Pectate lyase is an enzyme involved

Pectate lyase is an enzyme involved in the maceration and soft rotting of plant tissue. Pectate lyase is responsible for the eliminative cleavage of pectate, yielding oligosaccharides with 4-deoxy-α-D-mann-4-enuronosyl groups at their non-reducing ends. The protein is maximally expressed late in pollen development. It has been suggested that the pollen expression of pectate lyase genes might relate to a requirement for pectin degradation during pollen tube growth.
This enzyme catalyzes the chemical reaction
Eliminative cleavage of (1→4)-α-D-galacturonan to give oligosaccharides with 4-deoxy-α-D-galact-4-enuronosyl groups at their non-reducing ends
The structure and the folding kinetics of one member of this family, pectate lyase C (pelC) from Erwinia chrysanthemi has been investigated in some detail,.[2][3] PelC contains a parallel beta-helix folding motif. The majority of the regular secondary structure is composed of parallel beta-sheets (about 30%). The individual strands of the sheets are connected by unordered loops of varying length. The backbone is then formed by a large helix composed of beta-sheets. There are two disulphide bonds in PelC and 12 proline residues. One of these prolines, Pro220, is involved in a cis peptide bond. The folding mechanism of PelC involves two slow phases that have been attributed to proline isomerization.

Some of the proteins in this family are allergens. Allergies are hypersensitivity reactions of the immune system to specific substances called allergens (such as pollen, synthetic materials, dust, stings, drugs, or food) that, in most people, result in no symptoms. A nomenclature system has been established for antigens (allergens) that cause IgE-mediated atopic allergies in humans.This nomenclature system is defined by a designation that is composed of the first three letters of the genus; a space; the first letter of the species name; a space and an Arabic number. In the event that two species names have identical designations, they are discriminated from one another by adding one or more letters (as necessary) to each species designation.

The allergens in this family include allergens with the following designations: Amb a 1, Amb a 2, Amb a 3, Cha o 1, Cup a 1, Cry j 1, Jun a 1.

Two of the major allergens in the pollen of short ragweed (Ambrosia artemisiifolia) are Amb a I and Amb a II. The primary structure of Amb a II has been deduced and has been shown to share ~65% sequence identity with the Amb a I multigene family of allergens.[5] Members of the Amb a I/a II family include Tobacco (Nicotiana tabacum, Common tobacco) pectate lyase, which is similar to the deduced amino acid sequences of two pollen-specific pectate lyase genes identified in Lycopersicon esculentum (Tomato);[6] Cry j I, a major allergenic glycoprotein of Cryptomeria japonica (Japanese cedar)—the most common pollen allergen in Japan;[7] and P56 and P59, which share sequence similarity with pectate lyases of plant pathogenic bacteria.

