Multiple alignments of nucleic acid

Multiple alignments of nucleic acid and protein sequences are basic investigations widely used for a large number of studies, such as phylogeny, profile construction, structure prediction, and sequence/structure activity relationships. In the last years, many programs and services have been developed to align multiple sequences and to edit and analyze the obtained multiple alignments (1). The most commonly used methods for creating multiple sequence alignments are based on the progressive- alignment strategy, which first estimates a phylogenetic tree and then constructs an alignment of the sequences (named “profile”) following the order in the tree. The best known of these methods is ClustalW (2). There are variants of this approach, such as T-Coffee, which builds a library of both local and global alignments of every pair of sequences and uses a library-based score for aligning two profiles (3), and MUSCLE, which applies horizontal refinement to the built alignment (4). Specific tools to help in the viewing and editing of the alignments have also been developed, including ALSCRIPT and CHROMA that visualize multiple sequence alignments (5,6), as well as SEAVIEW, Jalview, and CINEMA that allow editing of multiple sequence alignments (7–9).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

จัดแนวหลายลำดับโปรตีนและกรดนิวคลีอิกจะสอบสวนเบื้องต้นที่ใช้สำหรับศึกษา phylogeny ก่อสร้างโพรไฟล์ คาดเดาโครงสร้าง และความสัมพันธ์ของกิจกรรมลำดับ/โครงสร้างเป็นจำนวนมาก ในปีที่ผ่านมา โปรแกรมและบริการต่าง ๆ ได้รับการพัฒนา เพื่อจัดลำดับหลาย และเพื่อแก้ไข และวิเคราะห์ที่ได้รับการจัดแนวหลาย (1) วิธีการที่ใช้บ่อยที่สุดสำหรับการสร้างจัดลำดับหลายแนวขึ้นอยู่กับกลยุทธ์การจัดตำแหน่งก้าวหน้า แรกที่ประเมินต้นไม้ phylogenetic และสร้างการจัดลำดับ (ชื่อ "โพรไฟล์") ตามลำดับในแผนภูมิแล้ว รู้จักกันดีของวิธีการเหล่านี้เป็น ClustalW (2) มีตัวแปรของวิธีการนี้ เช่น T-กาแฟ สร้างไลบรารีของส่วนกลาง และท้องถิ่นการจัดแนวของทุก ๆ คู่ลำดับ และใช้คะแนนที่ใช้ไลบรารีสำหรับการจัดเรียงค่าที่สอง (3), และกล้ามเนื้อ ที่ใช้รีไฟน์เมนท์แนวนอนจัดสร้าง (4) เฉพาะเครื่องมือที่ช่วยในการดูและแก้ไขการจัดแนวการพัฒนา รวมทั้ง ALSCRIPT และความที่มองเห็นภาพการจัดลำดับการหลายแนว (5,6), ซีวิว Jalview และโรงภาพยนตร์ที่อนุญาตให้แก้ไขจัดลำดับการหลายแนว (7-9)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การจัดแนวหลายของกรดนิวคลีอิกและลำดับโปรตีนสืบสวนพื้นฐานที่ใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับจำนวนมากของการศึกษาเช่นเชื้อชาติก่อสร้างรายละเอียดทำนายโครงสร้างและลำดับ / โครงสร้างความสัมพันธ์ของกิจกรรม ในปีที่ผ่านมาหลายโปรแกรมและบริการที่ได้รับการพัฒนาเพื่อให้สอดคล้องลำดับหลายและการแก้ไขและวิเคราะห์ที่ได้รับการจัดแนวหลาย ๆ (1) วิธีการที่ใช้กันมากที่สุดสำหรับการสร้างการจัดแนวหลายลำดับจะขึ้นอยู่กับกลยุทธ์การจัดตำแหน่ง progressive- สิ่งแรกที่ประมาณการ phylogenetic ต้นไม้แล้วสร้างการจัดตำแหน่งของลำดับ (ชื่อ "รายละเอียด") ตามลำดับในต้นไม้ ที่รู้จักกันดีของวิธีการเหล่านี้เป็น ClustalW (2) มีสายพันธุ์ของว​​ิธีการนี​​้เช่นเสื้อคอฟฟี่ซึ่งสร้างห้องสมุดของการจัดแนวทั้งประเทศและทั่วโลกของคู่ลำดับของทุกคนและใช้คะแนนห้องสมุดที่ใช้สำหรับการจัดตำแหน่งสองรูปแบบคือ (3) และกล้ามเนื้อซึ่งใช้การปรับแต่งในแนวนอน การจัดตำแหน่งที่สร้างขึ้น (4) เครื่องมือเฉพาะเพื่อช่วยในการดูและแก้ไขการจัดแนวของได้รับการพัฒนานอกจากนี้ยังรวมถึง ALSCRIPT และ CHROMA ที่เห็นภาพการจัดแนวลำดับหลาย (5,6) เช่นเดียวกับซีวิว, Jalview และ CINEMA ที่ช่วยให้การแก้ไขของการจัดแนวหลายลำดับ (7 -9)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

หลาย การลำดับกรดนิวคลีอิกและโปรตีนการสืบสวนเบื้องต้น ใช้กันอย่างแพร่หลาย สำหรับจำนวนขนาดใหญ่ของการศึกษา เช่น ระบบเชื้อชาติ , ก่อสร้าง , ทำนายโครงสร้างรายละเอียดและลำดับ / โครงสร้างความสัมพันธ์ของกิจกรรม ใน ปี ล่าสุด หลายโปรแกรมและบริการได้รับการพัฒนาเพื่อจัดหลายลำดับและเพื่อแก้ไขและวิเคราะห์หลายการ ( 1 )ส่วนใหญ่นิยมใช้วิธีในการสร้างการลำดับหลายจะขึ้นอยู่กับกลยุทธ์แนวก้าวหน้า ซึ่งครั้งแรกประมาณ phylogenetic ต้นไม้แล้วโครงสร้างการเรียงตัวของลำดับ ( ชื่อ " โปรไฟล์ " ) ตามคำสั่งในต้นไม้ ที่รู้จักกันดีที่สุดของวิธีการเหล่านี้เป็น clustalw ( 2 ) มีตัวแปรของวิธีการนี้เช่น t-coffee , ,ซึ่งสร้างห้องสมุดทั้งในระดับภูมิภาคและระดับโลก การของทุกคู่ของลำดับและใช้คะแนนจากห้องสมุดจัดสองรูปแบบ ( 3 ) และกล้ามเนื้อ ซึ่งใช้เพื่อการสร้างแนวนอนแนว ( 4 ) เครื่องมือเฉพาะเพื่อช่วยในการแก้ไขของการได้รับการพัฒนา รวมทั้ง alscript Chroma ที่เห็นภาพและการลำดับหลาย ( 5 , 6 )เป็นวิวทะเล jalview และโรงภาพยนตร์ที่อนุญาตให้แก้ไขการลำดับหลาย ( 7 )
9 )