2.5. Molecular docking simulationsF

2.5. Molecular docking simulations
FRED 2.1 (McGann et al., 2003) was used in this study to
dock the OMEGA pre-generated multi-conformer library
mentioned above. FRED 2.1 strategy is to exhaustively dock/
score all possible positions of each ligand in the binding site.
The exhaustive search is based on rigid rotations and
translations of each conformer within the binding site defined
by a box. FRED filtered the poses ensemble by rejecting the
ones that clash with the protein (LOX) or that does not have
enough contacts with the protein. The final poses can then be
scored or re-scored using one or more scoring functions. In
this study, the smooth shape-based Gaussian scoring function
(shapegauss) was selected to evaluate the shape complementarily
between each ligand and the binding pocket.
Default FRED protocol was used except for the size of the
box defining the binding sites. In an attempt to optimize the
docking–scoring performance we performed exhaustive
docking with shapegauss applying the “Optimization” mode.
The “Optimization” mode involves a systematic solid body
optimization of the top ranked poses from the exhaustive
docking. 3 different boxes were explored for LOX (PDB ID:
1JNQ). Three different simulations were carried out with an
added value of 8 Å around the reference ligand.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.5 จำลองเทียบโมเลกุล2.1 เฟร็ด (McGann et al., 2003) ใช้ในการศึกษานี้จะเทียบรี conformer หลายก่อนสร้างโอเมก้าดังกล่าวข้างต้น กลยุทธ์ที่ 2.1 เฟร็ดคือเมื่อลม /คะแนนตำแหน่งได้ทั้งหมดของลิแกนด์แต่ละไซต์ผูกการค้นหาที่ครบถ้วนสมบูรณ์ตามหมุนเวียนงวด และคำแปลของแต่ละ conformer ภายในไซต์รวมกำหนดโดยกล่อง เฟร็ดกรองแบบโพสท่าวงดนตรี โดยการปฏิเสธการคนที่แคลชกับโปรตีน (LOX) หรือ ไม่มีพอติดต่อกับโปรตีน แล้วจะโพสท่าสุดท้ายคะแนน หรือคะแนนอีกครั้งโดยใช้คะแนนอย่าง น้อยหนึ่งฟังก์ชัน ในศึกษา Gaussian องค์กรที่ใช้รูปร่างเรียบคะแนนฟังก์ชันเลือกเพื่อประเมินรูปร่าง complementarily (shapegauss)ระหว่างแต่ละลิแกนด์และกระเป๋าผูกใช้โพรโทคอลเฟร็ดเริ่มต้นยกเว้นขนาดของตัวกล่องที่กำหนดเว็บไซต์รวม ในความพยายามที่จะเพิ่มประสิทธิภาพการประสิทธิภาพเทียบ – คะแนนเราทำหมดแรงเทียบกับ shapegauss ที่ใช้โหมด "เพิ่มประสิทธิภาพ"โหมด "เพิ่มประสิทธิภาพ" เกี่ยวข้องกับระบบร่างกายมั่นคงเพิ่มประสิทธิภาพด้านการโพสท่าที่หมดแรงจากการจัดอันดับเทียบ กล่อง 3 แตกต่างกันมีอุดมการ LOX (PDB ID:1JNQ) จำลองต่าง ๆ สามได้ดำเนินการด้วยการมูลค่าเพิ่ม 8 Åสถานลิแกนด์อ้างอิง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.5 เชื่อมต่อโมเลกุลจำลอง
FRED 2.1 (แม็ค et al., 2003) ถูกนำมาใช้ในการศึกษาครั้งนี้เพื่อ
ท่าเรือ OMEGA สร้างขึ้นก่อนห้องสมุดหลาย conformer
ดังกล่าวข้างต้น FRED 2.1 กลยุทธ์คือการท่าเรือละเอียดถี่ถ้วน /
คะแนนทุกตำแหน่งที่เป็นไปได้ของแต่ละแกนด์ในเว็บไซต์ที่มีผลผูกพัน.
