by the ethics committee of Ramathibodi Hospital. All patients written informed consent before enrolling.
Genotyping procedure: AmpliChipTM CYP450 analysis of the CYP2D6
The CYP2D6 polymorphisms of 79 ASD and 154 non-ASD were evaluated by microarray-based assay. The AmpliChip CYP450 Test (Roche Diagnostics) was used for detection of polymorphisms in CYP2D6 according to the manufacturer’s instructions. The AmpliChipTM CYP450 Test is a microarray-based assay with five major processes: (i) PCR amplification of purified DNA, (ii) fragmenting and labeling of the amplified products, (iii) hybridization and staining, (iv) scanning of the microarray and (v) determination of the genotypes. This test identified 33 CYP2D6
84 Thai J. Genet. 2013, 6(1) : 82-87 Suwannarat et al.
alleles including single nucleotide poly morphisms, gene deletion, insertion, conversion and duplications.
Analysis of polymorphisms in CYP2D6
The 29 polymorphisms in CYP2D6 had been detected in this study including: -1584C>G, 31G>A, 100C>T, 138insT, 883G>C, 1023C>T, 1039C>T, 1659G>A, 1661G>C, 1707T>del, 1758G>T, 1758G>A, 1846G>A, 1976G>A, *20 cluster, 2539-2542delAACT, 2549A>del, 2613-2615delAGA, 2850C>T, 2935A>C, 3183G>A, 3198C>G, 3277T>C, 4042G>A, *36GC, 4180G>C, 1863 Repeat Ins, Gene deletion (*5) and Gene duplication. The AmpliChip CYP450 Data Analysis Software was used to infer the genotype, and to predict the individual's CYP2D6 enzymatic activity. We used algorithm from the AmpliChip package insert for the assignment of predicted phenotypes. There are four phenotypic categories according to alleles related enzyme activity: (1) no enzyme activity alleles (poor metabolizer; PM); *3, *4, *5, *6, *7, *8, *11, *14A, *15, *19, *20, *36, *40 and *4XN, (2) decreased enzyme activity alleles (intermediate metabolizer; IM); *9, *10, *17, *29, *41, *10XN, *17XN and *41XN, normal enzyme activity alleles (extensive metabolizer; EM); *1, *2 and *35, and increased enzyme activity alleles (ultra-rapid metabolizer; UM); *1XN, *2XN and *35XN.
Genotyping procedure: LABType® PCR-SSOP analysis of the HLA-B*1502
LABType® SSO B Locus (One Lambda, Inc., Canoga Park, CA) Test is based on five major processes: (i) PCR amplification of purified DNA, (ii) denaturation/neutralization, (iii) hybridization, (iv) labeling and (v) sample reading on the Bioplex 200 and result analysis by HLA Fusion 2.0. The HLA-B*1502 of total 292 ASD and 627 non-ASD were carried out according to the manufacturer protocol.
Statistical analysis
Hardy-Weinberg equilibrium was conducted with Haploview 4.2. Chi-square and Fisher’s exact tests were used to analyze the difference of CYP2D6 and HLA-B*1502 allele frequency between ASD and non-ASD. Statistical significance was set at P

