Sequence analysis and phylogenetic

Sequence analysis and phylogenetic assignment. Partial sequence information was obtained for 51 16S rRNA genes covering approximately 500 bp derived from the clay size fraction of the AM treatment that showed highest diversity in the TRFLP analysis. Twenty-four sequences showed high similarity to RDP database entries (similarity score [Sab] values . 0.8)(Table 3), and 30 sequences showed at least 95% similarity to known sequences deposited in the NCBI database. The remaining sequences were only moderately related (90 to 94% similarity) to known 16S rRNA genes and represented members of yet undescribed bacterial divisions, deeply branching members of described divisions, or chimeric sequences. Phylogenetic analysis revealed that clones were not evenly distributed among different bacterial divisions. Bacteria belonging to the Holophaga/Acidobacterium division accounted for 37% of the clones examined, whereas 27% could be classified as highG1C or low-G1C gram-positives. The remaining clones belonged to the a-, g-, and d-Proteobacteria (18%), Verrucomicrobiales (12%), the Flexibacter/Cytophaga/Bacteroides division (4%), and Planctomycetales (2%). A phylogenetic tree comprising the three cultured members of the Holophaga/Acidobacterium cluster, sequences obtained in this study, and other environmental clones is depicted in Fig. 3. Because this tree is based only on partial sequences, it demonstrates the tremendous diversity of bacteria belonging to the Holophaga/ Acidobacterium division rather than definitive phylogenetic relationships.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การวิเคราะห์และกำหนด phylogenetic ข้อมูลลำดับบางส่วนไม่ได้ยีน rRNA 16S 51 ครอบคลุมประมาณ 500 bp มาเศษขนาดดินรักษา AM ที่แสดงให้เห็นว่าความหลากหลายที่สูงสุดในการวิเคราะห์ TRFLP ยี่สิบสี่ลำดับแสดงให้เห็นความคล้ายคลึงกันสูงกับรายการฐานข้อมูล RDP (คล้ายคะแนนค่า [ส.] . 0.8)(Table 3) และลำดับที่ 30 พบว่า 95% คล้ายคลึงกับลำดับที่รู้จักฝากในฐานข้อมูล NCBI ลำดับที่เหลือมีเฉพาะที่เกี่ยวข้องค่อนข้าง (90-94% คล้าย) เพื่อรู้จัก 16S rRNA ยีน และแทนสมาชิกของส่วนแบคทีเรียยัง undescribed สาขาส่วนอธิบาย หรือลำดับ chimeric ลึก วิเคราะห์ phylogenetic เปิดเผยว่า โคลนได้ไม่สม่ำเสมอถูกกระจายส่วนต่าง ๆ เชื้อแบคทีเรีย เชื้อแบคทีเรียของส่วน Holophaga/Acidobacterium คิดเป็น 37% ของโคลนที่ตรวจสอบ ในขณะที่ 27% สามารถจำแนกได้เป็น highG1C หรือ G1C ต่ำกรัมทำงานผิดพลาด โคลนที่เหลือเป็นสมาชิกเป็น- g- และ d-Proteobacteria (18%), Verrucomicrobiales (12%), ส่วน Flexibacter Cytophaga/Bacteroides (4%), และ Planctomycetales (2%) ต้นไม้ phylogenetic ประกอบด้วยสมาชิกสามอ่างของคลัสเตอร์ Holophaga/Acidobacterium ลำดับรับในการศึกษานี้ และโคลนสิ่งแวดล้อมอื่น ๆ เป็นภาพใน Fig. 3 เนื่องจากแผนภูมินี้จะขึ้นอยู่กับลำดับบางส่วนเท่านั้น