2. Materials and methods2.1. Isolat

2. Materials and methods
2.1. Isolation of bacteria, their culture conditions and identification
Samples were collected from Mumbai anchorage, along western
coast of India, and bacteria were isolated on MRS (Man-RogosaSharpe)
agar plates (HiMedia Laboratories, India). Gram staining
and enzymatic assay of catalase were applied for screening LAB
isolates (Hwanhlem et al., 2014).
DNA was extracted from overnight LAB cultures using DNeasy
Blood and Tissue kit (Qiagen, USA) following the manufacturer’s
instruction for nucleic acid extraction. PCR amplification of 16S
rRNA gene was done with the primers:- 27F (5ʹ-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3ʹ)
and 1492R (5ʹ-TACGGYTACCTTGTTACGACTT-
3ʹ) as described earlier (Lane, 1991). PCR mixes were prepared
following manufacturer’s protocol (Invitrogen, cat. no.10342020)
and subject to initial denaturation at 94
C for 2 min followed by 35
cycles of heating at 94
C (20 sec), primer annealing at 53
C (20
sec) and extension at 70
C for 1.5 min. The final extension was
carried out at 70
C for 5 min for 1 cycle. Presence of specific PCR
products was confirmed by gel electrophoresis. Amplified genes
were purified, sequenced and results aligned with NCBI database
using the BLAST algorithm. The LAB isolates were identified according
to similarity criterion of 98e100%. ClustalW and Chromas
Lite 2.1.1 were used for sequence alignment and comparison.
Phylogenetic tree was constructed and evolutionary history was
inferred from 2000 bootstrap replicates using neighbor-joining
method. Phylogenetic analysis was performed by using MEGA 5.0.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2. วัสดุและวิธีการ2.1. การแยกเชื้อแบคทีเรีย วัฒนธรรมเงื่อนไข และรหัสตัวอย่างที่ถูกเก็บรวบรวมจาก anchorage มุมไบ ตามแนวตะวันตกชายฝั่งของอินเดีย และแบคทีเรียถูกแยกต่างหากบน MRS (RogosaSharpe คน)แผ่นวุ้น (HiMedia Laboratories อินเดีย) การย้อมสีกรัมและใช้สำหรับตรวจห้องปฏิบัติการทดสอบเอนไซม์ของคาแยก (Hwanhlem et al. 2014)ดีเอ็นเอที่ถูกแยกจากคืนห้องปฏิบัติวัฒนธรรมที่ใช้ DNeasyเลือดและเนื้อเยื่อ kit (Qiagen สหรัฐอเมริกา) ของผู้ผลิตดังต่อไปนี้คำแนะนำสำหรับการสกัดกรดนิวคลีอิก กระบือของ 16Sทำกับไพรเมอร์ของยีนใน rRNA: -27F (5ʹ-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3ʹ)และ 1492R (5ʹ - TACGGYTACCTTGTTACGACTT -3ʹ) ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (Lane, 1991) ผสม PCR วจัดต่อไปนี้ผลิตโพรโทคอล (Invitrogen, cat. no.10342020)และอาจแปรสภาพต้น 94 c เป็นเวลา 2 นาทีแล้วตาม ด้วย 35รอบของเครื่องทำความร้อนที่ 94 C (20 วินาที), รองพื้นหลอมที่ 53 C (20วินาที) และนามสกุลที่ 70 C 1.5 นาที แก้ไขนามสกุลสุดท้ายดำเนินการ 70 c เป็นเวลา 5 นาทีสำหรับ 1 รอบ ของเฉพาะ PCRผลิตภัณฑ์ได้รับการยืนยัน โดยอิเจ ขยายยีนได้บริสุทธิ์ เรียงลำดับ และผลลัพธ์ที่สอดคล้องกับฐานข้อมูล NCBIโดยใช้อัลกอริทึมระเบิด ห้องปฏิบัติแยกระบุตามการเกณฑ์ความคล้ายคลึงของ 98e100% ClustalW และ ChromasLite 2.1.1 ใช้สำหรับเปรียบเทียบและจัดลำดับต้นทางสร้าง และแก้ไขประวัติวิวัฒนาการสรุปจาก 2000 เริ่มต้นเหมือนกับใช้เพื่อนบ้านเข้าร่วมวิธีการ ดำเนินการวิเคราะห์ผล โดยใช้ 5.0 ล้าน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2. วัสดุและวิธีการ
2.1 การแยกของแบคทีเรียเงื่อนไขวัฒนธรรมของพวกเขาและบัตรประจำตัว
เก็บตัวอย่างจากมุมไบทอดสมอพร้อมตะวันตก
ชายฝั่งของอินเดียและเชื้อแบคทีเรียที่แยกได้ใน MRS (Man-RogosaSharpe)
วุ้นแผ่น (HIMEDIA ห้องปฏิบัติการ, อินเดีย) การย้อมสีแกรม
และการทดสอบเอนไซม์ catalase ถูกนำไปใช้สำหรับการคัดกรอง LAB
ไอโซเลท (Hwanhlem et al., 2014).
