การวินิจฉัยโรคติดเชื้อ P. marneffei ในผู้ป่วย นั้นทำได้ค่อนข้างยาก เนื่องจากลักษณะอาการทางคลินิกคล้ายกับโรคติดเชื้ออื่นๆได้แก่ วัณโรค (tuberculosis), pneumocystosis, histoplasmosis และโรคติดเชื้อราชนิดอื่นๆ นอกจากนี้ การตรวจพบ fission yeast จากสิ่งส่งตรวจของผู้ป่วยนั้นอาจเกิดความสับสนในการแยกออกจาก non budding yeast cell ของ Cryptococcus neoformans และ Histoplasma capsulatum ได้