This enzyme belongs to the family of lyases, specifically those carbon-oxygen lyases acting on polysaccharides. The systematic name of this enzyme class is (1->4)-alpha-D-galacturonan lyase. Other names in common use include polygalacturonic transeliminase, pectic acid transeliminase, polygalacturonate lyase, endopectin methyltranseliminase, pectate transeliminase, endogalacturonate transeliminase, pectic acid lyase, pectic lyase, alpha-1,4-D-endopolygalacturonic acid lyase, PGA lyase, PPase-N, endo-alpha-1,4-polygalacturonic acid lyase, polygalacturonic acid lyase, pectin trans-eliminase, and Polygalacturonic acid trans-eliminase. This enzyme participates in pentose and glucuronate interconversions.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Pectate lyase เป็นเอนไซม์เกี่ยวข้องกับ maceration และหึ่งนุ่มของเนื้อเยื่อพืช Pectate lyase ชอบปริ eliminative ของ pectate ผลผลิต oligosaccharides กับกลุ่ม 4-deoxy-α-D-mann-4-enuronosyl ที่สิ้นสุดของพวกเขาลดไม่ได้ Maximally มีแสดงโปรตีนในละอองเกสรพัฒนา จะมีการแนะนำว่า นิพจน์ละอองเกสรของยีน lyase pectate อาจเกี่ยวข้องกับความต้องการย่อยสลายเพกทินในระหว่างการเจริญเติบโตของท่อละอองเกสรเอนไซม์นี้ catalyzes ปฏิกิริยาเคมีปริ eliminative ของ (1→4) -ด้วยกองทัพ - D-galacturonan ให้ oligosaccharides กับกลุ่ม 4-deoxy-α-D-galact-4-enuronosyl ที่สิ้นสุดของพวกเขาไม่ได้ลดลงโครงสร้างและจลนพลศาสตร์พับของหนึ่งสมาชิกนี้ lyase pectate ครอบครัว C (pelC) จาก Erwinia chrysanthemi มีการตรวจสอบในรายละเอียดบางอย่าง [2] [3] PelC ประกอบด้วยแบบแปลนพับขนานเบต้าเกลียว ประกอบด้วยส่วนใหญ่ปกติโครงสร้างรองของเบต้าขนานแผ่น (ประมาณ 30%) Strands ละของแผ่นงานเชื่อมต่อ โดยนำการวนรอบของความยาวแตกต่างกัน แกนหลักเป็นรูปแบบแล้ว ด้วยเกลียวขนาดใหญ่ที่ประกอบด้วยเบต้าแผ่น มีสอง disulphide พันธบัตรใน PelC และตก proline 12 หนึ่งของเหล่านี้ prolines, Pro220 มีส่วนร่วมในการ cis พันธะเพปไทด์ กลไกพับของ PelC เกี่ยวข้องกับระยะช้าสองที่บันทึก proline isomerizationSome of the proteins in this family are allergens. Allergies are hypersensitivity reactions of the immune system to specific substances called allergens (such as pollen, synthetic materials, dust, stings, drugs, or food) that, in most people, result in no symptoms. A nomenclature system has been established for antigens (allergens) that cause IgE-mediated atopic allergies in humans.This nomenclature system is defined by a designation that is composed of the first three letters of the genus; a space; the first letter of the species name; a space and an Arabic number. In the event that two species names have identical designations, they are discriminated from one another by adding one or more letters (as necessary) to each species designation.The allergens in this family include allergens with the following designations: Amb a 1, Amb a 2, Amb a 3, Cha o 1, Cup a 1, Cry j 1, Jun a 1.Two of the major allergens in the pollen of short ragweed (Ambrosia artemisiifolia) are Amb a I and Amb a II. The primary structure of Amb a II has been deduced and has been shown to share ~65% sequence identity with the Amb a I multigene family of allergens.[5] Members of the Amb a I/a II family include Tobacco (Nicotiana tabacum, Common tobacco) pectate lyase, which is similar to the deduced amino acid sequences of two pollen-specific pectate lyase genes identified in Lycopersicon esculentum (Tomato);[6] Cry j I, a major allergenic glycoprotein of Cryptomeria japonica (Japanese cedar)—the most common pollen allergen in Japan;[7] and P56 and P59, which share sequence similarity with pectate lyases of plant pathogenic bacteria.This enzyme belongs to the family of lyases, specifically those carbon-oxygen lyases acting on polysaccharides. The systematic name of this enzyme class is (1->4)-alpha-D-galacturonan lyase. Other names in common use include polygalacturonic transeliminase, pectic acid transeliminase, polygalacturonate lyase, endopectin methyltranseliminase, pectate transeliminase, endogalacturonate transeliminase, pectic acid lyase, pectic lyase, alpha-1,4-D-endopolygalacturonic acid lyase, PGA lyase, PPase-N, endo-alpha-1,4-polygalacturonic acid lyase, polygalacturonic acid lyase, pectin trans-eliminase, and Polygalacturonic acid trans-eliminase. This enzyme participates in pentose and glucuronate interconversions.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Pectate ไอเลสเป็นเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องในการยุ่ยและเน่าเปื่อยนุ่มของเนื้อเยื่อพืช Pectate ไอเลสเป็นผู้รับผิดชอบต่อความแตกแยกของ eliminative pectate ยอม oligosaccharides กับกลุ่ม 4 Deoxy-α-D-mann-4-enuronosyl ที่ปลายไม่ลดของพวกเขา โปรตีนที่มีการแสดงออกที่สุดในการพัฒนาในช่วงปลายเกสร มันได้รับการชี้ให้เห็นว่าการแสดงออกของเกสร pectate ยีนไอเลสอาจเกี่ยวข้องกับความต้องการสำหรับการย่อยสลายเพคตินในระหว่างการเจริญของหลอดเกสร.
เอนไซม์นี้กระตุ้นปฏิกิริยาเคมีแตกแยก eliminative (1 → 4) -α-D-galacturonan เพื่อให้ oligosaccharides 4 -deoxy-α-D-galact-4-enuronosyl กลุ่มที่ปลายที่ไม่ใช่ของพวกเขาลดโครงสร้างและจลนพลศาสตร์พับของหนึ่งในสมาชิกของครอบครัวนี้pectate ไอเลส C (Pelc) จาก Erwinia chrysanthemi ได้รับการตรวจสอบในรายละเอียดบางอย่าง. [ 2] [3] Pelc มีบรรทัดฐานพับเกลียวเบต้าขนาน ส่วนใหญ่ของโครงสร้างทุติยภูมิปกติประกอบด้วยแผ่นเบต้าขนาน (ประมาณ 30%) เส้นแต่ละแผ่นมีการเชื่อมต่อจากลูปเรียงลำดับของความยาวที่แตกต่างกัน กระดูกสันหลังจะเกิดขึ้นแล้วโดยเกลียวขนาดใหญ่ประกอบด้วยแผ่นเบต้า มีสอง disulphide พันธบัตรใน Pelc และ 12 โพรลีนเป็นสารตกค้าง หนึ่งใน prolines เหล่านี้ Pro220 เป็นส่วนร่วมในพันธะเปปไทด์ที่ถูกต้อง กลไกการพับ Pelc เกี่ยวข้องกับสองขั้นตอนช้าที่ได้รับการบันทึกให้ Proline isomerization. บางส่วนของโปรตีนในครอบครัวนี้มีสารก่อภูมิแพ้ โรคภูมิแพ้เป็นปฏิกิริยาภูมิไวเกินของระบบภูมิคุ้มกันที่เฉพาะเจาะจงกับสารที่เรียกว่าสารก่อภูมิแพ้ (เช่นเกสรวัสดุสังเคราะห์ฝุ่นเหล็กในยาเสพติดหรืออาหาร) ว่าในคนส่วนใหญ่ส่งผลให้เกิดอาการ ระบบการตั้งชื่อได้รับการจัดตั้งขึ้นเพื่อแอนติเจน (สารก่อภูมิแพ้) ที่ก่อให้เกิด IgE-mediated การภูมิแพ้โรคภูมิแพ้ในระบบการตั้งชื่อ humans.This ถูกกำหนดโดยการกำหนดที่ประกอบด้วยสามตัวอักษรแรกของพืชและสัตว์ที่; พื้นที่; อักษรตัวแรกของชื่อสายพันธุ์; พื้นที่และจำนวนอาหรับ ในกรณีที่สองชื่อชนิดมีการกำหนดเหมือนกันที่พวกเขาถูกเลือกปฏิบัติจากคนอื่นโดยการเพิ่มตัวอักษรหนึ่งหรือมากกว่า (เท่าที่จำเป็น) เพื่อกำหนดแต่ละชนิด. สารก่อภูมิแพ้ในครอบครัวนี้รวมถึงสารก่อภูมิแพ้ที่มีการกำหนดต่อไปนี้: Amb 1, Amb 2 Amb 3, Cha o 1 ถ้วย 1, ร้องไห้ญ 1 มิถุนายน 1. สองของสารก่อภูมิแพ้ที่สำคัญในเกสรของ ragweed สั้น (Ambrosia artemisiifolia) จะ Amb ผมและ Amb ครั้งที่สอง โครงสร้างหลักของ Amb ครั้งที่สองได้รับการอนุมานและได้รับการแสดงที่จะร่วมกัน ~ ลำดับบัตร 65% กับ Amb ฉันครอบครัว multigene ของสารก่อภูมิแพ้. [5] สมาชิกของ Amb ผม / a สองครอบครัวรวมถึงการควบคุมการบริโภคยาสูบ (Nicotiana tabacum, สามัญยาสูบ) pectate ไอเลสซึ่งมีความคล้ายคลึงกับลำดับกรดอะมิโนที่อนุมานสอง pectate เกสรเฉพาะยีนไอเลสที่ระบุไว้ใน Lycopersicon esculentum (มะเขือเทศ); [6] ร้องไห้เจฉันเป็นไกลโคโปรตีนที่เป็นภูมิแพ้ที่สำคัญของ Cryptomeria japonica (ซีดาร์ญี่ปุ่น) - สารก่อภูมิแพ้เกสรดอกไม้ที่พบมากที่สุดในญี่ปุ่น [7] และหน้า 56 และ P59 ซึ่งแบ่งปันความคล้ายคลึงกันกับลำดับ lyases pectate ของเชื้อแบคทีเรียที่ทำให้เกิดโรคพืช. เอนไซม์นี้เป็นของครอบครัวของ lyases โดยเฉพาะ lyases คาร์บอนออกซิเจนผู้ที่ทำหน้าที่เกี่ยวกับ polysaccharides ชื่อระบบของระดับเอนไซม์นี้ (1> 4) -alpha-D-galacturonan ไอเลส ชื่ออื่น ๆ ในการใช้งานทั่วไปรวมถึง transeliminase polygalacturonic, transeliminase กรดเพคติน, polygalacturonate ไอเลส, endopectin methyltranseliminase, pectate transeliminase, endogalacturonate transeliminase, กรดไอเลสเพคติน, เพคตินไอเลส, อัลฟา 1,4-D-endopolygalacturonic ไอเลสกรดพีจีเอไอเลส, PPase-N , Endo-alpha-1,4-polygalacturonic ไอเลสกรดกรด polygalacturonic ไอเลส, เพคตินทรานส์ eliminase และ Polygalacturonic กรดทรานส์ eliminase เอนไซม์นี้เข้าร่วมใน pentose และ glucuronate interconversions

