3. Results3.1. BRCA1 somatic mutati

3. Results
3.1. BRCA1 somatic mutation
In this cohort of 205 TNBC patients, a total of ten mutations were
identified in the tumors (Table 1). These ten mutations were not
detected in the control blood samples and were demonstrated to be
somatic. Among the ten somatic mutations, five mutations were either
frameshift or nonsense mutations (c.191_212del22, c.1664delA,
c.4674_4675+17del, c.3671_3672insTTCC, c.1162ANT), and lead to a
truncated protein (Table 1). Therefore, these mutations were deleterious
BRCA1 somatic mutations and of these mutations, the
c.191_212del22 mutation has been reported in our previous study
(Zhang et al., 2012b). One splicing site mutation was found
(c.134+2TNG) in this study (Table 1). The RT-PCR (Reverse Transcription
PCR) pattern of the BRCA1 gene from the c.134+2TNG mutation
carrier revealed an additional transcript of approximately 460 bp
compared with the control. Direct sequencing of this abnormal transcript
confirmed that the c.134+2TNG mutation resulted in exon 3 deletion
(Fig. 1). This transcript containing the deletion of exon 3 lead to a
premature stop signal; therefore, the c.134+2TNG mutation was pathogenic.
In addition, the c.5511GNC (p.W1837C) mutation was a novel
missense mutation and was located in the BRCT domain of the BRCA1
protein (Table 1). This missense variant (p.W1837C) has been suggested
to display a strong functional effect and is likely to be pathogenic
(Lee et al., 2010). Therefore, the c.5511GNC (p.W1837C) was more likely
to be a deleterious mutation. Another missense mutation c.286GNA
(p.D96N) has been reported to be deleterious because this amino acid
is highly conserved throughout the species (Abkevich et al., 2004). In total, the prevalence of BRCA1 deleterious somatic mutations was 3.9%
(8/205).
In addition, another two missense variants of unknown significance
were detected (Table 1). These two missense variants of unknown significance
underwent function prediction using SIFT, PolyPhen and
PMut (Table 2). The mutation c.22GNT (p.V8F), which has not been previously
reported, was located in the zinc-binding RING domain which is
highly conserved throughout the species. The above three bioinformatics
tools indicated that this variant may alter the function of the protein.
The remaining mutation c.380GNA (p.S127N) was predicted to be
neutral by PMut, and to be damaging by both SIFT and PolyPhen.
3.2. Tumor characteristics of BRCA1 deleterious somatic mutation carriers
Compared with non-carriers, patients with BRCA1 deleterious
somatic mutations had a tendency to be early-onset (37.5% vs 13.1%,
respectively, P = 0.09) and had positive lymph nodes (50.0% vs 30.0%,
respectively, P = 0.25) (Table 3). Of note, three BRCA1 deleterious
somatic mutation carriers were diagnosed with breast cancer before
the age of 35. No significant differences in tumor size, tumor grade,
tumor stage, pathological type, or family history or bilateral breast cancers
between BRCA1 mutation carriers and non-carriers were observed
(Table 3).
3.3. Response to neoadjuvant chemotherapy in BRCA1 deleterious somatic
mutation carriers and non-carriers
Among the 112 patients who had core needle biopsy samples before
treatment, 97 cases received neoadjuvant chemotherapy. Overall, 31
patients (32.0%) achieved a pCR after neoadjuvant chemotherapy. The
pCR rate was 60.0% (3/5) for BRCA1 deleterious somatic mutation
carriers and 30.4% (28/92) for non-carriers. BRCA1 deleterious somatic
mutation carriers had a higher pCR rate than non-carriers, but this
was not statistically significant owing to the small sample size (P =
0.32) (Table 4).

