Contamination or signal?The presenc

Contamination or signal?

The presence of microbial DNA in laboratory reagents is nothing new. Studies have even found bacterial DNA in ultrapure water, and just a few weeks ago researchers pointed out ubiquitous contamination in next generation sequencing runs. In many cases such extraneous DNA may not be an issue, but for highly sensitive deep sequencing of amplified samples, contaminants can start to compete with signal, as Walker’s team found.

Walker’s group made serial dilutions of Salmonella bongori, beginning with 100 million cells and reducing the sample down to 1,000 cells. When the sample of S. bongori was 10,000 cells or fewer, the abundance of DNA from other microbial taxa exceeded 50 percent of the sequences. This happened using four different commercial extraction kits. Bradyrhizobiaceae, Burkholderiaceae, Pseudomonadaceae, and dozens of other bacterial groups were present, although each kit had a different profile.

“The assumption has been they are sterile,” said Walker, adding that, to be fair, DNA extraction kits aren’t marketed as such. “What [researchers] need to do is go back and do some negative controls and with a bit of confidence say, ‘they really are in the samples,’ in cases where maybe there are potentially suspicious results,” he said. Schloss made the point that investigators should not rely on the list Walker’s team produced as a comprehensive catalog of potential contaminants, but be sure to do their own controls given that contamination can vary from batch to batch.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ปนเปื้อนหรือสัญญาณของดีเอ็นเอของจุลินทรีย์ในห้องปฏิบัติการ reagents มีอะไรใหม่ การศึกษาได้พบดีเอ็นเอจากแบคทีเรียแม้กระทั่งน้ำ ultrapure และเพียงไม่กี่สัปดาห์ที่ผ่านมานักวิจัยชี้ให้เห็นการปนเปื้อนแพร่หลายในลำดับเบสทำรุ่นต่อไป ในหลายกรณี เช่นดีเอ็นเอที่ไม่เกี่ยวข้องไม่อาจมีปัญหา แต่สำหรับการจัดลำดับลึกมีความไวสูงอย่างเอาต์ สารปนเปื้อนสามารถเริ่มต้นการแข่งขันเป็นทีมของ Walker พบกับสัญญาณกลุ่มของวอล์คเกอร์ทำ dilutions ประจำของสาย bongori เริ่มต้นที่ 100 ล้านเซลล์ และลดตัวอย่างลงไป 1000 เซลล์ เมื่อตัวอย่างของ S. bongori 10000 เซลล์หรือน้อยกว่า ความอุดมสมบูรณ์ของดีเอ็นเอจาก taxa อื่น ๆ จุลินทรีย์เกิน 50 เปอร์เซ็นต์ของลำดับที่ เกิดขึ้นโดยใช้สี่แยกพาณิชย์ต่าง ๆ ชุด Bradyrhizobiaceae, Burkholderiaceae, Pseudomonadaceae และจำนวนมากของกลุ่มเชื้อแบคทีเรียอื่น ๆ ได้ปัจจุบัน ถึงแม้ว่าแต่ละชุดมีค่าแตกต่างกัน"อัสสัมชัญที่ได้รับจะผ่านการฆ่าเชื้อ กล่าวว่า วอล์คเกอร์ ว่า มีความเป็นธรรม ชุดสกัดดีเอ็นเอไม่ได้เด็ดขาดเช่นการเพิ่ม "อะไร [นักวิจัย] ต้องทำคือ กลับไป และบางลบควบคุมกับบิตของความเชื่อมั่นพูด 'จริง ๆ อยู่ในตัวอย่าง ในกรณีที่อาจมีผลอาจสงสัย, " เขากล่าวว่า จุดที่นักสืบไม่ได้ควรใช้ในรายของวอล์คเกอร์ทีมผลิตเป็นแค็ตตาล็อกที่ครอบคลุมของสารปนเปื้อนที่อาจเกิดขึ้น แต่ให้แน่ใจว่าการควบคุมตนเองที่ปนเปื้อนสามารถเปลี่ยนจากชุดชุดลอทท์ได้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การปนเปื้อนหรือสัญญาณ? ปรากฏตัวของดีเอ็นเอของจุลินทรีย์ในสารเคมีในห้องปฏิบัติการจะไม่มีอะไรใหม่ มีการศึกษาพบแม้ดีเอ็นเอของแบคทีเรียในน้ำบริสุทธิ์และเพียงไม่กี่สัปดาห์ที่ผ่านมานักวิจัยชี้ให้เห็นการปนเปื้อนที่แพร่หลายในลำดับรุ่นต่อไปวิ่ง ในหลายกรณีดีเอ็นเอภายนอกดังกล่าวอาจไม่เป็นปัญหา แต่สำหรับลำดับลึกความไวสูงของกลุ่มตัวอย่างขยายการปนเปื้อนสามารถเริ่มต้นที่จะแข่งขันกับสัญญาณขณะที่ทีมวอล์คเกอร์พบ. กลุ่มวอล์คเกอร์ทำให้เจือจางอนุกรมของเชื้อ Salmonella bongori เริ่มต้นด้วย 100 ล้านเซลล์และ ตัวอย่างการลดลงถึง 1,000 เซลล์ เมื่อตัวอย่างของเอส bongori เป็น 10,000 เซลล์หรือน้อยกว่า, ความอุดมสมบูรณ์ของดีเอ็นเอจากแท็กซ่าจุลินทรีย์อื่น ๆ ที่เกินร้อยละ 50 ของลำดับ เรื่องนี้เกิดขึ้นโดยใช้ที่แตกต่างกันสี่ชุดสกัดเชิงพาณิชย์ Bradyrhizobiaceae, Burkholderiaceae, Pseudomonadaceae และอีกหลายสิบของกลุ่มแบคทีเรียอื่น ๆ ที่อยู่ในปัจจุบันถึงแม้ว่าแต่ละชุดมีรายละเอียดที่แตกต่างกัน. "สมมติฐานที่ได้รับพวกเขาเป็นหมัน" วอล์คเกอร์กล่าวเพิ่มว่าเพื่อให้เกิดความเป็นธรรม, ชุดสกัดดีเอ็นเอจะไม่วางตลาด เป็นเช่นนี้ "สิ่งที่ [นักวิจัย] ต้องทำคือการกลับไปและทำควบคุมเชิงลบบางอย่างและมีบิตของความเชื่อมั่นที่จะพูดว่า" พวกเขาเป็นจริงในตัวอย่าง 'ในกรณีที่อาจจะมีอาจเป็นผลที่น่าสงสัย "เขากล่าว Schloss ทำจุดที่ผู้วิจัยไม่ควรพึ่งพารายชื่อทีมวอล์คเกอร์ผลิตเป็นรายการที่ครอบคลุมของสารปนเปื้อนที่อาจเกิดขึ้น แต่ต้องแน่ใจว่าจะทำอย่างไรการควบคุมของตัวเองที่ได้รับการปนเปื้อนจะแตกต่างจากชุดที่ชุด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การปนเปื้อน หรือสัญญาณ