ค้นหาหมดจดจะขึ้นอยู่กับการหมุนแข็งและ
แปล conformer แต่ละเว็บไซต์มีผลผูกพันที่กำหนดไว้
โดยกล่อง FRED กรองการโพสท่าทั้งชุดโดยปฏิเสธ
คนที่ปะทะกับโปรตีน (แซลมอนรมควัน) หรือที่ไม่ได้มี
รายชื่อมากพอกับโปรตีน การโพสท่าสุดท้ายจากนั้นจะสามารถ
ทำคะแนนได้หรืออีกฝ่ายใช้หนึ่งหรือมากกว่าฟังก์ชั่นการให้คะแนน ใน
การศึกษาครั้งนี้ตามรูปร่างเรียบฟังก์ชั่นการให้คะแนนเสียน
(shapegauss) ได้รับเลือกในการประเมิน complementarily รูปร่าง
ระหว่างแต่ละแกนด์และกระเป๋าที่มีผลผูกพัน.
เริ่มต้นโปรโตคอล FRED ถูกใช้ยกเว้นสำหรับขนาดของ
กล่องกำหนดเว็บไซต์ที่มีผลผูกพัน ในความพยายามที่จะเพิ่มประสิทธิภาพ
การปฏิบัติงานเชื่อมต่อคะแนนที่เราดำเนินการครบถ้วนสมบูรณ์
เชื่อมต่อกับ shapegauss ใช้ "การเพิ่มประสิทธิภาพโหมด".
"การเพิ่มประสิทธิภาพโหมด" ที่เกี่ยวข้องกับร่างกายที่มั่นคงระบบ
การเพิ่มประสิทธิภาพของการโพสท่าบนการจัดอันดับจากหมดจด
เชื่อมต่อ 3 สำรวจกล่องที่แตกต่างกันสำหรับแซลมอนรมควัน (PDB ID:
1JNQ) สามจำลองที่แตกต่างกันออกไปด้วย
มูลค่าเพิ่มจาก 8 รอบแกนด์อ้างอิง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.5 โมเลกุล docking จำลอง
เฟรด 2.1 ( mcgann et al . , 2003 ) เป็นเครื่องมือที่ใช้ในการศึกษานี้

ท่าโอเมก้าก่อนสร้างหลายสอดคล้องห้องสมุด
ดังกล่าวข้างต้น เฟร็ด 2.1 กลยุทธ์คือการทำท่าเรือ /
คะแนนที่เป็นไปได้ทั้งหมด ตำแหน่งของแต่ละระบบในเว็บไซต์ผูกพัน .
ค้นหาหมดจดขึ้นอยู่กับการหมุนแข็งและ
แปลแต่ละสอดคล้องภายในเว็บไซต์ผูกพันที่กำหนด
โดยกล่องเฟร็ดกรอง poses ทั้งหมดปฏิเสธ
คนที่เผชิญหน้ากับโปรตีน ( LOX ) หรือที่ไม่มี
ติดต่อเพียงพอกับโปรตีน ท่าสุดท้ายแล้วสามารถ
คะแนนหรือ Re คะแนนโดยใช้หนึ่งหรือมากกว่าหนึ่งฟังก์ชั่นให้คะแนน ใน
การศึกษารูปร่างเรียบเสียนฟังก์ชัน
ตามคะแนน ( shapegauss ) มีวัตถุประสงค์เพื่อประเมินรูปร่าง complementarily
ระหว่างลิแกนด์และกระเป๋าผูก
เริ่มต้นเฟรดโปรโตคอลใช้ยกเว้นขนาดของ
กล่องกำหนดเว็บไซต์เข้าเล่ม ในความพยายามที่จะเพิ่มประสิทธิภาพสำหรับคะแนนการปฏิบัติเราปฏิบัติ
-
docking ด้วยใช่ shapegauss ใช้โหมด " การเพิ่มประสิทธิภาพ " .
" เพิ่มประสิทธิภาพ " โหมดที่เกี่ยวข้องกับการเพิ่มประสิทธิภาพระบบของร่างกายแข็ง
ด้านบนการจัดอันดับอากัปกิริยาจากหมดจด
เชื่อมต่อ . 3 กล่องที่แตกต่างกันโดยการสํารวจสําหรับ LOX ( PDB ID :
1jnq ) สามแบบที่แตกต่างกัน พบว่ามีมูลค่าเพิ่มของกริพเพน
8 รอบอ้างอิง ) .