Many studies show that salinity tol

Many studies show that salinity tolerance is a complex trait controlled by quantitative trait loci (QTL) [4]. For example, 11 QTL for seedling survival were identified on chromosomes 1, 4, 6, 7, and 9 using a Nona Bokra × Koshihikari F2:3 population. One major QTL for shoot K+ concentration on chromosome 1 (qSKC-1) explained 40.1% of the total phenotypic variance [5]. SKC1 was subsequently map-based cloned; it encodes a Na+ transporter of the HKT type and is involved in Na+ and K+ homeostasis [6]. Another QTL, SalTol, was fine-mapped to the same region and also acts mainly to control shoot Na+/K+ homeostasis, suggesting that SKC1 may be the causal gene underlying the SalTol QTL [7]. A salt-induced gene SalT, identified previously, was found to co-localize with SalTol and was 2.4 Mb away from SKC1 [8].

Landraces are currently being exploited as preferred potential donors of abiotic stress tolerance traits because of their local adaptation [4]. For instance, favorable alleles at the SKC1 and SalTol loci were derived from indica landraces Nona Bokra [6] and Pokkali [7], respectively. With close genetic similarity to current cultivars, the tolerance traits could readily be introduced into commercial breeding lines [4].

The southern part of Bangladesh is well known for high salinity and popular landraces from the region are well adapted and regarded as possessing some resistance to salt stress, particularly at the seedling stage [9]. The situation is further increased by selection of rice landraces, which has happened in the case of association analysis using collected germplasm from this region. An evaluation of genetic diversity and identification of markers in Bangladesh rice landraces could provide useful information for genetic improvement of salt tolerance.

SSR have been the predominant molecular markers used in kinship and population studies because they are multiallelic, reproducible, PCR-based, and generally selectively neutral [10]. They can be applied for genetic diversity and association analysis of important agronomic and quality traits in rice [11], [12], [13], [14] and [15].

In the present study, 96 rice accessions from southern Bangladesh were subjected to a genetic diversity and association mapping study using SSR and STS markers. The main objective of the present study was to: 1) characterize the genetic diversity and population structure of Bangladesh rice landraces; 2) develop novel STS markers for salt-tolerance genes and confirm their effect; and 3) identify loci significantly associated with salinity tolerance in rice.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

หลายการศึกษาแสดงว่าเค็มเผื่อติดซับซ้อนที่ควบคุม โดยติดเชิงปริมาณ loci (QTL) [4] ตัวอย่าง QTL 11 เพื่อความอยู่รอดของแหล่งที่ระบุบน chromosomes 1, 4, 6, 7 และ 9 ที่ใช้ลอก Nona Bokra Koshihikari F2:3 ประชากร QTL สำคัญหนึ่งสำหรับยิง K + สมาธิบนโครโมโซม 1 (qSKC 1) อธิบาย 40.1% ของผลต่างไทป์รวม [5] SKC1 ถูกต่อแผนที่ตามโคลน มันเป็น Na + ขนส่งชนิด HKT จแมป และเป็น Na + และ K + ภาวะธำรงดุล [6] อีก QTL, SalTol ถูกปรับแมปไปยังภูมิภาคเดียวกัน และยัง ทำหน้าที่ในการควบคุมส่วนใหญ่ยิง Na + /mts K + ภาวะธำรงดุล แนะนำที่ SKC1 อาจจะมียีนสาเหตุที่ต้น QTL SalTol [7] เป็นเกลือที่เกิดจากยีนเกลือ ก่อนหน้านี้ ระบุพบการแปลร่วมกับ SalTol และมี 2.4 Mb จาก SKC1 [8]Landraces มีอยู่ที่สามารถเป็นผู้บริจาคที่มีศักยภาพต้องเครียด abiotic ยอมรับลักษณะของเนื่องจากการปรับตัวของท้องถิ่น [4] ตัวอย่าง อัน alleles ที่ loci SKC1 และ SalTol ได้มาจาก landraces indica Nona Bokra [6] และ Pokkali [7], ตามลำดับ กับปิดทางพันธุกรรมคล้ายกับพันธุ์ปัจจุบัน ลักษณะการยอมรับสามารถพร้อมถูกนำเข้าสู่รายการค้าพันธุ์ [4]ภาคใต้ของประเทศบังกลาเทศเป็นที่รู้จักกันดีสำหรับเค็มสูง และ landraces ยอดนิยมจากภูมิภาค อย่างดีดัดแปลงถือเป็นมีบางทนต่อเกลือความเครียด โดยเฉพาะอย่างยิ่งในขั้นแหล่ง [9] เพิ่มเติมมีเพิ่มสถานการณ์ โดยเลือก landraces ข้าว ซึ่งเกิดขึ้นในกรณีของการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ใช้ germplasm รวบรวมจากภูมิภาคนี้ การประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมและรหัสของเครื่องหมายในบังกลาเทศข้าว landraces สามารถให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์สำหรับการปรับปรุงพันธุกรรมของเกลือเผื่อSSR ได้รับเครื่องหมายโมเลกุลกันใช้ในญาติและประชากรศึกษาเนื่องจาก multiallelic จำลอง ผล และโดยทั่วไปจะเลือกเป็นกลาง [10] พวกเขาสามารถใช้สำหรับวิเคราะห์ความหลากหลายทางชีวภาพและความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของลักษณะคุณภาพ และลักษณะทางพืชไร่ที่สำคัญในข้าว [11], [12], [13], [14] [15] และในการศึกษาปัจจุบัน 96 accessions ข้าวจากภาคใต้บังคลาเทศถูกต้องกับความหลากหลายทางพันธุกรรมและศึกษาการแม็ปความสัมพันธ์โดยใช้เครื่องหมาย SSR และ STS วัตถุประสงค์หลักของการศึกษาปัจจุบันมีการ: 1) ลักษณะของความหลากหลายทางพันธุกรรมและโครงสร้างประชากรของประเทศบังกลาเทศข้าว landraces 2) พัฒนาเครื่องหมาย STS นวนิยายสำหรับยีนเกลือยอมรับ และยืนยันผลที่เกิดขึ้น และ 3) ระบุ loci ที่เกี่ยวข้องอย่างมีนัยสำคัญ มีเค็มในข้าว