แสดงให้เห็นความหลากหลายของแบคทีเรียของ Holophaga มหาศาล / Acidobacterium หารมากกว่าทั่วไป phylogenetic ความสัมพันธ์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์และการกำหนดลำดับสายวิวัฒนาการ ข้อมูลบางส่วนลำดับที่ได้รับ 51 ยีน 16S rRNA ครอบคลุมประมาณ 500 bp มาจากส่วนขนาดดินเหนียวของการรักษา AM ที่แสดงให้เห็นความหลากหลายมากที่สุดในการวิเคราะห์ TRFLP ลำดับยี่สิบสี่แสดงให้เห็นความคล้ายคลึงกันสูงกับรายการฐานข้อมูล RDP (คะแนนความคล้ายคลึงกัน [Sab] ค่า. 0.8) (ตารางที่ 3) และลำดับที่ 30 แสดงให้เห็นความคล้ายคลึงกันอย่างน้อย 95% ลำดับที่รู้จักกันฝากไว้ในฐานข้อมูล NCBI ลำดับที่เหลืออยู่เพียงที่เกี่ยวข้องในระดับปานกลาง (90 ความคล้ายคลึงกัน 94%) ยีน 16S rRNA ที่รู้จักกันและเป็นตัวแทนสมาชิกของหน่วยงานยังแบคทีเรีย undescribed ลึกแยกสมาชิกของหน่วยงานที่อธิบายหรือลำดับลูกผสม การวิเคราะห์วิวัฒนาการเปิดเผยว่าโคลนไม่ได้ถูกกระจายในหมู่ฝ่ายแบคทีเรียที่แตกต่างกัน แบคทีเรียที่เป็นของ Holophaga / ส่วน Acidobacterium คิดเป็น 37% ของโคลนตรวจสอบในขณะที่ 27% จะได้รับการจัดเป็น highG1C หรือต่ำ G1C แกรมบวก โคลนที่เหลือเป็น a- ที่ G- และ D-Proteobacteria (18%) Verrucomicrobiales (12%) ที่ Flexibacter / Cytophaga / Bacteroides ส่วน (4%) และ Planctomycetales (2%) ต้นไม้สายวิวัฒนาการประกอบด้วยสมาชิกสามคนเลี้ยงของกลุ่ม Holophaga / Acidobacterium ลำดับที่ได้รับในการศึกษาครั้งนี้และโคลนสิ่งแวดล้อมอื่น ๆ ที่ปรากฎในรูป 3. เพราะต้นไม้นี้จะขึ้นอยู่เฉพาะในลำดับบางส่วนก็แสดงให้เห็นถึงความหลากหลายอย่างมากของเชื้อแบคทีเรียที่เป็นของส่วน Holophaga / Acidobacterium มากกว่าความสัมพันธ์ของสายวิวัฒนาการที่ชัดเจน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์และการกำหนดลำดับการวิวัฒนาการ . ข้อมูลลำดับเบส 16S rRNA บางส่วนได้ประมาณ 51 ยีนครอบคลุมประมาณ 500 BP ที่ได้จากดินขนาดเศษส่วนของคือการรักษาที่พบความหลากหลายสูงสุดในการวิเคราะห์ trflp . ยี่สิบสี่ลำดับ พบความคล้ายคลึงกันสูง RDP รายการฐานข้อมูล ( ความเหมือนคะแนน [ SAB ] ค่า 1 ) ( ตารางที่ 3 )และ 30 ลำดับ พบอย่างน้อย 95% เหมือนรู้จักกันฝากใน ncbi ลำดับฐานข้อมูล ลำดับที่เหลือมีแค่พอประมาณที่เกี่ยวข้อง ( 90 ถึง 94 % ความเหมือน ) รู้จักเบส 16S rRNA ยีนและเป็นตัวแทนของสมาชิกแต่ undescribed แบคทีเรียฝ่ายลึกแยกสมาชิกของหน่วยงานที่ระบุไว้ หรือ ลำดับการวิเคราะห์ phylogenetic พบว่าโคลนไม่ได้กระจายอยู่ทั่วไปในแผนกแบคทีเรียที่แตกต่างกัน แบคทีเรียที่อยู่ในกอง holophaga / acidobacterium คิดเป็น 37% ของโคลนตรวจสอบในขณะที่ 27% อาจจะจัดเป็น highg1c low-g1c กรัม หรือแจ้ง โคลนที่เหลือเป็นของ A - G - และ d-proteobacteria ( 18% ) , verrucomicrobiales ( 12% )ส่วน flexibacter / cytophaga / bacteroides ( 4% ) และ planctomycetales ( 2% ) มีต้นไม้ ซึ่งประกอบด้วยสมาชิกทั้งสามสูตรของ holophaga / acidobacterium กลุ่มลำดับโปรตีนนี้และโคลนแวดล้อมอื่น ๆ เป็นภาพในรูปที่ 3 เพราะต้นไม้ต้นนี้ขึ้นอยู่เฉพาะในลำดับบางส่วนมันแสดงให้เห็นถึงความหลากหลายอย่างมากของแบคทีเรียที่อยู่ในกอง holophaga / acidobacterium มากกว่าแตกหัก ซึ่งความสัมพันธ์