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพกเทต lyase เป็นเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องในการทำให้เปื่อยยุ่ย และนุ่มอยู่ในเนื้อเยื่อพืช เพกเทต lyase เป็นผู้รับผิดชอบในการ eliminative ของเพคเตท ให้ผลผลิตโอลิโกแซคคาไรด์ กับ 4-deoxy - แอลฟา d-mann-4-enuronosyl กลุ่มที่ไม่ลด จบ โปรตีนที่แสดงออกช้าที่สุดในการพัฒนาเกสรจะได้รับการชี้ให้เห็นว่าเกสรของการแสดงออกของยีน lyase เพคเตทอาจเกี่ยวข้องกับความต้องการสำหรับการย่อยสลายเพกตินในช่วงการเจริญเติบโตหลอดเรณู .
เอนไซม์และปฏิกิริยาทางเคมี eliminative
แนวแตกเรียบ ( 1 → keyboard - key - name 4 ) - แอลฟา d-galacturonan ให้โอลิโกแซ็กคาไรด์ด้วย 4-deoxy - แอลฟากลุ่มที่ไม่ลด
d-galact-4-enuronosyl สิ้นสุดโครงสร้างและจลนพลศาสตร์การพับของหนึ่งในสมาชิกของครอบครัว เพคเตต lyase C ( pelc ) จากเชื้อ Erwinia chrysanthemi ถูกสอบสวนในรายละเอียด [ 2 ] [ 3 ] pelc ประกอบด้วยขนาน Beta เกลียวพับบรรทัดฐาน ส่วนใหญ่ของโครงสร้างปกติประกอบด้วยแผ่นเบต้าขนาน ( ประมาณ 30% ) เส้นของแต่ละแผ่นจะเชื่อมต่อโดยเรียงลําดับลูปของการเปลี่ยนแปลงความยาวกระดูกสันหลังคือเกิดขึ้นแล้วโดยมากประกอบด้วยแผ่นเกลียวเบต้า มีสองพันธบัตรไดซัลไฟด์ใน pelc 12 ตกค้าง proline หนึ่งใน prolines เหล่านี้ pro220 , มีส่วนร่วมใน CIS พันธะเพปไทด์ . กลไกการพับ pelc เกี่ยวข้องกับสองช้าขั้นตอนที่ได้รับการบันทึกการเปลี่ยนแปลงไอโซเมอไรเซซัน