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 . ผลลัพธ์3.1 . BRCA1 โซมาติคมิวเทชันในการติดตามของ 205 tnbc ผู้ป่วยทั้งหมดของการกลายพันธุ์ สิบคนระบุในเนื้องอก ( ตารางที่ 1 ) การกลายพันธุ์เหล่านี้สิบไม่ได้ที่ตรวจพบในตัวอย่างเลือด และควบคุม มีผลเป็นโซมาติก . ในสิบส่วนการกลายพันธุ์ ห้าการกลายพันธุ์ มีทั้ง3 หรือการกลายพันธุ์ ( c.191_212del22 c.1664dela ไร้สาระ , ,c.4674_4675 + 17del c.3671_3672insttcc c.1162ant , , ) และนำไปสู่ตัดโปรตีน ( ตารางที่ 1 ) ดังนั้น เรื่องพวกนี้คงส่วนการกลายพันธุ์ของยีน BRCA1 และเหล่านี้c.191_212del22 การกลายพันธุ์ได้รับการรายงานในการศึกษาของเรา( Zhang et al . , 2012b ) การกลายพันธุ์ที่พบเว็บไซต์หนึ่ง splicing( c.134 + 2tng ) ในการศึกษานี้ ( ตารางที่ 1 ) RT-PCR ( reverse transcriptionPCR ) แบบแผนของยีน BRCA1 จาก c.134 + 2tng กลายพันธุ์พาหะเปิดเผยหลักฐานเพิ่มเติมประมาณ 460 BPเมื่อเปรียบเทียบกับชุดควบคุม ลำดับของบันทึกผิดปกตินี้โดยตรงยืนยันว่า การกลายพันธุ์ c.134 + 2tng ผลใน exon 3 ลบ( รูปที่ 1 ) นี้หลักฐานที่มีการลบ exon 3 นําไปสู่หยุดสัญญาณก่อนวัยอันควร ดังนั้น การ c.134 + 2tng การกลายพันธุ์เป็นเชื้อโรค .นอกจากนี้ c.5511gnc ( p.w1837c ) การกลายพันธุ์เป็นนวนิยายมิ ซ็นต์ซึ่งตั้งอยู่ใน brct BRCA1 โดเมนของโปรตีน ( ตารางที่ 1 ) แปรมิ ซ็นต์นี้ ( p.w1837c ) ได้รับการแนะนำเพื่อแสดงผลการทำงานที่แข็งแกร่งและมีโอกาสที่จะได้รับเชื้อโรค( ลี et al . , 2010 ) ดังนั้น c.5511gnc ( p.w1837c ) มีแนวโน้มมากขึ้นจะกลายพันธุ์คง . อีก c.286gna การกลายพันธุ์มิ ซ็นต์( p.d96n ) มีรายงานว่า คงเป็นเพราะกรดอะมิโนเป็นอย่างสูงที่ป่าสงวนตลอดชนิด ( abkevich et al . , 2004 ) รวม , ความชุกของการกลายพันธุ์เป็น 3.9% BRCA1 คงทางกาย( 8 / 205 )นอกจากนี้ อีกหนึ่งตัวแปรสำคัญที่ไม่รู้จัก 2 มิ ซ็นต์ตรวจพบ ( ตารางที่ 1 ) เหล่านี้สองตัวแปรสำคัญที่ไม่รู้จักมิ ซ็นต์รับพยากรณ์โดยใช้ฟังก์ชัน polyphen , กรองและpmut ( ตารางที่ 2 ) การกลายพันธุ์ c.22gnt ( p.v8f ) ซึ่งไม่ได้ก่อนหน้านี้รายงาน , ตั้งอยู่ในสังกะสีผูกแหวนโดเมนซึ่งเป็นที่มีการอนุรักษ์ตลอดชนิด ข้างต้นสามรสนเครื่องมือ พบว่า ตัวแปรนี้อาจเปลี่ยนแปลงการทำงานของโปรตีนที่เหลือ c.380gna การกลายพันธุ์ ( p.s127n ) พบว่าเป็นโดย pmut เป็นกลาง และเกิดความเสียหาย ทั้งร่อน และ polyphen .3.2 . ลักษณะของมะเร็ง BRCA1 คงโซมาติคมิวเทชัน ผู้ให้บริการเมื่อเทียบกับที่ไม่ใช่ผู้ให้บริการ ผู้ป่วยที่มี BRCA1 คงการกลายพันธุ์ somatic มีแนวโน้มที่จะก่อนวัย ( 37.5 % vs 13.1 %ตามลำดับ , p = 0.09 ) และมีต่อมน้ำเหลืองที่เป็นบวก ( ร้อยละ 50.0 และ 30.0 %ตามลำดับ , p = 0.25 ) ( ตารางที่ 3 ) หมายเหตุ สาม BRCA1 คงเซลล์ร่างกายผู้ถูกวินิจฉัยว่าเป็นมะเร็งเต้านมมาก่อนอายุ 35 ไม่มีความแตกต่างในขนาด เกรดเนื้องอกเนื้องอกเวที , พยาธิชนิดเนื้องอก หรือประวัติครอบครัวหรือโรคมะเร็งเต้านมทวิภาคีระหว่าง BRCA1 mutation ) และไม่พบผู้ให้บริการ( ตารางที่ 3 )3.3 . การตอบสนองต่อยาเคมีบำบัด neoadjuvant BRCA1 คงทางกายผู้ให้บริการและผู้ให้บริการที่ไม่กลายพันธุ์ระหว่างที่ผู้ป่วยมีหลักเข็มตรวจชิ้นเนื้อก่อนตัวอย่างการรักษา , 97 ราย ได้รับ neoadjuvant เคมีบำบัด โดยรวม ๓๑ผู้ป่วย ( 32.0 % ) ความ neoadjuvant PCR หลังจากเคมีบำบัด ที่คะแนน PCR เป็น 60.0 % ( 3 / 5 ) สำหรับ BRCA1 คงโซมาติคมิวเทชันผู้ให้บริการและ 30.4 % ( 28 / 92 ) ไม่ใช่พาหะ BRCA1 คงทางกายการกลายพันธุ์ผู้ให้บริการมีอัตราที่สูงกว่าไม่ตรวจผู้ให้บริการ แต่นี้อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ เนื่องจากกลุ่มตัวอย่างขนาดเล็ก ( P =0.32 ) ( ตารางที่ 4 )