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วัสดุและวิธีการกลุ่มตัวอย่างผู้ป่วย
เราได้รับคัดเลือก 79 ไทยเด็กออทิสติกความผิดปกติสเปกตรัม (ASD) ระหว่าง 2010 และ 2012 จากโรงพยาบาลจิตเวชเด็ก waithayopathum yuwaprasart ข้อมูลทางพันธุกรรมจาก 154 เรื่องโดยไม่ต้องได้รับการวินิจฉัย asd (ไม่ asd) ถูกเก็บรวบรวมจากห้องปฏิบัติการเภสัชภาควิชาพยาธิวิทยาคณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดีมหาวิทยาลัยมหิดลdna จีโนมได้รับการสกัดจาก 1 มิลลิลิตรของเลือดทั้งหมดโดยใช้ Magna อัตโนมัติขนาดเล็ก (โรชใช้วิทยาศาสตร์ Penzberg, เยอรมนี) บริสุทธิ์ การศึกษาครั้งนี้ได้รับการอนุมัติโดยคณะกรรมการจริยธรรมของโรงพยาบาลรามาธิบดี ผู้ป่วยทั้งหมดที่เขียนความยินยอมก่อนที่จะลงทะเบียน
ขั้นตอน genotyping. amplichiptm วิเคราะห์ cyp450 ของ CYP2D6
หลากหลาย CYP2D6 จาก 79 asd และ 154 ไม่ asd ได้รับการประเมินโดยวิธี microarray-based ทดสอบ amplichip cyp450 (การวินิจฉัยโรช) ถูกนำมาใช้สำหรับการตรวจสอบของความหลากหลายใน CYP2D6 ตามคำแนะนำของผู้ผลิต ทดสอบ amplichiptm cyp450 เป็นทดสอบ microarray ตามที่มีห้าก​​ระบวนการที่สำคัญ (i) การขยาย pcr ของ dna บริสุทธิ์(ii) ปาลและการติดฉลากของผลิตภัณฑ์ที่ขยาย (iii) การผสมข้ามพันธุ์และการย้อมสี, (iv) การสแกน microarray และ (v) การตัดสินใจของยีน การทดสอบนี้ระบุ 33 CYP2D6
84 เจไทย genet 2013, 6 (1):.. 82-87 suwannarat ตอัล
อัลลีลเดียวรวมทั้ง morphisms เบื่อหน่ายโพลี, การลบยีนแทรกการแปลงและการเลียน
การวิเคราะห์ความหลากหลายใน CYP2D6
29 ความหลากหลายใน CYP2D6 ได้รับการตรวจพบในการศึกษาครั้งนี้รวมถึง:-1584c> กรัม 31G>, 100C> T, 138inst, 883g> C, 1023C> T, 1039c> T, 1659g>, 1661g> C, 1707t> เดล, 1758g> T, 1758g>, 1846g>, 1976g>, * 20 กลุ่ม, 2539-2542delaact, 2549a> del 2613-2615delaga, 2850c> T, 2935a> C, 3183g>, 3198c กรัม> 3277t> C, 4042g> * 36gc, 4180g> ค 1863 ins ซ้ำลบยีน (* 5) และการทำสำเนาของยีนซอฟต์แวร์การวิเคราะห์ข้อมูล amplichip cyp450 ถูกใช้ในการสรุปจีโนไทป์และการทำนายการทำงานของเอนไซม์แต่ละบุคคล CYP2D6 เราใช้ขั้นตอนวิธีการจากการแทรกแพคเกจ amplichip สำหรับการมอบหมายของ phenotypes ที่คาดการณ์ไว้ มีสี่ประเภทฟีโนไทป์ตามที่อัลลีลที่เกี่ยวข้องกับกิจกรรมของเอนไซม์: (1) ไม่มีเอนไซม์อัลลีล (metabolizer ยากจน น. ); * 3, * 4, * 5 * 6 * 7 * 8 * 11* 14a, * 15 * 19 * 20 * 36 * 40 และ * 4xn (2) การลดลงของเอนไซม์อัลลีลกิจกรรม (metabolizer กลาง; im); * 9 * 10 * 17 * 29 * 41, * 10xn, * และ * 17xn 41xn, อัลลีลเอนไซม์ปกติ (metabolizer กว้างขวาง em); * 1 * 2 * 35 และกิจกรรมของเอนไซม์อัลลีลที่เพิ่มขึ้น (metabolizer พิเศษอย่างรวดเร็วหนอ); 1xN *, * และ * 2xN 35xn
ขั้นตอน genotyping. labtype ®วิเคราะห์ PCR-SSOP ของ hla-B * 1502
labtype ® SSO b ที (. หนึ่งแลมบ์ดา, inc สวน CANOGA แคลิฟอร์เนีย) การทดสอบจะขึ้นอยู่กับกระบวนการที่สำคัญห้า (i) การขยาย pcr ของ dna บริสุทธิ์ (ii) denaturation / การวางตัวเป็นกลาง (iii) การผสมพันธุ์ (iv) การติดฉลาก และ (v) อ่านตัวอย่างใน bioplex 200 และผลการวิเคราะห์โดย hla ฟิวชั่น 2.0 hla-B * 1502 จากทั้งหมด 292 asd และ 627 ไม่ asd ถูกดำเนินการตามโครงการผู้ผลิต.
