2.6. Size evaluation of PCR product

2.6. Size evaluation of PCR product
SSR markers whose marker reagent IDs indicate
that they were evaluated by researchers at
the International Rice Research Institute (IRRI) and
Huazhong Agricultural University (HUA) were visualized
on silver-stained polyacrylamide gels as described
by Panaud,18 and amplicon sizes were estimated in relation
to a known size standard. Markers evaluated at
RiceTec, Inc. (RT), the Rice Genome Program in Japan
(RGP) and at the USDA Agricultural Research Service
(ARS) lab in Texas were detected as fluorescent signals
using an ABI3100 genetic analyzer with a 36-cm capillary
array (4315931) using 10× buffer containing EDTA
(PE # 402824), POP-4 polymer (# 4316355), Hi-Di formamide
(4311320) and ROX 400 high-density size standard
(402985). Running conditions included 60◦C oven
temp, 15 kV EP voltage, 130 μA EP current, 15 mW
Laser Power and 5 A Laser Current.
2.7. Estimates of polymorphism
The level of polymorphism for 545 SSR markers was
evaluated between cv Nipponbare and cv Kasalath using
agarose gel electrophoresis. For PCR amplification,
the following conditions were used: 20 μl reaction mixture
containing 25–50 ng template DNA, 0.5 μM of each
primer, 200 μM of each dNTP, 1.5 mM MgCl2, 1 unit
Taq polymerase and 2 μl of ×10 PCR reaction buffer
(PE Applied Biosystems). Amplification was performed
for 35 cycles (1 min at 94◦C, 1 min at 55◦C and 2 min
at 72◦C) followed by 5 min at 72◦C. To detect polymorphism,
the amplified product

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.6 การประเมินขนาดผลิตภัณฑ์ PCRเครื่องหมาย SSR รีเอเจนต์ที่มีเครื่องหมายระบุรหัสที่จะถูกประเมิน โดยนักวิจัยที่สถาบันวิจัยข้าวนานาชาติ (IRRI) และมี visualized มหาวิทยาลัยเกษตรของ Huazhong (หัวหิน)บนสีซิลเวอร์ polyacrylamide gels อธิบายไว้โดย Panaud, 18 และ amplicon ขนาดถูกประเมินในความสัมพันธ์ทราบขนาดมาตรฐาน เครื่องหมายของประเมินที่RiceTec, Inc. (RT), โปรแกรมกลุ่มข้าวญี่ปุ่น(RGP) และบริการการวิจัยด้านการเกษตรจากห้องปฏิบัติการ (อาอาร์ส) เท็กซัสพบเป็นสัญญาณฟลูออเรสด้วยการวิเคราะห์ทางพันธุกรรม ABI3100 แรง 36 ซม.เรย์ (4315931) ซื้อ 10 ใช้บัฟเฟอร์ที่มี EDTA(PE #402824), formamide Hi Di พอลิเมอร์ POP 4 (#4316355)(4311320) และ ROX 400 high-density ขนาดมาตรฐาน(402985) การใช้เงื่อนไขรวมเตา 60◦Cอุณหภูมิ แรงดัน 15 kV EP, 130 μA EP ปัจจุบัน 15 mWเลเซอร์พลังงานและ 5 ปัจจุบันเลเซอร์2.7 การประเมินของโพลิมอร์ฟิซึมเป็นระดับของโพลิมอร์ฟิซึมสำหรับเครื่องหมาย SSR 545ประเมินระหว่าง cv Nipponbare และ cv Kasalath ใช้electrophoresis agarose เจ สำหรับ PCR ขยายการใช้: ผสมปฏิกิริยา μl 20ประกอบด้วย 25 – 50 แม่ ng DNA, μM 0.5 ของแต่ละรองพื้น μM 200 ของแต่ละ dNTP, 1.5 มม. MgCl2 หน่วยที่ 1พอลิเมอเรส Taq และ μl 2 บัฟเฟอร์ปฏิกิริยา PCR × 10(PE ใช้ Biosystems) ทำการขยายสำหรับ 35 รอบ (1 นาทีที่ 94◦C, 1 นาทีที่ 55◦C และ 2 นาทีที่ 72◦C) ตาม ด้วย 5 นาทีที่ 72◦C ตรวจหาโพลิมอร์ฟิซึมผลิตภัณฑ์เอาต์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.6 การประเมินขนาดของ PCR
สินค้าเครื่องหมายSSR
ที่มีรหัสน้ำยาเครื่องหมายแสดงให้เห็นว่าพวกเขาได้รับการประเมินโดยนักวิจัยที่ข้าวนานาชาติ
Research Institute (IRRI) และ
Huazhong มหาวิทยาลัยเกษตร (ฮั้ว)
ได้รับการมองเห็นในเจลอะคริเลตสีเงินสีตามที่อธิบายไว้โดย
Panaud, 18 และ amplicon
ขนาดอยู่ที่ประมาณในความสัมพันธ์ที่มีมาตรฐานเป็นที่รู้จักกันขนาด เครื่องหมายการประเมินที่
RiceTec อิงค์ (RT) โครงการจีโนมข้าวในประเทศญี่ปุ่น
(RGP) และในการวิจัยการบริการ USDA การเกษตร
(ARS)
ห้องปฏิบัติการในเท็กซัสถูกตรวจพบว่าเป็นสัญญาณเรืองแสงโดยใช้การวิเคราะห์ทางพันธุกรรมABI3100 กับเส้นเลือดฝอย 36
ซมอาร์เรย์(4315931) ใช้ 10 ×บัฟเฟอร์ที่มี EDTA
(PE # 402824) POP-4 พอลิเมอ (# 4316355) formamide Hi-Di
(4,311,320) และ ROX 400 ขนาดความหนาแน่นสูงมาตรฐาน
(402,985) เงื่อนไขการทำงานรวมถึงเตาอบ60◦Cอุณหภูมิ 15 กิโลโวลต์แรงดันสอี 130 ตอีปัจจุบัน 15 mW เลเซอร์พลังงานและ 5 เลเซอร์ปัจจุบัน. 2.7 การประเมินความแตกต่างระดับของความแตกต่างสำหรับ 545 เครื่องหมาย SSR ได้รับการประเมินระหว่างพันธุ์และพันธุ์Nipponbare Kasalath ใช้ข่าวคราวagarose สำหรับการขยาย PCR, เงื่อนไขต่อไปนี้ถูกนำมาใช้: 20 ไมโครลิตรผสมปฏิกิริยาที่มี25-50 นาโนกรัมดีเอ็นเอแม่แบบ 0.5 ไมครอนของแต่ละไพรเมอร์200 ไมครอนของ dNTP แต่ละ 1.5 มิลลิ MgCl2, 1 หน่วยโพลิเมอร์Taq 2 ไมโครลิตรของ× 10 ปฏิกิริยา PCR บัฟเฟอร์(PE Applied Biosystems) ขยายได้ดำเนินการ35 รอบ (1 นาทีที่94◦C 1 นาทีที่55◦Cและ 2 นาทีที่72◦C) ตามด้วย 5 นาทีที่72◦C ในการตรวจสอบความแตกต่าง, ผลิตภัณฑ์ขยาย