Fragments of the 16S rRNA gene from

Fragments of the 16S rRNA gene from bacterial colonies were PCR amplified with the bacterial primer set 27F and
1385R (amplification of 1.5-kb fragments) (43) or BK1F et BK1R, specific to the genus Bacillus (amplification of 1.1-kb fragments) (54) (see Table S1 in the supplemental material), using Taq DNA polymerase with ThermoPol buffer (New England BioLabs, Ozyme, Saint-Quentin-en- Yvelines, France). PCRs, performed in a Mastercycler thermal cycler (Eppendorf, Le Pecq, France), included 28 cycles, each consisting of annealing for 1 min at 51°C, elongation for 2 min at 72°C, and denaturation for 1 min at 95°C. PCR products were sequenced by Eurofins MWG Operon (Ebersberg, Germany). The sequences were matched against nucleotide sequences from GenBank using BLASTN (5).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ชิ้นส่วนของยีนใน rRNA 16S จากแบคทีเรียอาณานิคมได้ขยายกับชุดพื้นแบคทีเรีย 27F PCR และ1385R (ขยายของชิ้นส่วน 1.5 kb) (43) หรือ BK1F et BK1R เฉพาะสกุลคัด (ขยายของชิ้นส่วน 1.1 kb) (54) (ดูตาราง S1 ในวัสดุเพิ่มเติม), ใช้ Taq DNA พอลิเมอเรสกับบัฟเฟอร์ ThermoPol (นิวอิงแลนด์ BioLabs, Ozyme, Saint-Quentin-น้ำ-Yvelines ฝรั่งเศส) PCRs ดำเนินการในการ Mastercycler ความร้อน cycler (Eppendorf เลอ Pecq ฝรั่งเศส), รวม 28 รอบ ซึ่งการอบเหนียวใน 1 นาทีที่ 51° C, elongation ใน 2 นาทีที่ 72° C และ denaturation ใน 1 นาทีที่ 95 องศาเซลเซียส ผลิตภัณฑ์ PCR ถูกเรียงลำดับตาม Eurofins MWG Operon (Ebersberg เยอรมนี) ลำดับที่ได้จับคู่กับลำดับของนิวคลีโอไทด์จาก GenBank ที่ใช้ BLASTN (5)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ชิ้นส่วนของ 16S rRNA ยีนจากแบคทีเรียที่ถูกขยาย PCR ด้วยไพรเมอร์ของแบคทีเรียตั้ง 27F และ
1385R (การขยายของชิ้นส่วน 1.5 กิโล) (43) หรือ BK1F และ BK1R เฉพาะสำหรับสกุล Bacillus (การขยายของชิ้นส่วน 1.1 กิโล) ( 54) (ดูตารางที่ S1 ในวัสดุเสริม) โดยใช้โพลิเมอร์ Taq DNA กับบัฟเฟอร์ Thermopol (นิวอิงแลนด์ BioLabs, Ozyme, Saint-Quentin-en- Yvelines, ฝรั่งเศส) PCRs, ดำเนินการใน Cycler ความร้อน Mastercycler (Eppendorf, Le Pecq, ฝรั่งเศส) รวม 28 รอบแต่ละประกอบด้วยหลอมเป็นเวลา 1 นาทีที่ 51 ° C, การยืดตัวเป็นเวลา 2 นาทีที่ 72 ° C และสูญเสียสภาพธรรมชาติเป็นเวลา 1 นาทีที่ 95 องศา C. ผลิตภัณฑ์พีซีอาร์มีลำดับขั้นตอนโดย Eurofins MWG Operon (Ebersberg, เยอรมนี) ลำดับที่ถูกจับคู่กับลำดับเบสจาก GenBank โดยใช้ไทด์ (5)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ชิ้นส่วนของเบส 16S rRNA ยีนจากแบคทีเรียโคโลนีของเชื้อแบคทีเรียและ PCR ไพรเมอร์ชุด 27f และ
1385r ( เพิ่มปริมาณชิ้นส่วน 1.5-kb ) ( 43 ) หรือ bk1f et bk1r เฉพาะสกุลบาซิลลัส ( เพิ่มปริมาณชิ้นส่วน 1.1-kb ) ( 54 ) ( ดูจากตาราง S1 ในวัสดุเสริม ) โดยใช้ดีเอ็นเอพอลิเมอเรสได้ดีด้วย thermopol บัฟเฟอร์ ( อังกฤษ biolabs ozyme , Saint Quentin en , ประมุขปรัสเซีย - ,ฝรั่งเศส ) pcrs ดำเนินการใน mastercycler Thermal cycler ( เพนดอร์ฟ , เลอ pecq , ฝรั่งเศส ) , รวม 28 รอบ แต่ละประกอบด้วยการอบ 1 นาทีที่ 51 ° C ความยาว 2 นาทีที่ 72 ° C และ ( 1 นาทีที่ 95 องศา โดยผลิตภัณฑ์นี้โดย eurofins mwg โอเปอรอน ( ebersberg , เยอรมัน ) . ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนจากถูกจับคู่กับขนาดการใช้ blastn ( 5 )