การวิเคราะห์ทางสถิติสมดุล
บึกบึน-Weinberg ได้รับการดำเนินการกับ haploview 4.2 ไคสแควร์และการทดสอบที่แน่นอนชาวประมงของถูกนำมาใช้ในการวิเคราะห์ความแตกต่างของ CYP2D6 และ hla-B * 1502 ความถี่อัลลีลระหว่าง asd และไม่ asd นัยสำคัญทางสถิติตั้งอยู่ที่ p <0.05 การวิเคราะห์ทั้งหมดถูกดำเนินการโดยใช้ spss (v18.0)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิธีการและวัสดุ
ตัวอย่างผู้ป่วยที่เราพิจารณา 79 ไทย Autistic spectrum disorders เด็ก (ASD) ระหว่างปี 2553 และ 2012 จากโรงพยาบาลจิตเวช Yuwaprasart Waithayopathum เด็ก ข้อมูลทางพันธุกรรมเรื่อง 154 โดย ASD การวินิจฉัย (ไม่ใช่ของ ASD) รวบรวมจากห้องปฏิบัติการสำหรับเภสัชพันธุศาสตร์ ภาควิชาพยาธิวิทยา คณะของแพทย์รามาธิบดีพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล Genomic DNA ที่สกัดจาก 1 มล.ของเลือดทั้งหมดที่ใช้อัตโนมัติ MagNA บริสุทธิ์กระชับ (วิทยาศาสตร์ใช้ Roche, Penzberg เยอรมนี) การศึกษานี้ได้รับการอนุมัติ โดยคณะกรรมการจริยธรรมของโรงพยาบาลรามาธิบดี ผู้ป่วยทั้งหมดที่เขียนแจ้งความยินยอมก่อนที่จะลงทะเบียน
Genotyping กระบวนงาน: วิเคราะห์ AmpliChipTM CYP450 CYP2D6
Polymorphisms CYP2D6 79 ASD และ 154 ไม่-ASD ถูกประเมิน โดยใช้ microarray assay การทดสอบ AmpliChip CYP450 (Roche วินิจฉัย) ใช้ตรวจ polymorphisms ใน CYP2D6 ตามคำแนะนำของผู้ผลิต AmpliChipTM CYP450 ทดสอบจะทดสอบ microarray โดย มีกระบวนการหลักห้า: (i) ขยาย PCR ของดีเอ็นเอบริสุทธิ์ (ii) หลัก fragmenting และติดฉลากผลิตภัณฑ์เอาต์ hybridization (iii) และการย้อมสี, (iv) การสแกนกำหนด microarray และ (v) ของ การทดสอบนี้ระบุ 33 CYP2D6
Genet J. ไทย 84 2013, 6(1): 82-87 Suwannarat et al.
morphisms โพลีนิวคลีโอไทด์เดี่ยว ยีนลบ แทรก แปลง และ duplications. alleles
วิเคราะห์ polymorphisms ใน CYP2D6
Polymorphisms 29 ใน CYP2D6 ได้พบในการศึกษานี้รวมทั้ง: -1584C > G, G ที่ 31 > C A, 100 > 883 G, T, 138insT > C, 1023 C > T, 1039 C > T, G ที่ 1659 > G A, 1661 > C, 1707T > เดล 1758 G > T, G ที่ 1758 > G A, 1846 > G A, 1976 > A, * 20 คลัสเตอร์ 2539-2542delAACT, 2549A > เดล 2613-2615delAGA, 2850 C > T, 2935A > C, G ที่ 3183 > C A, 3198 > G, 3277T > C, G ที่ 4042 > A, * 36GC, G ที่ 4180 > C อินซ้ำวันที่ 1863การลบยีน (* 5) และยีนซ้ำ ใช้ซอฟต์แวร์วิเคราะห์ข้อมูล CYP450 AmpliChip รู้ลักษณะทางพันธุกรรม และ การทำนายของแต่ละบุคคล CYP2D6 กิจกรรมเอนไซม์ในระบบ เราใช้อัลกอริทึมจากแทรกแพคเกจ AmpliChip สำหรับการกำหนดคาดการณ์ฟี มีสี่ประเภทไทป์ตาม alleles เอนไซม์ที่เกี่ยวข้อง: (1) ไม่ alleles กิจกรรมเอนไซม์ (metabolizer ดี น.); * 3, * 4, * 5, * 6, * 7, * 8, * 11 * 14A, * 15, * 19, * 20, * 36, * 40 และ * 4XN เอนไซม์ลดลง (2) กิจกรรม alleles (กลาง metabolizer IM); * 9, * 10, * 17, * 29, * 41, * 10XN, * 17XN และ * 41XN เอนไซม์ปกติกิจกรรม alleles (อ่านรีวิว metabolizer EM); * 1, * 2 และ * 35 และเอนไซม์เพิ่มกิจกรรม alleles (metabolizer ทันอย่างรวดเร็ว อึม); * 1XN, * 2XN และ * 35XN.