ดีเอ็นเอถูกสกัดจากวัฒนธรรมค้างคืน LAB ใช้ DNeasy
เลือดและเนื้อเยื่อ Kit (Qiagen, สหรัฐอเมริกา) ดังต่อไปนี้ผู้ผลิต
คำแนะนำสำหรับการสกัดกรดนิวคลีอิก ขยาย PCR ของ 16S
rRNA ยีนทำด้วยไพรเมอร์: - 27 (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3')
และ 1492R (5'-TACGGYTACCTTGTTACGACTT-
3') ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (Lane, 1991) ผสม PCR ได้จัดทำ
ต่อไปนี้โปรโตคอลของผู้ผลิต (Invitrogen แมว. no.10342020)
และอาจมีการสูญเสียสภาพธรรมชาติเริ่มต้นที่ 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาทีตามด้วย 35
รอบของความร้อนที่อุณหภูมิ 94? C (20 วินาที), การอบไพรเมอร์ที่ 53? C ( 20
วินาที) และการขยายที่ 70 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1.5 นาที นามสกุลสุดท้ายก็
ดำเนินการที่ 70 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาทีสำหรับ 1 รอบ การปรากฏตัวของ PCR เฉพาะ
ผลิตภัณฑ์ที่ได้รับการยืนยันโดย gel electrophoresis ยีนขยาย
บริสุทธิ์, ลำดับขั้นตอนและผลสอดคล้องกับฐานข้อมูล NCBI
โดยใช้วิธีการระเบิด สายพันธุ์ LAB ถูกระบุตาม
เกณฑ์ความคล้ายคลึงกันของ 98e100% ClustalW และ chromas
Lite 2.1.1 ถูกนำมาใช้สำหรับการจัดตำแหน่งและการเปรียบเทียบลำดับ.
phylogenetic ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นและประวัติศาสตร์วิวัฒนาการได้รับการ
สรุปจาก 2000 บูตซ้ำโดยใช้เพื่อนบ้านเข้าสู่
วิธีการ phylogenetic วิเคราะห์ได้ดำเนินการโดยใช้ MEGA 5.0

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2 . วัสดุและวิธีการ2.1 . การแยกแบคทีเรีย , วัฒนธรรมของพวกเขาและระบุเงื่อนไขโดยเก็บตัวอย่างจากมุมไบแองตามตะวันตกชายฝั่งของอินเดีย และแบคทีเรียที่แยกได้ในคุณ ( ผู้ชาย rogosasharpe )วุ้นแผ่น ( himedia ห้องปฏิบัติการ , อินเดีย ) การย้อมสีกรัมโดยเอนไซม์คะตะเลสและของที่ใช้ในการคัดกรองแล็บไอโซเลต ( hwanhlem et al . , 2010 )ดีเอ็นเอจากวัฒนธรรมการใช้ dneasy แล็บค้างคืนชุด ( เพิ่มเลือดและเนื้อเยื่อ สหรัฐอเมริกา ) ต่อไปนี้ของผู้ผลิตสอนเรื่องการสกัดกรดนิวคลีอิก . PCR แบบเต็มrRNA ยีนเสร็จแล้วด้วย : - 27f ( 5 ʹ - agagtttgatcctggctcag-3 ʹ )และ 1492r ( 5 ʹ - tacggytaccttgttacgactt -3 ʹ ) ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( Lane , 1991 ) เทคนิคผสมเตรียมไว้แล้วโปรโตคอลต่อไปนี้ของผู้ผลิต ( Invitrogen , แมว no.10342020 )เรื่องและเริ่มต้นที่ 94 ( C 2 นาที ตามด้วย 35วงจรของความร้อนที่อุณหภูมิ 94 องศาเซลเซียส ( 20 วินาที ) , ไพรเมอร์ annealing ที่ 53 C ( 20วินาที ) และส่วนขยายที่ 70 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 1.5 นาที นามสกุล สุดท้ายคือดำเนินการที่ 70 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาทีต่อ 1 รอบ โดยเฉพาะต่อหน้าผลิตภัณฑ์ที่ได้รับการยืนยันโดยเจล การขยายยีนมีความบริสุทธิ์ของยีนและผลลัพธ์ที่สอดคล้องกับฐานข้อมูล ncbiใช้ระเบิดขั้นตอนวิธี ห้องปฏิบัติการแยกระบุตามคล้ายคลึง เกณฑ์ของ 98e100 % และ clustalw Chromas2.1.1 ใช้สำหรับการเรียงลำดับ Lite และเปรียบเทียบสร้าง phylogenetic ต้นไม้และประวัติศาสตร์วิวัฒนาการคือทั้งแบบใช้เพื่อนบ้านร่วม 2000 บูวิธี การวิเคราะห์ ซึ่งกระทำโดยใช้ Mega 5.0 .