บางส่วนของโปรตีนในครอบครัวเป็นภูมิแพ้โรคภูมิแพ้เป็นภาวะภูมิไวเกิน ปฏิกิริยาของระบบภูมิคุ้มกันเฉพาะสารที่เรียกว่า สารก่อภูมิแพ้ เช่น เกสรดอกไม้ วัสดุสังเคราะห์ ฝุ่น ต่อย ยา หรืออาหาร ) ว่า ในคนส่วนใหญ่ ส่งผลให้ไม่เกิดอาการ ระบบการเรียกชื่อสารอินทรีย์มีการสร้างแอนติเจน ( สารก่อภูมิแพ้ ) ซึ่งทำให้ IgE ( atopic ภูมิแพ้ในมนุษย์ระบบการเรียกชื่อนี้ถูกกำหนดโดยชื่อที่ประกอบด้วยตัวอักษรสามตัวแรกของพืชสกุล ; พื้นที่ ; ตัวอักษรตัวแรกของชื่อพรรณไม้ ; พื้นที่และตัวเลขอารบิก ในกรณีที่สองชนิด ชื่อเรียกที่เหมือนกัน พวกเขาจะถูกตัดสินจากคนอื่น โดยการเพิ่มหนึ่งหรือมากกว่าหนึ่งตัวอักษร ( เท่าที่จำเป็น ) แต่ละชนิด

