1. โครงสร้างปฐมภูมิ (primary sturcture)
เป็นโครงสร้างหลักพื้นฐานของโปรตีน เกิดจากการเชื่อมต่อกันของกรดแอมิโน (amino acid) เป็นสายยาว ระหว่างกรดแอมิโนเชื่อมต่อกันด้วยพันธะเพปไทด์ (peptide) เกิดเป็นพอลิเพปไทด์ โดยมีปลายด้านหนึ่งของสาย เป็นปลายแอมิโน (amino end) และปลายอีกด้านหนึ่งเป็น ปลายคาร์บอกซิล (carboxyl end) ชนิดและการเรียงลำดับของกรดแอมิโนในสายของพอลิเพปไทด์มีความเฉพาะเจาะจง ทำให้เกิดเป็นโปรตีนชนิดต่างๆ มากมาย การย่อยสลายโครงสร้างปฐมภูมิของโปรตีน จะทำให้ได้กรดแอมิโน (amino acid) และ ปรตีนสายสั้นๆ เช่น dipeptide แต่ความร้อนระดับการหุงต้ม ไม่สามารถทำลายโครงสร้างปฐมภูมิได้