An enhanced version of comparative

An enhanced version of comparative binding energy (COMBINE) analysis, named COMBINEr, based on both
ligand-based and structure-based alignments has been used to build several 3-D QSAR models for the eleven human zinc-based
histone deacetylases (HDACs). When faced with an abundance of data from diverse structure−activity sources, choosing the best
paradigm for an integrative analysis is difficult. A common example from studies on enzyme−inhibitors is the abundance of
crystal structures characterized by diverse ligands complexed with different enzyme isoforms. A novel comprehensive tool for
data mining on such inhomogeneous set of structure−activity data was developed based on the original approach of Ortiz, Gago,
and Wade, and applied to predict HDAC inhibitors’ isoform selectivity. The COMBINEr approach (apart from the AMBER
programs) has been developed to use only software freely available to academics.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รุ่นที่ปรับปรุงของพลังงานที่มีผลผูกพันเปรียบเทียบ (รวม) การวิเคราะห์ชื่อ combiner บนพื้นฐานของการจัดแนว
แกนด์ที่ใช้และโครงสร้างพื้นฐานทั้งสองได้รับการใช้ในการสร้างหลาย 3-D รุ่น QSAR สำหรับสิบเอ็ดมนุษย์สังกะสีตามสโตน deacetylases
(hdacs ) เมื่อต้องเผชิญกับความอุดมสมบูรณ์ของข้อมูลจากแหล่งข้อมูลโครงสร้างกิจกรรมหลากหลายเลือกที่ดีที่สุด
กระบวนทัศน์สำหรับการวิเคราะห์แบบบูรณาการเป็นเรื่องยาก ตัวอย่างที่พบจากการศึกษาเกี่ยวกับสารยับยั้งเอนไซม์ความอุดมสมบูรณ์ของโครงสร้างผลึก
โดดเด่นด้วยลิแกนด์ที่มีความหลากหลาย complexed กับไอโซฟอร์มของเอนไซม์ที่แตกต่างกัน เครื่องมือที่ครอบคลุมสำหรับนวนิยาย
การทำเหมืองข้อมูลชุด inhomogeneous ดังกล่าวของโครงสร้างข้อมูลกิจกรรมที่ได้รับการพัฒนาบนพื้นฐานของวิธีการเดิมของออร์ติซ, Gago และ
ลุย,และนำไปใช้ในการทำนายการเลือกไอโซฟอร์ม HDAC โปรตีน ' วิธี combiner (นอกเหนือจากสีเหลืองอำพันโปรแกรม
) ได้รับการพัฒนาขึ้นเพื่อใช้ซอฟต์แวร์เพียงอย่างอิสระที่มีนักวิชาการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์เปรียบเทียบพลังงานยึดเหนี่ยว (รวม) ชื่อ COMBINEr รุ่นพิเศษตามทั้ง
จัดแนว ตามโครงสร้าง และ ตามลิแกนด์ถูกใช้เพื่อสร้างโมเดล QSAR 3 มิติหลายสำหรับมนุษย์ 11 ใช้สังกะสี
deacetylases ฮิสโตน (HDACs) เมื่อต้องเผชิญกับความอุดมสมบูรณ์ของข้อมูลจากแหล่งหลากหลาย structure−activity เลือกที่ดีที่สุด
กระบวนทัศน์แบบบูรณาการวิเคราะห์ได้ยาก อุดมสมบูรณ์เป็นตัวอย่างทั่วไปจากการศึกษา enzyme−inhibitors
โครงสร้างผลึกโดย ligands complexed กับ isoforms เอนไซม์แตกต่างหลากหลาย เครื่องมือครอบคลุมนวนิยายสำหรับ
เหมืองข้อมูลชุดดังกล่าวใช้งาน structure−activity ข้อมูลได้รับการพัฒนาตามแนวทางเดิมของพล.ต. Gago,
และ เวด และใช้ทำนาย HDAC inhibitors' isoform ใว วิธี COMBINEr (นอกเหนือจากแอมเบอร์
โปรแกรม) ได้รับการพัฒนาเพื่อใช้เฉพาะซอฟต์แวร์อิสระพร้อมนักวิชาการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เวอร์ชั่นใหม่ที่ได้รับการปรับปรุงความได้เปรียบเชิงเปรียบเทียบมีผลผูกพันทางด้านพลังงาน(รวม)การวิเคราะห์ชื่อ combiner ตาม alignments ทั้ง
ligand - และโครงสร้างมีพื้นฐานการใช้ในการสร้างรุ่น 3 - D qsar หลากหลายสำหรับ deacetylases
histone สิบเอ็ดมนุษย์สังกะสี - ( hdacs ) เมื่อต้องเผชิญกับความหลากหลายของข้อมูลจากแหล่งโครงสร้างการทำงานที่หลากหลายการเลือกที่ดีที่สุดตอบแทน
กระบวนทัศน์ในการวิเคราะห์ที่หนึ่งเป็นเรื่องยาก ตัวอย่างเช่นโดยทั่วไปจากการศึกษาในเรื่องเอนไซม์ - ผลลัพธ์โรคหลอดเลือดสมองแตกมีความหลากหลายของโครงสร้าง
คริสตัลโดย ligands complexed ที่หลากหลายพร้อมด้วย isoforms เอนไซม์แตกต่างกัน เครื่องมือที่ครอบคลุมเรื่องการทำเหมืองแร่
ซึ่งจะช่วยให้ข้อมูลที่ตั้งค่า inhomogeneous ดังกล่าวของข้อมูลโครงสร้างการทำงานของเขาพัฒนาขึ้นจากวิธีการแบบดั้งเดิมของ ortiz gago
และตะลุยและใช้ในการคาดเดาตัวเลือก isoform ' hdac ผลลัพธ์โรคหลอดเลือดสมองแตก. วิธีการ combiner (แยกออกจากโปรแกรมสีเหลืองอำพัน
ซึ่งจะช่วยให้ได้รับการพัฒนาขึ้นมาเพื่อใช้งานซอฟท์แวร์เฉพาะได้อย่างอิสระพร้อมใช้งานสำหรับนักวิชาการ