Genotyping กระบวนงาน: วิเคราะห์ LABType ® PCR-SSOP ของ HLA - B * 1502
โลกัส LABType ® SSO B โพล (แลมบ์ดา 1, Inc., Canoga Park, CA) ทดสอบตามกระบวนการหลักห้า: (i) PCR ขยายบริสุทธิ์ดีเอ็นเอ, (ii) denaturation เป็นกลาง, (iii) hybridization, (iv) การติดฉลาก และ (v) ตัวอย่างอ่าน Bioplex 200 และผลการวิเคราะห์โดย HLA ฟิวชั่น 2.0 HLA - B * 1502 ASD รวม 292 และ 627 ไม่-ASD ได้ดำเนินการตามโพรโทคอลผู้ผลิต
วิเคราะห์ทางสถิติ
สมดุล Hardy Weinberg ได้ดำเนินการกับ Haploview 4.2 Chi-square และทดสอบของ Fisher แน่นอนถูกใช้ในการวิเคราะห์ความแตกต่างของความถี่ของ allele CYP2D6 และ HLA - B * 1502 ASD และ ASD ไม่ ตั้งค่านัยสำคัญทางสถิติที่ P < 0.05 วิเคราะห์ทั้งหมดที่ดำเนินการโดยใช้โปรแกรม (v18.0)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

วัสดุวิธีการและตัวอย่าง
อดทนเราคัดเลือก 79 คนความผิดปกติช่วง autistic ไทย( asd )ระหว่างปี 2010 และ 2012 จาก yuwaprasart waithayopathum เด็กทางจิตเวชโรงพยาบาล. ข้อมูลพันธุกรรมของ 154 เรื่องโดยไม่ asd วินิจฉัย(ไม่มี asd )ถูกเก็บรวบรวมจากห้องปฏิบัติการสำหรับ pharmacogenetics กรมทางพยาธิวิทยาคณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดีมหาวิทยาลัยมหิดลgenomic สกัดดีเอ็นเอจากเลือด 1 มิลลิลิตรทั้งหมดโดยใช้โดยอัตโนมัติ, Massachusetts Institute of Technology บริสุทธิ์ขนาดกะทัดรัด( Roche วิทยาศาสตร์ประยุกต์ penzberg เยอรมัน) การศึกษานี้ได้รับอนุมัติจากคณะกรรมการจริยธรรมของโรงพยาบาลรามาธิบดี ผู้ป่วยทั้งหมดได้รับความยินยอมเป็นลายลักษณ์อักษรแจ้งให้ทราบก่อน enrolling.procedure
genotyping amplichiptm CYP 450 การวิเคราะห์ของ CYP 2 D 6
ได้polymorphisms CYP 2 D 6 ของ 79 asd และ 154 ไม่ใช่ - asd เป็นการประเมินจากสอบ microarray - ใช้ amplichip CYP 450 Test ( Roche diagnostics )ที่ถูกใช้สำหรับการตรวจจับ polymorphisms ใน CYP 2 D 6 ตามคำแนะนำของผู้ผลิต amplichiptm CYP 450 Test ที่จะสอบ microarray - พร้อมด้วยห้ากระบวนการสำคัญ( i )ใช้การขยายเสียง pcr ของดีเอ็นเอบริสุทธิ์( ii )การติดฉลากของสินค้าและ fragmenting แอมพลิฟาย( iii )และเกิดรอยเปื้อนควร hybridization ( IV )การสแกน microarray และ( v )การกำหนด genotypes ได้. การทดสอบนี้ระบุว่าไทยก.ศป. genet 33 CYP 2 D 6 n 84 ปี 20136 ( 1 ) 82-87 suwannarat et al .