ชื่อสารก่อภูมิแพ้ในครอบครัว ได้แก่ สารก่อภูมิแพ้ ด้วยรายละเอียดดังนี้ โครงการ 1 โครงการ 2 โครงการ 3 , ชาโอ 1 ถ้วย 1 ร้องไห้ J 1 มิ.ย. 1 .

สองของสารก่อภูมิแพ้หลักในการบินผ่าน ( ทิพย์เกสรสั้น artemisiifolia ) ด้วย และเป็นฉันด้วย 2 .โครงสร้างหลักของอำพันเป็น II ได้รับการอนุมาน และมีการแสดงที่จะแบ่งปัน ~ 65% ตามลำดับ ด้วยตัวตนกับผม multigene ครอบครัว allergens . [ 5 ] สมาชิกของโครงการ I / II ครอบครัวรวมถึงยาสูบ ( การคูณพบยาสูบ ) เพคเตต lyase ซึ่งคล้ายคลึงกับกรดอะมิโนได้ลำดับ 2 เกสรเฉพาะเพคเตต lyase ยีนระบุใน lycopersicon มะเขือเทศ ( มะเขือเทศ )[ 6 ] ร้องไห้ J , สาขาภูมิแพ้โปรตีนของ cryptomeria จาป ( ซีดาร์ญี่ปุ่น ) - ที่พบบ่อยที่สุดของสารก่อภูมิแพ้เกสรในประเทศญี่ปุ่น [ 7 ] และ p56 และ p59 ซึ่งใช้ลำดับความเหมือนกับเพคเตต lyases ของแบคทีเรียก่อโรคพืช

เอนไซม์นี้เป็นของครอบครัวของ lyases โดยเฉพาะที่ คาร์บอน ออกซิเจน lyases การแสดง บนพอลิแซ็กคาไรด์ .ชื่อระบบของระดับเอนไซม์นี้เป็น ( 1 - > 4 ) - alpha-d-galacturonan lyase . ชื่ออื่น ๆในการใช้โดยทั่วไป ได้แก่ polygalacturonic transeliminase กรด pectic , transeliminase polygalacturonate lyase endopectin methyltranseliminase , , , transeliminase endogalacturonate เพคเตท , transeliminase ที่มี lyase , กรด , กรด pectic lyase alpha-1,4-d-endopolygalacturonic , lyase lyase ppase-n , พีจีเอ , ,endo-alpha-1,4-polygalacturonic lyase polygalacturonic กรด , กรด lyase เพคติน ทรานส์ eliminase และ polygalacturonic กรด trans eliminase . เอนไซม์นี้ มีส่วนร่วมใน และ glucuronate นาคร interconversions .