Use of broad-range 16S rRNA gene PC

Use of broad-range 16S rRNA gene PCR as a tool for identification of bacteria is possible because the 16S rRNA gene is present in all bacteria (Woese, 1987). The 16S rRNA gene consists of highly conserved nucleotide sequences, interspersed with variable regions that are genus- or species-specific. PCR primers targeting the conserved regions of rRNA amplify variable sequences of the rRNA gene (Relman, 1999). Bacteria can be identified by nucleotide sequence analysis of the PCR product followed by comparison of this sequence with known sequences stored in a database (Clarridge, 2004).The method is appropriate for use where the range of pathogens likely to present is wide and where organism-specific PCRs are inappropriate. It can also be used to detect bacteria that are difficult to grow or be applied to samples from post-antibiotic treatment (Relman & Falkow, 1992; Brouqui & Raoult, 2001; Harris et al., 2002). Others have used this method on cerebrospinal fluid, pus, joint fluids and tissue (Harris & Hartley, 2003).Published protocols for the assay vary; it is thought that analysis of large fragments (>1000 bp) may improve species discrimination but that amplification of shorter fragments (

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การใช้ PCR ของยีน 16S rRNA ในวงกว้างเป็นเครื่องมือในการระบุแบคทีเรียเป็นไปได้ เนื่องจากยีน 16S rRNA มีอยู่ในแบคทีเรียทั้งหมด (Woese, 1987) ยีน 16S rRNA ประกอบด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ได้รับการอนุรักษ์ไว้สูง สลับกับบริเวณที่แปรผันได้ซึ่งจำเพาะต่อสกุลหรือสปีชีส์ ไพรเมอร์ PCR ที่กำหนดเป้าหมายไปยังพื้นที่อนุรักษ์ของ rRNA จะขยายลำดับตัวแปรของยีน rRNA (Relman, 1999) แบคทีเรียสามารถระบุได้โดยการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของผลิตภัณฑ์ PCR ตามด้วยการเปรียบเทียบลำดับนี้กับลำดับที่ทราบซึ่งจัดเก็บไว้ในฐานข้อมูล (Clarridge, 2004) วิธีการนี้เหมาะสมสำหรับการใช้งานในกรณีที่เชื้อโรคน่าจะมีอยู่ได้หลากหลายและ PCR เฉพาะสิ่งมีชีวิตไม่เหมาะสม นอกจากนี้ยังสามารถใช้เพื่อตรวจหาแบคทีเรียที่เติบโตได้ยากหรือใช้กับตัวอย่างหลังการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ (Relman & Falkow, 1992; Brouqui & Raoult, 2001; Harris et al., 2002) คนอื่นๆ ใช้วิธีนี้กับน้ำไขสันหลัง หนอง น้ำไขข้อ และเนื้อเยื่อ (Harris & Hartley, 2003) โปรโตคอลที่เผยแพร่สำหรับการทดสอบแตกต่างกันไป คิดว่าการวิเคราะห์ชิ้นส่วนขนาดใหญ่ (>1,000 bp) อาจปรับปรุงการแบ่งแยกสายพันธุ์ แต่การขยายชิ้นส่วนที่สั้นกว่า (

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เป็นไปได้ที่จะใช้ยีน 16S rRNA PCR เป็นเครื่องมือในการระบุแบคทีเรียอย่างกว้างขวางเนื่องจากยีน 16S rRNA มีอยู่ในแบคทีเรียทั้งหมด (Woese 1987) ยีน 16S rRNA ประกอบด้วยลําดับนิวคลีโอไทด์ที่อนุรักษ์นิยมสูงซึ่งสลับกับพื้นที่ตัวแปรของสกุลหรือความจําเพาะของสายพันธุ์ ตัวดึง PCR ที่มุ่งเป้าไปที่เขตอนุรักษ์นิยม rRNA ขยายลำดับตัวแปรของยีน rRNA (Relman, 1999) แบคทีเรียสามารถระบุได้โดยการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของผลิตภัณฑ์ PCR จากนั้นเปรียบเทียบกับลำดับที่รู้จักกันซึ่งเก็บไว้ในฐานข้อมูล (Clarridge 2004)
วิธีการนี้เหมาะสำหรับสถานการณ์ที่มีเชื้อโรคที่กว้างขึ้นเช่นเดียวกับปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสที่จำเพาะต่อสิ่งมีชีวิตที่ไม่เหมาะสม นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในการตรวจหาแบคทีเรียที่ยากต่อการเติบโตหรือใช้กับตัวอย่างที่ใช้ในการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ (Relman & Falkow 1992; Brouqui & Raault 2001; Harris et al. 2002) คนอื่น ๆ ใช้วิธีนี้ในน้ำไขสันหลังหนองข้อต่อและเซลล์ t

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เป็นไปได้ที่จะใช้PCRของยีนrRNA 16 sเป็นเครื่องมือในการระบุแบคทีเรียเนื่องจากยีนrRNA 16 sมีอยู่ในแบคทีเรียทั้งหมด( Woese,1987 ) ยีนrRNA 16 sประกอบด้วยลําดับnucleotideอนุรักษ์สูงกระจายพื้นที่แปรผันเฉพาะชนิดหรือชนิด การกําหนดเป้าหมายการอนุรักษ์rRNAโดยใช้ไพรเมอร์PCRเพื่อขยายลําดับตัวแปรของยีนrRNA ( Relman,1999 ) แบคทีเรียสามารถระบุได้โดยการวิเคราะห์ลําดับnucleotideของผลิตภัณฑ์PCRและเปรียบเทียบลําดับกับลําดับที่รู้จักในฐานข้อมูล( Clarridge,2004 )

วิธีนี้เหมาะสําหรับกรณีที่เชื้อโรคอาจมีอยู่ในวงกว้างและPCRที่เฉพาะเจาะจงกับสิ่งมีชีวิตไม่สามารถใช้งานได้ นอกจากนี้ยังสามารถใช้เพื่อตรวจหาแบคทีเรียที่ยากต่อการเจริญเติบโตหรือตัวอย่างสําหรับการรักษาหลังการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ( Relman & Falkow,1992; บรูคีและราอูล,2001; แฮริสและอื่นๆ,2002 ) คนอื่นๆได้ใช้วิธีนี้ในน้ําไขสันหลังอักเสบของเหลวร่วมและเนื้อเยื่อ( Harris & Hartley,2003 )

โปรแกรมการทดสอบที่เผยแพร่แตกต่างกันไป เป็นที่เชื่อกันว่าการวิเคราะห์ชิ้นส่วนขนาดใหญ่( > 1000 bp )สามารถปรับปรุงความแตกต่างของสายพันธุ์แต่สําหรับชิ้นส่วนที่สั้นกว่า(