2.4. In silico analysisThe plasmid

2.4. In silico analysis
The plasmid from the PCR positive clones was purified using the plasmid purification kit (Qiagen, USA) and sequenced (Eurofins, Bangalore, India). The nucleotide and the deduced amino acid sequences were analyzed using the BLAST program of NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov). The molecular weight, isoelectric point (pI) and the hydrophobic nature of the peptide were determined using Sequence Quickie Calc version 5.0 software. The nucleotide sequence obtained in the study was aligned with crustin sequences from other closely related species available in the database using the ClustalW2 online bioinformatics tool (http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html) to evaluate the percentage similarity. A phylogenetic tree was generated using the UPGMA programof MEGA5 software (http://www.megasoftware.net/) based on crustin sequences available in GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.4. ใน silico วิเคราะห์Plasmid จาก PCR โคลนบวกบริสุทธิ์ใช้ชุดฟอก plasmid (Qiagen สหรัฐอเมริกา) และเรียงลำดับ (Eurofins บังกาลอร์ อินเดีย) นิวคลีโอไทด์และลำดับกรดอะมิโนซึ่งสามารถกล่าวได้ถูกวิเคราะห์โดยใช้โปรแกรมระเบิดของ NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) น้ำหนักโมเลกุล isoelectric จุด (ปี่) และลักษณะแบบของเปปไทด์ถูกกำหนดโดยใช้ซอฟต์แวร์เวอร์ชัน 5.0 ลำดับแตกตะกรัน ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ได้รับในการศึกษาได้สอดคล้องกับ crustin ลำดับจากสายพันธุ์อื่นที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดในฐานข้อมูลโดยใช้เครื่องมือออนไลน์ bioinformatics ClustalW2 (http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html) การประเมินเปอร์เซ็นต์คล้ายคลึง ต้นไม้ phylogenetic ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ซอฟต์แวร์ programof MEGA5 UPGMA (http://www.megasoftware.net/) ตามลำดับใน GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) crustin

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 ในการวิเคราะห์ silico
พลาสมิดจากโคลนบวก PCR บริสุทธิ์โดยใช้ชุดฟอกพลาสมิด (Qiagen, สหรัฐอเมริกา) และลำดับขั้นตอน (Eurofins บังกาลอร์, อินเดีย) เบื่อหน่ายและอนุมานลำดับกรดอะมิโนที่ถูกนำมาวิเคราะห์โดยใช้โปรแกรมการระเบิดของ NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) น้ำหนักโมเลกุลชี้ Isoelectric (PI) และธรรมชาติที่ไม่ชอบน้ำของเปปไทด์ได้รับการพิจารณาโดยใช้ลำดับรุ่น Quickie Calc 5.0 ซอฟแวร์ ลำดับเบสที่ได้รับในการศึกษาได้สอดคล้องกับลำดับ crustin จากสายพันธุ์อื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดที่มีอยู่ในฐานข้อมูลโดยใช้เครื่องมือชีวสารสนเทศ ClustalW2 ออนไลน์ (http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html) เพื่อประเมิน ความคล้ายคลึงกันร้อยละ ต้นไม้สายวิวัฒนาการที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ซอฟแวร์ UPGMA programof MEGA5 (http://www.megasoftware.net/) ตามลำดับ crustin ที่มีอยู่ใน GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.4 . ในการวิเคราะห์โครงข่ายส่วนพลาสมิดจาก PCR บวกโคลนบริสุทธิ์โดยใช้ชุดฟอกพลาสมิด ( QIAGEN , USA ) และลำดับ ( eurofins บังกาลอร์ , อินเดีย ) การลำดับเบสและกรดอะมิโนโดยใช้ระเบิดโปรแกรม ncbi ( www.ncbi . nlm . NIH . gov ) น้ำหนักโมเลกุล จุดไอโซอิเล็กทริก ( PI ) และธรรมชาติ ) ของเปปไทด์ซึ่งใช้ลำดับ Quickie Calc เวอร์ชัน 5.0 ซอฟต์แวร์ จากลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ได้ในการศึกษานี้สอดคล้องกับ crustin ลำดับจากอื่น ๆที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดชนิดที่มีอยู่ในฐานข้อมูลโดยใช้เครื่องมือออนไลน์ clustalw2 ชีวสารสนเทศ ( http://www.ebi.ac.uk/tools/clustalw2/index.html ) เพื่อหาค่าความเหมือน phylogenetic ต้นไม้ถูกสร้างขึ้น โดยใช้วิธีมีผล mega5 ซอฟต์แวร์ ( http://www.megasoftware.net/ ) ตามลำดับ crustin ที่มีอยู่ในขนาด ( http : / / www.ncbi . nlm . NIH . gov / ขนาด / )