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การศึกษาจำนวนมากแสดงให้เห็นว่าทนเค็มเป็นลักษณะที่ควบคุมโดยยีนควบคุมลักษณะที่ซับซ้อนเชิงปริมาณ ( QTL ) [ 4 ] ตัวอย่างเช่น 11 ความอยู่รอด ต้นกล้าที่ถูกระบุบนโครโมโซม 1 , 4 , 6 , 7 , และ 9 โดยใช้ Nona bokra ×โคชิฮิคาริ f2:3 ประชากร หนึ่งความสําคัญยิง K ความเข้มข้นบนโครโมโซม 1 ( qskc-1 ) อธิบาย 40.1 % ของความแปรปรวนทั้งหมดฟีโนไทป์ [ 5 ]skc1 ต่อมาแผนที่ตามโคลน มันเข้ารหัสแบบนา รถประเภท HKT และมีส่วนร่วมใน Na และ K สมดุล [ 6 ] อีกหนึ่งความ saltol , ดี , แมปไปยังภูมิภาคเดียวกันและยังทำหน้าที่หลักในการควบคุมยิง na / k homeostasis บอกว่า skc1 อาจจะเป็นสาเหตุของยีนใน saltol QTL [ 7 ] เกลือเกลือกระตุ้นยีนที่ระบุไว้ก่อนหน้านี้พบว่า CO จำกัดกับ saltol และ 2.4 MB ห่างจาก skc1 [ 8 ] .

กำลังถูกโจมตีอย่าง landraces ผู้บริจาคอาจของสิ่งมีชีวิตที่ต้องการความทนทานต่อความเครียดลักษณะของการปรับตัว เพราะท้องถิ่น [ 1 ] เช่น มงคลอัลลีลที่ skc1 saltol โลกัสมาจาก indica และ landraces Nona bokra [ 6 ] และพันธุ์พอคคาลี [ 7 ] ตามลำดับกับความเหมือนทางพันธุกรรมใกล้เคียงกับพันธุ์ในปัจจุบัน ความอดทนเป็นลักษณะการแนะนำเป็นพันธุ์เชิงเส้น [ 4 ] .

ส่วนใต้ของบังกลาเทศ เป็นที่รู้จักและได้รับความนิยมจากความเค็ม landraces ภูมิภาคเป็นอย่างดี และถือเป็นการดัดแปลงบางส่วนทนเค็มโดยเฉพาะในขั้นตอนของต้นกล้า [ 9 ]สถานการณ์จะเพิ่มขึ้นด้วยการเลือกข้าว landraces ซึ่งได้เกิดขึ้นในกรณีของการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ใช้เก็บรวบรวมพันธุกรรมจากภูมิภาคนี้ การประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมและการระบุตำแหน่งในบังคลาเทศ landraces ข้าวสามารถให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์สำหรับการปรับปรุงพันธุกรรมของความทนทานเกลือ

ได้รับเครื่องหมายโมเลกุล SSR ) ที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้ เพราะจะ multiallelic , PCR ) โดยทั่วไปและเลือกที่เป็นกลาง [ 10 ] พวกเขาสามารถใช้สำหรับความหลากหลายทางพันธุกรรมและการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ของลักษณะคุณภาพและที่สำคัญทางการเกษตรในนาข้าว [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] [ 14 ] และ [ 15 ] .

ในการศึกษาปัจจุบัน96 สายพันธุ์ข้าวจากภาคใต้บังคลาเทศถูกความหลากหลายทางพันธุกรรมและสมาคมการศึกษาการทำแผนที่และการชี้นำตามเครื่องหมาย วัตถุประสงค์หลักของการศึกษาครั้งนี้เพื่อ 1 ) ศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมและโครงสร้างประชากรของ landraces ข้าวบังคลาเทศ 2 ) พัฒนาเครื่องหมาย STS นวนิยายสำหรับยีนทนเค็ม และยืนยันผลของพวกเขาและ 3 ) ระบุถึงสถานะความสัมพันธ์กับความเค็มในข้าว