In simplex PCR assay, allele specif

In simplex PCR assay, allele specific rstR primers, rstREl Tor and
rstRClassical were used for detection of allelic types of rstR in clinical
isolates of V. cholerae as described previously (Bhattacharya
et al., 2006). The ctxB gene was amplified from the isolated strains
using ctx-F and ctx-R (Table 1). The PCR products were purified
and both strands were sequenced using Big-Dye terminator kit
on an automated nucleotide sequencer (Model 3730xl; Applied
Biosystems). The sequences of the ctxB gene for other V. cholerae
O1 El Tor and classical strains were retrieved from GenBank. The
deduced amino acid sequences of the ctxB gene from all strains
were aligned using Clustal W. Simultaneously, all the isolates were
subjected to mismatch amplification mutation assay (MAMA) PCR
for detection of biotype specific ctxB allele as described elsewhere
(Morita et al., 2008). A common forward primer FW-Con (5-
ACTATCTTCAGCATATGCACATGG-3) was used for both alleles; and
2 allele-specific primers, Re-cla (5-CCTGGTACTTCTACTTGAAACG-
3) and Re-elt (5-CCTGGTACTTCTACTTGAAACA-3), were used for
classical and El Tor biotypes, respectively as described earlier
(Morita et al., 2008).

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในเริมทดสอบ PCR, อัลลีลไพรเมอร์ rstR เฉพาะ rstREl ทอและ
rstRClassical ถูกนำมาใช้ในการตรวจหาชนิดของ allelic rstR
ทางคลินิกในสายพันธุ์ของV. cholerae ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (Bhattacharya
et al., 2006) ยีน ctxB
ถูกขยายจากสายพันธุ์ที่แยกโดยใช้ctx-F และ ctx-R (ตารางที่ 1) ผลิตภัณฑ์ PCR
บริสุทธิ์และทั้งสองเส้นมีลำดับขั้นตอนโดยใช้ชุดเทอร์มิBig-Dye
ในซีเควนเบื่อหน่ายอัตโนมัติ (รุ่น 3730xl; ประยุกต์
Biosystems) ลำดับของยีน ctxB อื่น ๆ V. cholerae
O1 El Tor และสายพันธุ์คลาสสิกที่ถูกดึงออกมาจาก GenBank
ลำดับกรดอะมิโน deduced ของยีน ctxB จากทุกสายพันธุ์ถูกจัดชิดโดยใช้ Clustal W. พร้อมกันที่แยกทั้งหมดถูกยัดเยียดให้ทดสอบการกลายพันธุ์ขยายไม่ตรงกัน(MAMA) PCR ในการตรวจหาอัลลีล ctxB biotype เฉพาะตามที่อธิบายไว้ในที่อื่น(โมริตะ et al., 2008) ไพรเมอร์ไปข้างหน้าร่วมกัน FW-Con (? 5 -? ACTATCTTCAGCATATGCACATGG-3) ที่ใช้สำหรับอัลลีลทั้งสอง และ2 ไพรเมอร์อัลลีลเฉพาะ Re-CLA (5? -CCTGGTACTTCTACTTGAAACG- 3?) และ Re-ELT (5? -CCTGGTACTTCTACTTGAAACA-3?) ถูกนำมาใช้ไบโอไทป์คลาสสิกและเอลทอร์ตามลำดับตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้(โมริตะ, et al ., 2008)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ในการใช้ยีน PCR ไพรเมอร์ , rstr เฉพาะ rstrel TOR และ
rstrclassical ใช้ตรวจหายาฆ่าแมลงในประเภทของ rstr คลินิก
เชื้อ V . cholerae ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( bhattacharya
et al . , 2006 ) การ ctxb ยีนที่ถูกขยายจากแยกสายพันธุ์และใช้ ctx-f
ctx-r ( ตารางที่ 1 ) ผลิตภัณฑ์ PCR มีความบริสุทธิ์และมีการใช้ทั้งสองเส้นนี้

หุ่นชุดใหญ่สีในลำดับของนิวคลีโอไทด์ ( แบบอัตโนมัติ 3730xl
; ประยุกต์ Biosystems ) ลำดับของยีนอื่น ๆ ctxb V . cholerae El Tor และสายพันธุ์
01 คลาสสิกถูกดึงมาจากขนาด .
กรดอะมิโนของยีนจากทุกสายพันธุ์ ctxb
ชิดใช้ clustal W . พร้อมกันทุกไอโซเลท
ต้องไม่ตรงกัน ( การกลายพันธุ์ ) ( แม่ ) PCR
การตรวจหายีนที่เฉพาะเจาะจง ctxb ไบโอไทป์ไว้ที่อื่น
( โมริตะ et al . , 2008 ) ทั่วไป FW ส่งต่อรองพื้นคอน ( 5  -
actatcttcagcatatgcacatgg-3  ) คือใช้ทั้งอัลลีลไพรเมอร์จำเพาะ และ
2 อัลลีล Re CLA ( 5  - cctggtacttctacttgaaacg -
3  ) และการสอนภาษาอังกฤษ ( 5  - cctggtacttctacttgaaaca-3  ) ใช้สำหรับ
คลาสสิกและ El Tor biotypes ตามลำดับตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้
( โมริตะ et al . , 2008 )