Each simulation was based on a user

Each simulation was based on a user-specified uniform prior
distribution of parameter ranges. The settings for the prior distributions
were empirically obtained after preliminary runs using
higher upper bounds. The obtained settings were q (0–30), m
(0–4 or 0–0 for the model assuming m = 0), and t (0–10). The
posterior distribution of parameter t included a peak at low
values with a flat tail over extended ranges of higher parameter
values. Thus, we chose a prior distribution with an upper bound
that did not include the flat tail of the distributions. The upper
bound of 10 for t was justified conservatively, as the estimate
of the tmrca (time of most recent common ancestor) parameter,
which is expected to be larger than t, was 5.267 (3.17–7.19,
90% Highest Posterior Density, HPD). Each run included a burnin
of one million steps followed by a run of a minimum of
10 million steps, with a minimum of 100,000 trees sampled using
a single chain. We ran three replicate runs for each analysis with
different random number starting seeds to ensure independent
runs gave similar results.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แบบจำลองแต่ละรูปก่อนผู้ใช้ระบุการกระจายของช่วงพารามิเตอร์ การตั้งค่าสำหรับการแจกจ่ายก่อนempirically ได้รับหลังจากที่ทำงานเบื้องต้นโดยใช้ขอบเขตบนที่สูง การตั้งค่าที่ได้รับถูก q (0-30), m(0-4 หรือ 0-0 สำหรับแบบจำลองที่สมมติว่า m = 0), และ t (0-10) ที่พารามิเตอร์ t หลังจำหน่ายรวมสูงสุดที่ต่ำค่า มีหางแบนผ่านขยายช่วงของพารามิเตอร์สูงค่า ดังนั้น เราเลือกแจกก่อนกับเป็นขอบเขตบนที่ไม่มีหางแบนของการแจกจ่าย บนเป็นธรรมผูก 10 สำหรับ t conservatively เป็นการประเมินพารามิเตอร์ tmrca (เวลาของบรรพบุรุษสุดทั่วไป)ซึ่งคาดว่าจะมีขนาดใหญ่กว่า t ถูก 5.267 (3.17 – 7.1990% สูงสุดหลังความหนาแน่น HPD) รันแต่ละรวมเป็น burninขั้นตอนหนึ่งล้านตาม ด้วยใช้ขั้นต่ำของขั้นตอนที่ 10 ล้าน มีอย่างน้อย 100000 ต้นตัวอย่างการใช้ห่วงโซ่เดียวกัน เราวิ่ง 3 จำลองการทำงานสำหรับแต่ละการวิเคราะห์ด้วยต่าง ๆ สุ่มเลขเริ่มต้นเมล็ดพืชให้เป็นอิสระทำให้ผลลัพธ์ที่คล้ายคลึงกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แต่ละแบบ ขึ้นอยู่กับผู้ใช้กำหนดเครื่องแบบของพารามิเตอร์ของการแจกแจงก่อน
ช่วง การตั้งค่าสำหรับการใช้ก่อน
( ได้รับหลังจากวิ่งเบื้องต้นโดยใช้
ที่สูงบนขอบเขต นำการตั้งค่า Q ( 0 – 30 ) , m
( 0 – 4 หรือ 0 – 0 สำหรับแบบจำลองสมมติว่า M = 0 ) และ T ( 0 – 10 ) การกระจายของค่าพารามิเตอร์ T

รวมสูงสุดที่ต่ำค่านิยมกับหางแบนกว่าขยายช่วงของพารามิเตอร์
ที่สูงค่า ดังนั้นเราจึงเลือกการแจกแจงก่อนกับขอบเขตบน
ที่ไม่รวมหางแบนของการแจกแจง . ด้านบน 10 T
ผูกพันเป็นธรรมอนุรักษ์นิยมเป็นประมาณการ
ของ tmrca ( ครั้งล่าสุดที่พบบรรพบุรุษ ) ค่า
ซึ่งคาดว่าจะมีขนาดใหญ่กว่า T , 5.267 7.19 ( 3.17 )
,90 % ของความหนาแน่นสูงสุด ตำรวจ ) แต่ละคนวิ่งรวม Burnin
1 ล้านก้าวตามไปอย่างน้อย
10 ล้านก้าว กับต่ำสุดของ 100000 ต้นไม้ตัวอย่างโดยใช้
โซ่เดี่ยว เราวิ่ง 3 ทำซ้ำวิ่งแต่ละวิเคราะห์
แตกต่างกันจำนวนสุ่มเพื่อให้แน่ใจว่าเริ่มต้นเมล็ดวิ่งอิสระ
ให้ผลที่คล้ายกัน