This is the basic form of the Verle

This is the basic form of the Verlet algorithm. Because Newton’s equation is being integrated, acceleration, a(t), is just the force divided by the mass. As one can see the truncation error of the algorithm when evolving the system by t is of the order of four, event if third derivatives do not appear explicitly. This algorithm is at the same time simple to implement, accurate and stable, explaining its large popularity among molecular dynamics simulations.
The advantages of the Verlet algorithm are, i) it is straightforward, and ii) the storage requirements are modest. The disadvantage is that the algorithm is of moderate precision. A problem with this version of the Verlet algorithm is that velocities are not directly generated. While they are not need for the time evolution, their knowledge is sometimes necessary. Moreover, they are required to compute the kinetic energy K, whose estimate is necessary to test the conservation of the total energy E=K+V. This is one of the most importance tests to verify that a MD simulation is proceeding correctly. One could compute the velocities from the position using

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

นี่คือรูปแบบพื้นฐานของอัลกอริทึม Verlet เนื่องจากมีการรวมสมการของนิวตัน เร่ง a(t) เป็นเพียงแรงหาร ด้วยมวล หนึ่งสามารถดูข้อผิดพลาดการตัดคำของอัลกอริทึมเมื่อพัฒนาระบบ โดย t เป็นลำดับเหตุการณ์ที่สี่ ถ้าอนุพันธ์สามปรากฏอย่างชัดเจน อัลกอริทึมนี้ได้ในเวลาเดียวกันง่ายต่อการใช้ ความแม่นยำ สูง อธิบายนิยมขนาดใหญ่ระหว่างจำลองโมเลกุล dynamics.
ข้อดีของอัลกอริทึม Verlet ใจ i) ก็ตรงไปตรงมา ii) เก็บความต้องการที่จะเจียมเนื้อเจียมตัว ข้อเสียคือ ว่า อัลกอริทึมที่มีความแม่นยำปานกลาง ปัญหากับอัลกอริทึม Verlet รุ่นนี้เป็นที่ตะกอนจะไม่ถูกสร้างโดยตรง ในขณะที่พวกเขาไม่ต้องการเวลาวิวัฒนาการ ความรู้จำเป็นบางครั้ง นอกจากนี้ พวกเขาจะต้องคำนวณพลังงานจลน์ K ประเมินจำเป็นต้องทดสอบการอนุรักษ์พลังงานรวม E = K V นี้เป็นการทดสอบความสำคัญมากที่สุดเพื่อตรวจสอบว่า มีการดำเนินการจำลอง MD อย่างถูกต้องอย่างใดอย่างหนึ่ง หนึ่งสามารถคำนวณตะกอนใช้ตำแหน่ง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

นี้เป็นรูปแบบพื้นฐานของขั้นตอนวิธี Verlet เพราะสมการของนิวตันจะถูกบูรณาการเร่ง (t) เป็นเพียงแรงหารด้วยมวล ในฐานะที่เราสามารถมองเห็นข้อผิดพลาดของขั้นตอนวิธีการตัดเมื่อการพัฒนาระบบโดยทีเป็นคำสั่งของสี่เหตุการณ์ถ้าอนุพันธ์ที่สามไม่ปรากฏอย่างชัดเจน ขั้นตอนวิธีการนี้ในเวลาเดียวกันง่ายต่อการใช้ที่ถูกต้องและมีความเสถียรอธิบายความนิยมมากในหมู่กลศาสตร์โมเลกุลจำลอง
ข้อดีของวิธี Verlet เป็นฉัน) มันเป็นตรงไปตรงมาและ ii) ต้องการจัดเก็บข้อมูลที่มีเจียมเนื้อเจียมตัว ข้อเสียคือขั้นตอนวิธีการมีความแม่นยำในระดับปานกลาง มีปัญหากับรุ่นของขั้นตอนวิธี Verlet นี้คือความเร็วไม่ได้สร้างขึ้นโดยตรง ในขณะที่พวกเขาจะไม่ต้องใช้เวลาวิวัฒนาการความรู้ของพวกเขาเป็นบางครั้งที่จำเป็น นอกจากนี้พวกเขาจะต้องคำนวณ K พลังงานจลน์ที่มีการประมาณการเป็นสิ่งที่จำเป็นในการทดสอบการอนุรักษ์พลังงานทั้งหมด E = K + V นี้เป็นหนึ่งในที่สุดการทดสอบที่สำคัญเพื่อตรวจสอบว่าการจำลอง MD มีการดำเนินการอย่างถูกต้อง หนึ่งอาจคำนวณความเร็วจากตำแหน่งโดยใช้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นี่เป็นรูปแบบพื้นฐานของ verlet ขั้นตอนวิธี เพราะสมการของนิวตันคือการบูรณาการ , ความเร่ง , ( t ) เป็นเพียงการบังคับแบ่งโดยมวล เป็นหนึ่งสามารถเห็นการตัดข้อผิดพลาดของขั้นตอนวิธีเมื่อพัฒนาระบบโดย T เป็นลำดับที่สี่ เหตุการณ์ถ้าอนุพันธ์ที่สามไม่ปรากฏอย่างชัดเจน ขั้นตอนวิธีนี้ในเวลาเดียวกัน ง่ายที่จะใช้ที่ถูกต้องและมั่นคงอธิบายขนาดของความนิยมในหมู่พลศาสตร์เชิงโมเลกุล
ข้อดีของ verlet ขั้นตอนวิธี ผม ) มันเป็นตรงไปตรงมาและ 2 ) ความต้องการจัดเก็บเป็นเจียมเนื้อเจียมตัว ข้อเสีย คือเป็นกลไกของความแม่นยำปานกลาง ปัญหากับรุ่นของ verlet ขั้นตอนวิธีนี้คือ ความเร็วไม่ได้สร้างโดยตรง ในขณะที่พวกเขาจะไม่ต้องวิวัฒนาการตลอดเวลาความรู้บางครั้งก็จำเป็น นอกจากนี้พวกเขาจะต้องคำนวณ K พลังงานจลน์ ซึ่งประมาณการเป็นสิ่งจำเป็นเพื่อทดสอบการอนุรักษ์พลังงานทั้งหมดของ E = k V . นี้เป็นหนึ่งในที่สุดที่สำคัญการทดสอบเพื่อตรวจสอบว่า MD จำลองดำเนินไปอย่างถูกต้อง หนึ่งสามารถคำนวณความเร็วจากตำแหน่งโดยใช้