The GC contents of 2670 prokaryotic

The GC contents of 2670 prokaryotic genomes that belong to diverse phylogenetic lineages were analyzed in this paper. These genomes had GC contents that ranged from 13.5% to 74.9%. We analyzed the distance of base frequencies at the three codon positions, codon frequencies, and amino acid compositions across genomes with respect to the differences in the GC content of these prokaryotic species. We found that although the phylogenetic lineages were remote among some species, a similar genomic GC content forced them to adopt similar base usage patterns at the three codon positions, codon usage patterns, and amino acid usage patterns. Our work demonstrates that in prokaryotic genomes: a) base usage, codon usage, and amino acid usage change with GC content with a linear correlation; b) the distance of each usage has a linear correlation with the GC content difference; and c) GC content is more essential than phylogenetic lineage in determining base usage, codon usage, and amino acid usage. This work is exceptional in that we adopted intuitively graphic methods for all analyses, and we used these analyses to examine as many as 2670 prokaryotes. We hope that this work is helpful for understanding common features in the organization of microbial genomes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เนื้อหา GC ของ 2670 genomes prokaryotic ที่หลากหลายเชื้อชาติที่ phylogenetic ถูกวิเคราะห์ในเอกสารนี้ Genomes เหล่านี้มีเนื้อหา GC ที่อยู่ในช่วงจาก 13.5% 74.9% เราวิเคราะห์ระยะห่างของความถี่พื้นฐานที่สามตำแหน่งรหัสพันธุกรรม ความถี่ของรหัสพันธุกรรม และกรดอะมิโนองค์ใน genomes เกี่ยวกับความแตกต่างในเนื้อหา GC พันธุ์ prokaryotic เราพบว่า แม้ว่าเชื้อชาติ phylogenetic ได้ระยะไกลระหว่างบางชนิด เนื้อหา GC genomic คล้ายถูกบังคับให้รับการใช้งานพื้นฐานที่คล้ายรูปที่ 3 รหัสพันธุกรรมตำแหน่ง รูปแบบการใช้รหัสพันธุกรรม และรูปแบบการใช้กรดอะมิโน งานแสดงที่ใน prokaryotic genomes: การ) การใช้งานพื้นฐาน การใช้รหัสพันธุกรรม และการใช้กรดอะมิโนเปลี่ยนแปลงเนื้อหาที่ มีความสัมพันธ์เชิงเส้น GC ขระยะห่างของแต่ละงานมีความสัมพันธ์เชิงเส้นกับ GC เนื้อหาต่างกัน และ c) GC เนื้อหาเป็นสิ่งสำคัญยิ่งกว่าลินเนจ phylogenetic ในการกำหนดพื้นฐานการใช้งาน ใช้รหัสพันธุกรรม และการใช้กรดอะมิโน งานนี้มีพิเศษที่เรานำวิธีวิเคราะห์ทั้งหมดหมดกราฟิก และเราใช้วิเคราะห์เหล่านี้เพื่อตรวจสอบจำนวน 2670 prokaryotes เราหวังว่า งานนี้มีประโยชน์สำหรับการทำความเข้าใจเกี่ยวกับลักษณะทั่วไปในองค์กรของ genomes จุลินทรีย์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เนื้อหา GC 2670 ของจีโนมของโปรคาริโอที่อยู่ในสายวิวัฒนาการ lineages หลากหลายวิเคราะห์ในเอกสารนี้ จีโนมของเหล่านี้มีเนื้อหาที่ GC ตั้งแต่ 13.5% เป็น 74.9% เราวิเคราะห์ระยะทางความถี่ฐานที่สามตำแหน่ง codon ที่ความถี่ codon และองค์ประกอบของกรดอะมิโนทั่วจีโนมที่เกี่ยวกับความแตกต่างในเนื้อหาของสายพันธุ์ GC โปรคาริโอเหล่านี้ เราพบว่าแม้ lineages phylogenetic อยู่ห่างไกลในหมู่บางชนิดเนื้อหา GC จีโนมที่คล้ายกันบังคับให้พวกเขานำมาใช้รูปแบบการใช้ฐานที่คล้ายกันที่สามตำแหน่ง codon, codon รูปแบบการใช้และอะมิโนรูปแบบการใช้กรด การทำงานของเราแสดงให้เห็นว่าในจีโนมของโปรคาริโอก) การใช้งานฐานการใช้งาน codon และการเปลี่ยนแปลงการใช้กรดอะมิโนที่มีเนื้อหา GC ที่มีความสัมพันธ์เชิงเส้น ข) ระยะทางของการใช้งานแต่ละคนมีความสัมพันธ์เชิงเส้นที่มีความแตกต่าง GC ​​เนื้อหานั้น และค) เนื้อหา GC เป็นสิ่งสำคัญมากกว่าเชื้อสายสายวิวัฒนาการในการกำหนดฐานการใช้งานการใช้งาน codon และการใช้กรดอะมิโน งานนี้เป็นพิเศษในการที่เรานำมาใช้วิธีการสังหรณ์ใจกราฟิกสำหรับการวิเคราะห์ทั้งหมดและเราใช้การวิเคราะห์เหล่านี้ในการตรวจสอบมากที่สุดเท่าที่ 2670 prokaryotes เราหวังว่างานนี้จะเป็นประโยชน์สำหรับการทำความเข้าใจคุณสมบัติทั่วไปในองค์กรของจีโนมของจุลินทรีย์