alleles รวมถึง morphisms Poly nucleotide ยีนเดี่ยว duplications แทรกการลบและการแปลง
การวิเคราะห์ของ polymorphisms ใน CYP 2 D 6
ที่ 29 polymorphisms ใน CYP 2 D 6 มีการตรวจพบในการศึกษานี้รวมถึง: -1584 c > G , 31 G >, 100 c > T , 138 เดือนนี้, 883 G > C , 1023 c > T , 1039 c > T , 1659 G >, 1661 G > C , 1707 T > Del , 1758 G > T , 1758 G >, 1846 G >, 1976 G >,* 20 กลุ่ม, 2539-2542 delaact , 2549 ที่> Del , 2613-2615 delaga , 2850 C > T , 2935 ที่> C , 3183 G >, 3198 C > G , 3277 T > C , 4042 G >,* 36 GC , 4180 G > C ,ช่วงปี 1863 ทำซ้ำ in ,ยีนการลบ(* 5 )และยีนการทำซ้ำ.ซอฟต์แวร์ amplichip CYP 450 การวิเคราะห์ข้อมูลที่ถูกนำมาใช้ในการเดาเอาว่าลักษณะสำคัญและเพื่อทำนายของแต่ละบุคคลการทำงาน enzymatic CYP 2 D 6 เราใช้อัลกอริธึมจากใส่แพ็คเกจ amplichip สำหรับการกำหนดของ phenotypes คาดว่า มีสี่ ประเภท phenotypic ตามกิจกรรมที่เกี่ยวข้องกับเอนไซม์ alleles ( 1 )ไม่มีกิจกรรม alleles เอนไซม์( metabolizer น่าสงสาร pm) * 3 * 4 * 5 * 6 * 7 * 8 * 11* 14 ,* 15 * 19 ,*, 20 * 36 ,* 40 * 4 และ xn ,( 2 )ลดลงเอนไซม์กิจกรรม alleles (กลาง metabolizer ; IM );* 9 , 10 ** 17 * 29 * 41 * 10 xn ,**และ 17 xn 41 xn ,ปกติเอนไซม์กิจกรรม alleles (ที่หลากหลาย metabolizer ; EM );* 1 ,* 2 *และ 35 ,และเพิ่มขึ้นเอนไซม์กิจกรรม alleles ( Ultra - อย่างรวดเร็ว metabolizer ; um );* 1 xn ,* 2 xn *และ 35 xn .
genotyping ขั้นตอน: labtype ® pcr - ssop การวิเคราะห์ของ hla-b * 1502
labtype ® SSO B สภาพ (หนึ่ง lambda , Inc ., canoga Park , CA )เป็นการทดสอบตามหลักห้ากระบวนการ:( i ) pcr ใช้การขยายเสียงบริสุทธิ์ของดีเอ็นเอ,( ii ) denaturation /ลบล้าง,( iii ) hybridization ( IV )การติดฉลากและ( v )ตัวอย่างการอ่านบนที่ bioplex 200 และผลการวิเคราะห์จากรัฐบบาลทหารโดยการผสมผสาน 2.0 . จากรัฐบบาลทหาร - b * 1502 ของ 292 asd รวมและไม่ใช่ 627 - asd เป็นไปตามโปรโตคอลผู้ผลิต.
การวิเคราะห์ข้อมูลทางสถิติเข้าสู่จุดสมดุล
hardy-weinberg ทำด้วย haploview 4.2 การทดสอบที่แน่นอนของชาวประมงและ Chi - Square ได้ถูกนำมาใช้เพื่อวิเคราะห์ความแตกต่างของความถี่ allele CYP 2 D 6 และจากรัฐบบาลทหาร - b * 1502 ระหว่าง asd และที่ไม่ใช่ asd มีนัยสำคัญทางสถิติได้รับการตั้งค่าที่ P < 0.05 การวิเคราะห์ทั้งหมดได้ดำเนินการโดยใช้ spss ( v 18.0 )