รหัสรักษาความปลอดภัยผ่านทางอีเมลซึ่งใช้เวลาเจ็ดสัปดาห์ ลงทะเบียนออนไลน์ได้กลายเป็นไปได้เฉพาะบริการหลังการ CheckFree ถูกนำเสนอใน Yahoo! ในเดือนกันยายนปี 1999 แต่กลับสิ้นกระบวนการคู่มือยังคงใช้เวลาสัปดาห์ที่ผ่านมา เมื่อผู้บริโภคไปผ่านกระบวนการการลงทะเบียนที่มีความยาวที่พวกเขาจะต้องค้นหาผ่านรายการของแต่ละ บริษัท ผู้รับชำระเพียงเพื่อที่จะเรียนรู้บางทีว่าบางส่วนของ บริษัท ที่พวกเขาอยากจะได้รับค่าใช้จ่ายจากการที่ไม่ได้ระบุไว้ ปัญหาเหล่านี้ที่ถูกอ้างถึงอย่างกว้างขวางว่าเป็นเหตุผลสำหรับการยอมรับของผู้บริโภคช้า ยุ่งยากขั้นตอนการตั้งค่าปัญหาการชำระเงินและค่าใช้จ่ายในการให้บริการสูงส่วนหนึ่งเกิดจากปริมาณต่ำ เพียงจำนวน จำกัด ของแต่ละ บริษัท ผู้รับชำระได้ติดตั้งระบบที่จะได้รับการชำระเงินอิเล็กทรอนิกส์และธนาคารไม่ได้ทั้งหมดที่ให้บริการการทำธุรกรรมออนไลน์ billers จะไม่ลงทุนในระบบออนไลน์จนผู้บริโภคมากขึ้นใช้พวกเขาและผู้บริโภคมากขึ้นจะไม่ใช้พวกเขาจนกว่า billers เพิ่มเติมได้ออนไลน์ มาร์คจอห์นสันรองประธานบริหารของ CheckFree เรียกมันว่า "เกมไก่และไข่." "จริงๆย้ายร้านค้า," จอห์นสันกล่าวว่า "คุณต้องการที่จะแสดงให้พวกเขาไดรฟ์."
ปัญหาเหล่านี้ไม่ซ้ำกับ CheckFree ในเดือนกรกฎาคมปี 1999 คู่แข่งหลัก CheckFree ของ TransPoint ที่นำเสนอบริการการชำระเงินอิเล็กทรอนิกส์ในไมโครซอฟท์ของเครือข่าย (MSN) MoneyCentral พอร์ทัล (พอร์ทัล Microsoft) แต่ด้วยการตั้งค่าขั้นตอนการชำระเงินและปัญหาที่คล้ายกับ CheckFree ของ TransPoint ก็ไม่สามารถที่จะดึงดูดมากกว่าห้าแสนผู้บริโภคผ่าน MSN แม้จะนำเสนอหกเดือนของการให้บริการฟรี ผู้บริโภคที่คุ้นเคยกับการให้บริการในเวลาจริงก็ยังไม่พอใจกับการรอคอยที่ยาวเมื่อเทียบกับการยืนยันการชำระเงินอิเล็กทรอนิกส์ ปัญหานี้เป็นของที่ระลึกของธนาคารบ้านประสบการณ์ของผู้บริโภค 1980 เมื่อผู้บริโภคไป ATM หรือหมอดูเป็นรายการที่เกิดขึ้นสดและการยืนยันการชำระเงินทันที; ธนาคารบ้านบนมืออื่น ๆ ที่ไม่ได้เป็นบริการแบบ real-time และผู้บริโภคได้รับไม่พอใจกับล่วงเลยเวลาระหว่างการชำระเงินและการดำเนินการ ด้วย CheckFree หากผู้บริโภคจ่ายบิลผ่านซีเอสพีในตอนเช้าผลไม่ชัดเจนเมื่อผู้บริโภคพยายามที่จะเช็คยอดเงินของเขาหรือเธอในวันรุ่งขึ้น ดังนั้นบริการ EBPP ก่อให้เกิดความแตกต่างของเวลาระหว่าง disorientating เอทีเอ็มเว็บไซต์ของธนาคารและพอร์ทัล.
ธนาคารไม่เต็มใจที่จะให้บริการออนไลน์และลังเลที่จะทำสัญญากับ CheckFree เพราะผู้บริโภคร้องเรียนเกี่ยวกับข้อผิดพลาดการชำระเงิน ในปีงบประมาณที่สิ้นสุดของ CheckFree มิถุนายน 2000 การชำระเงินอัตราความผิดพลาดเป็นครึ่งเปอร์เซ็นต์ยอมรับได้สำหรับการดำเนินการบางอย่าง แต่ไม่สำหรับการชำระเงินที่มีข้อผิดพลาดให้อุตสาหกรรมทั้งตาดำเพราะพวกเขาอาจจะเสียค่าใช้จ่ายผู้บริโภคเวลาและเงิน (Exhibit 4) ในฐานะที่เป็นผู้นำในอุตสาหกรรมที่ได้รับ CheckFree สิงโตของหุ้นของการร้องเรียน ธนาคารมักจะบ่นกับ CheckFree บกพร่องเกี่ยวกับระบบและชื่อเสียงที่เกิด CheckFree สำหรับบริการที่ไม่ดีทำให้มันยากที่จะโน้มน้าวให้ธนาคารใหม่เข้าร่วม การต้อนรับที่อึมครึมของการชำระเงินอิเล็กทรอนิกส์ในตลาดและความไม่พอใจของลูกค้าที่มีคุณภาพการให้บริการของ CheckFree นำเสนอความท้าทายที่ร้ายแรงให้กับ บริษัท .
แก้ปัญหา CheckFree ก็คือการไล่ตามความคิดริเริ่มการปรับปรุงคุณภาพเพื่อลดอัตราความผิดพลาด, บริการที่ราบรื่นและลดการเชื่อมโยงที่อ่อนแอ CheckFree เพิ่มศูนย์บริการที่สามช่วยให้ปริมาณการแพร่กระจายและความมั่นคงจะดีขึ้น CheckFree มีปัญหาเชิงโครงสร้างเช่นกันในขณะที่มันอาศัยในสามศูนย์ประมวลผลข้อมูลที่แตกต่างกันและระบบโบราณที่ถูกสืบทอดมาในชุดของการเข้าซื้อกิจการ มุ่งมั่นที่จะปรับปรุงคุณภาพและทุนจากนักลงทุนที่ในแง่ดี