Step 1. The expression value in eac

Step 1. The expression value in each row of EXP_new is normalized by dividing each of the nc expression values in row
j (j = 1, 2, . . . , m) by the maximal value in the same row. Consequently, every expression value ranges from 0 to 1.

Step 2. A proper threshold to determine whether a gene is active at each time point is obtained. If the expression value of a gene at time point i(i = 1, 2, . . . , nc) is greater than the active threshold, we say that the gene is active at time point i.

Step 3. nc temporal networks corresponding to nc different time points are constructed according to the activity of gene (proteins) and the static PPI network. For each time point, we determine each interaction in the static PPI network. If both genes (proteins) corresponding to this interaction are active at time point i (i = 1, 2, . . . , nc), we add this interaction and this pair of proteins to the temporal network related to time point i. After considering all the interactions in the static PPI network, the construction of the nc temporal networks is finished. The purpose of defining the fixed active threshold in Step 2 is to filter out the genes whose expression level is not sufficiently high at some of the nc time points. The set of the nc temporal networks obtained in Step 3 refers to the abovementioned dynamic PPI network.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ขั้นตอนที่ 1 ค่าของนิพจน์ในแต่ละแถวของ EXP_new ได้ตามปกติ โดยการหารค่า nc นิพจน์ในแถวแต่ละเจ (j = 1, 2,..., m) โดยค่าสูงสุดในแถวเดียวกัน ดังนั้น ค่านิพจน์ทุกช่วงจาก 0 เป็น 1ขั้นตอนที่ 2 ขีดจำกัดที่เหมาะสมเพื่อกำหนดว่า อยู่ที่แต่ละจุดเวลายีนได้รับ ถ้าค่าของนิพจน์ของยีนที่เวลาจุด i(i = 1, 2,..., nc) มากกว่าขีดจำกัดการใช้งาน เรากล่าวว่า อยู่ที่จุดเวลาที่ยีนผมขั้นตอนที่ 3 nc ที่ตรงกับจุดแตกต่าง nc ของเครือข่ายชั่วคราวถูกสร้างตามกิจกรรมของยีน (โปรตีน) และเครือข่าย PPI คง แต่ละจุดของเวลา เรากำหนดแต่ละติดต่อในเครือข่าย PPI คง ถ้าทั้งสองยีน (โปรตีน) ที่สอดคล้องกับการโต้ตอบนี้จะทำงานในเวลา จุดฉัน (ฉัน = 1, 2,..., nc), เราเพิ่มการโต้ตอบนี้และคู่นี้ของวิลเลียมเครือข่ายชั่วคราวที่เกี่ยวข้องกับจุดเวลาฉัน หลังจากพิจารณาโต้ตอบทั้งหมดในเครือข่าย PPI คง สร้างเครือข่ายชั่วคราว nc เสร็จสิ้น วัตถุประสงค์ของการกำหนดขีดจำกัดการใช้งานถาวรใน 2 ขั้นตอนคือการ กรองยีนระดับนิพจน์ไม่สูงพอที่จุดเวลา nc ชุดของ nc เครือข่ายชั่วคราวที่ได้รับในขั้นตอนที่ 3 ถึง PPI เครือข่ายชั่วคราวดังกล่าวข้างต้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ขั้นตอนที่ 1. ค่าการแสดงออกในแต่ละแถวของ EXP_new เป็นปกติโดยการหารแต่ละค่าแสดงออก NC ในแถว
J (J = 1, 2,..., ม.) โดยมีมูลค่าสูงสุดในแถวเดียวกัน ดังนั้นมูลค่าการแสดงออกทุกช่วง 0-1 ขั้นตอนที่ 2 เกณฑ์ที่เหมาะสมในการตรวจสอบว่ายีนที่มีการใช้งานที่จุดในแต่ละครั้งจะได้รับ ถ้าค่าการแสดงออกของยีนที่จุดเวลา (i = 1, 2,..., NC) สูงกว่าเกณฑ์การใช้งานเราบอกว่ายีนที่มีการใช้งาน ณ จุดเวลาที่ฉันขั้นตอนที่ 3 NC เครือข่ายชั่วคราวที่เกี่ยวข้อง เพื่อ NC จุดเวลาที่แตกต่างกันจะถูกสร้างตามกิจกรรมของยีน (โปรตีน) และเครือข่ายการ PPI คงที่ สำหรับจุดในแต่ละครั้งที่เราตรวจสอบการทำงานร่วมกันในเครือข่ายของ PPI คงที่แต่ละ หากทั้งสองยีน (โปรตีน) สอดคล้องกับการทำงานร่วมกันนี้มีการใช้งาน ณ จุดเวลา (i = 1, 2,..., NC) เราเพิ่มการปฏิสัมพันธ์นี้และคู่นี้ของโปรตีนไปยังเครือข่ายชั่วคราวที่เกี่ยวข้องกับจุดเวลาที่ฉัน หลังจากพิจารณาปฏิสัมพันธ์ทั้งหมดที่อยู่ในเครือข่าย PPI คงที่การสร้างเครือข่ายชั่วคราว NC เสร็จสิ้น วัตถุประสงค์ของการกำหนดเกณฑ์การใช้งานการแก้ไขในขั้นตอนที่ 2 คือการกรองยีนที่มีการแสดงออกในระดับที่ไม่สูงพอที่บางส่วนของจุดเวลา NC ชุดของเครือข่ายชั่วคราว NC ได้รับในขั้นตอนที่ 3 หมายถึงเครือข่าย PPI แบบไดนามิกดังกล่าวข้างต้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ขั้นตอนที่ 1 การแสดงค่าในแต่ละแถวของ exp_new เป็นปกติ โดยแบ่งแต่ละนิพจน์ NC ค่าในแถว
J ( j = 1 , 2 , . . . . . . . . , M ) โดยมูลค่าสูงสุดในแถวเดียวกัน ดังนั้น ทุกการแสดงออกช่วงค่าจาก 0 ถึง 1 .

