In order to characterize A/H5N1 vir

In order to characterize A/H5N1 viral sequences, a bioinformatics approach accurately identified viral sequences from discovery of a sequence signature, which provided enough distinctive information for sequence identification. Eight highly pathogenic H5N1 viral isolations were collected from different areas of Thailand between 2003 and 2006, and were used for analysis of H5N1 genotypic testing with a semiconductor-based oligonucleotide microarray. All H5N1 samples and H1N1, H4N8 negative controls were correctly subtyped. Sensitivity of the eight oligonucleotide probes, with optimized cut-offs, ranged from 70% (95% CI 65–75) to 87% (95% CI 84–91), and the corresponding Kappa values ranged from 0.76 (95% CI 0.72–0.80) to 0.86 (95% CI 0.83–0.89). Semi-conductor-based oligonucleotide array and oligonucleotide probes corresponded well when detecting H5N1. After fully correcting the subtype from the result of microarray signal intensity, the microarray output method combined with bioinformatics tools, identified and monitored genetic variations of H5N1. Capability of distinguishing different strains of H5N1 from Thailand was the outstanding feature of this assay. Ninety percent of HA and NA (4/5) genes were sequenced correctly, in accordance with previous examinations performed by classical diagnostic methods. The low-medium-high bioinformatics resolutions were able to predict an epidemic strain of H5N1. This study also showed the advantage of using a large genotypic database to predict the epidemic strain of H5N1. However, the monitoring protocol of this new strain has been recommended for further study with a large-scale sample.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การกำหนดลักษณะลำดับไวรัส A/H5N1 วิธี bioinformatics ระบุลำดับไวรัสจากการค้นพบลายเซ็นลำดับ ซึ่งให้ข้อมูลเพียงพอโดดเด่นสำหรับรหัสลำดับได้อย่างถูกต้อง แปดอุบัติ H5N1 ไวรัส isolations ได้รวบรวมมาจากพื้นที่ต่าง ๆ ของประเทศไทยระหว่าง 2003 และ 2006 และใช้สำหรับการวิเคราะห์จีโนไทป์ H5N1 ทดสอบกับ microarray oligonucleotide ใช้สารกึ่งตัวนำ ทั้งหมดตัวอย่าง H5N1 และ H1N1, H4N8 ลบตัวควบคุมถูกต้อง subtyped ความไวของการแปด oligonucleotide คลิปปากตะเข้ กับให้เหมาะตัดเลือก มา 70% (95% CI 65 – 75) 87% (95% CI 84-91), และค่า Kappa เกี่ยวข้องอยู่ในช่วงจาก 0.76 (95% CI 0.72-0.80) 086 (95% CI 0.83 – 0.89) คลิปปากตะเข้เรย์และ oligonucleotide Semi-conductor-ตาม oligonucleotide corresponded ดีเมื่อตรวจพบ H5N1 หลังจากแก้ไขครบชนิดย่อยจากผลของความเข้มสัญญาณ microarray วิธี microarray ผลรวมกับ bioinformatics มือ ระบุ และตรวจสอบความแตกต่างทางพันธุกรรมของ H5N1 ความสามารถในการแยกสายพันธุ์ต่าง ๆ ของ H5N1 จากประเทศไทยมีลักษณะที่โดดเด่นของการวิเคราะห์นี้ ร้อยละ 90 ของ HA และ NA ยีน (4/5) ถูกเรียงลำดับอย่างถูกต้อง ตามสอบก่อนหน้านี้ดำเนินการ โดยวิธีการวินิจฉัยคลาสสิก มติ bioinformatics ต่ำกลางสูงก็สามารถที่จะทำนายต้องใช้การติดต่อของ H5N1 การศึกษานี้ยังแสดงให้เห็นประโยชน์ของการใช้ฐานข้อมูลจีโนไทป์ขนาดใหญ่เพื่อทำนายพันธุ์เรื้อรังของ H5N1 อย่างไรก็ตาม