The nirS, nirK and nosZ sequences p

The nirS, nirK and nosZ sequences presently available
from the GenBank database were aligned, and conserved
regions that could provide suitable primer target
sites were re-assessed. For the nirS gene, 11 forward and
five reverse primers were tested. For the nirK gene, three
forward and three reverse primers were evaluated for
PCR amplification of gene fragments, while five forward
and six reverse primers were tested for nosZ (Table 3,
Fig. 1). All possible primer combinations for nirK and
nosZ, except those including nosLb and nosRb, were
evaluated against the denitrifying strains, the non-denitrifying
strains and the environmental samples. For nirS
merely combinations yielding amplicons >400 bp were
tested. The reason for this was to reduce the number of
combinations and to only work with primers that amplify
fragments with enough information to be useful in
environmental studies. In the case of minor variations in
the primer sequence, e.g., modifications of F1acd (Table
3), only the result from the best combination is shown in
Table 1. The oligonucleotides were purchased from Invitrogen
(Carlsbad, CA, USA).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผลิตภัณฑ์ nirK และ nosZ ลำดับที่พร้อมใช้งานปัจจุบันจาก GenBank ฐานข้อมูลถูกจัดตำแหน่ง และอนุรักษ์ภูมิภาคที่สามารถให้เป้าหมายรองพื้นที่เหมาะสมเว็บไซต์มีราคาประเมินใหม่ สำหรับผลิตภัณฑ์ยีน 11 ไปข้างหน้า และไพรเมอร์กลับห้ารับการทดสอบ สำหรับยีน nirK สามไปข้างหน้าและไพรเมอร์ย้อนกลับ 3 มีประเมินกระบือของบางส่วนของยีน ในขณะที่ไปข้างหน้าห้าและไพรเมอร์กลับหกทดสอบสำหรับ nosZ (ตารางที่ 3กินข้าวแดง 1 ชุดไพรเมอร์ได้ทั้งหมด nirK และnosZ ยกเว้นรวมทั้ง nosLb และ nosRb ถูกเปรียบเทียบกับสายพันธุ์ denitrifying การปลอด denitrifyingสายพันธุ์และตัวอย่างสิ่งแวดล้อม สำหรับผลิตภัณฑ์เพียงผสมที่ให้ผลผลิต amplicons > 400 bp ได้ทดสอบ เหตุผลสำหรับการนี้คือการ ลดจำนวนชุดและ การทำงานเท่า กับไพรเมอร์ที่ขยายบางส่วนของข้อมูลเพียงพอจะเป็นประโยชน์ในสิ่งแวดล้อมศึกษา ในกรณีที่ต่างกันเล็กน้อยลำดับรองพื้น เช่น การปรับเปลี่ยน F1acd (ตาราง3), จะแสดงเฉพาะผลลัพธ์จากการผสมผสานที่ดีที่สุดตารางที่ 1 Oligonucleotides ที่ซื้อจาก Invitrogen(คาร์ลบาด CA, USA)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

nirS, nirK และ nosZ ลำดับปัจจุบันที่มีอยู่
จากฐานข้อมูลของ GenBank ถูกจัดชิดและอนุรักษ์
ภูมิภาคที่สามารถให้เป้าหมายไพรเมอร์ที่เหมาะสม
เว็บไซต์ได้รับการประเมินอีกครั้ง สำหรับยีน nirS 11 ไปข้างหน้าและ
ห้าไพรเมอร์กลับได้รับการทดสอบ สำหรับยีน nirK สาม
ไปข้างหน้าและย้อนกลับสามไพรเมอร์ได้รับการประเมินสำหรับการ
ขยาย PCR ของชิ้นส่วนของยีนในขณะที่ห้าไปข้างหน้า
และย้อนกลับหกไพรเมอร์ได้รับการตรวจ nosZ (ตารางที่ 3
รูปที่ 1). ทุกชุดไพรเมอร์ที่เป็นไปได้สำหรับ nirK และ
nosZ ยกเว้นรวมทั้ง nosLb และ nosRb ถูก
ประเมินเทียบกับสายพันธุ์ Denitrifying, ไม่ใช่ Denitrifying
สายพันธุ์และตัวอย่างจากสิ่งแวดล้อม สำหรับ nirS
เพียงชุดที่ยอม amplicons> 400 bp ถูก
ทดสอบ เหตุผลของเรื่องนี้คือการลดจำนวนของการ
อยู่รวมกันและเพียงทำงานร่วมกับไพรเมอร์ที่ขยาย
ชิ้นส่วนที่มีข้อมูลมากพอที่จะเป็นประโยชน์ใน
การศึกษาด้านสิ่งแวดล้อม ในกรณีที่มีการเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยใน
ลำดับไพรเมอร์เช่นการปรับเปลี่ยนของ F1acd (ตารางที่
3) เพียงผลจากชุดที่ดีที่สุดจะแสดงใน
ตารางที่ 1 oligonucleotides ที่ซื้อมาจาก Invitrogen
(Carlsbad, CA, USA)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การ nirs เนิร์ก nosz ลำดับ ปัจจุบันมี , และจากขนาดของฐานข้อมูล ชิด และอนุรักษ์ภูมิภาคที่สามารถให้เหมาะสมกับเป้าหมาย ไพรเมอร์เว็บไซต์เป็นใหม่ประเมิน สำหรับ nirs 11 ไปข้างหน้าและยีนห้าย้อนกลับโดยทดสอบ สำหรับเนิร์ก ยีน สามไปข้างหน้าและย้อนกลับโดยการประเมินสามPCR แบบชิ้นส่วนยีนในขณะที่ห้าไปข้างหน้าและหกย้อนกลับโดยทดสอบ nosz ( ตารางที่ 3รูปที่ 1 ) เป็นไปได้ทั้งหมด ผสมรองพื้น สำหรับเนิร์ก และnosz ยกเว้นและรวมถึง noslb nosrb ,ประเมินกับดีไนตริฟายอิง สายพันธุ์ที่ไม่ดีไนตริฟายอิงสายพันธุ์และตัวอย่างสิ่งแวดล้อม สำหรับ nirsเพียงผสมให้ผลผลิต amplicons > 400 BP คือทดสอบ เหตุผลนี้คือการลดจำนวนชุด และทำงานด้วยไพรเมอร์ที่ขยายเศษ มีข้อมูลเพียงพอที่จะเป็นประโยชน์ในการศึกษาสิ่งแวดล้อม ในกรณีของการเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยในไพรเมอร์ตามลําดับ เช่น การ f1acd ( ตาราง3 ) เท่านั้น ผลจากการรวมกันที่ดีที่สุดคือแสดงในตารางที่ 1 . ที่ถูกซื้อจาก Invitrogen โอลิโกนิวคลีโอไทด์( Carlsbad , CA , USA )