simulationsThe GROMACS (version 4.5

simulationsThe GROMACS (version 4.5) package (Van Der Spoel et al., 2005;Hess et al., 2008) was employed to perform molecular dynamicssimulations analysis of the dynamic behavior of ns-LTP complexedwith different ligands, and the protein topology was constructed bypdb2gmx with GROMOS96 43a1 forcefield while the ligand topol-ogy was generated using PRODRG2 server (Schuler et al., 2001;Schüttelkopf and van Aalten, 2004). In this study, we used a cubic periodic box setting a minimal distance of 1.0 between the proteinand edge of the box, which was then solvated by adding simplepoint charge (SPC) water molecules (Klionsky et al., 2012). To makethe system neutral, we added Na+and Cl−to simulate a physio-logical NaCl concentration of 0.15 M.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แพคเกจ GROMACS (รุ่น 4.5) simulationsThe (Van Der Spoel et al., 2005 Hess et al., 2008) ถูกว่าจ้างเพื่อทำการวิเคราะห์โมเลกุล dynamicssimulations ของลักษณะการทำงานแบบไดนามิกของ ns LTP complexedwith ligands ต่าง ๆ และโครงสร้างโปรตีนถูกสร้าง bypdb2gmx กับ GROMOS96 43a1 forcefield ในขณะที่ลิแกนด์ topol-ogy โดย PRODRG2 เซิร์ฟเวอร์ (Schuler และ al., 2001 Schüttelkopf และ van Aalten, 2004) ในการศึกษานี้ เราใช้กล่องเป็นครั้งคราวลูกบาศก์ที่ตั้งระยะทาง 1.0 น้อยระหว่างขอบ proteinand ของกล่อง ซึ่งเป็น solvated แล้ว โดยการเพิ่มโมเลกุลของน้ำค่า (SPC) simplepoint (Klionsky et al., 2012) ระบบ makethe กลาง เราเพิ่ม Na + และ Cl−to จำลองความเข้มข้น NaCl physio ตรรกะของ 0.15 M

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

simulationsThe GROMACS (เวอร์ชั่น 4.5) แพคเกจ (Van Der spoel et al, 2005;.. เฮสส์ et al, 2008) ได้รับการจ้างงานที่จะดำเนินการในระดับโมเลกุลวิเคราะห์ dynamicssimulations ของพฤติกรรมแบบไดนามิกของ NS-LTP complexedwith แกนด์แตกต่างกันและโครงสร้างโปรตีนที่ถูกสร้าง bypdb2gmx กับ GROMOS96 43a1 forcefield ขณะที่แกนด์ Topol-ogy ที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้เซิร์ฟเวอร์ PRODRG2 (ชูเลอร์, et al, 2001;. Schüttelkopfและรถตู้ Aalten, 2004) ในการศึกษานี้เราใช้กล่องลูกบาศก์ระยะการตั้งค่าระยะทางที่น้อยที่สุดของ 1.0 ระหว่างขอบ proteinand จากกล่องซึ่งถูก solvated แล้วโดยการเพิ่มค่าใช้จ่าย simplepoint (SPC) โมเลกุลของน้ำ (Klionsky et al., 2012) เพื่อ makethe ระบบเป็นกลางเราได้เพิ่ม + นาและ CL-เพื่อจำลองความเข้มข้นของโซเดียมคลอไรด์ออกกำลังตรรกะ 0.15 เมตร

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

simulationsthe gromacs ( รุ่น 4 ) แพคเกจ ( ฟาน เดอร์ spoel et al . , 2005 ; Hess et al . , 2008 ) ใช้เพื่อแสดงโมเลกุล dynamicssimulations การวิเคราะห์พฤติกรรมแบบไดนามิกของ NS LTP complexedwith แตกต่างกันลิแกนด์และโปรตีนโครงสร้างที่ถูกสร้างขึ้น bypdb2gmx กับ gromos96 43a1 forcefield ขณะที่ร่างกายถูกสร้างขึ้นโดยใช้ระบบศรีสุขใส prodrg2 เซิร์ฟเวอร์ SCHULER et al . , 2001และ Sch ü ttelkopf รถตู้ aalten , 2004 ) ในการศึกษาครั้งนี้ได้ใช้แบบกล่องลูกบาศก์การตั้งค่าระยะห่างที่น้อยที่สุดระหว่าง proteinand ดาวน์โหลดขอบของกล่องซึ่งก็ solvated โดยการเพิ่ม simplepoint ชาร์จ ( SPC ) โมเลกุลของน้ำ ( klionsky et al . , 2012 ) การ makethe ระบบที่เป็นกลาง เราเพิ่ม Na และ Cl −เพื่อจำลองธรรมชาติ ตรรกะ ความเข้มข้นของเกลือ 0.15 เมตร