ขั้นตอนที่ 2 เกณฑ์ที่เหมาะสมในการตรวจสอบว่า มียีนอยู่ในแต่ละจุดเวลา ดังกล่าวได้ ถ้าการแสดงออกของยีนที่ค่าเวลาจุดผม ( i = 1 , 2 , . .. , NC ) มากกว่าเกณฑ์ที่ใช้งาน เรากล่าวว่า ยีนอยู่ ณ จุดเวลาผม

ขั้นตอนที่ 3 NC และเครือข่ายที่สอดคล้องกับ NC จุดเวลาที่แตกต่างกันจะสร้างตามกิจกรรมของยีน ( โปรตีน ) และแบบคงที่ หรือ เครือข่าย สำหรับแต่ละจุดเวลาที่เรากำหนดแต่ละปฏิสัมพันธ์ในเครือข่ายหรือคงที่ถ้าทั้งสองยีน ( โปรตีน ) ที่สอดคล้องกับการปฏิสัมพันธ์นี้มีการใช้งานในเวลาจุดผม ( i = 1 , 2 , . . . . . . . . , NC ) เราเพิ่มปฏิสัมพันธ์และคู่ของโปรตีนให้กับเครือข่ายที่เกี่ยวข้องเพื่อจุดเวลาคือเวลาหลังจากการพิจารณาปฏิกิริยาทั้งหมดในเครือข่ายหรือคงที่ , การก่อสร้างของ NC และเครือข่ายเสร็จแล้ววัตถุประสงค์ของการกำหนดเกณฑ์ในขั้นตอนที่ 2 คือการใช้ตัวกรองออกยีนที่มีระดับการแสดงออกจะไม่สูงพอในบางจุด NC นะ ชุดของ NC และเครือข่ายที่ได้ในขั้นตอนที่ 3 อ้างถึงดังกล่าวข้างต้นแบบไดนามิกหรือ เครือข่าย