มีจุลินทรีย์ สารเคมีในห้องปฏิบัติการดีเอ็นเอในมีอะไรใหม่ การศึกษายังพบแบคทีเรียในน้ำที่บริสุทธิ์มาก ดีเอ็นเอ และเพียงไม่กี่สัปดาห์ที่ผ่านมานักวิจัยชี้ให้เห็นข้อมูลที่ปนเปื้อนในรันลำดับรุ่นต่อไป ในบางกรณีการดีเอ็นเอหลายคนอาจไม่เป็นปัญหา แต่การลำดับลึกความไวสูงของอัตราตัวอย่างสารปนเปื้อนสามารถเริ่มต้นที่จะแข่งขันกับสัญญาณ เช่น วอล์กเกอร์ พบทีม

วอล์กเกอร์ กลุ่มทำอนุกรมเจือจางเชื้อ bongori เริ่มต้นด้วยเงิน 100 ล้านเซลล์ และลดจำนวนลงถึง 1 , 000 เซลล์ เมื่อตัวอย่างของ S . bongori คือ 10 , 000 เซลล์หรือน้อยกว่า ความอุดมสมบูรณ์ของดีเอ็นเอจากจุลินทรีย์และอื่น ๆ เกิน 50 เปอร์เซ็นต์ของผู้นี้เกิดขึ้นโดยใช้สี่ชุดสกัดการค้าที่แตกต่างกัน bradyrhizobiaceae burkholderiaceae pseudomonadaceae , , , และนับสิบของกลุ่มแบคทีเรียอื่น ๆที่เป็นปัจจุบัน แม้ว่าแต่ละชุดมีรายละเอียดแตกต่าง

" อัสสัมชัญ ได้รับพวกเขาจะเป็นหมัน " วอล์คเกอร์ , เพิ่ม , ยุติธรรม , ชุดสกัดดีเอ็นเอไม่ได้เด็ดขาด เช่น" อะไร [ นักวิจัย ] ต้องทำคือกลับไปทำการควบคุมบางเชิงลบและมีบิตของความเชื่อมั่นว่า พวกเขาอยู่ในตัวอย่างจริง ในกรณีที่อาจจะมีผลอาจสงสัย " เขากล่าว ไม่ทำจุดนั้นนักวิจัยไม่ควรพึ่งพาทีมงานรายการ วอร์คเกอร์ ผลิตรายการที่ครอบคลุมของสารปนเปื้อนที่อาจเกิดขึ้นแต่ให้แน่ใจว่าได้ทำการควบคุมของตัวเองที่ได้รับการปนเปื้อนจะแตกต่างจากชุดชุด