โพรโทคอลการตรวจสอบของต้องใช้นี้ใหม่ได้ถูกแนะนำสำหรับศึกษาเพิ่มเติมกับตัวอย่างขนาดใหญ่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อที่จะได้ลักษณะ A/H5N1 ลำดับของเชื้อไวรัสวิธีชีวสารสนเทศระบุลำดับของเชื้อไวรัสจากการค้นพบของลายเซ็นลำดับซึ่งให้ข้อมูลที่โดดเด่นมากพอสำหรับการระบุลำดับอย่างถูกต้อง แปดที่ทำให้เกิดโรคสูงของไวรัส H5N1 สแยกถูกเก็บรวบรวมจากพื้นที่ต่างๆของประเทศไทยระหว่างปี 2003 และปี 2006 และถูกนำมาใช้สำหรับการวิเคราะห์ของการทดสอบทางพันธุกรรม H5N1 ที่มีสารกึ่งตัวนำที่ใช้ oligonucleotide microarray ทั้งหมดตัวอย่าง H5N1 และ H1N1, H4N8 ควบคุมเชิงลบได้อย่างถูกต้อง subtyped ความไวของการตรวจ oligonucleotide แปดด้วยการเพิ่มประสิทธิภาพการตัดแข่งขันตั้งแต่ 70% (95% CI 65-75) ถึง 87% (95% CI 84-91) และค่าที่สอดคล้องคัปปาตั้งแต่ 0.76 (95% CI 0.72 -0.80) ถึง 0.86 (95% CI 0.83-0.89) กึ่งตัวนำที่ใช้ oligonucleotide อาร์เรย์และ oligonucleotide probes ติดต่อกันเมื่อตรวจสอบ H5N1 หลังจากที่การแก้ไขอย่างเต็มที่ชนิดย่อยจากผลของความเข้มสัญญาณ microarray, วิธีการส่งออก microarray รวมกับเครื่องมือชีวสารสนเทศระบุและตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมของ H5N1 ความสามารถที่แตกต่างกันของสายพันธุ์ที่แตกต่างของ H5N1 จากประเทศไทยเป็นคุณสมบัติที่โดดเด่นของการทดสอบนี้ เก้าสิบเปอร์เซ็นต์ของ HA และ NA (4/5) ยีนที่มีลำดับขั้นตอนอย่างถูกต้องสอดคล้องกับหน้าที่การตรวจสอบดำเนินการโดยวิธีการวินิจฉัยคลาสสิก มติชีวสารสนเทศต่ำกลางสูงที่มีความสามารถในการทำนายสายพันธุ์ระบาดของ H5N1 การศึกษาครั้งนี้ยังแสดงให้เห็นประโยชน์ของการใช้ฐานข้อมูลทางพันธุกรรมที่มีขนาดใหญ่ในการทำนายสายพันธุ์ระบาดของ H5N1 แต่โปรโตคอลการตรวจสอบของสายพันธุ์ใหม่นี้ได้รับการแนะนำในการศึกษาต่อไปกับกลุ่มตัวอย่างขนาดใหญ่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อศึกษา / ไข้หวัดนก H5N1 ไวรัสลำดับ , Bioinformatics วิธีการระบุถูกต้องไวรัสลำดับจากการค้นพบของลำดับลายมือชื่อที่ให้ข้อมูลเพียงพอที่โดดเด่นสำหรับการระบุลำดับ โรคไวรัสไข้หวัดนก H5N1 แปดสูง isolations สุ่มเก็บจากพื้นที่ต่างๆของประเทศไทยระหว่าง 2003 และ 2006และ สถิติที่ใช้ในการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมของไข้หวัดนก ซึ่งการทดสอบด้วยสารกึ่งตัวนำโดยใช้ microarray . ทุกตัวอย่างและไข้หวัดนก H1N1 h4n8 ลบการควบคุมอย่างถูกต้อง subtyped . ความไวของแปดซึ่งวิธีการตัดเพิ่มประสิทธิภาพ , ฉลามชล , อยู่ระหว่าง 70% ( 95% CI 65 – 75 ) 87% ( 95% CI 84 ( 91 ) และค่า Kappa ที่สอดคล้องกันระหว่าง 0.76 ( 95% CI 0.72 ( 0.80 ) 086 ( 95% CI เท่ากับ 0.83 - 0.89 ) กึ่งตัวนำ ซึ่งใช้อาร์เรย์และสอดคล้อง เมื่อตรวจ ซึ่งวิธีการดังกล่าว . หลังจากได้แก้ไขทั้งจากผลของความเข้มของสัญญาณ microarray , microarray ผลผลิตวิธีการรวมกับรสนเครื่องมือที่ระบุ และตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมของไข้หวัดนก .ความสามารถในการแยกเชื้อไข้หวัดนกจากประเทศไทยที่แตกต่างกัน คุณสมบัติที่โดดเด่นของการทดสอบนี้ เก้าสิบเปอร์เซ็นต์ของฮานา ( 4 / 5 ) ยีนเป็นลำดับอย่างถูกต้อง ตามเดิม โดยวิธีการตรวจวินิจฉัยแบบคลาสสิก สูง ปานกลาง ต่ำ รสนมติสามารถทำนายการระบาดของเชื้อหวัดการศึกษานี้ยังแสดงให้เห็นประโยชน์ของการใช้ฐานข้อมูลทางพันธุกรรมขนาดใหญ่เพื่อทำนายการระบาดของสายพันธุ์ของหวัด อย่างไรก็ตาม ในการตรวจสอบการทำงานของสายพันธุ์ใหม่นี้ได้ถูกแนะนำให้ศึกษาเพิ่มเติมกับตัวอย่างขนาดใหญ่